Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

Biochemie en moleculaire biologie > H16.2 > Flashcards

H16.2 Flashcards

(80 cards)

Start Studying
1
Q

Nucleotiden per winding dubbele helix

A

10,5

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Eiwit interactie dubbele helix

A

Binden aan een specifieke sequentie in de grote groeve

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Waarom kunnen eiwitten wel grote groeves herkennen, maar niet kleine

A

In de grotere groeves zitten vier verschillende groepen, terwijl de kleine er twee heeft

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Helix-turn-helix motif

A

Herkenningshelix bindt aan de sequentie in de grote groeve, tweede helix na de turn stabiliseert door hydrofobe interactie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Structuurvarianten DNA

A

B, D en Z

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

B-DNA

A

-Meest voorkomend
-Rechtsdraaiend
-10,5 basen/winding
-Major+minor groove

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Z-DNA

A

-Z = zigzag van suiker-fosfaat ruggengraat
-Linksdraaiend
-12 basen/winding
-Langer en dunner dan B-DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

A-DNA

A

-Korter en dikker dan B-DNA
-In feite de structuur van DNA-RNA en RNA-RNA dubbele helix
-Rechtsdraaiend
-11 basen/winding
-Basen staan in hoek

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ribose probleem B-DNA

A

Door het ontbreken van een OH-groep ontstaat een sterische hindering en is B-DNA niet meer de optimale vorm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

B-DNA -> Z-DNA

A

Transiënte (tijdelijke) omzetting kan leiden tot genactivatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Supercoiling

A

Oprollen/terugdraaien van DNA om te compacteren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Positive supercoil

A

Draaiing in dezelfde richting als de dubbele helix

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Negative supercoil

A

Draaiing in tegengestelde richting als de dubbele helix

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Coil circulaire DNA moleculen

A

Steeds negatief supercoiled in vivo

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Coil lineair DNA

A

Hoofdzakelijk opgeslagen als negatieve supercoil

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Effect ontbinding H-bruggen DNA

A

Negatieve en positieve supercoiling aan beide kanten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Topoisomerase I

A

Breekt enkele zijde van een dubbele helix om supercoil om te draaien

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Topoisomerase II

A

Breekt beide zijden dubbele helix om supercoil om te draaien

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Tm (smelttemperatuur)

A

De temperatuur waarbij de helft van dsDNA enkelstrengig is

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Temperatuur renaturatie

A

-Spontaan bij verlaging temperatuur
-Gebruikt in biotechnologie met snuffelmolecule in bv FISH techniek

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

FISH

A

-Maak een probe met fluorescentie dat dsDNA is
-Denatureer het te onderzoeken DNA
-Laat het binden met de probe en voila

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Probe bij FISH techniek

A

Kan dsDNA zijn, maar ook RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hoe hoger (G+C)%, …

A

Hoe hoger de Tm, want strengen worden samengehouden dmv 3 H-bruggen ipv 2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hoe groter het gehalte naburige G en C nucleotiden binnen een DNA streng, …

