H3.3: Cytogenetische afwijkingen

Question 1

detectie en identificatie van chromosomale afwijkingen

Answer 1

• klassieke cytogenetica (bandering technieken)
• moleculaire cytogenetica
  = fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
  = array (SNP array)
• moleculaire diagnostiek
  = RQ-PCR (fusie genen)
  = Q-PCR
  = sequencing (sanger => NGS)

Question 2

om chromosomen te kunnen typeren moet je … hebben

Answer 2

delende cellen

Question 3

dus het eerste wat ze doen is het materiaal (beenmerg of bloed (met blasten) …

Answer 3

in kweek brengen

Question 4

hoe brengen ze materiaal in kweek?

Answer 4

• groeimedium waaraan groeifactoren zijn toegevoegd specifiek voor de cellijn waar de leukemie zich bevindt.
• de kweek duurt 1-2 dagen
  1: midden tijdens de mitose stoppen ze de kweek: blijven stilstaan in de metafase.
  2: behandeling met hypotone vloeistof zodat de cellen opzwellen
  3: behandeling met fixatief zodat het uithardt
  4: plaatsen op preparaat glaasjes

Question 5

verschillende banderingstechnieken

Answer 5

geven allemaal een eigen uniek bandpatroon . elk chromosoom krijgt een eigen specifiek patroon.

in het lab hier gebruiken ze R en Q-bandering omdat deze twee complementair zijn aan elkaar

Question 6

R en Q-bandering

Answer 6

R: uiteinden goed zichtbaar
Q: uiteinden niet goed zichtbaar

Question 7

chromosomale afwijkingen

Answer 7

• numerieke afwijkingen
• structurele afwijkingen

Question 8

numerieke afwijkingen

Answer 8

• winst ( van een compleet chromosoom )
• verlies( van een compleet chromosoom )

Question 9

structurele afwijkingen

Answer 9

• gebalanceerd: al het DNA is nog steeds aanwezig maar niet op juiste plek of juiste orientatie in chromosoom
• niet-gebalanceerd: verlies/winst deel chromosoom

Question 10

gebalanceerde structurele afwijkingen

Answer 10

• translocatie
• inversie
• insertie

Question 11

niet-gebalanceerde structurele afwijkingen

Answer 11

• deletie
• amplificatie
• niet-gebalanceerde translocatie
• gen mutatie

Question 12

armen van chromosoom

Answer 12

• p-arm: korte arm (petit)
• q-arm: lange arm

Question 13

centromeer

Answer 13

scheidt de p-arm en de q-arm van de chromosoom

Question 14

deletie

Answer 14

• terminaal (uiteinde)
• interstitieel (binnenin)

Question 15

sommige kleine p-armen zijn hetzelfde dus dan maakt translocatie niet uit

Question 16

translocatie

Answer 16

• reciproke
• robertsomiaanse

Question 17

inversie

Answer 17

op twee plekken in chromosoom breuk. dat stuk draait 180 graden en gaat dan dus invers verkeerd zitten
- paracentric: within a chromosome arm
- pericentric: round the centromere

Question 18

complex karyotype

Answer 18

slechte prognose!:

het betekent dat er > 3 chromosoomafwijkingen bij 1 pt in tumorcellen worden gevonden

Question 19

monosomaal karyotype wat is het?

Answer 19

groep binnen de groep met complex karyotype met een nog slechtere prognose:
- ten minste twee monosomieën (geen X of Y)
- of 1 monosomie gecombineerd met een structurele chromosoomafwijking

Question 20

monosomaal karyotype

Answer 20

• zeer slechte prognose
• overall survival 4-10% ondanks stamceltransplantatie

Question 21

nadelen karyotypering

Answer 21

resolutie is erg beperkt.

Question 22

FISH

Answer 22

• fluorescence in situ hybridization
• je moet vtv weten naar welke regio je wil kijken

Question 23

FISH mechanisme

Answer 23

1: je kiets voor de regio die je wil onderzoeken een probe
2: probe is gelabeld met fluoriscerend labeltje
3: je brengt probe en DNA van pt bij elkaar. beide moeten tegelijkertijd gedenatureerd (enkelstrengs) worden
4: enkelstrengs DNA probes gaan zoeken naar complementaire DNA streng van pt
5: daar bindt de DNA probe aan
6: dan kan je het signaal dat aan die probe gebonden is met een fluoriscentie microscoop zichtbaar maken

Question 24

FISH label kleuren

Answer 24

meestal groen en rood

de chromosomen zijn blauw

Question 25

hoe kan je FISH verschillend toepassen/gebruiken?

Answer 25

- metafase FISH: FISH op gekweekte (delende) cellen (lymfo, leuko, solide tumoren) - interfase FISH: op kernen van niet delende cellen: snelle analyse, beoordeling op basis van aantal signalen (je gaat tellen hoeveel en adhv kan je kijken of er deleties of mutaties bv zijn en met eventuele probe strategieën translocaties)

Question 26

waarvoor wordt FISH gebruikt?

