Proteines, techniques et structure Flashcards
(142 cards)
1
Q
carac chromato
A
purifiante
non denaturante
2
Q
Comment savoir charge de la proteine
A
Si pH du milieu en dessous du pI = +
3
Q
electrophorese 2D denaturante ?
A
non
Car sds page pour poids
Pi
4
Q
aa naturels vs artificiles
A
C asym nature = LEFT (H a gauche sur pouce main face paume )
5
Q
etat aa selon pH
A
pH = 1 NH3+ COOH pH = 6,7 COO- NH3+ ph = 12 COO- NH2
6
Q
À helice alpha, aaa feuillet beta, coudes
A
Alanine
Valine
Proline glycine
7
Q
Agent de aturant l faibles
A
SDS = RAJOUTE charges -
Uree SM
Chlorure de guanidijm
8
Q
Struc IV
A
Asso de ss united via lh ou s s INTERcatenaire
9
Q
Histone prot du noyau
Quelle centrifugation
A
Basse v
1000g 10min
10
Q
Chromato : prot eluees
Que vaut charge
A
Eluee = charge neutre cat changement de charge
11
Q
Forme native d’une prot
Quelle techn
A
Filtration sur gel
12
Q
Interaction chrmo affinite
A
L covalentes
13
Q
Diminution charges - entraîne quoi au pI
A
Augmentation du pI
14
Q
Electro SDS avec beta mercu permet de savoir taille de prot
A
Non que des sous unités de prot
15
Q
Ds helice alpha qui est donneur d’hydrogene et recevur
A
C=O recoit et NH2 donne
16
Q
Denaturants l faibles
A
Uree
Chlorure de guadi
SDS
17
Q
Uree denatyre helice alpha
A
Oui car denature l faibles comme hydrognes
18
Q
interactions chaines adjacentes
A
l non covalnetes - si chaine chargee alors ponts SALINS 🌊
19
Q
le feuillet beta anti // est la struc II la + frequente
A
faux c’est heliec alpha
20
Q
cathode quelle borne d’une elctrophorese
A
borne MOINS
21
Q
1 etape electrophorese bi dimensionnelle
A
electrofocalisation
22
Q
microsomes et petites vesiet RER quelle centrfi
A
haute vitesse
23
Q
2 phases d;une chromato
A
mobile (tampon elution)
fixe (billes = obstacles)
24
Q
ct prot sont eluees
A
gradient de sol ionique –> ions en competition et gagnent
25
moyenne vitesse
Marine (mito( Le(yso) Pen (pero)
26
descr profil elution
x : fraction etudiee - y : qte de prot
27
desc SDS vs betamer
agent detergent denaturant vs reducteur
28
etapes electrophorese 2D (technique tres resolutive)
1. Electrofoca (g gradient de ph)
| 2. Electr SDS page
29
que repre une tache en SDS
prot ou melange de prot avec meme pI et charge
30
spectroscopie de masse precisions
finds masse a un Da pres
| - pico a femtomoles (PF) pierre fringian
31
Sp de m permet de savoir enchainement aaa
oui
32
conditins Sp de m
purifiee - isolee
33
conditions diffraction de rayonsX
prot purifiee et crisalliser (easy soluble) => m orientation 💎
34
ct savoir struc III
diffr X : profil de diffr, cartes de densites avec reso DIFF
35
descr chymotrysime
```
secretion par pancreas
action tube diges
40kDa
globulaire site catalytique
colorant special pour obs
```
36
ct obt chymotrypsine
1. centr RER (haute)
37
ct extraires prot totales
insolu ds sol salines
38
La protéine prion infectieuse peut déstabiliser la protéine prion normale.