A

Hoe hoger de Tm door base stacking, wat het sterkst is bij G en C samen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Hoe hoger het gehalte nucleotiden dat een correte baseparing ondergaat tussen 2 DNA strengen, ...
Hoe hoger de Tm
26
Aantal baseparen bacterieel DNA
4,6 miljoen in tegenstelling tot de 3 miljard bij menselijk DNA
27
Eigenschappen bacterieel chromosoom
-Negatief supercoiled -Gebonden aan en gewikkeld rondom kleine basische eiwitten -gevouwen in groot aantal lussen
28
Baseparen in loop negatieve supercoil bacterieel DNA
20.000
29
Nucleosoom
DNA + histonen
30
Histonen
Kleine basische eiwitten, het negatief geladen DNA bindt sterk aan de positief geladen histonen
31
Chromatine
DNA + eiwitten, volledig gecondenseerd chromatine is een chromosoom
32
Histonen/nucleosoom
8 histonen, wat leidt tot 146 baseparen
33
Linker DNA
DNA tussen twee histonen
34
Pakkeringsgraad
De relatief ingekorte lengte van de DNA streng
35
Histon-code
Combinatie van alle covalente modificaties van histon-staarten, direct of indirect effect op chromatine-compactering
36
Acetylering van histonen
Toevoeging van acetylgroep aan histonstaarten -> verlies van + lading -> meer open chromatine
37
Methylering van histonen
Toevoegen van methylgroep -> dichter chromatine
38
Histon eiwit recrutering
Eiwitten met een bromodomein worden aangetrokken tot acetyl, chromodomein tot methyl -> histon-histon interacties vergroot of verkleint
39
Chromatine-remodelleer complexen
-Bestaan uit factoren -Verandert de organisatie en/of de positie van nucleosomen -Werking gekoppeld met ATP hydrolyse
40
Werking chromatine-remodelleer complexen
-Verschuiven van het DNA rondom het octameer -> herpositionering van nucleosomen -Verwijderen van octameer -> aantal nucleosomen daalt -Vervanging van histonen door histone varianten
41
HAT
Histone acetyltransferase
42
HDAC
Histone deacetylase
43
KMT
Histone methyltransferase, methyleren lysine van histonen
44
KDM
Histone demethylasen, demethyleren lysine van histonen
45
Euchromatine vs heterochromatine
Euchromatine is minder compact dan heterochromatine
46
Armen chromosoom
p-arm -> bovenste q-arm -> onderste
47
Constitutief heterochromatine
Deel van het DNA dat geen genen bevat en daarmee permanent heterochromatine is -> genen kunnen niet afgelezen worden
48
Facultatief heterochromatine
Deel van het DNA dat genen bevat die tijdelijk uitgezet zijn -> reversibele heterochromatine en genen kunnen niet afgelezen worden
49
Tandem repetitief DNA
-Ca. 15% -Naast elkaar geplaatst
50
Verspreid repetitief DNA
-Ca. 44% -Uitelkaar liggend en bestaat uit verschillende transposons
51
Regulier satelliet DNA (trep DNA)
-Totale lengte 10^5-10^7 -<10 bp/repeat -Bv. in centromeren en telomeren
52
Minisatelliet DNA (trep DNA)
-Totale lengte 10^2-10^5 bp -10-100 bp/repeat
53
Microsatelliet DNA (trep DNA)
-Short tandem repeats STR's -Totale lengte 10-100 bp -1-10 bp/repeat
54
VNTR
Variable number of tandem repeats
55
Transposon
-Soms springende genen genoemd -Een mobiel genetisch element dat zich kan verplaatsen in het genoom
56
Replicatieve transpositie
Het transposon wordt gekopieerd en vervolgens geïnsereerd op een andere plaats in het genoom
57
Conservatieve transpositie
Het transposon wordt uitgeknipt en geïnsereerd op een andere plaats in het genoom
58
Indeling transposons
-Mechanisme van transpositie -Intermediair: gebaseerd op de verplaatser -> DNA of retro (RNA) -Autonomie: autonoom of niet-autonoom
59
Autonome transposons
Transposon codeert voor alle eiwitten die nodig zijn voor de transpositie
60
Niet-autonome transposons
Transposon codeert NIET voor de eiwitten die nodig zijn voor de transpositie
61
Intermediaire transposons percentages
3% DNA transposons (inactief) en >40% retrotransposons (hoofdzakelijk inactief)
62
LINEs
-Long interspersed nuclear elements -Variant retrotransposons -Meest voorkomende groep is LINE-1 (L1) retrotransposons -> 6000-8000 bp, ca. 500.000 (on)volledige kopieën, ongeveer 20% van humaan genoom, autonoom
63
SINEs
-Short interspersed nuclear elements -Meest voorkomende groep van de retrotranspsons zijn de Alu sequenties
64
Alu sequenties
± 300 bp, ± 1 milj kopieën, ± 10% van humaan genoom, niet autonoom
65
Eigenschappen humaan mitochondriaal DNA
-Ca. 16500 basenparen -Circulair dsDNA, 37 genen -5% van alle RNAs en eiwitten die nodig zijn in de mitochondria via dit DNA -De DNA bar code (648 bp) is uniek voor elke soort
66
Nucleaire periferie
Associatie van binnenste kernmembraan met constitutief (centromeren + telomeren) heterochromatine
67
Eigenschappen kernporiën
-3000-4000 poriën/kern -120 nm diameter -Moleculen gaan in en/of uit de kern via de kernporiën
68
Structuur kernporiën
-Een wiel aan beide kanten -Verankerd met eiwitten in de kernenvelop
69
Transport door kernporiën
-Zowel import als export -Passief: diffusie, geen energie nodig, tot 9nm diameter -> diffusie van eiwitten tot ca. 30 kDa -Actief: via transportreceptoren (importine, exportine, NTF2), energieverbruik, tot ca. 26nm diameter
70
Importine bindt
-NLS (nucleair localisatie signaal) -FG-nucleoporinen -Ran-GTP
71
Importine cyclus
1.Importine bindt NLS eiwit 2.Importine complex gaat de nucleus in via kernporie 3.NLS eiwit losgemaakt na binding Ran-GTP 4.Nieuw importine complex nucleus uit via kernporie 5.Importine complex -> Ran-GDP + Pi + importine
72
GAP
-GTPase-activating protein -Onder andere in cytosol dat de hydrolyse van GTP bevordert (vrijkomen van energie)
73
GEF
-Guanine-nucleotide exchange factor -Bevordert de Ran-GTP binding, de vrijstelling van NLS-cargo en binding van NES-cargo
74
Nucleus export RNA eiwitten stappen
1.Exportine bindt met Ran-GTP en cargo RNA-eiwit door binding van de NES 2.Complex bindt aan FG-nucleoporinen en gaat door de kernporie 3.Complex ontbonden in cytosol in Ran-GDP + Pi + exportine + cargo RNA-eiwit 5. Exportine gaat terug de cel in door te binden aan de FG-nucleoporinen
75
Nucleaire transportfactor 2 (NTF2)
Transporteert Ran-GDP naar de celkern
76
Nucleaire matrix
Onoplosbaar vezelig netwerk na behandeling met detergert en nuclease
77
In situ hybridisatie
Chromosoom territoria, variëren van cel tot cel + afhankelijk van de omstandigheden
78
Nucleaire lamina
-Vezelvormig netwerkstructuur aan de binnenkant van het 'inner' nucleair membraan -Opgebouwd uit lamine-eiwitten (vormen intermediaire filamenten) en membraaneiwitten -Essentieel voor het in stand houden van de structuur van de celkern
79
Nucleolus
-Subnucleaire structuur, zonder membraan -'Ribosoom fabriek' van de cel -Tot 25% van volume nucleus, afhankelijk van activiteit -Bestaan uit fibrillen (rRNA synthese en pre-rRNA processing) + granulen (assemblage van (pre-)ribosomale subeenheden)
80

Biochemie en moleculaire biologie (14 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions