Proteines, techniques et structure Flashcards Preview

UE1 Biochimie > Proteines, techniques et structure > Flashcards

Flashcards in Proteines, techniques et structure Deck (142):
1

carac chromato

purifiante
non denaturante

2

Comment savoir charge de la proteine

Si pH du milieu en dessous du pI = +

3

electrophorese 2D denaturante ?

non

Car sds page pour poids
Pi

4

aa naturels vs artificiles

C asym nature = LEFT (H a gauche sur pouce main face paume )

5

etat aa selon pH

pH = 1 NH3+ COOH
pH = 6,7 COO- NH3+
ph = 12 COO- NH2

6

À helice alpha, aaa feuillet beta, coudes

Alanine
Valine
Proline glycine

7

Agent de aturant l faibles

SDS = RAJOUTE charges -
Uree SM
Chlorure de guanidijm

8

Struc IV

Asso de ss united via lh ou s s INTERcatenaire

9

Histone prot du noyau
Quelle centrifugation

Basse v
1000g 10min

10

Chromato : prot eluees
Que vaut charge

Eluee = charge neutre cat changement de charge

11

Forme native d'une prot
Quelle techn

Filtration sur gel

12

Interaction chrmo affinite

L covalentes

13

Diminution charges - entraîne quoi au pI

Augmentation du pI

14

Electro SDS avec beta mercu permet de savoir taille de prot

Non que des sous unités de prot

15

Ds helice alpha qui est donneur d'hydrogene et recevur

C=O recoit et NH2 donne

16

Denaturants l faibles

Uree
Chlorure de guadi
SDS

17

Uree denatyre helice alpha

Oui car denature l faibles comme hydrognes

18

interactions chaines adjacentes

l non covalnetes - si chaine chargee alors ponts SALINS 🌊

19

le feuillet beta anti // est la struc II la + frequente

faux c'est heliec alpha

20

cathode quelle borne d'une elctrophorese

borne MOINS

21

#1 etape electrophorese bi dimensionnelle

electrofocalisation

22

microsomes et petites vesiet RER quelle centrfi

haute vitesse

23

2 phases d;une chromato

mobile (tampon elution)
fixe (billes = obstacles)

24

ct prot sont eluees

gradient de sol ionique --> ions en competition et gagnent

25

moyenne vitesse

Marine (mito( Le(yso) Pen (pero)

26

descr profil elution

x : fraction etudiee - y : qte de prot

27

desc SDS vs betamer

agent detergent denaturant vs reducteur

28

etapes electrophorese 2D (technique tres resolutive)

1. Electrofoca (g gradient de ph)
2. Electr SDS page

29

que repre une tache en SDS

prot ou melange de prot avec meme pI et charge

30

spectroscopie de masse precisions

finds masse a un Da pres
- pico a femtomoles (PF) pierre fringian

31

Sp de m permet de savoir enchainement aaa

oui

32

conditins Sp de m

purifiee - isolee

33

conditions diffraction de rayonsX

prot purifiee et crisalliser (easy soluble) => m orientation 💎

34

ct savoir struc III

diffr X : profil de diffr, cartes de densites avec reso DIFF

35

descr chymotrysime

secretion par pancreas
action tube diges
40kDa
globulaire site catalytique
colorant special pour obs

36

ct obt chymotrypsine

1. centr RER (haute)

37

ct extraires prot totales

insolu ds sol salines

38

La protéine prion infectieuse peut déstabiliser la protéine prion normale.

non c'est par modif de la stucu meme de la prion

39

proteines assurent ensemble des fonctions du vivant

vrai

40

electrophorese sds, type de gel

reticulé

41

migration ds elctrophorese

catheode vers anode (attire anions donc pole +)

42

denaturant vs reducteur

l faibles vs l covalentes

43

interaction ds chaine du SDS

non il les a otees

44

une tache en ecltrophorese corres a

un eport ou un melange de prots

45

but electrofocalisation

gradient de ph , pq ph=pi alors q=0 donc ejecters

46

spectro de masse permet deter quoi

masse a 1 DA pres et donc struc primaire

47

etapes struc III

profil de diffraction - carte de densite electro avec des resolutions diff puis struc spatiale

