HC7: Next generation sequencing

Question 1

Waarvoor wordt next generation sequencing gebruikt?

Answer 1

Opsporen van mutaties

Question 2

Hoe ziet een karyogram eruit van een man?

Answer 2

22 autosomale chromosomen, met een X en Y chromosoom

Question 3

In welke fase zitten chromosomen bij een karyogram?

Answer 3

metafase van de mitose

Question 4

Sinds wanneer DNA sequencing?

Answer 4

1977

Question 5

waaruit bestaat de backbone van DNA?

Answer 5

suikergroepen met fosfaten

Question 6

hoeveel kopieën na 30 cycli

Answer 6

1 miljard kopieën

Question 7

Hoe verloopt een PCR?

Answer 7

1. denaturatie: strengen uit elkaar (hoge temperatuur)
2. verlagen temperatuur, primer aanhechten
3. verhogen temperatuur en DNA polymerase
4. start kopie

Question 8

Uit hoeveel basen bestaat het volledige humane genoom?

Answer 8

3 miljard basen

Question 9

Hoe werkt in-solution capture pcr?

Answer 9

Allemaal verschillende fragmenten DNA. Hieruit ga je het gewenste fragment halen. Dit doe je met sequentie-specifieke probe, gelinkt met biotine. Deze haal je uit het mengsel met streptavidine.

Question 10

Wat is een sequencing flow cell?

Answer 10

Hierbij wordt in massive parallel pcr uitgevoerd op. een flow cell, elke keer er een nieuwe nucleotide wordt ingebouwd zal er een kleur oplichten complementair aan de base

Question 11

Leg uit: Coverage (deep sequencing)

Answer 11

Aantal malen dat een base-positie bepaald is. Hoe hoger de coverage hoe ‘dieper’ gesequenced. (=hoe gevoelig je iets wil meten)

Question 12

Leg uit: Variant allel frequentie (VAF)

Answer 12

aantal malen dat een variant op een specifieke positie gevonden is tov referentie. Deze is afhankelijk van

• gen (onco vs tumor-suppressor gen)
• tumorcelpercentage

Question 13

Geef 4 verschillen tussen Sanger sequencing en NGS

Answer 13

Sanger

• mix van moleculen
• 1 fragement/analyse
• veel DNA nodig
• lage gevoeligheid

NGS

• single molecule
• duizenden fragmenten/analyse
• weinig DNA nodig
• hoge gevoeligheid