2A1 week 3 HC 6 & 7 Analyse genexpressie

Question 1

Waaruit bestaat het humane genoom?

Answer 1

Kern DNA en mitochondriaal DNA

Question 2

Wat zijn kenmerken van mitochondriaal DNA?

Answer 2

• 16,5 kb
• Max 1000 kopieën per cel
• 1% van totale DNA

Question 3

Wat zijn kenmerken van kern DNA?

Answer 3

• 3000 Mb (50-250 per chromosoom)
• 22 autosomen, 2 geslachtschromosomen
• 20000 eiwitcoderende genen (proteoom)
• 25000 RNA only genen

Question 4

Waarom bestaat slechts 1,5% van ons DNA uit exoom

Answer 4

• 2/3 bestaat uit intronen
• 50% van de rest bestaat uit repetitief DNA van transposabele elementen die niet meer actief zijn

Question 5

Hoe erg lijken mensen op elkaar?

Answer 5

1/1000 basen zijn verschillend

Question 6

Wat zijn voordelen van humane genoomsequentie identificeren?

Answer 6

• Identificeren ziektegenen
• Identificeren nieuwe genen, verwant aan drug targets
• Identificeren mutaties die zorgen voor overgevoeligheid

Question 7

Wat wordt vaak gebruikt voor onderzoek?

Answer 7

Bakkersgist of muizen

Question 8

Wat zijn cDNA microarrays?

Answer 8

Expressie van verschillende genen meten door regulatoire proteïnen voor verschillende celtypes te meten

Question 9

Hoe heeft microarrays geholpen bij de kennis over diffuse large B cell lymphoma?

Answer 9

Onderscheid tussen germinale center B-cellen en activated B-cellen (expressieprofielen verschillen, niet 1 gen)
- activated heeft hoger risico

Question 10

Wat is het voordeel van mRNA sequencing (NGS)?

Answer 10

• Groot dynamisch bereik
• Alternatieve promotoren ontdekken
• Alternatieve splicing ontdekken
• Allel specifieke gen expressie ontdekken
• Mutaties ontdekken
• Nieuwe exons, niet coderende RNA of micro RNA ontdekken

Question 11

Wat bleek uit de vergelijking van Venter’s genoom met het referentie genoom?

Answer 11

44% van de genen zijn heterozygoot voor één of meerdere varianten

Question 12

Wat zijn proteomics?

Answer 12

Hoeveelheid eiwit als maat voor genexpressie

Question 13

Hoe kun je eiwitten identificeren?

Answer 13

Massa spectrometrie
- Trypsine digestie
- Analyse spectrometrie
- Data vergelijking met database

Question 14

Hoe werkt trypsine?

Answer 14

Knipt op arganine of lysine plaats -> tryptische fragmenten

Question 15

Hoe werkt massa spectrometrie?

Answer 15

• Laser puls op sample plaats
• Positief molecuul beweegt van positieve plaat naar negatieve plaat
• Detector meet snelheid van molecuul door vacuumbuis
• Vergelijken met database

Question 16

Wat kun je met massa spectrometrie?

Answer 16

• Eiwit identificeren
• Eiwit kwantificeren
• Bindende eiwitten identificeren
• Eiwitmodificaties identificeren

Question 17

Hoe kun je eiwit interacties identificeren?

Answer 17

• Isoleer eiwitcomplex + antilichaam
• Elueer gebonden eiwitten
• Identificeer gebonden eiwitten

Question 18

Hoe kun je eiwit modificaties identificeren?

Answer 18

• Trypsine digestie
• Verrijk voor fosfopeptiden (80 dalton)
• Identificeer mbv massaspectrometrie

Question 19

Wat is metabolics?

Answer 19

Analyse van aanwezig metabolieten

Question 20

Hoe verloopt metabolics?

Answer 20

• Sample preparation
• Massa spectrometrie
• Identificatie
• Patroon onderzoeken (mogelijke biomarker?)

Question 21

Waarom is mRNA niet altijd voorspellend voor de eiwitactiviteit?

Answer 21

• Translatie regulatie
• Eiwitactiviteit regulatie
• Eiwit instabiliteit

Question 22

Hoe wordt translatie gereguleerd?

Answer 22

Micro RNA kan translatie tegenhouden
- Wordt op maat geknipt door drosha (in kern) en dicer (in cytoplasma) en daarna ingebouwd in RISC complex

Question 23

Wat is het gevolg van verlaagd miR-16?

Answer 23

Kanker door apoptose remming en celcyclus progressie

Question 24

Hoe kun je microRNA’s onderzoeken?

Answer 24

Met microarrays of next generation sequencing
- Diagnostisch en prognostisch
- Duur

Question 25

Wat is RNA interferentie?

Answer 25

Zelf siRNA’s maken voor target mRNA -> silencing

Question 26

Wat is het nut van RNA interferentie?

Answer 26

Onderzoek naar belang van bepaalde genen voor kankercellen -> remmers?

Question 27

Wat is het verschil tussen Western blotting en massa spectrometrie?

Answer 27

Bij Western blotting moet je naar een specifiek eiwit zoeken (met antilichaam)

Question 28

Welke drie grootheden kun je aflezen in een imunoblot?

Answer 28

• Positie eiwitband: grootte van het eiwit
• Intensiteit band: hoeveelheid eiwit
• Aantal banden: meerdere vormen of soorten eiwit

Question 29

Wat is cDNA?

Answer 29

Dubbelstrengig DNA dat overeenkomt met basevolgorde van mRNA gemaakt door reverse transcriptase (geen introns en promotor)