Quiz 5

Question 1

Definicion microarreglos

Answer 1

Metodología que permite la identificación de moléculas de ADN o ARN mediante hibridación en una estructura de vidrio o silicona

Question 2

Los microarreglos permiten la lectura de …

Answer 2

Miles de variantes en un solo ensayo

Question 3

Principio de complementaridad de los microarreglos

Answer 3

Hibridación de ácidos nucleicos

Question 4

De cuantos fragmentos es la secuencia de oligos (microarreglos) ?

Answer 4

15 a 25 nt

Question 5

Como se detectan los microarreglos?

Answer 5

Fluorescencia (BN marcadas)

(Los oligos son fluoroforos)

Question 6

En los microarreglos, mientras más presente este =

Answer 6

más fluorescente

Question 7

Microarreglo ADN

Answer 7

• SNPs
• 1nt x celda con oligo

Question 8

Microarreglo de ARN

Answer 8

• Analisis de expresion genica
• Enfermos vs sanos
• Identifica ruta metabólica

Question 9

Que se analiza en el microarreglo de ARN?

Answer 9

El cDNA (porque el RNA es muy inestable)

Question 10

Con que microarreglo piensas en polimorfismos específicos?

Answer 10

ADN

Question 11

Usos del microarreglo ADN

Answer 11

• Forense (amplificación de SNPs)
• Ciencias de la salud (enf metabólicas)

Question 12

Usos microarreglo de ARN

Answer 12

• Ciencias de la salud (comparación enfermos vs sanos)
• Microbiología (resistencia bacteriana)

Question 13

Que es la metilación de ADN?

Answer 13

Transferencia de grupos metilo en el carbono 5 de la citocina presentes en las islas CpG

Question 14

En los microarreglos de metilación, como sabes si esta metilada?

Answer 14

Cambia CpG por un uracilo.
Lo identificas en el software

Question 15

En los microarreglos de metilación, quien hace el marcaje para saber que no esta metilado?

Answer 15

Los bisulfitos (detectan las regiones no metiladas, cambian C por una T y sale color rojo)

Question 16

En los microarreglos de metilación, de que color sale cuando si esta metilado?

Answer 16

Verde
(Marca ACG)

Question 17

Que significa PCR

Answer 17

Reacción de cadena de polimerasa

Question 18

Quien invento la PCR?

Answer 18

Kary Mullis (1983)

Question 19

PCR convencional

Answer 19

• Amplifica una región genética específica
• Gel de agarosa o acrilamida

Question 20

PCR cualitativo

Answer 20

• Identifica presencia o ausencia de un fragmento especifico
• Diagnostico de infecciones

Question 21

PCR semicuantitativo

Answer 21

• Niveles de expresión de un gen (ARNm)
• Biopsias

Question 22

PCR cuantitativo

Answer 22

• Mide cuantos microorganismos o ARNm hay en un gen particular
• Curvas de referencia

Question 23

PCR múltiple

Answer 23

• Amplificación de varias regiones génicas en una misma reacción de PCR
• Cada región cuenta con su pares de oligos

Question 24

Cuales son las 3 etapas de la amplificacion en PCR?

Answer 24

• Desnaturalización
• Replicación
• Elongación

Question 25

Componentes de la amplificación en PCR

Answer 25

- ADN - Primers - DNA pol - dNTPs - Magnesio (cofactor)

Question 26

Funcion dNTPs

Answer 26

Ayudan a formar el enlace fosfodiester

Question 27

Desnaturalización (amplificacion PCR)

Answer 27

- Separa las 2 cadenas - 95°C, 5 min

Question 28

Cuantas veces se repiten los ciclos de amplificación? En PCR

Answer 28

35 veces

Question 29

Cual es el otro nombre de la PCR en tiempo real?

Answer 29

Cuantitativa

Question 30

Detección de PCR en tiempo real. SYBER green

Answer 30

- Cuantificación y expresión - Elemento intercalante - Ubica el cDNA

Question 31

Detección de PCR en tiempo real. TaqMan

Answer 31

- Más especifica - Sonda Probe - Necesita un primer para delimitar lo que quieres marcar - **Detecta SNPs**

Question 32

Que contiene la sonda Probe?

Answer 32

- Apagador/Quencher ( Q ) - Fluoroforo ( R )

Question 33

Ventajas PCR en tiempo real

Answer 33

- Ver eficiencia de la reacción - Ver la curva de amplificación al momento de hacer la PCR

Question 34

Que PCR se usa para COVID?

