Fiszki_Biologia_Molekularna__Rozszerzone_

Question 1

Co to są enzymy restrykcyjne?

Answer 1

Enzymy restrykcyjne to endonukleazy rozpoznające przecinające dwuniciowe DNA w specyficznych miejscach lub poza nim

Question 2

Czym charakteryzują się enzymy restrykcyjne typu I?

Answer 2

To wielopodjednostkowe kompleksy enzymatyczne, które przecinają DNA w miejscach oddalonych od sekwencji rozpoznawczej i wymagają ATP do działania.

Question 3

Czym charakteryzują się enzymy restrykcyjne typu II?

Answer 3

To najczęściej stosowane enzymy w biologii molekularnej. Przecinają DNA w obrębie lub blisko sekwencji rozpoznawczej i nie wymagają ATP.

Question 4

Czym charakteryzują się enzymy restrykcyjne typu III?

Answer 4

Przecinają DNA w pobliżu sekwencji rozpoznawczej i wymagają obecności dwóch sekwencji rozpoznawczych, a także ATP do działania.

Question 5

Czym charakteryzują się enzymy restrykcyjne typu IV?

Answer 5

To enzymy o zdolności przecinania metylowanego DNA, wykorzystywane w badaniach epigenetycznych.

Question 6

Jak działa system restrykcji i modyfikacji?

Answer 6

Bakterie chronią swoje DNA przed enzymami restrykcyjnymi poprzez metylację własnych sekwencji, natomiast obce DNA (np. wirusowe) jest trawione przez restryktazy

Question 7

Jakie są główne sposoby cięcia DNA przez enzymy restrykcyjne?

Answer 7

Cięcie asymetryczne (lepkie końce) - powstają krótkie jednoniciowe odcinki ułatwiające ligację. Cięcie symetryczne (tępe końce) - powstają fragmenty DNA bez wystających końców.

Question 8

Co to są izoschizomery?

Answer 8

To enzymy restrykcyjne pochodzące z różnych organizmów, które przecinają DNA w tym samym miejscu,ciekawa włściwość że mają odmmienna strukture trzecio rzędową - osobne pochodznie ewolucyjne.

Question 9

Co to są neoschizomery?

Answer 9

To enzymy restrykcyjne, które rozpoznają tę samą sekwencję DNA, ale przecinają ją w różnych miejscach. Uniemożliwia to łączenie końców więc podczas ligacji nie można tego przeoczyć!!.

Question 10

Jakie są główne zastosowania enzymów restrykcyjnych?

Answer 10

Sporządzanie map genów, sekwencjonowanie DNA, diagnostyka chorób genetycznych, klonowanie genów i identyfikacja mutacji.

Question 11

Czym jest hybrydyzacja kwasów nukleinowych?

Answer 11

Proces łączenia się komplementarnych nici DNA-DNA, RNA-RNA lub DNA-RNA w celu analizy genetycznej.

Question 12

Co to jest sonda molekularna?

Answer 12

Jednoniciowa cząsteczka DNA lub RNA używana do wykrywania specyficznych sekwencji kwasów nukleinowych.

Question 13

Jakie są metody znakowania sond molekularnych?

Answer 13

Random primer, Nick translation, PCR, Synteza chemiczna.

Question 14

Czym jest metoda Southern blot?

Answer 14

Technika wykrywania fragmentów DNA poprzez elektroforezę, przeniesienie na membranę i hybrydyzację z sondą.

Question 15

Czym jest metoda Northern blot?

Answer 15

Technika wykrywania RNA poprzez elektroforezę, blotting i hybrydyzację.

Question 16

Czym jest metoda Western blot?

Answer 16

Metoda wykrywania białek z użyciem przeciwciał i detekcji chemicznej lub fluorescencyjnej.

Question 17

Czym jest metoda FISH?

Answer 17

Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ stosowana do wykrywania chromosomów i analizy ekspresji genów.

Question 18

Czym są mikromacierze DNA?

Answer 18

Technika umożliwiająca analizę ekspresji wielu genów jednocześnie poprzez wykorzystanie dużej liczby sond na stałym podłożu.

