Vježba 15

Question 1

kaj koristimo (plazmid, bakterija, gen koji ugrađujemo)

Answer 1

plazmid: pGLO
bakterija: E. coli HB101
gen: GPF (green fluorescent protein)

Question 2

kakav agar se koristi i kaj sve sadrži

Answer 2

LB agar –> triptofan, sol, kvašćev ekstrakt, agar

Question 3

kak radimo petrijevke

Answer 3

bez DNA: LB+bakterije, LB+bakterije+ampicilin

s DNA: LB+bakterije+ampicilin, LB+bakterije+ampicilin+arabinoza

Question 4

kak arabinoza oboji rezistentne bakterije

Answer 4

zeleno

Question 5

kad se koristi metoda PCR

Answer 5

dok želimo imati više kopija jedne DNA

Question 6

koja je ključna činjenica u PCR-u

Answer 6

DNA se na višim temp ne uništava nego se odvajaju lanci, pri nižim temp se ponovno spajaju

Question 7

kaj je sve potrebno za PCR

Answer 7

DNA primer (za početak sinteze)
dušične baze
DNA polimeraza (Taq polimeraza - otporna na visoke temp)

Question 8

proces u PCR-u

Answer 8

1. povisi temp - razdvajanje lanaca
2. snižavanje temp - primaza se spoji na jednostruke lance
3. sinteza drugog lanca
4. povišenje temp, rastaljivanje novog lanca za aplifikaciju

Question 9

gdi se čuvaju dobiveni geni u PCRu

Answer 9

u DNA bibliotekama

Question 10

kakva DNA se može koristiti pri PCRu

Answer 10

bez introna (jer bakterije nemaju introne niti ih prepoznaju)

Question 11

kak se dobiva DNA bez introna

Answer 11

reverznom transkriptazom

Question 12

kaj je reverzna transkriptaza

Answer 12

DNA polimeraza koja stvara DNA lanac prema mRNA –> nastaje DNA komplementarna mRNA, bez introna

Question 13

kak se zove DNA koju sintetizira reverzna transkriptaza

Answer 13

cDNA (copy DNA –> nema introne)

Question 14

zakaj se koristi PCR pri detekciji virusne/bakterijske infekcije

Answer 14

jer je u serumu preniska razina virusne DNA, pa se treba umnožiti da bi se detektirala

Question 15

iz čega je sintetizirana Taq polimeraza

Answer 15

thermus aquaticus

Question 16

u DNA imamo sekvence koje kodiraju za

Answer 16

proteine, tRNA, rRNA, siRNA

Question 17

koje su nekodirajuće sekvence DNA

Answer 17

regulatorne sekvence (pojačivači, utišivači...)
junk DNA (introni, repetitivna DNA)

Question 18

na kaj se dijeli repetitivna DNA

Answer 18

visoko ponovljene sekvence

srednje ponovljene sekvence

Question 19

kaj su visoko ponovljene sekvence

Answer 19

satelitna DNA - centromere, telomere

Question 20

kaj su srednje ponovljene sekvence

Answer 20

minisateliti
mikrosateliti
retrotranspozoni

Question 21

kaj su minisateliti

Answer 21

ponavljajuća sekvenca od 1-20 kb

Question 22

kak se naziva čitava regija kod minisatelita

Answer 22

VNTR (variable number of tandem repeats

Question 23

da li varijabilnosti VNTR-a utječu na fenotip

Answer 23

Ne

Question 24

kakav je VNTR od osobe do osobe

Answer 24

karakteristični su za svakog pojedinca

Question 25

kaj se dobije dok endonukleazom pocijepas DNA i dobijes dijelove različitih duljina

Answer 25

fragmenti RFLP (restriction fragment lenght polymorphism) - sadrže te VNTR koji su različitih duljina

Question 26

kad, osim nasljeđivanjem, mogu nastati minisateliti

Answer 26

mogu nastati sporadično - pojava SNP (single nucleotide polymorphism) koji mijenja jedan nukleotid - može nastati mutacija ako je na egzonu

