Microbiome, génomique et protéomique Flashcards
(31 cards)
Quels sont les 4 niveaus d’analyse omique?
Génome, transcriptome, proteomique, métabolomique
À quel niveau est-ce qu’on fait un séquençage?
Au niveau génomique et transcriptomique
À quel niveau est-ce qu’on fait une spectrométrie de masse?
Protéomique et métabolomique
À quoi sert le séquençage?
Pour l’encodage de l’information
À quoi sert la spectrométrie de masse?
Pour savoir le phénotype
Quels sont les 4 monomères de l’ADN?
A, T, G et C
Qu’est-ce que le séquençage de Sanger?
Le processus repose sur l’ajout de nucléotides marqués et de versions modifiées de ces nucléotides appelées didésoxynucléotides (ddNTP). Ces derniers empêchent l’allongement de la chaîne d’ADN lorsqu’ils sont incorporés. Le séquençage de Sanger se fait en quatre réactions distinctes, chacune contenant un type de ddNTP (A, T, C ou G), et chaque réaction génère des fragments d’ADN de différentes longueurs. Ces fragments sont ensuite séparés par électrophorèse sur un gel ou par capillaire, et la séquence est déterminée en fonction de la position des fragments.
Qu’est-ce que les nucléotides fluorescents?
Les nucléotides fluorescents sont des versions marquées des nucléotides classiques utilisés dans le séquençage de Sanger, mais au lieu d’être radioactifs ou simplement étiquetés par un groupe chimique, ces nucléotides sont dotés d’un fluorochrome. Chaque type de nucléotide (A, T, C, ou G) est associé à un fluorochrome spécifique qui émet une lumière de longueur d’onde distincte lorsqu’il est excité par une source lumineuse.
Qu’est-ce que le séquençage parallel?
Le séquençage en parallèle désigne un ensemble de technologies permettant de séquencer simultanément des millions de fragments d’ADN en parallèle. Cela contraste avec les méthodes plus anciennes, comme le séquençage de Sanger, qui séquencent un fragment d’ADN à la fois. Le séquençage en parallèle permet une analyse beaucoup plus rapide, plus vaste et plus économique de génomes entiers, de transcriptomes, ou de régions spécifiques de l’ADN.
Quels sont les 4 types d’expériences?
Transcriptomique, miRNomique, épigénomique, génomique
Donnez la définition du microbiome
Ensemble des microorganismes vivant dans un environnement.
Donnez la définition du microbiome
C’est le microbiote et son environnement
Vrai ou faux?
Différents microbes composent le microbiome de différentes parties du corps
Vrai
Vrai ou faux?
On va retrouver des proportions similaires des microbiomes d’une personne à l’autre.
Faux, elle varie entre personne
Quelle est la proportion de bactérie pour cellule humaine?
1,3 bactérie par cellule humaine
Qu’est-ce que l’abondance relative?
C’est la distribution relative des espèces dans le microbiome
Qu’est-ce que la richesse du microbiome?
Nombre d’espèce trouvées dans un microbiome
Qu’est-ce que l’équitabilité du microbiome?
Répartition des individus dans le microbiome
Qu’est-ce que l’approche 16S?
L’approche 16S fait référence à l’analyse du gène 16S rRNA dans le cadre de l’identification et de la caractérisation des micro-organismes, en particulier des bactéries. Ce gène, présent dans tous les procaryotes, est une composante essentielle du ribosome et est très conservé au sein des différentes espèces, tout en présentant des régions variables qui permettent de distinguer les différentes espèces de bactéries.
Quelles sont les trois approches d’analyse métagénomique?
Culture microbienne, séquençage de 6S, métagénomique complète
Quel est l’ordre des rangs taxonomique?
Phylum < classe < ordre < famille < genre < espèce
Quel est la relation entre l’âge et le microbiome?
Sa composition change et évolue avec le temps.
Décrivez le microbiome à la naissance
Écosystème dynamique dominé par les bifidobactéries
Décrivez le microbiome à l’âge adulte
Microbiome riche avec des centaines d’espèces bactériennes dominé par des bactéroidetes et firmicutes
