Humana Genomet Flashcards
Vad är det humana genomet ?
Det är all vår ärftlig information, så som DNA
RNA (finns för virus)
”Genomic” vad är det?
Läran om genomet
- kartläggning
Målet med genomic är att kunna förstå alla kodande genom.
Hur ser det humana kromosom uppsättningen ut?
3 miljarder baspar stort.
Men inte en enda lång kromosom utan vi har 22 stycken, + XX eller XY
Hur kartlägger man sekvenser ?
Hur fungerar det?
Bland annat genom SHOTGUN sekvenser .
Det är en princip som går ut på: man Fragmenterar sitt DNA, slumpmässigt. Ett helt genom, delar upp detta. Och därefter sekvenserar man dessa bitarna i slumpmässig ordning.
Tillslut kan man foga ihop dessa kortare sekvenserna till en enda långsekvens= den gulene vägen (kallas det också)
Hur sekvenserades det mänskliga genomet ? Jag
Genom hierarchical shot Gun.
Där man delar upp genomet i mindre delar som man sparar i bakteriella kloner. Sen stoppar man mindre bitar i en vektor.
Därefter fungerar principen som en vanligt shotgun.
Hur fungerar sangers sekvensering (Di-deoxy) ?
Använder sig av polymeraser som ska kopiera biten DNA, och det är då den DNA man vill sekvensera. Man använder sig av modifierad nukleotider där en liten del av dem nukleotiderna som man använder under replikationen, är modifierad. På ett sätt som gör att elongeringen (replikationen) inte kan fortskrida, man har plockat bort en hydroxylgrupp.
Detta gör att man då och då får ett stop, på visa specifika positioner i sekvensen. Man låter då bara en av nukleotiderna vara förändrade på det här sättet, inte heller alla av just den nukleotiden är förändrade.
Då får man en elongering som ibland fortsätter och ibland stoppar specifikt på ex. C positionen, detta kommer sedan visa sig på en gel, då kan man göra samma för alla- de vill säga A, T osv
Hur fungerar NGS (next generation sekvensering)
Man fragmenterar DNA i små bitar (shotgun) sen logerar man på adaptrar som man sätter på små oligonukleotider på ändarna , som har känd sekvens.
Sen låter man adapter ligerade DNA-fragmenten binda in till en yta, som sitter i en flödescell. Där sitter de små korta oligonukleotider som har en bestämd sekvens, dem är komplementära mot dem här adapterna som ligerade på.
Det gör att fragmenten, fäster in där väldigt bra och sen så binder dem in ganska glest till ytan så dem sitter ensamma sen amplifierar man dem då (kopierar dem) det här liknar PCR.
Ett enstaka fragment kan kopieras upp till en hel liten skog av identiska fragment. = ett kluster som är klonalt.
Allt DNA i kluster är likadant, anledningen är att man har massa templat som kan användas för sekvensering räcker inte med en molekyl (ger dålig signal) man tillsätter nukleotider och primers, korta oligos, DNA polymeras och så börjar man replikera detta DNAt.
Då använder man sig av nukleotider som åter igen är modifierade, kopieringen stannar. Dem är fluorescens in märkta. Då kommer en bas inkopieras i samtliga kluster sen kan man ta reda på vilka baser som har inkopierats i varje kluster, genom en bild som tas.
Termineringen tas bort, cykeln körs om tillslut får man då många bilder man kan använda sig utav
Vad är ”Hugo” genomet?
Detta genom tog 15 år att göra och används idag för jämföra mot andra genom
Hur kan man annars kolla sitt genom?
Använder chip!
Kollar specifika ställen i genomet då. Bygger på att våra genom är väldigt lika.
Hur har NGS tillämpats på andra sätt?
Man kopplar ihop NGS med ändra tekniker så de blir ”större”
HI-C, vad är det?
Man tar genomet och så öppnar man upp de med nukleoas.
Sekvenserar på ett smart sätt, på ligerings punkterna och då ser man vilka bitar av vårt genom som har ligerats ihop. Hur förhåller sig dem i cellkärnan.
Uppbyggnad: vad är en gen ?
Gener innehåller viktig funktion som kan ge upphov till till funktionella produkter.
Antalet protein kodade gener var ca 20 000 gener. (Få?) dessa kan man kategorisera
I resten av genomet finns icke kodande RNA, mikroRNA, olika rada av icke kodande RNA finns! (Inprincip mRNA som intr kodar för protein men har nån cell funktion)
Hur ser kategorisering av protein kodande gener ut?
Exempel:
10% av alla mänskliga gener kodar för receptorer.
12% har DNA bindande domäner
Vad gör exoner och introner.
Protein kodande gener har Exon intron struktur, mycket klipps bort i slutändan intronerna försvinner.
Exonerna finns kvar!
Exoner kan vara delvis eller helt protein kodande.
Varför har man exon och intron strukturerna då? Jo man möjliggör variation, en gen kan ge upphov till många mRNA. (Splicing osv)
Man kan även ge evolutionen möjlighet att skapa nya gener ?
CpG öar, vad är det
Ställen som är rika på CpG.
- fosfodiesterbindningen = står p för.
- finns ofta nära promotorer
- vi CpG har vi troligtvis en gen häromkring