48

l entre aa

covalente

49

l faible et easu

tres affectee

50

vand er waals dpd de

distance ineter atomique

51

condition liaison hydrogene

polaire (chargee ou pas)

52

quelle l donne stabilite

l hydrogene

53

autre nom l eectro

salines ioniques dc mol polaires CHARGEES

54

pq interaction mol apolaires entre elles

pour que eau ait plus de liaison hydrogenes

55

pq mol ont des liaisons hydrophobes

bco affinite avec eau

56

regle de base pour trouver struc 3d

hydrophobe: int

57

distance liaison hydrogne NH-O vs OH-N

d> si N donneur (NH)

58

🦁liaison amide particuliere

hydride de resonance (C=O et C-N ac N qui a la paire d'electrons partages ou C-O C=N et O de l'acide a la apire des electrons non partages

59

pq liaison peptidique est plane

2Calpha et C de C=O et N de NH2 ds le meme plan

60

=> extremes regularite et stabilite des distances interatomes

l peptique a des dimensions quasi fixes

61

grosse dif omega phi psy

torsion vs rotation

62

rotation phy et psy quelle contrainte

encombrement sterique, repulsion, stabilite

63

pq l pep non ionisable

car N et C engages ds l peptique

64

qui clive methionine et resulatat

bromure de cyanogene - grands fragments

65

helice alpha mnem

louis construit un helico avec un chapeau globe mais souple

66

ct helice alpha stabilise

lH (O accceptuer N donne)

67

pa feulliets beta anti// plus stable

LH plus d'energier pour destruciton

68

coudes et boucles

non regu non repet

69

role des coudes / boucles

connection entre struc secondaires

70

ou se trouvent boucles

ext --> engager LH avec eau

71

eg coude beta de type 1

4 residus et stabilise par 1 LH

72

Prot P purifiee puis electrphorese : pas betamec : 2 bandes (80-40kda) - beta : 1 bande de 40kda - cb de sous unites

on ne peut dire

73

Prot P purifiee puis electrphorese : pas betamec : 2 bandes (80-40kda) - beta : 1 bande de 40kda : sous unites de 40kfa

oui

74

gel filtration = ionique

non PORES

75

def chromato sur gel

= poreeeeeees

76

en electrohore 2D 2 prot m nb de sous unites de poids egal separes que par Pi

non car on n 'a pas sous entenu presence de sds page

77

deduire etat de ionisation selon ph

ecrire ligen avec pka au milue place ph selon ou est le ph alors plutot forme acide (A- pour acide et BH+ pour base) ou basique (AH ou B)

78

q centrifugation cytosqu

basse

79

q centri pour RER (***)

haute

80

prot multimerique : ss unites reliees par des L faibles ou des ponts SS

SS ==> beta mercup`

81

chroma sur gel sepration selon poids mol

oui

82

electrophorese 2D : on assume quon peut du betamecu

NON NON NON que SDS page donc pas de coupe de prot multimerique

83

chromato puis electrophorese SDS QUE pour prot

oui

84

aa : cb de stereoisom

2 : L et D

85

prot : que des aa de serie L ?

oui

86

qui permet dosage des prot en solution

ceux qui absorbent ds UV gravce a pi delocalisable

87

fixation d'un ose sur quelle fonction de quel aa

N-glyco donc fonction amine de aspargine

88

pont disulfure : entre methi et cysteine possi

non QUE entre 2 cysteines

89

l peptidue est une liaison amide parti

oui car hybride de resonance (intermediaire) entre 2 formes extremes

90

l pepti: polaire

oui mais non ionisable

91

l pepti: dimensions quasi fixes

oui

92

l pepti: hydride de resoance

oui

93

l pepti: e- partages entre O C N dsitrubues sur 1 orbitale pi qui recouve les 3 atomes

oui

94

formation l covalente entre 2 aa

condensation de NH2 (--> NH) et COOH (devient C=0) et elimination d el'eau

95

pq helices alpha sont regulieres et repet

m nb de residus par tour

96

angles phi et psy diff feuillet beta // et anti//

oui

97

si m domaine ds prot diff

fonction commune

98

motif de la fonction interaction

helice coude helice (prot se FIXANT a ADN - au niveau du petit OU grand sillon) (helice >> coudes)

