2. Molekylærgenetiske metoder + 7. genetisk variation og mutationer Flashcards
(17 cards)
Hvilke punkt mutationer findes der?
Punktmutationer: Vedrører ét enkelt basepar og omfatter substitutioner: Én enkelt base ændres til en af de tre andre baser → silent, missens, neutral og nonsens
Silent mutation: Basen ændres, men aminosyren forbliver den samme.
Missense mutation: Basen ændres, hvilket medfører en ændret aminosyre.
Nonsense mutation: Basen ændres, så kodonet bliver til et stopkodon.
Neutral mutation: En aminosyre ændres, men det påvirker ikke proteinets funktion væsentligt.
Hvad er frame shift mutationer?
Frame shift mutationer:
En insertion eller deletion af en base, som gør at hele læserammen rykkes/ændres proteinet påvirkes.
Hvad er Splice site mutation
Ved base udskiftning, der gør at splicing ikke sker eller sker et forkert sted. Kan give forlænget eller forkortet exon
Forklare hvilke faktorer der har betydning for vurderingen af om en mutation er patogen/sygdomsfremkaldende
En mutation kan vurderes som sygdomsfremkaldende (patogen), hvis den fx:
Ændrer det proteinkodende område → kan give et forkert protein.
Sidder i transskriptionsregulerende sekvenser (promotor, enhancer) → for meget eller for lidt genekspression.
Forstyrrer splejsning → introns fjernes ikke korrekt → ændret protein.
Indfører et stopkodon for tidligt → forkortet mRNA og protein.
Ændrer det aktive site i proteinet → nedsat eller øget funktion.
Giver en frameshift (indsættelse/sletning) → hele læserammen ændres → forkert protein.
Hvornår bruges MLPA?
Større deletioner eller duplikationer (typisk på exon-niveau)
Kopitalvariationer i bestemte gener (f.eks. når et exon mangler eller er duplikeret)
Hvornår bruges Sanger-sekventering?
✅ Bruges til at finde:
Små mutationer, som:
Punktmutationer (single nucleotide variants)
Små insertioner eller deletioner
🧪 Hvornår bruger man Sanger-sekventering?
Når man vil undersøge ét eller få specifikke exons eller mutationer
Når man skal bekræfte et fund fra fx NGS (gold standard)
Fx ved:
Diagnostik af enkeltmutation i et kendt gen
Verificering af genetiske resultater
Familietestning ved kendt mutation
Hvornår bruges Next generational sekventering:
✅ Bruges til at finde:
Mange mutationstyper samtidig, fx:
Punktmutationer
Indels
Splice site-mutationer
(I nogle tilfælde også større strukturelle ændringer)
🧪 Hvornår bruger man NGS?
Når man vil analysere:
Flere gener samtidig (gene panels)
Hele exomet (WES – Whole Exome Sequencing)
Hele genomet (WGS – Whole Genome Sequencing)
Fx ved:
Kompleks genetisk sygdom uden kendt mutation
Undersøgelse af sjældne sygdomme
Kræftgenetik (somatiske mutationer)
Farmakogenetik
Mekanismer for mutationers opståen DNA replikationsfejl
Ofte i forbindelse med celledeling
Mekanismer for mutationers opståen DNA rekombinationsfejl
Ofte i forbindelse med meiose
Base substitutioner
- Transitioner er hyppigere end transvertioner
- Hvis der sker substitutioner mellem 2 puriner eller 2 pyrimidiner kaldes det transition.
Hvis der substitutioner mellem puriner og pyrimidiner kaldes det transversion.
Deletioner:
sker som følge af fejl i replikation
der bliver sprunget et repeatsekvens over… dette kaldes forward slippage → deletion
Insertioner
sker som følge af fejl i replikation
tilføjet et ekstra repeatsekvens… dette kaldes backward slippage → insertion
Dynamiske mutationer
sker som følge af fejl i replikation
* Repeats, som bliver længere og længere for hver ny generation.
skæv rekombination
*Deletioner/insertioner/kromosom rearrangementer som følge af skæv rekombination
Ved rekombination, kan der være flere steder på kromosomerne der minder om hinanden.
* Derfor kan kromosomerne blive linet op forkert.
* Dette kan alt afhængigt af hvilke steder der er blev linet op sammen, enten føre til deletion eller duplikation
Dette kan også ske selvom kromosomerne ikke er homologe.
* Dette vil føre til translokationer
Faktorer der har betydning for mutationsraten
Genstørrelse: Jo større gen, jo større risiko (simpelt
Forældrenes alder:
Jo ældre, jo større risiko for at de har fået mutationer i løbet af deres liv, som de kan give videre
Hvornår er mutationer patogene?
Frameshift og nonsense mutationer vil ofte være patogene (dog ikke altid i 3’-enden).
Splicemutationer → Mutationer, der sidder tæt på overgangen mellem exon og intron. Hvis der sker exon skipping (hele exons klippes ud), kan det have stor betydning (ikke deleligt med 3, hele læserammen blive forskudt)
Missense varianter → hyppige, men ofte ikke patogene. Kan være patogen, hvis mutationen sker i det aktive site af proteinet, eller hvis det ændrer på proteinets struktur.
