2A1 week 2 HC 6 Next generation sequencing

Question 1

Wat kan next generation sequencing detecteren?

Answer 1

Kleine mutaties, deleties, amplificaties, translocaties en fusiegenen

Question 2

Waarvoor wordt next generation sequencing toegepast?

Answer 2

• Differentiaal diagnostiek
• Therapiekeuze
• Clonaliteitsanalyse (metastase of primaire tumor)
• Oncogenetica
• Weefselidentificatie

Question 3

Wat is de voorgeschiedenis van NGS?

Answer 3

1977: sanger sequencing (nucleotide volgorde)
1983: K Mullis PCR (thermus aquaticus)

Question 4

Wat zijn de belangrijkste kenmerken van NGS?

Answer 4

• Single molecule: sequentie van afzonderlijke moleculen worden bepaald en niet van een mix van moleculen
• Massively parallel: van een zeer groot aantal afzonderlijke moleculen de sequentie in parallel/tegelijkertijd bepalen

Question 5

Hoe kun je patiënten uit elkaar houden?

Answer 5

Door met een adapter een barcode te creëren

Question 6

Wat is de coverage?

Answer 6

Het aantal malen dat een base positie is bepaald
- Hoe hoger de coverage, hoe deeper de sequentie

Question 7

Welke typen sequencing zijn er?

Answer 7

• Whole genome of exome sequencing: < 100x deep
• Targeted sequencing: 500-1000x deep

Question 8

Wat is de variant allel frequentie?

Answer 8

Aantal malen dat een variant op een specifieke positie gevonden is tov referentie
- hangt af van tumorcelpercentage en soort gen

Question 9

Hoe werkt PCR?

Answer 9

1. Denaturatie bij 90-95 graden: splitsing strengen
2. Hybridisatie: primer hecht aan template DNA
3. Elongatie: taq polymerase plaats nieuwe moleculen

Question 10

Welke typen NGS zijn er?

Answer 10

• Amplicon enrichment (PCR)
• Hybridization capture (capture and pull down)