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pathologie > 7. outils diagnostique > Flashcards

7. outils diagnostique Flashcards

1
Q

Vrai ou Faux : Le sang constitue généralement le meilleur échantillon

A

FAUX

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2
Q

Vrai ou Faux : Avec un microscope optique, l’image obtenue est inversée par rapport à l’objet observé.

A

VRAI

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Q

Vrai ou Faux : Un microscope peut permettre d’observer la couleur en mélangeant des photons aux électrons ?

A

FAUX

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4
Q

Vrai ou Faux : Lors d’une PCR, il y a toujours trois températures différentes pour chacun des cycles d’amplification.

A

VRAI

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Q

Vrai ou Faux : Certains gènes de l’ARN ribosomique sont couramment utilisés en taxonomie (identifier les espèces).

A

VRAI

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6
Q

Vrai ou Faux : La métagénomique a comme objectif de séquencer plusieurs gènes 16S pour une même bactérie.

A

FAUX

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7
Q

Vrai ou Faux : L’ELISA direct permet de détecter un anticorps.

A

FAUX

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8
Q

Vrai ou Faux : Un test sensible est forcément spécifique.

A

FAUX

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9
Q

Vrai ou Faux : Il est recommandé d’utiliser une boîte de carton pour faire l’envoi de colis contenant des échantillons puisqu’elle est légère.

A

FAUX

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10
Q

Vrai ou faux : Il est préférable d’utiliser des ice packs plutôt que de la glace pour l’envoi des colis.

A

VRAI

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11
Q

test pour déterminer la mammite

A

test CMT
- mammite subclinique
- compte les cellules somatiques
- interprétation selon l’apparition d’un gel
- à la ferme

bactériologie
- culture du lait
- détermine l’agent pathogène présent dans le lait
- dépendamment de la bactérie : réforme ou antibiogramme

antibiogramme
- permet de déterminer quel antibio on doit utiliser pour traiter la mammite

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12
Q

quel est l’importance des outils diagnostiques

A

Il faut éviter de donner des antibiotiques à large spectre, pour éviter les antibiorésistance

Permettre d’agir rapidement pour sauver l’animal (bien-être) et limiter la propagation

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13
Q

2 grandes classes d’outils diagnostiques

A

microbiologique
- boite de petri avec un milieu de culture gélosé
- permet de déterminer si l’agent pathogène est vivant, s’il croit sur le milieu, il est vivant

moléculaire
- gel d’agarose permettant la migration de fragments d’ADN
- ne détermine pas si l’agent pathogène est là pcq ça peut être juste des résidus d’ADN

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14
Q

échantillons

A

Varient selon : l’agent pathogène suspecté, les tests disponibles et la facilité de prélèvement (idéalement des prélèvements non-invasifs)

Sang, sérum, salive, lait, fèces, urine, etc.

Possibilité de faire des « pools » d’échantillons
(ex. même troupeau) et ensuite investiguer les individus si le « pool » est positif

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15
Q

qu’est-ce qu’un frottis

A

*Sang, fluide, peau, plaie, etc.
*Visualisation au microscope
*Permettent une première identification

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16
Q

microscope optique vs électronique

A

microscope optique
- impossible d’observer les virus
- photons
- image obtenue est inversé par rapport à l’objet

microscope électronique
- observe les virus
- permet de voir des structures + petites que microscope optique
- électrons

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17
Q

2 types de microscopes électroniques

A

transmission
- 2D
- intérieur des cellules

Balayage
- 3D
- extérieur des cellules

18
Q

qu’est-ce que les cultures

A

*Bactéries et champignons

*Possibilité d’utiliser des milieux sélectifs (pour sélectionner la bactérie désirée et éliminer les autres)

*Les virus exigent de cultiver des cellules d’hôtes (on ne peut pas les cultiver seuls)

*Certains agents pathogènes ne sont pas cultivables !

19
Q

tests liés au métabolisme?

A

*Possibilité de faire plusieurs tests métaboliques pour identifier la bactérie
*Code barre métabolique

biolog : augmentation du débit par l’utilisation de plaques 96 puits

20
Q

qu’est-ce que le maldi-tof

A

on met un échantillon et on bombarde au laser : ionisation : applique un très haut voltage et les ions montent : les petits ions arrivent plus vite en haut : ça fait un spectre, et chaque microorganisme à son spectre selon leur complexité

21
Q

caractéristiques de l’ADN

A

double hélice
antiparallèle et complémentaire
nucléotides : A T C G

extrémité 5’ et 3’ : les deux brins sont antiparallèles donc un à un extrémité 5’ vis à vis l’autre brin qui aura 3’

la réplication se fait de 5’ vers 3’

22
Q

à quoi sert l’ADN polymérase

A

prend les nucléotides libres et les attache à la chaine complémentaire pour former le brin complémentaire

23
Q

qu’est-ce que la réaction en chaine par polymérase

A

PCR
Permet l’amplification exponentielle d’un segment d’ADN

  1. dénaturation : augmente la température pour séparer la séquence des 2 brins que l’on veut
  2. rebaisse la température : les amorces s’attachent (sinon les ADN polymérases ne savent pas quoi faire)
  3. augmente un peu la température : ADN polymérase allonge le brin complémentaire

il y a plusieurs cycles !!!

