Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

Proteinkemi og enzymologi I > F2: Sekundærstruktur, proteinoprensning og -karakterisering > Flashcards

F2: Sekundærstruktur, proteinoprensning og -karakterisering Flashcards

(79 cards)

Start Studying
1
Q

Hvad er et nativt protein?

A

Et protein i en foldet, fungerende konformation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvad er stabilitet?

A

Tendensen til at opretholde den native konformation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad kan opretholde den udfoldede form?

A

H-bindinger med vand og meget entropi

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvorfor har mange celler et reducerende miljø? Hvilken konsekvens har det for proteiner?

A

Pga. reduktanter som glutathione. Det gør det vanskeligt at danne svovlbroer i dette miljø.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvor langt rækker van der Waals-kræfter?

A

0,3-0,6 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Forklar peptidbindingens elektriske dipol

A

O har partiel negativ ladning, N partel positiv ladning.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvad er phi- og phi-vinkler for et peptid, hvor alle peptidgrupper ligger i samme plan?

A

+-180 grader

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvilken konformation har den dihedrale omegavinkel oftest?

A

+/- 180 grader

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvad er random coil?

A

Når der ikke er en veldefineret sekundærstruktur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvad er 1Å?

A

0,1nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvor er R-grupperne placeret i en alfahelix?

A

De stikker ud fra helix’ backbone

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvor langt er en omgang i en alfahelix (i antal residues og i Å)?

A

3,6 residues og 5,4 Å

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Er en normal alfahelix højre- eller venstrehåndet?

A

Højrehåndet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad er phi- og psi-vinkler i en højrehåndet alfahelix?

A

Phi: -57 grader Psi: -47 grader

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvorfor er alfahelix så stabil?

A
  • Det optimale hydrogenbindingsmønster
  • Capping
  • van der Waals-interaktioner
  • Mulighed for at hydrofobe sidekæder kan “samles” på den ene side af helix og vende væk fra solvent
  • Utilfredsstillede H-bindingsdonorer/acceptorer kan H-binde med vand
  • Relativt lille tab af entropi
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvilke muligheder er der for at undgå, at de 4 aa-rester i alfahelix-ender ikke har hydrogenbindingspartnere?

A

De kan hydrogenbinde ved solvent eller blive cappet af andre dele af proteinet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvad er phi- og psi-vinkler i parallelt betafoldeblad?

A

Phi: -119 grader Psi: +113 grader

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad er phi- og psi-vinkler i antiparallelt betafoldeblad?

A

Phi: -139 grader Psi: +135 grader

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvilken aminosyre er bedst til at danne alfahelix?

A

Ala

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Danner segmenter med mange enten positivt eller negativt ladede aminosyrer alfahelix?

A

Nej, ladningerne vil frastøde hinanden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hvad gør høj forekomst af Asn, Ser, Cys og Thr for alfahelix’ stabilitet?

A

Destabiliserer pga. deres form og volumen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hvor langt er der ofte fra en positivt til en negativt ladet aa-rest i alfahelix?

A

3 aminosyrer, så de kan danne saltbro

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hvilke aminosyrer fidnes ofte i hhv. N-term. og C-term.?

A

N-term.: Negativt ladede C-term.: Positivt ladede

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hvilken type betasheet er mest stabil?

A

Antiparallel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Hvor er betasheets hydrogenbindinger?
Mellem strenge, der ligger ved siden af hinanden (men ikke nødvendigvis er tæt på hinanden i aminosyreskevensen, evt. i anden aa-kæde)
26
Hvor er R-grupperne placeret i betasheets?
Skiftevis pegende op og ned i forhold til foldebladet
27
Hvor lang er 1 periode (2 rester) i parallelt foldeblad?
6,5 Å
28
Hvor lang er 1 periode i antiparallelt foldeblad?
7 Å
29
Hvor findes betaturns og hvor mange aa-rester består de af?
Mellem antiparallelle betastrenge, består af 4 aa-rester
30
Hvordan er hydrogenbindingsmønstret i betaturns?
Den første aa-rests carbonylgruppe danner H-binding med aminogruppen i den fjerde rest
31
Hvor i proteinet findes betaturns ofte?
Nær overfladen, da aa-rest 2+3 kan H-binde med vand
32
Hvilke aa-rester findes ofte i betaturns og hvorfor?
Pro: Kan tage cis-konfiguration og give en favorabel drejning Gly: Lille og fleksibel
33
Tegn et Ramachandran-plot og marker, hvor alfahelix (højrehåndet) og betasheets (parallelle+antiparallelle) befinder sig
Se s. 124 i Lehninger
34
Hvad undersøger man med circulær dichroisme-spektroskopi?
Forskellen i absorption mellem venstrehåndet og højrehåndet cirkulært polariseret lys.
35
Hvilket CD-spektrum har alfahelix?
Positivt bånd ved 192 nm Negativt bånd ved 208 nm Negativt bånd ved 222 nm
36
Hvilket CD-spektrum har beta-konformation?
Positivt bånd ved 195 nm | Negativt bånd ved 216 nm
37
Hvilket CD-spektrum har random coil?
Negativt bånd ved 197 nm | Positivt bånd ved 216 nm
38
Hvad absorberer UV-lyset i regionen 190nm - 250nm, som CD-spektroskopi forgår i?
Peptidbindingen
39
Hvad er tertiær struktur?
Det overordnede tredimensionelle arrangement af alle peptidkædens atomer.
40
Hvordan fastholdes tertiær struktur?
Svage interaktioner og svovlbroer
41
Hvad er kvaternær struktur?
Arrangementet af subunits
42
Hvad er hyppige funktioner af fibrøse proteiner?
Fx ydre beskyttelse og støtte
43
Hvad er hyppige funktioner af globulære proteiner?
Katalyse og regulation
44
Hvorfor er fibrøse proteiner uopløselige i vand?
Hydrofobe aminosyrer på overfladen.
45
Hvad er coiled coil?
To alfahelixes snoet sammen til en ventrehåndet helix
46
Hvilke aa-rester forekomme oftest i alfa-keratin - og hvorfor?
Ala, Val, Ile, Leu, Met og Phe - de er upolære og kan lave hydrofobe interaktioner og pakkes tæt
47
Hvordan sikres stabiliteten i alfakeratin
Via svovlbroer
48
Hvordan er collagen opbygget?
Tre venstrehåndssnoede alfakæder er snoet om hinanden til en højrehåndssnoet superhelix. Collagen er opbygget af Gly, Ala, Pro og 4-Hydroxyprolin. Disse er små nok og enten fleksible eller fastlåste nok til at give de rigtige knæk. Der kan være crosslinks med atypiske bindinger
49
Hvilke aa-rester findes i silkefibers betasheets og hvorfor?
Især Ala og Gly, da de er små nok til at betasheets kan blive pakket meget tæt
50
Hvad afgør et proteins opløselighed?
En blanding af temperatur, saltkoncentration og pH m.m.
51
Øget saltkoncentration får opløseligheden til at...?
Falde
52
Hvad bruges dialyse til under oprensning af proteiner?
Fx til at fjerne salte, der har været brugt til at udfælde proteiner
53
Hvad er bundet til cationbytteres stationære fase?
Anioniske grupper (negativt ladede)
54
Hvad er bundet til anionbytteres stationære fase?
Cationiske grupper
55
Hvad afgør et proteins affinitet for grupperne i den stationære fase i ionbytterchromatografi?
pH og koncentrationen af konkurrerence frie salte
56
Et negativt ladet protein vil bevæge sig hurtigt igennem en matrix med ____ ladede grupper.
Negativt
57
Hvor lang skal en søjle være?
Lang nok til at skille båndene ad, men ikke lang nok til at hvert bånd bliver for spredt.
58
Kommer det største eller mindste protein først ud af søjlen i gelfiltrering/size-exclusion chormatography?Hvorfor?