Answer 34

Tiempo real

Question 35

Principal objetivo de la proteomica

Answer 35

Entender la **expresión, función y regulación** del conjunto completo de proteínas codificadas por un organismo

Question 36

Técnicas para el estudio de las proteínas

Answer 36

- Electroforesis mono y bidimensional - Espectrometria de masas - Técnicas in silico

Question 37

La purificación de proteínas se monitoriza mediante…

Answer 37

SDS-page (gel electroforesis monodimensional para separar las proteinas)

Question 38

Electroforess bidimensional Separación de proteínas por:

Answer 38

- Isoelectroenfoque (IEE) —> punto isoeléctrico (PI) - Masa molecular

Question 39

Para que sirve la espectometría de masas?

Answer 39

- Saber que a.a. tiene la proteína y si coincide la secuencia - Huellas peptidicas

Question 40

En la espectometría de masas, que hace la tripsina?

Answer 40

**Muestras proteicas digeridas** Corta donde esta la arginina para identificar el a.a.

Question 41

Huella peptídica (peptide mass fingerprint)

Answer 41

- Hay péptidos que son específicos en algunas proteínas —> identifica proteínas - Usa espectometría de masas - Relación masa/carga

Question 42

Metodologías para evaluar interacción proteína-proteína

Answer 42

- Doble hibrído Y2H (yeast two hibrid screening) - FRET (energía fluorescente transferida por resonancia)

Question 43

Y2H

Answer 43

El factor de transcripción tiene dos partes: - Dominios de unión a ADN - Dominio de activación Si si interactúan las proteínas, se unen los dominios y empieza la transcripción

Question 44

FRET

Answer 44

- Para validar la interacción - Tiempo real - Microscópico Fluoroforos: - Donadores - Aceptor: emite la luz amarilla

Question 45

En FRET, CFP se excita a _____nm; emite ____nm (azul)

Answer 45

436nm 480nm Luz azul significa que no hay interacción

Question 46

Como saber si hubo interaccion entre proteínas con Y2H?

Answer 46

YFP se excita a 480nm, y emite una **luz amarilla** (535 nm)

Question 47

Western blot

Answer 47

- Técnica de detección de proteínas - Unión anticuerpo proteína mediante un marcador radioactivo - Se ve la imagen de la proteína cuando fluoresce

Question 48

Modificaciones postraduccionales

Answer 48

- Fosforilación - Acetilación - Metilación - Acilación - Ubiquitinación

Question 49

Fosforilación

Answer 49

Activación/desactivación de actividad enzimática

Question 50

Acetilación

Answer 50

- Estabilidad de proteínas - Regulación de la interacción proteínas-DNA (histonas)

Question 51

Metilación

Answer 51

Regulación de la transcripción

Question 52

Acilación

Answer 52

Modificación de lipidos - Localización - Anclaje de membrana

Question 53

Ubiquitinación

Answer 53

Señal para degradación de proteínas

Question 54

Métodos de separación de organelos

Answer 54

- Inmunofluoresencia - Fraccionamiento bioquímico —> detergentes

Question 55

Definición biomarcadores

Answer 55

Marcadores que se pueden utilizar en medicina para la detección precoz, el diágnostico, la estadificación o el pronóstico de enfermedades

Question 56

Los marcadores (biomarcadores) pueden ser:

Answer 56

- Metabolitos - Péptidos proteinas - Medidas de propiedades físicas (ej: la presión arterial)

Question 57

MALDI-TOF

Answer 57

Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight

Question 58

Uso de MALDI-TOF

Answer 58

- Moléculas grandes - Identificación de cepas bacterianas y fúngicas mediante masa/carga - Diagnóstico

Question 59

Técnicas de identificación de modificaciones postraduccionales

Answer 59

- Western-Blot - ELISAS - Espectometrías de masas

Question 60

Convenciones internacionales para normas y regulaciones éticas

Answer 60

- UNESCO - GDPR

Question 61

Principios básicos de la amplificación en PCR

Answer 61

- Complementaridad - Dirección 5’ —> 3’ (requiere que el extremo 3’ este libre)

Question 62

Ciclos de amplificación de PCR

Answer 62

- Temperatura de desnaturalización (95°C, 30 seg) - Temperatura de alineamiento (59-60°C, 30-40 seg) - Temperatura de extensión (72°C)