24
Q

comment on visualise le résultat de la PCR

A

par électrophorèse

sur un gel d’agarose
on dépose les fragments d’ADN
unités en paire de base
- on a un témoin et il doit avoir migration pour voir si y’a le gène d’intérêt (la ligne de la migration du fragment doit être vis-à-vis une ligne témoin)

25
Q

PCR en temps réel

A

*L’ADN n’est pas visualisé sur gel

*Utilisation d’une molécule fluorescente (+ y’a de l’ADN semblable, + ça fluoresce)

*L’ADN est quantifié par ordinateur

  • Il s’agit d’une méthode quantitative (présent en grande ou pas grande quantité)
26
Q

le séquençage d’ADN

A

Avant 2000 : difficile d’obtenir une séquence génomique complète

MAIS le NGS est arrivée

il est possible de séquencer des millions de molécules d’ADN rapidement et à un faible coût

27
Q

qu’est-ce que le NGS

A

*Plusieurs technologies

*Repose majoritairement sur un principe de synthèse (PCR) couplé à de la fluorescence (A, C, G, et T ont tous une couleur différente)
-permet d’avoir la séquence de bases (A, C, G, T) de l’ADN

*Nécessite d’importantes ressources bioinformatiques

28
Q

ARN ribosomique 16S et 18S

A

*Marqueurs universels (16S = procaryotes et 18S = eucaryotes)

*Certaines régions sont conservées et d’autres sont variables

*Utiles pour déterminer la taxonomie d’une espèce

*Plusieurs limitations

29
Q

qu’est-ce que la métagénomique

A

c’est le séquençage à haut débit

30
Q

particularité des virus

A

n’ont pas de marqueur universel 16S ou 18S

Les virus demeurent encore largement méconnus comparativement aux bactéries

Difficile à « cultiver »

31
Q

ELISA direct

A

on cherche des antigènes

si l’anticorps se lie avec l’antigène : émission de lumière

si antigène : y’a la bactérien

32
Q

ELISA indirect

A

on cherche des anticorps

l’animal a déjà été confronté à la bactérie un moment donné

33
Q

qu’est-ce que le sérotypage

A

*Des bactéries et des virus d’une même espèce peuvent avoir différents antigènes

*Différents degrés de pathogénicité

*Le sérotypage permet de classer les bactéries

34
Q

défis avec les tests immunologiques

A

résultat faussement positif
- présence d’anticorps maternels chez les jeunes animaux
- présence d’anticorps vaccinaux
- persistance d’anticorps suite à une infection passée

résultat faussement négatif
- délai dans la production des anticorps

35
Q

sensibilité

A

Capacité à déceler les animaux infectés.

Un test sensible permet d’avoir peu de faux négatifs (animaux malades avec un résultat négatif)

36
Q

spécificité

A

Capacité à déceler uniquement les animaux infectés.

Un test spécifique permet d’avoir peu de faux positifs (animaux sains avec un résultat positif).

37
Q

VRAI OU FAUX
un test peut être sensible mais peu spécifique et vice versa

A

VRAI

38
Q

précision vs exactitude

A

Un test précis va donner des résultats toujours proches les uns des autres (faible écart-type)

Un test exact va donner des résultats proches de la réalité (moyenne correcte)

39
Q

préparation des colis

A

*Triple emballage
*Matériel absorbant et réfrigérant
*Protection contre les chocs
*Bien identifié
*Formulaire bien rempli et protégé

éviter la glace, prendre plutôt des icepacks
éviter les cartons

40
Q

Qu’est-ce qu’un pool d’échantillon

A

on prend des échantillons sur chaque individu et ensuite on regroupe les échantillons d’une façon composite (aléatoire)

on analyse quelques échantillons et si il y en a 1 de positif ; on investigue tout le troupeau, on analyse tous les échantillons

les tests doivent être sensible

41
Q

exemple de tests microbiologiques

A

frottis

culture

42
Q

exemple de tests moléculaires

A

métabolisme / biolog

MALDI-TOF

réaction en chaîne par polymérase

séquençage d’ADN (NGS)

pathologie (7 decks)

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