Answer 26

- microdeleties - breukpunten definieren - cryptische translocaties - interfase kernen SNELLE DIAGNOSTIEK

Question 27

beperkingen FISH

Answer 27

- beperkte gevoeligheid - je krijgt alleen maar antwoorden op de vragen die je stelt - je kan niet veel targets tegelijkertijd doen

Question 28

FISH strategie om translocaties op te merken

Answer 28

je kiest probes voor de afzonderlijke genen die betrokken zijn bij de translocatie. in de normale situatie zie je van elke kleur 2. (2 groen, 2 rood). op het moment van translocatie, 1 rode stip, 1 groene stip, 1 gele stip.

Question 29

FISH break-apart probes

Answer 29

je weet van een gen het breekpunt. je kan prbes kiezen aan weerszijde van dat breekpunt. in normale situatie zie je die dus als geel, omdat het heel dicht bij elkaar ligt. maar als het translocatie is geweest, die je rood, groen en geel. omdat ze verder uit elkaar liggen

Question 30

multipel myeloom

Answer 30

maligniteit van plasmacellen chromosomale afwijkingen moeilijk zichtbaar. oplossing: hoger percentage plasmacellen => zuivering van plasmacellen

Question 31

zuivering plasmacellen

Answer 31

1: beenmerg wordt gelyseerd 2: rode bloedcellen lyesren en die zijn dan dus weg 3: gebruiken van zuiveringskit met anti-CD138 erin. dit is een marker dat op het membraan van plasmacellen tot expressie komt 4: met soort magneet die marker binden en zo plasmacellen vangen 5: rest van de cellen wegspoelen 6: plasmacellen loshalen van magnetische beats.

Question 32

anti-CD138

Answer 32

dit is een marker dat op het membraan van plasmacellen tot expressie komt

Question 33

type afwijkingen belangrijk bij MM

Answer 33

- gebalanceerde translocaties - deleties - amplificaties

Question 34

array heeft goede resolutie

Question 35

wat bevat array?

Answer 35

heel veel SNP (single nucleotide polymorphism) markers. er zitten op de array heel veel probes en deze zijn allemaal specifiek voor een bepaalde SNP. die probes zijn zo gekozen dat je verwacht dat de meeste van die probes bij mensen een heterozygoot patroon laat zien

Question 36

SNP

Answer 36

plek in het genoom waarbij je op 1 base positie zowel de ene base als de andere kan hebben zonder dat dat tot klinische consequenties leidt. er zijn 2 allelen, dus met bv A (allel A) en 1 met bv G (allel B). mogelijkheden per individu binnen de populatie: AA AB BB bij SNP kijken ze naar de B-allel frequentie. dus van alle allelen die aanwezig zijn, welk % is B allel? normaal = dat je drie lijnen hebt bij B-allel frequentie: bv BB 100%, AB 50% en AA 0%

Question 37

array

Answer 37

memoraid

Question 38

array bij deletie

Answer 38

LogR= minder B-allele frequentie = middenlijn verdwijnt: er is nog maar 1 allel over. het kan A zijn of B, maar geen AA, BB, AB

Question 39

array bij duplicatie/gain

Answer 39

extra allel dus: LogR = hoger B-allele frequentie= middenlijn AB is er dus niet. je hebt wel AAA, BBB, AAB en ABB. dus je hebt 4 lijnen want de middellijn is gesplitst

Question 40

array normaal

Answer 40

LogR = midden B-allel frequentie = zowel wat BB, als wat AB, als wat AA

Question 41

array LOH

Answer 41

LogR = normaal B-allele frequentie= zonder middellijn. alleen AA en BB.

Question 42

array bij multipele myeloom

Answer 42

- verlies van hele p-arm chromosoom 2 - winst van q-arm chromosoom 2 - verlies van bepaalde regio van chromosoom 13 - afwijkingen op 17 p

Question 43

FISH vs SNP array

Answer 43

docu !

Question 44

reciproke translocatie

Answer 44

Bij een reciproke translocatie wisselen twee niet-homologe chromosomen stukken DNA met elkaar uit. Dit betekent dat een deel van het ene chromosoom naar een ander chromosoom wordt verplaatst, en omgekeerd. Deze uitwisseling is wederzijds (reciprok). Hierdoor kunnen er geen genen verloren gaan, maar wel kan de structuur van de chromosomen veranderen.

Question 45

robertsoniaanse translocatie

Answer 45

Twee chromosomen "smelten" samen tot één chromosoom, waarbij de korte armen van de chromosomen vaak verloren gaan. Deze korte armen bevatten meestal geen essentiële genen.