TEMA 4 - Transcripción en procariotas

Question 1

¿Cuáles son las características generales de la replicación?

Answer 1

• Sínesis de secuencias de RNA tomando DNA como molde.
• RNA se sintetiza de 5’ a 3’.
• Asimétrica (generalmente) (a veces se transcribe una hebra, a veces otra).
• No todo el DNA se transcribe.
• Más lenta que la replicación (40-50nt/s vs 800bp/s).
• La enzima encargada es la RNA pol y puede sintetizar de novo.

Question 2

¿Qué es la template strand?

Answer 2

Cadena que se usa como molde para sintetizar el RNA.

Question 3

¿Qué es la coding/nontemplate strand?

Answer 3

Cadena complementaria a la que se usa cómo molde. Es identica a la secuencia de RNA producida (excepto T y U).

Question 4

¿Cuantas bases de RNA suelen estar apareadas con el DNA molde?

Answer 4

Question 5

A

Answer 5

Question 6

B

Answer 6

Question 7

C

Answer 7

Question 8

D

Answer 8

Question 9

E

Answer 9

Question 10

F

Answer 10

Question 11

H

Answer 11

Question 12

¿Cómo cataliza el centro activo de la RNA polimerasa la síntesis de RNA?

Answer 12

Question 13

¿Qué es un promotor?

Answer 13

Región del DNA dónde se une la RNA pol para iniciar la transcripción.

Question 14

¿Qué es el ‘start point’?

Answer 14

La posición en el DNA correspondiente a la primera base de RNA.

Question 15

¿Qué es un terminador (terminator)?

Answer 15

Secuencia de DNA que provoca que la RNA pol termine de transcribir.

Question 16

¿Qué es un transcription unit?

Answer 16

La secuencia (en la hebra codificante) entre los sitios de iniciación y terminación de la RNA polimerasa. Puede tener más de un gen.

Question 17

¿Cómo se llama al start point?

Answer 17

Sitio +1 (o TSS)

Question 18

A

Answer 18

upstream

Question 19

B

Answer 19

downstream

Question 20

¿Cómo se identifica un promotor mediante geles de retardo?

Answer 20

Question 21

¿Cómo se identifica un promotor mediante DNA footprint?

Answer 21

Question 21

¿Cómo puedes encontrar el sitio +1 de la transcripción de un gen sabiendo los primeros AA de su proteína?

Answer 21

Question 22

¿Cómo funciona la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP y ChIP-seq?

Answer 22

Question 23

¿En qué consiste el promotor procariota?

Answer 23

Question 24

¿Qué es el UP element?

Answer 24

Secuencia que se encuentra upstream del sitio -35 (-40,-65) en algunos promotores procariotas. Incrementa la transcripción interactuando con la subunidad alfa de la RNA poln

Question 25

¿Cómo reconoce la RNA polimerasa al promotor?

Answer 25

Question 26

¿Cómo se une la RNA pol al promotor?

Answer 26

Question 27

¿Qué es el 'discriminator'?

Answer 27

La secuencia que existe entre el sitio +1 (TSS) y el elemento -10.

Question 28

¿Cómo controlan los factores sigma la transcripción?

Answer 28

- Existen muchos factores sigma (7 en E. coli) que tienen afinidad específica a distintas secuencias -35 y -10. - Estos factores están regulados (transcripcionalmente o por factores anti-sigma que controlan su degradación, localización o secuestro). - Un mismo factor sigma se suele unir a genes implicados en funciones similares (i.e. choque térmico).

Question 29

¿Qué es una cascada sigma?

Answer 29

Cuando un factor sigma se une a un promotor que codifica otro factor sigma, que lleva la polimerasa a otro promotor que codifica otro factor soigma etc. Consiguiendo cambiar la transcripción de una forma ‘programada’. (i.e. formación de esporas).

Question 30

¿Cuales son las fases de la iniciación de la transcripción?

Answer 30

Question 31

¿Cómo se dan las iniciaciones abortivas?

Answer 31

Question 32

¿Cómo se da la actividad correctora de errores en la RNA pol?

Answer 32

Question 33

¿Cómo se da la terminación intrínseca de la transcripción?

Answer 33

El RNA forma una estructura secundaria que hace que la RNA pol se detenga (tallo rico en GC). 6 residuos U en 3' hace que la unión sea debil con el molde (A-U = 2H) lo que provoca que el RNA se separe de la hebra molde.

Question 34

¿Cómo se da la terminación de la transcripción dependiente del facto rho?

Answer 34

Question 35

¿Cómo es la secuencia rut?

Answer 35

Se caracteriza por la ausencia de estructura secundaria, mucho C y poco G. rut = rho utilization site

Question 36

¿Cómo funciona la rifampicina?

Answer 36

Se une a la subunidad beta de la RNA pol. Bloquea el canal por donde pasa el híbrido DNA-RNA, bloqueando la transcripción tas la adición de 2 o 3 nt de RNA. No inhibe la unión de la RNApol ni la reacción de polimerización.

Question 37

¿Cómo funciona la actinomicina D?

Answer 37

Es un agente intercalante (se intercala entre las bases del dsDNA), inhibiendo la replicación y la transcripción. A bajas concentraciones solo afecta a la transcripción.

Question 38

Primer extension