Week 2 Flashcards
Wat zijn oorzaken van DNA-schade?
Chemische instabiliteit, chemische verbindingen, giftigheid van een middel (dosis, vorm, organisme en tijdstip), biologische stoffen, fysische agentia (straling), foutieve replicatie
Hoe werkt het RAS-eiwit?
Binding met GTP = actief eiwit, GDP = inactief
Hoe werkt DNA-replicatie?
Initiator proteins herkkenden de replicatie origin
DNA-helicase haalt de dubbelhelix uit elkaar
DNA-polymerase bindt met sliding clamp aan het DNA en werkt van ‘5 naar 3’ met nucleotide inbouwen, dus de lagging strand wordt gemaakt met Okazaki-fragmenten mbv RNA-primers
Wat is er om DNA-replicatie fout te voorkomen?
Er is base selectie om dit te voorkomen
Proofreading in bijzijn van DNA-polymerase
Mismatch repair achteraf
Hoe werkt BER?
DNA-glycosylasen scannen op fouten
Base wordt er uitgehaald -> abasische site
Nieuwe base door flap endonuclease of DNA-polymerase
Ligase lijmt dicht
Hoe werkt NER?
Globaal genoom NER: beschadigingen in gehele genoom
Transcriptie gekoppeld NER: beschadigingen in de getranscribeerde streng
Daarna: XPB en XPD ontwinden DNA, XPA controleert, XPF knipt 5’ kant, XPG knipt 3’ kant, polymerase vult in en ligase lijmt
Wat is xeroderma pigmentosum?
Risico op huidkanker, defect in globaal genoom NER
Symptomen: zongevoeligheid, neurologische acheruitgang, pigmentaties, staar
Wat is cockayne syndroom?
Geen risico op huidkanker, defect in transcriptie gekoppeld NER
Symptomen: zongevoeligheid, neurologische acheruitgang, groeiachterstand, netvliesafwijkingen
Hoe werkt NHEJ?
Binding van moleculen en ligase bindt alles weer aan elkaar, kan leiden tot verlies heterozygositeit en translocaties
Hoe werkt HR?
Bij dubbelstrens DNA breuken, gebruik van zusterchromatide:
excisie van meer basen, aanvulling door template en herstel
Wat doet BRCA-1 en -2? + gevolgen mutaties
Beïnvloeding RAD-51 (zorgt voor baseparing)
Grotere kans kanker, PARP1-remmer helpt
Wat zijn kenmerken van Lynch?
Autosomaal dominant, CRC rechtszijdig en endometriumcarcinoom, behandeling is colectomie
Wat zijn kenmerken van FAP?
Familiare polyadenomateuze polyposis zorgt voor poliepen, is dominant
Wat zijn de stappen van PCR?
Temperatuur omhoog, primers toevoegen, DNA-polymerase toevoegen, vorming nieuwe strengen
1 gebied kan dus onderzocht worden
Hoe werkt NGS?
Targeted of hybridisatie verrijking =1 primer of kleine fragmenten
Adapters binden op flowcell, amplificatie, sequencing mbv labels
Hoe meer coverage, hoe meer diepte