Question 27

minisateliti služe i ko markeri za

Answer 27

specifične gene --> može se pratiti prijenos gena za određene bolesti

Question 28

kaj su mikrosateliti

Answer 28

sekvence dužine 1-6 parova baza

Question 29

kak se zovu regije koje sadrže nekoliko mikrosatelita

Answer 29

STR (short tandem repeats)

Question 30

kak se nasljeđuju STR fragmenti

Answer 30

kodominantno

Question 31

kak bi se homozigotni i heterozigotni STR pokazivali na elektroforezi

Answer 31

homozigotno - jedna linija | heterozigotno - dvije linije

Question 32

koliko se u STR lokusa koristi u forenzici (kolko dvije osobe ne mogu imati zajednička)

Answer 32

13

Question 33

koji je cilj hibridizacije nukleinskih kiselina

Answer 33

pronaći u DNA biblioteki sekvencu koja kodira za nekaj čemu znamo slijed baza, ali ne lokus

Question 34

kakva DNA se koristi kod hibridizacije

Answer 34

jednolančana - dobijemo ili visokom temperaturom ili upotrebom alkalne otopine

Question 35

koji mehanizam se koristi pri hibridizaciji nukleinskih kiselina

Answer 35

imamo pretraživačku sondu - jednolančana DNA s točno određenom sekvencom koja ima neki biljeg (najčešće 32P koji fluoriscira)

Question 36

FISH

Answer 36

fluorescent in situ hybridisation - koristi se DNA s 32P biljegom koji će uzrokovati fluorescenciju ako se spoji s komplementarnim DNA lancem

Question 37

jesu li sve hibridizacije iste točnosti

Answer 37

ne - razlikujemo one visoke točnosti (potpuno komplementarni lanci) i one smanjene točnosti (uzvojnice koje nisu potpuno komplementarne)

Question 38

kaj znači in situ

Answer 38

na licu mjest - kod FISH-a to znači unutar jezgre/citoplazme (ne treba izolirati DNA)

Question 39

koja metoda se zna koristiti u preimplantacijskoj dijagnostici

Answer 39

FISH

Question 40

vrste blottinga

Answer 40

dna - southern rna - northern proteini - western

Question 41

kak funkcionira blotting

Answer 41

``` endonukleaza razvoji DNA na fragmente razdvoje se elektroforezom lanci se razdvoje u alkalnoj otopini inkubiraju se sa sondom komplementarni lanci traže se autoradiografijom ```

Question 42

kad se koristi blotting

Answer 42

za dokazivanje postojanja određene molekule

Question 43

sekvenciranje DNA je

Answer 43

određivanje redoslijeda nukleotida

Question 44

dvije metode za sekvenciranje DNA

Answer 44

sangerova dideoksi metoda | maxam-gilbertova metoda

Question 45

kak funkcionira sanger dideoksi metoda

Answer 45

stavimo u 4 epruvete jednolancanu DNA, radioaktivni primer, normalne nukleitde i dideoksirivonukleozidforfate za svaku bazu koji će zaustaviti polimerizaciju na točno određenoj bazi

Question 46

za kaj bakterije koriste CRISPR Cas 9 metodu

Answer 46

za imunost

Question 47

basic funkcioniranje CRISPR Cas 9

Answer 47

razrezivanje DNA virusa i smještanje u CRISPR lokus proizvodnja RNA od tih fragmenata - crRNA Cas 9 (endonukleaza) koju uzmjerava crRNA reže virusnu DNA pri ponovnom kontaktu

Question 48

kompleks za razrezivanje virusne DNA kod CRISPR

Answer 48

crRNA Cas9 trans-aktivirajuća RNA (trRNA)

Question 49

kaj treba Cas 9 za svoje funkcioniranje

Answer 49

PAM domenu - ona je neposredno nakon 3' kraja sekvene koju trebamo izrezati