04.03.24

Question 1

Wie kann man überprüfen, ob eine Verunreinigung mit dem Assay interferiert?

Answer 1

Question 2

Welche Chemoinformatischen Methoden werden zur Auswertung von HTS verwendet? Welches Ziel haben sie?

Answer 2

• Chemoinformatische Analyse:
• Evidenz für true positives: mehrere ähnliche Moleküle sind aktiv
• Evidenz für false positives: problematische Substrukturen
• Gewünschte Substanzeigenschaften (z.B. PhysChem-Eigenschaften) –> z.B. zb Moleküle mit kleineren MW haben mehr Möglichkeit zur Optimierung
• Viele verschiedene Substanzklassen - Auswahlmöglichkeiten und mehr Optionen zur Optimierung
  Anzahl der Moleküle, die näher untersucht werden ist abhängig von den Ressourcen.

Question 3

Wie kann man Verunreinigungen die zur Assay-Interferenzen im High Troughput Screening führen austesten oder umgehen ?

Answer 3

hier vlt einfach noch als weiteren Punkt Assay Cascade anfürhen und dann schnell die versch. Test aufzählen

Question 4

Wie können Verunreinigungen im HTS getestet werden? Wie kann man überprüfen, ob eine Verunreinigung mit dem Assay interferiert?

weiß nicht ob die frage einfach doppelt ist oder ob hier analoug by catalogue gemint ist ….

Answer 4

• Die genannten Methoden können effektiv zur Testung von Verunreinigungen im HTS verwendet werden:
• Orthogonale Assays: anderes Messprinzip, z.B: funktioneller Assay vs. Bindestudien
• Analogue-by-Catalogue: testen von kommerziell verfügbaren Analoga –> StrukturAktivitäts-Beziehungen
  -RapidFire MS Assay
  -Red-shifted fluorescence assay
  -Amplex Red Assay
  -BIOMOL Green Assay
  = alles in Assay Cascade verpacken
  -zusätzlich Counterassay –> can be utilized to identify potential compounds that interfere with the detection method

Question 5

Welche Möglichkeiten für Permeabilitätstests gibt es? Nennen Sie 2 und zählen Sie die Unterschiede auf

Answer 5

Die Formel ist ihr nicht wichtig, aber die Einflussfaktoren schon. (auf Bild)
–> die Hauptunterschiede sind einmal das bei PAMPA nur passive Diffusion und eine künstliche Zellmembran verwendet wird VS CACO-2 mit echten Zellkulturen (Kolonkarzinoma Zelllinie)
Die tablle ist glaub zu genau ins detail aber fand ich gut fürs verständis und der überblick

Question 6

Etwas mit Entropic repulsion
( Frage war nicht ausformuliert denke es war eletronic repuslion gemeint)

Answer 6

Allgemein erklärung:
Elektronische Abstoßung bezieht sich auf die Kraft, die zwischen Elektronen wirkt, wenn sie sich in unmittelbarer Nähe zueinander befinden. Da Elektronen negative Ladungen tragen, stoßen sie sich gemäß dem Coulomb’schen Gesetz gegenseitig ab. Diese Abstoßung spielt eine wesentliche Rolle in der Chemie, insbesondere in der Molekülstruktur, Bindungswinkel und in der Medizinischen Chemie bei der Wirkstoffdesign und Molekülinteraktion.

Wirkstoffdesign:
Die elektronische Abstoßung zwischen den Atomen in einem Wirkstoffmolekül und denen im Zielprotein kann die Bindungsaffinität und die spezifische Bindung beeinflussen. —> elektronische Abstoßung minimieren und gleichzeitig starke Bindungen zu den Zielstrukturen aufrechterhalten.

Molekülgeometrie:
Die Anordnung von Atomen in einem Wirkstoff wird durch elektronische Abstoßungskräfte beeinflusst, was wiederum die Wechselwirkung mit biologischen Zielstrukturen beeinflusst.—> Eine ungünstige Geometrie aufgrund starker elektronischer Abstoßung kann die Wirksamkeit eines Wirkstoffs verringern.

3D-basierte Ähnlichkeitssuche: Pharmakophore Modellierung:
abstraktes Modell, das die wesentlichen molekularen Eigenschaften beschreibt, die für die molekulare Erkennung durch ein biologisches Makromolekül verantwortlich sind. Die elektronische Abstoßung ist ein Schlüsselfaktor bei der Bestimmung dieser Eigenschaften. —> wichtig für Affinität und Selektivität