F0: Introduktion og kemisk beggrund Flashcards Preview

Proteinkemi og enzymologi I > F0: Introduktion og kemisk beggrund > Flashcards

Flashcards in F0: Introduktion og kemisk beggrund Deck (24):
1

Hvad er et molekyles konfiguration og konformation?

Konfiguration: Fixeret sammensætning af atomer. Et molekyle kan ikke ændre konfiguration uden at bindinger brydes
Konformation: Rumligt arrangement af grupper af atomer i et molekyle. Når et molekyle ændrer konformation, brydes ingen bindinger

2

Hvad er formlen for ændring i fri energi ud fra enthalpi og entropi?

ΔG=ΔH-TΔS
Denne ligning er vigtig!

3

Hvad er formlen for sammenhængen mellem ΔG, ΔG* og Q (massevirkningsbrøken)?

ΔG=ΔG*+RTln(Q)
Denne ligning er mindre vigtig

4

Hvordan er sammenhængen mellem ΔG* og K?

ΔG=-RTln(K)
Denne ligning er vigtig!

5

Hvilke egenskaber ved vand gør det så vigtigt for biomolekyler?

Polariteten (tiltrækningskraft) og autoprotolyse

6

Hvilke H-atomer kan fungere som hydrogenbindingsdonor?

H-atomer bundet til elektronegative atomer som fx O og N. H-atomer bundet til C kan ikke.

7

Nævn faktorer, der afgør styrken af H-bindinger og om der dannes H-bindinger?

Vinklen mellem donor, acceptor og det elektronegative atom, som donoren sidder på (bedst ved 180 grader)
Afstanden har selvfølgelig også betydning for, om der sker interaktion
I upolære solventer sker der ikke H-bindinger, da der ikke er nogen elektronegative atomer

8

Hvad betyder det, når vand screener elektrostatiske interaktioner?

At vand erstatter hydrogenbindinger internt i det opløste stof med hydrogenbindinger mellem vand og stof.

9

Hvad er den dielektriske konstant for et opløsningsmiddel?

En konstant, der afspejler antallet af dipoler i et solvent
Et stof med høj dielektricitetskonstant medfører at opløste stoffers ioniske interaktioner er svagere end de ville have været i et upolært stof (lav dielektrisk konstant)

10

Har vand høj eller lav dielektrisk konstant i forhold til benzen?

Høj (78,5 vs. 4,6)

11

Hvorfor kan upolære stoffer ikke opløses i et polært solvent som vand?

Det upolære stof interfererer med vands H-bindingsmønster. Det øger altså enthalpien, og det sænker entropien, da vandet er nødt til at ordne sig om det polære stof.

12

Hvorfra kommer styrken i hydrofobe interaktioner?

Antallet af ordnede vandmolekyler, der er påkrævet for at omgive hydrofobe dele af det opløste stof, minimeres, så der er stor termodynamisk stabilitet pga. høj entropi.
Vand kan også lave mange H-bindinger --> lav entalpi

13

Hvad skyldes London-kræfter/van der Waals-interaktioner?

Elektronskyer for atomer tæt på hinanden inducerer små dipoler, der tiltrækker hinanden. Der er tale om uspecifik tiltrækning, der er stiger, indtil der bliver for meget konformationel stress. Kan også være mellem permanente dipoler eller en mellemting

14

Hvordan bliver styrken af hydrofobe interaktioner i et polært miljø som vand?

Stor - og den er endnu større, hvis det fx er i en saltopløsning

15

Hvordan ser bufferligningen ud?

pH=pKa + log([A-])/[HA])

16

Hvad er et intrinsically disordered protein? Og hvad kan det medføre for proteinet?

Et protein, der helt eller delvist mangler en ordnet 3D-struktur. Det gør, at proteinet kan binde mange forskellige partnere. Nogle ID-proteiner får struktur gennem binding.

17

Hvilke proteinklasser arbejder vi med?

Globulære, fibrøse, membranproteiner og intrinsically disordered proteins.

18

Hvad definerer primærstruktur?

Kovalent struktur, dvs. aminosyresekvensen, disulfidbroer, posttranslationelle modifikationer

19

Hvad definerer sekundærstruktur

Veldefinerede lokale konformationer af polypeptidkæden, fx alfa-helix, β-foldebladsstruktur og turn

20

Hvad definerer tertiærstruktur

Overordnet topologi af en enkelt polypeptidkæde, dvs. samlet rumligt arrangement af hele kæden

21

Hvad definerer kvarternærstruktur?

To eller flere polypeptidkæders (subunits) måde at
associere til nativ proteinstruktur

22

Hvordan er en alfahelix' ladninger pga. dipoler?

+0,5 i N-term og -0,5 i C-term

23

Bindingsenergi for H-bindinger, elektrostatiske interaktioner og van der Waals-interaktioner er......?

H-bindinger: ca. 12 kJ/mol
Elektrostatiske: ca. 21kJ/mol
vdW: ca. 1kJ/mol

24

Hvor stabilt er et proteins native form?

25-60 kJ/mol