non c'est par modif de la stucu meme de la prion
39
proteines assurent ensemble des fonctions du vivant
vrai
40
electrophorese sds, type de gel
reticulé
41
migration ds elctrophorese
catheode vers anode (attire anions donc pole +)
42
denaturant vs reducteur
l faibles vs l covalentes
43
interaction ds chaine du SDS
non il les a otees
44
une tache en ecltrophorese corres a
un eport ou un melange de prots
45
but electrofocalisation
gradient de ph , pq ph=pi alors q=0 donc ejecters
46
spectro de masse permet deter quoi
masse a 1 DA pres et donc struc primaire
47
etapes struc III
profil de diffraction - carte de densite electro avec des resolutions diff puis struc spatiale
48
l entre aa
covalente
49
l faible et easu
tres affectee
50
vand er waals dpd de
distance ineter atomique
51
condition liaison hydrogene
polaire (chargee ou pas)
52
quelle l donne stabilite
l hydrogene
53
autre nom l eectro
salines ioniques dc mol polaires CHARGEES
54
pq interaction mol apolaires entre elles
pour que eau ait plus de liaison hydrogenes
55
pq mol ont des liaisons hydrophobes
bco affinite avec eau
56
regle de base pour trouver struc 3d
hydrophobe: int
57
distance liaison hydrogne NH-O vs OH-N
d> si N donneur (NH)
58
🦁liaison amide particuliere
hydride de resonance (C=O et C-N ac N qui a la paire d'electrons partages ou C-O C=N et O de l'acide a la apire des electrons non partages
59
pq liaison peptidique est plane
2Calpha et C de C=O et N de NH2 ds le meme plan
60
=> extremes regularite et stabilite des distances interatomes
l peptique a des dimensions quasi fixes
61
grosse dif omega phi psy
torsion vs rotation
62
rotation phy et psy quelle contrainte
encombrement sterique, repulsion, stabilite
63
pq l pep non ionisable
car N et C engages ds l peptique
64
qui clive methionine et resulatat
bromure de cyanogene - grands fragments
65
helice alpha mnem
louis construit un helico avec un chapeau globe mais souple
66
ct helice alpha stabilise
lH (O accceptuer N donne)
67
pa feulliets beta anti// plus stable
LH plus d'energier pour destruciton
68
coudes et boucles
non regu non repet
69
role des coudes / boucles
connection entre struc secondaires
70
ou se trouvent boucles
ext --> engager LH avec eau
71
eg coude beta de type 1
4 residus et stabilise par 1 LH
72
Prot P purifiee puis electrphorese : pas betamec : 2 bandes (80-40kda) - beta : 1 bande de 40kda - cb de sous unites
on ne peut dire
73
Prot P purifiee puis electrphorese : pas betamec : 2 bandes (80-40kda) - beta : 1 bande de 40kda : sous unites de 40kfa
oui
74
gel filtration = ionique
non PORES
75
def chromato sur gel
= poreeeeeees
76
en electrohore 2D 2 prot m nb de sous unites de poids egal separes que par Pi
non car on n 'a pas sous entenu presence de sds page
77
deduire etat de ionisation selon ph
ecrire ligen avec pka au milue place ph selon ou est le ph alors plutot forme acide (A- pour acide et BH+ pour base) ou basique (AH ou B)
78
q centrifugation cytosqu
basse
79
q centri pour RER (***)
haute
80
prot multimerique : ss unites reliees par des L faibles ou des ponts SS
SS ==> beta mercup`
81
chroma sur gel sepration selon poids mol
oui
82
electrophorese 2D : on assume quon peut du betamecu
NON NON NON que SDS page donc pas de coupe de prot multimerique
83
chromato puis electrophorese SDS QUE pour prot
oui
84
aa : cb de stereoisom
2 : L et D
85
prot : que des aa de serie L ?
