VO4.2: Moleculaire analyse van tumoren

Question 1

welk enzym voert transcriptie uit?

Answer 1

RNA polymerase II

Question 2

hoe werken algemene transcriptiefactoren van RNA poly II?

Answer 2

binden eerst aan promotor, waarna het RNA poly II bindt

Question 3

welke plek in het DNA is de promotor?

Answer 3

waar transcriptie begint

Question 4

waaruit bestaat een enhancer element?

Answer 4

basevolgorde in het DNA: deze binden specifieke transcriptiefactoren. deze bepaalt hoeveel transcriptiefactoen worden gemaakt

Question 5

waar in het DNA in de enhancer?

Answer 5

heeft geen vaste plek, kan zelfs in intron. wel meestal zelfde chromosoom

Question 6

5’- GGGTTACGAA- 3’ complementair met

Answer 6

5’TTCGTAACCC-3’

Question 7

in welke richting is DNA-synthese?

Answer 7

5’=> 3’

Question 7

welke mutatie in het DNA kan hebben plaatsgevonden wanneer het mRNA langer is dan normaal en het eiwit korter dan normaal?

Answer 7

splice donor mutatie

Question 8

voor primers heb je altijd

Answer 8

een foward en een backward nodig

Question 9

analyse DNA

Answer 9

• FISH
• PCR
• sequencing

Question 10

analyse RNA

Answer 10

• RNA plot
• RT-PCR

Question 11

analyse eiwitten

Answer 11

• westernblot
• immunokleuring

Question 12

FISH wat kan er worden onderzocht

Answer 12

• metafase chromosomen
• interfase kernen

Question 13

wat gebruikt FISH

Answer 13

probe: bekend stuk enkelstrengs DNA/RNA dat kan hybridiseren met specifiek enkelstrengs DNA/RNA => lichtgevende stipjes

Question 14

PCR target

Answer 14

tussen de 2 primers

Question 15

PCR toepassingen

Answer 15

• opsporen translocaties
• meten van mismatch repair activiteit

Question 16

western blotting toepassingen

Answer 16

• eiwitanalyse
• specifieke antilichamen

Question 17

welke info kan je verkrijgen met western blotting?

Answer 17

• grootte v eiwit: plaats van band (onder=klein)
• hoeveelheid eiwit: dikte van band
• modificatie (bv fusie-eiwitten door chromosomale translocaties)

Question 18

tumorsuppressorgenen moeten … genen worden uitgeschakeld om tumor te worden, oncogenen …

Answer 18

2 en 1

Question 19

twee plekken waar translocaties kunnen plaatsvinden

Answer 19

1. breekpunt bij coderend gen
2. breekpunt bij promotor/enhancer: gen verandert niet, expressie wel

Question 20

5 ‘primer PCR bindt … van gen
3’ primer PCR bindt … van gen

Answer 20

begin
eind

Question 21

hoeveel probes worden gebruikt bij BCR-gen?

Answer 21

2

Question 22

translocaties bij CML

Answer 22

1. ABL gaat van 9 => 22
2. BCR 5’ blijft op 22
3. BCR 3’ gaat van 22 => 9

Question 23

philadelphia gen bevat

Answer 23

ABL en BCR 5’

Question 24

welke kleuringen zijn nodig om philadelphia chromosoom aan te tonen?

Answer 24

- 5' prime PCR - ABL

Question 25

hoe zou de extra 8.5kb mRNA blot bij een CML pt verklaard kunnen worden?

Answer 25

fusie mRNA BCR-ABL; je ziet dezelfde band bij ABL probe als bij 5' BCR probe. met 3' BCR probe zou je het niet kunnen zien

Question 26

RT-PCR

Answer 26

1. mRNA uit beenmerg isoleren 2. mbv poly T primer en het enzym reverse transcriptase => cDNA 3. cDNA => PCR mbv primers specifiek voor BCR en ABL 4. DNA-fragmenten scheiden dmv gel elektroferese + DNA zichtbaar

Question 27

folliculair B-cel lymfoom chromosomen

Answer 27

- 14 = langer = IgH - 18 = korter = BCL-2

Question 28

folliculair B-cel lymfoom mensen

Answer 28

oude mensen

Question 29

folliculair B-cel lymfoom patho

Answer 29

BCL-2 gen dichter bij IgH enhancer dus BCL2-gen expressie onder controle van IgH enhancer waardoor transcriptie te sterk aan staat van B-lymfocyten.

Question 30

lymfoom van burkitt

Answer 30

c-myc gen van Chr8 naar enhancer van IgH-gen op Chr14. transcriptie c-myc = heel sterk gestimuleerd

Question 31

lymfoom van burkitt mensen

Answer 31

jong