Microararys - overview
Análisis simultáneo de expresión de varios genes ==> cuándo y dónde se expresan
Paso 1 - Micromatriz
Fijas muchos fragmentos de DNA o secuencias génicas CONOCIDAS**(sondas de DNA) a un soporte físico (vidrio, silicón, nylon) en un patrón de series de puntos (c/punto con una sonda de DNA diferente)
**YA ESTÁN MAPEADAS A UNA REGIÓN CROMOSOMAL ESPECÍFICA
Paso 2
Extracción de RNA de una célula específica y síntesis de cDNA (TR) marcado con fluorocromos
Paso 3
El cDNA se hibridiza con su sonda complementaria en la micromatriz
Paso 4
La fluorescencia emitida del punto indica la cantidad relativa de mRNA en la muestra
Aplicaciones de microarray
- Análisis de expresión génica en tipos celulares específicos (cáncer de mama)
- Análisis comparativo de genoma: pérdidas/ganancias del material genético en c. cancerosas
Cáncer de mama: qué hicieron
- 78 muejres con cáncer de mama
- Se analizó el patrón de expresión de 25 mil genes de tumores primarios
Cáncer de mama - microarray
- mRNA —> cDNA —> marcado con fluorocromo
* C. cancerosas: rojo
* C. no cancerosas: verde - cDNA hibridizado con micromatriz de sondas de DNA de diferentes genes
- Evaluar fluorescencia
Signos
- Rojo: sobre-expresión de genes en c. cancerosa
- Verde: sobre-expresión de gen en c. sanas y sub-expresión en c. cancerosas
- Amarillo: misma expresión en c. cancerosa y sana
- Ausencia: no se expresa en ninguna cñellula
Conclusión - cáncer de mama
Identificación de 70 genes que predicen recurrencia de cáncer dentro de 5 años de tratamiento
Terapias más adecuadas
Lepra
- Mycobacterium lepra
*Lepromatosa (activa): lesiones típica y bacteremia
*Tuberculoide: lesiones que sanan espontáneamente y menos bacteria
CONCLUSIÓN: genes de respuesta inmune determinan expresión de lepra lepromatosa
Análisis comparativo del genoma - c. cancerosas
- Identificar ganancia/pérdida de regiones cromosomales específicas en muestras de tumor comparadas con c. normales
Análisis comparativo del genoma - c. cancerosas (EXPERIMENTO)
Sondas control: rojo
Sondas experimental: verde
-Signo amarillo: misma hibridación de DNA = región no alterada
- Signo verde: región cromosomal amplificada (están en c. cancerosas pero NO en sanas)
- Signo rojo: deleción en c. cancerosas (presente en c. sana pero NO en cancerosa)
Otras aplicaciones
- Detectar genes específicos
- Detección de SNP’s
- Detectar proteínas específicas
Desventajas
- No todas las moléculas se unen al microarreglo
- Pueden sobre/sub- estimar la expresión de un gen
