Replikation i prokaryoter Flashcards
E.coli vart finns dess genetiska information?
Har ingen cellkärnan så den finns i cytoplasman.
Korfattat: Hur sker DNA replikation i bakterien ?
Tre steg:
- initiering = DNA replikationen ska starta,
- Elongering = all arvmassa ska kopieras
- Terminering
Startar i ett origin
DNA replikation sker semikonsikativt: innebär att varje ny dotter cell har en DNA sträng som är färäldra strängen och en sträng är ny.
Vad är semikonservativ?
Detta innebär att den nya dotter cellen är hybroid av en parental sträng och en nysyntetiserad sträng.
Hur fungerar då semikonservativ DNA replikation?
De fungerar genom att DNA fungerar som mall för sin egen syntes. Eftersom vi har baspar som alltid är samma så vet man exakt hur nästa nukleotid som ska sättas in.
Vad menas med att dubbel DNA är antiparallelt?
JO att ena strängen är har 5- ände till vänster med nedre strängen går i andra rikttningen och har 3-ände till vänster.
(5 prim änden börjar alltid vid fosfodiesterbindningen på femte kolet)
DNA syntestiseras i en viss riktning, vilken?
Alltid i 5 prim till 3 prim riktning.
Kedjan växter alltid från 5 prim änden och vidare mot 3 prim, 5 prim änden binden sig in till en OH-grupp.
Vad innebär leading och laggings strands?
DNA helixen är antiparallel, ena går från fem till tre och andra tre till fem, dessa kan inte exakt kopieras på samma sätt.
Den nedre strängen kan inte kopieras åt samma håll som den övre för då skulle de bloi två fem prim ändar mot varandra.
Den strängen kommer syntestiseras i korta okazaki fragment, så varje fragment syntetiseras bort mot replikationsgaffeln. I slutändan kommer dem små fragmenteten bilda en hel DNA molekyl.
Det behövs protein för att kunna utföra replikation, vad gör DNA-polymeras?
Det används för att syntetisera de nya DNA:t.
Finns flera olika av dessa proteiner. Men alla DNA polymeraser har grundläggande egenskaper.
- Syntetiserar alltid i fem till tre prim riktning
- Kräver en primer för att syntetisera DNA (för att kunna starta).
- Behöver en mall för DNA syntesen
I bakterier, vilken DNA-polymeras ansvarar där?
DNA-polymeras 3, måste arbeta noggrant och snabbt,
Duktig på att undvika mutationer, är väldigt noggrann att allt blir rätt.
Har inbyggt, att den selekterar rätt nukleotid. Känner av att den har basparat rätt och gör en godkännande för detta innan fosfodiesterbindningen bildas. Proofreading (korrekturläsning) kallas det den kan känna igen när något gått fel, och det görs om tills det blir rätt, ex. när basparing blivit fel.
Vad har “processivitet” med DNA polymeras att göra?
Möjligheten för enzymet att katalysera många reaktioner i följd utan att tappa substratet. Det vill säga utan att DNA ramlar av från templetstrand.
Detta får dem hjälp med från sliding clamp (B-clamp) att stanna på DNA. formar en ring runt DNA och håller fast DNA polymeraset. (behöver inte ha detta men går mycket snabbare)
Vad gör proteiner helikaser?
Dem öppnar upp de dubbelsträngade DNA:t.
Skapar enkeltsträngat DNA som används som mall för DNA polymeraset.
Består av sex subenheter som formar en ring runt, och med hjälp av ATP kan den röra sig framåt
Vad gör proteinet single-stranded DNA bidning proteins (SSB)?
Binder till enkelt strängat DNA som skapas av helikaset. För att stabilisera det enkel strängade DNA
för att DNA polymeraset ska kunna syntetosera en ny sträng, utan att åka in i sekundär strukturer. Enkel strängaat DNA kan väcka sig, och då blir det svårt för DNA polymeraset
Vad är viktigt för att DNA polymeraset ska kunna syntestisera ?
Kräver en primer! Den kan inte börja syntetisera DNA de novo.
Därför behövs primas enzymet, som kan starta RNA syntes de novo och kan börja plocka in och syntetisera en kort RNA bit som sen kan användas av RNA polymeraset.
Primaset behövs hela tiden på lagging strand (okazaki fragment), för att starta vid varje fragment.
Hur byts RNA primersarna till DNA, när allt är klart?
Dessa görs genom enzymer som är med, enzymer plockar bort RNA primers och kan därefter sammanfogas med en hel DNA bit.
- DNA polymeras 1 som avlägsnar RNA primern.
Vad gör DNA polymeras 1?
Det är som DNA polymeras 3 men ser till att:
- ta bort RNA primern mha sin 5´till 3´exonukleas aktivitet
- samtidigt syntetisera nytt DNA