Question 19

Jakie są zastosowania hybrydyzacji kwasów nukleinowych?

Answer 19

Diagnostyka genetyczna, analiza kariotypu, identyfikacja mikroorganizmów, badanie ekspresji genów.

Question 20

Czym jest RFLP?

Answer 20

Polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych, stosowany do wykrywania mutacji i różnic genetycznych.

Question 21

Czym jest AFLP?

Answer 21

Amplifikowany polimorfizm długości fragmentów, stosowany w analizie genetycznej organizmów.

Question 22

Jakie są metody znakowania sond molekularnych?

Answer 22

Metody znakowania sond molekularnych obejmują Random primer, Nick translation, PCR i Syntezę chemiczną.

Question 23

Na czym polega metoda Random primer?

Answer 23

Polega na denaturacji dwuniciowego DNA, do którego przyłączają się krótkie jednoniciowe fragmenty DNA o losowej sekwencji. Polimeraza Klenowa dobudowuje nową nić, wbudowując znakowane nukleotydy.

Question 24

Na czym polega metoda Nick translation?

Answer 24

Polimeraza I nacina jedną z nici DNA, usuwa nukleotydy i wbudowuje w ich miejsce znakowane nukleotydy. Powstają krótkie sondy pokrywające cały genom.

Question 25

Na czym polega metoda PCR w znakowaniu sond?

Answer 25

Znakowane mogą być startery lub produkt PCR. Można stosować znakowane nukleotydy lub używać fluorescencyjnych znaczników na końcach amplifikowanych fragmentów.

Question 26

Na czym polega synteza chemiczna w znakowaniu sond?

Answer 26

Wymaga znajomości sekwencji docelowej. Projektuje się odpowiednie startery lub całą sondę, a znakowanie polega na wbudowaniu znakowanego nukleotydu podczas syntezy.

Question 27

Najczęściej w biologii molekularnej i biotechnologii stosowane są enzymy klasy

Answer 27

Typu II

Question 28

Zasady nazewnictwa enzymów restrykcyjnych

Answer 28

Nazwy enzymów pochodzę od nazw bakterii, z których zostały wyizolowane. Z reguły są tworzone od pierwszej litery nazwy rodzajowej i dwóch pierwszych liter epitetu gatunkowego Np. EcoRI (E – Escherichia; co - coli; R – szczep; I - frakcja enzymatyczna) 37 st.C

Question 29

Miejsce restrykcyjne

Answer 29

sekwencja DNA rozpoznawana przez enzym restrykcyjny

Question 30

Fragmenty restrykcyjne

Answer 30

fragmenty DNA powstałe w wyniku trawienia enzymem restrykcyjnym.

Question 31

Im krótsza sekwencja rozpoznawana przez enzym restrykcyjny, tym

Answer 31

częściej może występować w DNA, a co za tym idzie, powstaje więcej krótkich fragmentów restrykcyjnych. Od tej zasady mogą występować wyjątki.

Question 32

Sposoby przecinania cząsteczki DNA przez enzymy restrykcyjne.

Answer 32

Cięcie asymetryczne, które generuje lepkie końce - powstałe fragmenty restrykcyjne, w miejscu przecięcia są zakończone krótkimi, jednoniciowymi odcinkami DNA. Cięcie symetryczne, które generuje tępe końce – powstałe fragmenty restrykcyjne, w miejscu przecięcia są zakończone sparowanymi nukleotydami.

Question 33

RFLP – Southern-blot w podpunktach

Answer 33

1. Trawienie enzymem restrykcyjnym. 2. Elektroforeza. 3. Blotting. 4. Hybrydyzacja 5. Detekcja sygnału.

Question 34

RFLP – PCR

Answer 34

1. PCR. 2. Trawienie enzymem restrykcyjnym. 3. Elektroforeza.

Question 35

Źródła polimorfizmu:

Answer 35

1. Mutacje punktowe (in/del) w obrębie miejsca restrykcyjnego. 2. In/del fragmentów między miejscami restrykcyjnymi. 3. Rekombinacje.