F12: Proteinlokalisering og modifikation Flashcards Preview

Proteinkemi og enzymologi I > F12: Proteinlokalisering og modifikation > Flashcards

Flashcards in F12: Proteinlokalisering og modifikation Deck (28):
1

Hvor findes signalsekvenser?

I N-terminus

2

Hvad er karakteristisk for en signalsekvens?

Indeholder 13-36 aa-rester
Indeholder 10-15 hydrofobe rester
Har en positivt ladet rest inden de hydrofobe
Nær kløvningssitet er kort-sidekædede aa-rester

3

Beskriv, hvordan eukaryote proteiner dirigeres til ER

På et frit ribosom starter syntesen af proteinet
Som en del heraf syntetiseres signalsekvensen
Signalsekvensen og ribosomet bindes til signal recognition protein, som binder til GTP og sætter proteinsyntesen på pause.
SRP dirigerer komplekset til SRP-receptorer (bundet til GTP) på cytosolsiden af ER. Ved binding til SRP-receptoren kan peptiden føres igennem membranen via peptidtranslokationskomplex der drives af ATP.
SRP dissocierer fra komplekset ved hydrolyse af GTP, og syntesen af peptid kan fortsætte ind i ER-lumen.
Signalsekvensen fjernes af signalpeptidase og ribosomet dissocierer bort, når syntesen er afsluttet.

4

Hvad sker der i ER efter signalsekvensen er fjernet?

Foldning, svovlbroer, glykosylering mv.

5

Hvordan påsættes og bindes oligosakkarider til glykoproteiner?

Påsættes efter opbygning på doclicholphosphat via transferase i ER-lumen. Herefter kan der ske modifikation af sukkersammensætningen
Bindes via Asn-rester gennem N-glukosylering

6

Hvordan virker tunicamycin?

Stoffet efterligner strukturen af UDP-GlcNAc og får cellen til at secernere stoffer, der skulle have været dirigeret til lysosomet.

7

Hvordan syntetiseres oligosakkarider til glykoproteiner?

Et molekyle dolicholphosphat sidder i ER-membranen og 2 UDP-GlcNAc overfører P og 2 GlcNAc. Herefter påsættes mannosemolekyler, og der sker translokation, så sukkerstofferne kommer ind i ER-lumen. Herefter kan sukkerstofsammensætningen ændres, inden der sker påsætning af sukkerstoffet til en Asn-rest og dolicholphosphat genbruges.

8

Hvordan bearbejdes proteinerne, når de er færdige i ER?

I golgi kan de modificeres yderligere og sendes til destinationer, hvilket kan ske via signalpatch som fx et phoshoryleret sukkerstof. Derefter kan vesikler budde med proteinet og en genkendende receptor.

9

Hvilken funktion har chaperoner i proteinlokalisering?

Transporterer precursorproteiner fra cytosol til fx mitochondria.

10

Hvad er NLS?

Nuclear localization sequence: Sekvens på proteiner, der skal til kernen. Sekvensen fjernes ikke. 4-8 aa-rester med flere basiske rester.

11

Hvad koder for PTM og hvad er funktionen af PTM

Generne. Kan være vigtige for foldning, signalering og lokalisering

12

Hvilken sekvens får oligosaccharyltransferase (OST) til er sætte sukker på?
Hvordan er sukkerstoffets core?

Asn-Xaa-Ser/Thr

2 GlcNAc, 9 mannose, 3 glucose

13

Hvilke karakteristika er der for N-glykaner?

Hydrofile og bulky,de støtter foldningen og øger stabilitet

14

Hvad er karakteristisk for O-glykosylering?

Indeholder mellem 3 og 5 sukkerstoffer og har ikke kendt genkendelsessekvens.

15

Hvilken virkning har DTT?

Hæmmer disulfidbrodannelse

16

Hvilke af cellens kompartementer er oxiderende?
Hvilke er reducerende?
Hvorfor?

Ox: Lysosom, ER, Golgi,
Red: Fx cytosol
I cytosol findes fx glutathione, der sørger for at nedbryde ROS

17

Hvilken funktion kan proteolyse have?
Hvor sker proteolytisk modifikation?

Amplifikation af signal, fx i blodkoagulationssystemet.
I Golgi, fx insulin.

18

Hvad er et GPI-anker?

En C-terminal lipidmodifikation, der muliggør at sekretoriske proteiner kan sidde i membranen.

19

Giv eksempler på PTM

Disulfidbindinger
Signal peptiders kløvning
Zymogenaktivering
Lipidmodifikationer
Phosphorylering
Glykosylering

20

Hvordan kan man se svovlbroer i SDS-PAGE?

Kompakte molekyler med svovlbroer bevæger sig hurtigere end de delvist udfoldede. Man kan derfor lave to SDS-PAGE-undersøgelser i hhv. oxidativt og reduktivt miljø.

21

Hvordan kan man undersøge glykosylering i SDS-PAGE?

Proteinerne får større masse, når de er glykosyleret.

22

Hvordan kan man få isoleret sit målprotein fra en hel masse andre proteiner?

1. Protein i organisme, der danner antistoffer.
2. Udtag serum og analyser med immunoprecipitation/immunoblots/affinitetskromatografi

23

Hvordan fungerer Western-blot/immunoblot?

Kør proteinblanding på en gel og få vha. en spænding proteinerne over på en membran, og brug specifikke antistoffer til at finde målproteinet. Brug antiantistof, dder giver farve eller lign. signal.

24

Hvordan fungerer immunoprecipitation?

Antistof til målprotein tilsættes, og der tilsættes anti-antistof, der gør komplekset uopløseligt. Supernatanten fjernes og målproteinet kan analyseres.

25

Hvad kan pulsmærkning bruges til?

At mærke proteiner syntetiseret i et bestemt tidsinterval og derefter følge deres modifikationer over tid.

26

Hvordan udføres et pulsmærkningsforsøg?

Radioaktive aa tilsættes og inkorporeres i proteiner, indtil der tilsættes stort overskud af umættede aa. Man kan fx mærke i 15 minutter, og herefter starter chase-tiden.
Herefter udtages der prøver til forskellige tider, efter at metabolismen stoppes. Cellen ødelægges, og det relevante protein udfældes med immunoprecipitation og køres på SDS-PAGE for at blive adskilt efter størrelse.

27

Hvad kan TiO2 bruges til?

Binder phosphatgrupper i søjlechromatografi

28

Giv et eksempel på hvordan proteinanalyseproces kan foregå

Ødelæg celler-->SDS-PAGE-->Trypsinkløvning i gel-->TiO2-->MS/MS -->databasesøgnign