week 2 Flashcards

H6 (57 cards)

1
Q

centraal dogma

A

informatie kan overgedragen worden van nucleïnezuren (DNA en RNA) naar eiwitten, maar niet andersom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Conensus (nucleotide) sequentie

A

samenvatting van veel individuele nucleotide sequenties op basis van hoe vaak ze voorkomen sequenties met gelijke basisfunctie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

DNA supercoiling

A

conformatie met loops/coils als gevolg van superhelical tension (helix te veel gedraaid) (werkt ook vice versa)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

DNA transcriptie

A

streng DNA kopiëren tot complementair RNA door RNA polymerase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

DNA polymerase

A

synthetiseert DNA dmv nucleotiden te binden. Leest de template streng en substraat zijn A,G,C en T

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

algemene transcriptie factor

A

elk eiwit die nodig is bij alle promotors van een type om RNA polymerase te binden en en initiëren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

TATA box

A

sequentie in de promotor van veel eukaryoten genen. algemene transcriptie factor TFIID bindt hieraan. positie waar transcriptie geïnitieerd wordt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

noncoding RNA

A

RNA molecuul die niet voor iets codeert (wow). kan enzymatische, structurele of regulator functie hebben

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

terminator

A

prokaryoten : signaal die transcriptie stopt. eukaryoten : na klieving en poly-adenylering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

promotor

A

nucleotidesequentie in DNA waaraan RNA polymerase bindt voor transcriptie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

messenger RNA (mRNA)

A

RNA molecuul met aminozuur sequentie voor een eiwit. geen intronen meer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

rRNA genen

A

genen voor ribosomaal RNA (rRNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

verschil DNA en RNA

A

DNA : dubbelstrengs, deoxyribose als suiker (H ipv OH), thymine
RNA : enkelstrengs, ribose als suiker (OH ipv H), uracil

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

ribosomaal RNA (rRNA)

A

vormen de basisstructuur van een ribosoom en katalyseert eiwitsynthese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

transfer RNA (tRNA)

A

functioneren als adapter tussen mRNA en aminozuren tijdens de eiwitsynthese. aminozuren zijn covalent gebonden aan hun tRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

small nuclear RNA (snRNA)

A

zijn kleine RNA moleculen met eiwitten gebonden afkomstig van snRNPs. functioneren in verschillende processen in de kern (bv splicing)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

microRNA (miRNA)

A

reguleren genexpressie door de translatie van specifieke mRNA’s te blokkeren waarna deze afgebroken worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

small interfering RNA (siRNA)

A

schakelen genexpressie uit door te zorgen voor selectieve mRNA afbraak en de vorming van compacte chromatine structuren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

piwi-interacting RNA (piRNA)

A

binden aan piwi-eiwitten en beschermen daarmee de kiembaan tegen transposons en andere transposities

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

small nucleolar RNA (snoRNA)

A

faciliteren de processing en chemische modificaties van (precursor) rRNA’s

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

long noncoding RNA (lncRNA)

A

dienen veelal als scaffolds: ze reguleren diverse cellulaire processen (bv x-inactivatie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

nuclear pore complec (NPC)

A

grote structuur bestaande uit meerdere eiwitten die een kanaal vormen door de kernenvelop. hierdoor bewegen selectief moleculen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

spliceosoom

A

verzamling RNA en eiwit moleculen die voor splicing van pre-mRNA zorgen in eukaryote cellen

24
Q

exon

A

deel van eukaryote genen die in het uiteindelijke mRNA komen. als ze in eiwit coderende genen zitten, codeert de sequentie voor aminozuren

25
intron
niet coderend deel van het gen bij eukaryoten. niet meer aanwezig bij mRNA
26
RNA splicing
proces waarbij intronen worden verwijderd. pre-mRNA -> mRNA
27
soorten RNA processing
- capping (alleen bij transcripten van RNA-pol II, die heeft CTD) - splicing - poly-adenylering
28
capping
TFIIH fosforyleert serine op positie 5 in het CTD, hierdoor kunnen de 3 capping-enzymen binden aan CTD. later wordt de fosfaatgroep vervangen met andere fosfaatgroepen waardoor splicing-enzymen kunnen binden
29
splicing sequentie : 5' splice site
AG(exon)-GURAG(intron)
30
splicing sequentie : positie waar lariaat wordt gevormd
YNYURAY (R is purine, Y is pyrimidine)
31
splicing sequentie : 3' splice site
purinerijk deel (YYYYYYYY)NYAG (allemaal deel van intron)
32
transcriptie door RNA-pol I
45S precursor-gen (5.8S,18S,28S rRNA genen)
33
transcriptie door RNA-pol II
snoRNA (eiwit)-genen, ribosomale eiwitten-genen, RNA pol I,II,III-gen, alle eiwit coderende-genen, miRN-genen, siRNA-genen,lncRNA-genen, meeste snRNA-genen
34
transcriptie door RNA-pol III
5S precursor-gen, tRNA-genen, sommige snRNA-genen, kleine RNA genen
35
hoe helpen elongatiefactoren RNA pol
- vormen een wig om DNA weg te wrikken van de histonkern - destabiliseren histon-DNA-interacties door een positief geladen oppervlak van het pol uit te duwen - verminderen de kleverigheid van het pol
36
welke eiwitten herkennen de plek voor poly-adenylering
- cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) - cleavage stimulation factor (CstF) - poly- A polymerase
37
sequentie voor poly-adenylering wordt herkend op
het RNA
38
anticodon
sequentie van 3 nucleotiden in tRNA en complementair aan het codon in mRNA (anticodon lees je van 3' naar 5')
39
codon
sequentie van 3 nucleotiden in mRNA die aangeeft welk aminozuur ingebouwd moet worden
40
reading frame/leesraam
fase waarin nucleotiden per sets van 3 worden gelezen. dit kan op 3 manieren, maar alleen 1 is correct voor het eiwit dat je wilt en die wordt het open reading frame genoemd (ORF)
41
translatie
proces waarbij nucleotidesequenties in mRNA gebruikt worden voor het maken van aminozuurketens
42
aminoacyl-tRNA synthetase
enzym dat het correcte aminozuur aan een tRNA molecuul bindt (tRNA + aminozuur = aminoacyl-tRNA)
43
ribosoom
bestaat uit rRNA en ribosomale eiwitten die de synthese van eiwitketens katalyseert
44
ribozyme
RNA molecuul met katalytische activiteit
45
induced fit
principe voor de toename in specificiteit bij substraat herkenning bij eiwitten en RNA. alleen als het substraat correct is wordt de reactie uitgevoerd. (bv anticodon herkenning)
46
kinetic proofreading
principe voor toename in specificiteit van katalyse. gaat om de tijdsvertraging voordat er een irreversibele reactie (ATP/GTP hydrolyse) volgt.
47
rol van EF-Tu/eEF1
faciliteert de match tussen het mRNA en het juiste aminoacyl-tRNA
48
rol van EF-G/eEF2
faciliteert de translocatie van de kleine subunits van het ribosoom waardoor de elongatiecyclus weer opnieuw kan beginnen
49
eukaryote initiatie factoren
eiwitten die initator tRNA helpen op het ribosoom, waardoor translatie start
50
genetische code
set aan 'regels' die aangeeft welke aminozuur bij welke triplet code hoort
51
initiator tRNA
speciale tRNA die translatie initieert, draagt altijd aminozuur methionine en vormt hetcomplex MettRNA
52
nonsense-mediated mRNA decay
mechanisme voor degraderen van afwijkende mRNA die een vroegtijdige in-frame stopcodon hebben voordat ze getransleerd worden voor eiwitten
53
leaky scanning
als de kleine ribosomale subunit een consensussequentie niet herkent, doordat het niet ideaal is/zwak is en verder gaat naar de volgende
54
Shine-Dalgro sequentie
sequentie die functioneert als bindingsplaats voor de kleine ribosoom subunit bij prokaryoten (ze hebben geen cap, dus er wordt niet vanaf de 5' kant gelezen). deze sequentie kan meerdere keren voorkomen op 1 mRNA
55
polycistronische messenger
mRNA in prokaryoten die meerdere Shine-Dalgro sequenties bevatten. ribosomen die tegelijk werken kunnen dus andere eiwitten maken (niet het geval bij eukaryoten)
56
affiniteit
hoe goed/sterk kunnen moleculen aan elkaar kunnen binden
57
specificiteit
hoeveel verschillende andere moleculen er zijn die aan het molecuul kunnen binden