99

eg fonction structurale

immuno - globulaire - feuillet beta anti beta

100

eg domaine immunoglobul

feuillet beta anti// 4 brins relies par pont disulfure feuillet beta anti//3brins

101

lien struc primaire et secondaire

struc primaire (codee par les genes) deter strcu 3 (1 struc 3 par struc primaire)

102

qui stabilise struc 3

l faibles

103

prot multimerique

au moins 2 sous unites ou 2 chaines polypep

104

pb vache folle

2 struc 3 pour 1 struc primaire

105

lys ala leu ala aura des feuillet beta

NON alpha car alanine (vs feuillet valine)

106

ordre des angles

phi alpha psy (we all end up chez le psy)

107

modif angle phi (NH2-C) et psy (C-COOH) peut modifier conformation spatiale

oui mais contriante encombrement sterique, de repulsion, de stabilite

108

qui est fixe pour une struc secon donnee : omega phi et psy

juste angle de ROTATION donc phy et psy

109

def motif (***)

combi de struc seconadaires

110

si 2prots m motif = domaine alors fonciton

commune

111

toutes struc seconaires repeptitves et reguliere ?

OUI helice alpha feuilllet beta (m nb de residus par tour) mais pas pour coudes et bouclees qui sont non repet et non regu

112

helice alpha droite ou gauche plus fr

droite

113

helice alpha et feuillet beta stabilise par repetitions des LH

oui

114

helice alpha et feuillet beta stabilise par repetitions des LH : O ou N donneur

entre C=O et NH2 donc N donneur O reco

115

milieu ioniuque aa acide fort our bse f0rte

non partiellement ionises

116

cb de types LH

2 : Oh donenuer ou NH donneur (d plus grande)

117

cb aa essentiels

9

118

cb aa chaine let aromati 3ou 4

3phyenlaline tyrosine trypto

119

a ph = 7 NH2 - COOH

non partillement ionises donc NH3+ - COO-

120

helice alpha : chaine lat vers ext et int de helice

non QUE ext

121

synon de coude

tour

122

*** : coude beta type 1

4 residus aa stabilie par 1LH

123

coude ou tour m nb de aa

non coude a qq vs boucle j-20

124

def domaine=motif immuno globu

struc globulaire compacte ac beta --> ele constituf des anticorps

125

centrifu : cenrt haute vitesse realisee avec le culot ou le surnageant de la centri moyenne v

surnageant

126

elution g a un tampoin ionique croissant pour qui

TOUS saud chromato sur gel

127

electro sdsd page permet de controler l'etat de purete en prot d'interet a chaque satdeq

yes

128

electrophorese 2D permet de voir et d'analyser toutes les prot d'une mol

yes

129

spectro de masse peut deter compo en aa d'une prot islee a partir d'une electrophorese 2d

yes

130

si ds une prot on transforme AH glutamnique
en glutamines, pi va diminuer(acc)

non augmenter car moins acide !

131

la conversion de la forme normale en forme infectueuse est facilitee par la forme infectieuse de a prot prion (acC)

non

132

liason pepti peut etre coupee par du bromure de cyanogne (ACC)

yes

133

electrophoreeese sds page est une techni pas influencee par l'etat de phosphorilation de la prot

faux

134

2 prot au pi identique ne pourront pas e separees par chrno echangeuse d'ion

yes

135

histidine intervient ds fixaiton de mol O2 sur myoglobine

ues

136

prot prion : mutation d'un gene

non cR 2 STRUC TERNAIRE POUR UNE STRUC PRIMAIRE !

137

condition diffraction : que cristalise

non aussi purifiee

138

def purification du'ne prot

l'isoler

139

toutes les faibles sont affectees par h20

yes

140

phi et psy lib de rotation

yes

141

phi q angle

CO te C alpha

142

l hydrophobes entre residus polaire permet stabilite

non