oui
86
qui permet dosage des prot en solution
ceux qui absorbent ds UV gravce a pi delocalisable
87
fixation d'un ose sur quelle fonction de quel aa
N-glyco donc fonction amine de aspargine
88
pont disulfure : entre methi et cysteine possi
non QUE entre 2 cysteines
89
l peptidue est une liaison amide parti
oui car hybride de resonance (intermediaire) entre 2 formes extremes
90
l pepti: polaire
oui mais non ionisable
91
l pepti: dimensions quasi fixes
oui
92
l pepti: hydride de resoance
oui
93
l pepti: e- partages entre O C N dsitrubues sur 1 orbitale pi qui recouve les 3 atomes
oui
94
formation l covalente entre 2 aa
condensation de NH2 (--> NH) et COOH (devient C=0) et elimination d el'eau
95
pq helices alpha sont regulieres et repet
m nb de residus par tour
96
angles phi et psy diff feuillet beta // et anti//
oui
97
si m domaine ds prot diff
fonction commune
98
motif de la fonction interaction
helice coude helice (prot se FIXANT a ADN - au niveau du petit OU grand sillon) (helice >> coudes)
99
eg fonction structurale
immuno - globulaire - feuillet beta anti beta
100
eg domaine immunoglobul
feuillet beta anti// 4 brins relies par pont disulfure feuillet beta anti//3brins
101
lien struc primaire et secondaire
struc primaire (codee par les genes) deter strcu 3 (1 struc 3 par struc primaire)
102
qui stabilise struc 3
l faibles
103
prot multimerique
au moins 2 sous unites ou 2 chaines polypep
104
pb vache folle
2 struc 3 pour 1 struc primaire
105
lys ala leu ala aura des feuillet beta
NON alpha car alanine (vs feuillet valine)
106
ordre des angles
phi alpha psy (we all end up chez le psy)
107
modif angle phi (NH2-C) et psy (C-COOH) peut modifier conformation spatiale
oui mais contriante encombrement sterique, de repulsion, de stabilite
108
qui est fixe pour une struc secon donnee : omega phi et psy
juste angle de ROTATION donc phy et psy
109
def motif (***)
combi de struc seconadaires
110
si 2prots m motif = domaine alors fonciton
commune
111
toutes struc seconaires repeptitves et reguliere ?
OUI helice alpha feuilllet beta (m nb de residus par tour) mais pas pour coudes et bouclees qui sont non repet et non regu
112
helice alpha droite ou gauche plus fr
droite
113
helice alpha et feuillet beta stabilise par repetitions des LH
oui
114
helice alpha et feuillet beta stabilise par repetitions des LH : O ou N donneur
entre C=O et NH2 donc N donneur O reco
115
milieu ioniuque aa acide fort our bse f0rte
non partiellement ionises
116
cb de types LH
2 : Oh donenuer ou NH donneur (d plus grande)
117
cb aa essentiels
9
118
cb aa chaine let aromati 3ou 4
3phyenlaline tyrosine trypto
119
a ph = 7 NH2 - COOH
non partillement ionises donc NH3+ - COO-
120
helice alpha : chaine lat vers ext et int de helice
non QUE ext
121
synon de coude
tour
122
*** : coude beta type 1
4 residus aa stabilie par 1LH
123
coude ou tour m nb de aa
non coude a qq vs boucle j-20
124
def domaine=motif immuno globu
struc globulaire compacte ac beta --> ele constituf des anticorps
125
centrifu : cenrt haute vitesse realisee avec le culot ou le surnageant de la centri moyenne v
surnageant
126
elution g a un tampoin ionique croissant pour qui
TOUS saud chromato sur gel
127
electro sdsd page permet de controler l'etat de purete en prot d'interet a chaque satdeq
yes
128
electrophorese 2D permet de voir et d'analyser toutes les prot d'une mol
yes
129
spectro de masse peut deter compo en aa d'une prot islee a partir d'une electrophorese 2d
yes
130
si ds une prot on transforme AH glutamnique
| en glutamines, pi va diminuer(acc)
non augmenter car moins acide !
131
la conversion de la forme normale en forme infectueuse est facilitee par la forme infectieuse de a prot prion (acC)
non
132
liason pepti peut etre coupee par du bromure de cyanogne (ACC)
yes
133
electrophoreeese sds page est une techni pas influencee par l'etat de phosphorilation de la prot
faux
134
2 prot au pi identique ne pourront pas e separees par chrno echangeuse d'ion
yes
135
histidine intervient ds fixaiton de mol O2 sur myoglobine
ues
136
prot prion : mutation d'un gene
non cR 2 STRUC TERNAIRE POUR UNE STRUC PRIMAIRE !
137
condition diffraction : que cristalise
non aussi purifiee
138
def purification du'ne prot
l'isoler
139
toutes les faibles sont affectees par h20
yes
140
phi et psy lib de rotation
yes
141
phi q angle
CO te C alpha
142
l hydrophobes entre residus polaire permet stabilite
non