Det størst kommer først ud, da de små proteiner tager en labyrint-agtig vej gennem polymerkugler i søjlen.
59
Hvad er princippet i affinitetschromatografi?
Søjlematerialet har ligander bundet, så proteiner, der kan interagere med liganden forsinkes gennem gelen. De vaskes bagefter ud med fx en saltopløsning
60
Hvad afgør, hvor hurtigt, et protein vandrer ved elektroforese?
Form og ladning-til-masse-forhold
61
Mobiliteten µ i gelelektroforese er givet ved...?
V/E (hastighed over elektrisk potential) eller Z/f (f=friktionskoefficient og nettoladningen =Z)
62
Hvad giver proteinet dets ladning til gelelektroforese?
SDS giver negativ ladning, der tilnærmelsesvis er proportional med massen
63
Hvilken størrelse proteiner vandrer hurtigst i SDS-gel?
Små proteiner
64
Adskilles subunits af SDS?
Ja
65
Hvad betyder et tag i affinitetskromatografi? | Hvad bruges det til?
Et protein, der sættes på det analyserede protein via genteknologi. Hvis man analyserer et protein, der ikke binder nogen kendt ligand, kan man i stedet bruge et tag, der binder en bestemt ligand, der så påsættes søjlen. Tagget kan senere fjernes med en protease - der kan dog sidde lidt tilbage, der kan påvirke analysen.
66
Hvad er enheden på x-aksen i massespektroskopi?
m/z
67
Hvad er fordelene ved massespektroskopi?
Kræver lille prøvemængde Giver præcist resultat for massen Det går hurtigt Muliggør undersøgelse af ligandbinding, når massen er kendt
68
Hvordan gøres en prøve klar til massespektroskopi?
Der påsættes protoner
69
Hvad bruges tandem MS til? | Hvordan sker det?
Bruges til sekvensering af korte polypeptider Det foregår ved at peptider kløves og får påsat en ladning, enten +1 eller +2. I et kollisionskammer spaltes en peptidtype fra kammer 1 forskellige steder (oftest ved peptidbindingen). Disse fragmenter analyseres i kammer 2, og ved at se på masseforskellen mellem peaks i spektret kan man identificere aminosyresekvensen.
70
Hvad er problemet med Ile og Leu i MS?
De har samme masse og kan derfor ikke bestemmes
71
Hvor findes alfahelix ofte i proteinet?
På ydersiden med en hydrofil og en hydrofob del (N-cap og C-cap sidder begge i hydrofob del.
72
Hvordan stabiliseres yderstrenge i betafoldeblade?
Hydrogenbinding til solvent og polære sidekæder
73
Hvad er et mixed betasheet?
Når to yderstrenge fra forskellige subunits' betasheet binder i interface
74
Hvad er supersekundærstruktur?
= motiv, karakteristisk foldningsmønster af flere sekundærstrukturer og deres forbindelser. Genkendeligt arrangement.
75
Nævn eksempler på supersekundærstruktur
Fx helix-loop-helix, greek key, beta hairpin. | Små motiver kan være en del af større motiver
76
Hvad skal man overveje, inden man påbegynder oprensning af protein?
Formål (fx renhed eller strukturbestemmelse), kilde (naturligt eller rekombinant), tilgængelige metoder (herunder pris i forhold til udbytte)
77
Nævn en metode, der er stor kapacitet, men lille resolution og en der har lille kapacitet, men stor resolution
1: Behandling med salt, fx ammoniumsulfat, for at udfælde protein 2: Fx kromatografi eller gelelektroforese
78
Hvilke egenskaber kan man lave karakterisering og oprensning på baggrund af?
pI, masse, ladning og ladningsfordeling, størrelse og form, opløselighed, hydrofobicitet og ligandbinding
79
Hvad kan det anvendes til, at alfa-helix, betasheet og random coil har forskellige spektre i CD spektroskopi?
Det kan give et estimat af fraktionen af de to sekundærstrukturer i et protein, dvs. om der er høj/lav forekomst af alfa-helix og beta-sheets. Man kan desuden undersøge udfoldning af proteinet eller konformationelle ændringer ved at sammenligne spektre af proteinet under forskellige forhold.

Proteinkemi og enzymologi I (15 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions