MicroRNA in Teleost Fish Flashcards
Bizuayehu_2014 DOI: 10.1093/gbe/evu151 (45 cards)
¿Cuál es la función del dominio PAZ en la proteína Dicer y cómo influye en la especificidad de procesamiento de miRNAs?
El dominio PAZ en Dicer reconoce y se une al extremo 3’ de los pre-miRNA, alineándolos para el corte preciso por los dominios RNasa III.
¿Cómo interactúan Drosha y DGCR8 en la etapa nuclear de la biogénesis de miRNAs y por qué esta interacción es crítica?
Drosha corta los pri-miRNAs en pre-miRNAs en el núcleo, y DGCR8 actúa como cofactor reconociendo estructuras de horquilla y posicionando Drosha correctamente.
¿Qué diferencias estructurales existen entre los dominios PIWI y RNase III en Argonauta y Dicer, respectivamente?
El dominio PIWI en AGO tiene actividad catalítica de corte (slicer), mientras que los dominios RNase III en Dicer realizan cortes dobles en los pre-miRNA.
¿Por qué es relevante estudiar isoformas duplicadas de Dicer y AGO en salmónidos, y cómo se relaciona con su evolución post-WGD?
La duplicación génica post-WGD genera isoformas especializadas; en salmónidos podrían expresar Dicer/AGO en tejidos diferentes o bajo distintas condiciones.
¿Qué impacto tiene la fosforilación de AGO2 sobre su función en el complejo RISC en peces bajo estrés térmico?
La fosforilación puede afectar la capacidad de AGO2 de unirse al miRNA o al mRNA blanco, alterando la eficiencia del silenciamiento en situaciones de estrés.
¿Qué efectos tiene la uridilación sobre la estabilidad de pre-miRNAs durante el desarrollo temprano en teleósteos?
La uridilación promueve la degradación de pre-miRNAs al marcar los extremos 3′ para su eliminación por exorribonucleasas.
¿Cómo influye la edición por ADAR en la especificidad de blancos de un miRNA y qué consecuencias tiene para la regulación génica?
La edición por ADAR cambia A→I, modificando el pareo del miRNA con sus blancos, lo que puede generar nuevas dianas o perder otras.
¿Qué enzimas están implicadas en la adenilación de miRNAs y cómo afecta esto su participación en el silenciamiento génico?
GLD-2 es una polimerasa no canónica que añade adeninas al extremo 3′ de ciertos miRNAs, estabilizándolos o inhibiendo su función.
¿Cómo puede la SUMOilación de AGO2 modificar su ensamblaje con miRNAs y qué implicancias tiene para la espermatogénesis en peces?
La SUMOilación puede alterar la localización subcelular de AGO2 o su afinidad por proteínas accesorias, afectando la espermatogénesis.
¿Qué rol tienen las modificaciones epitranscriptómicas en la generación de isomiRs y cómo podrían afectar los resultados de tu tesis?
Generan isomiRs con diferentes extremos o secuencias, lo cual afecta estabilidad, carga en RISC y selección de blancos, afectando análisis en tu tesis.
¿Qué características estructurales definen a un mirtrón y cómo se procesan independientemente de Drosha?
Los mirtrones derivan de intrones empalmados y no requieren procesamiento por Drosha; son exportados al citoplasma directamente.
¿Cuál es el mecanismo de procesamiento de miR-451 y qué lo hace único entre los miRNAs?
miR-451 es procesado por AGO2 directamente sin necesidad de Dicer, debido a su estructura de tallo corto y bucle reducido.
¿Qué tipos de RNA pueden actuar como precursores de miRNAs en rutas no canónicas en peces?
snoRNAs y tRNAs pueden generar miRNAs mediante procesamiento alternativo, funcionando como precursores en rutas no canónicas.
¿Cómo podrían los espermatozoides de salmón generar miRNAs funcionales sin requerir Dicer en ciertas condiciones?
Podrían usar rutas como AGO2-dependiente o derivar miRNAs de snoRNAs activos en gónadas.
¿Por qué sería útil identificar miRNAs de origen snoRNA o mirtrones en embriones sometidos a estrés térmico?
Porque los embriones expuestos a estrés térmico podrían depender más de rutas no canónicas cuando la maquinaria canónica falla.
¿Qué es un ceRNA y cómo puede interferir con la función de un miRNA en la célula germinal?
Un ceRNA compite con mRNAs funcionales por el mismo miRNA, afectando la regulación al actuar como esponja molecular.
¿Cómo influye la energía libre de hibridación (ΔG) en la eficacia del silenciamiento mediado por miRNAs?
Cuanto más negativa sea la ΔG, más estable es la unión miRNA–mRNA, lo que aumenta la represión.
¿Qué importancia tiene la accesibilidad estructural de la 3′UTR del mRNA en la acción del miRNA?
Si el MRE está oculto por estructuras secundarias del mRNA, el miRNA no puede acceder eficientemente, reduciendo su efecto.
¿Qué implica el concepto de ‘site occupancy’ en la regulación miRNA-mRNA y cómo puede variar con el estrés ambiental?
Es la proporción de mRNAs realmente ocupados por miRNA; depende de la concentración del miRNA y la competencia por sitios.
¿Cómo podrían los pseudogenes actuar como esponjas de miRNAs en tejidos reproductivos de peces?
Porque pueden compartir sitios MRE con genes funcionales y actuar como reguladores competitivos en la célula germinal.
¿Cuál es el papel de miR-430 en la transición materno-cigótica y cómo se altera en condiciones de estrés térmico?
miR-430 degrada mRNAs maternos no deseados y facilita la activación del genoma cigótico; el estrés puede afectar su activación.
¿Qué función cumple miR-202 en la espermatogénesis y por qué es considerado un marcador específico gonadal?
Regula la transición entre espermatogonias y espermatocitos; es altamente específico de tejido gonadal.
¿Cómo contribuye miR-124 a la diferenciación neuronal durante la organogénesis en peces?
miR-124 promueve la diferenciación neuronal y reprime la glial, ayudando a establecer la identidad neuronal.
¿Qué roles juegan miR-133 y miR-206 en la miogénesis y qué implicancias tienen en peces bajo restricción nutricional?
miR-133 promueve proliferación y miR-206 diferenciación de mioblastos; son sensibles a condiciones nutricionales.
