Trascrizione eucarioti

Question 1

Differenze trascrizione eucariotica - procariotica

Answer 1

Presenza dei fattori trascrizionali (senza i quali il processo non può avere inzio)
Tre diverse RNA polimerasi
Maggior numero di proteine accessorie
Presenza cromatina
No operoni policistronici

Question 2

Caratteristiche RNA pol I?

Answer 2

Trascrizione rRNA; nucleolo; no sensibilità amanitina

Question 3

Caratteristiche RNA pol II?

Answer 3

Più complessa; mRNA, snoRNA, snRNA e microRNA; nucleoplasma, sensibilità amanitina

Question 4

Caratteristiche RNA pol III?

Answer 4

tRNA e altri piccoli RNA; nucleoplasma; amanitina

Question 5

Caratteristica RNA pol in generale?

Answer 5

Proteine multimeriche, conservano subinità beta e beta ‘

Question 6

Classificazione fattori trascrizionali

Answer 6

Generali (TfII etc)

Inducibili e a monte (coattivatori e corepressori)

Question 7

Nomina tutte le sequenze regolatorie che conosci

Answer 7

Promotore; elementi prossimali al promotore (UAS); elementi regolatori a lungo raggio: enhancer, silencer, isolatori; boundary elements: LCR e MAR

Question 8

Famiglie di fattori di regolazione per RNA pol II

Answer 8

Elementi di posizionamento o “basali”: BRE, TATA box, INR, DPE (TATA less) + elementi di regolazione (prossimali ed enhancer)

Question 9

Cosa sono gli elementi isolatori?

Answer 9

Permettono di marcare il confine tra le regioni di eu- ed eterocromatina, bloccando l’azione di enhancer e di silenziatori in quelle regioni in cui non è necessario che la cromatina modifichi la sua trascrittività

Question 10

Cosa sono i LCR?

Answer 10

Sono delle regioni analoghe agli enhancer, ma orientamento dipendenti, interagendo con specifici fattori di trascrizione permettono, ad es., di attivare i geni delle globine

Question 11

Cosa sono le MAR?

Answer 11

Sequenze di controllo che legano i vari fattori proteici, ccontrollano l’associazione del DNA con la matrice e la formazione di domini a loop o anse di DNA

Question 12

Quale caratteristica rende la RNA pol II diversa dalle altre?

Answer 12

La presenza di CTD, ricco in ser, thr, pro e tyr. Se non è fosforilato la trascrizione può avere inzio, se è fosforilato può avere la fase di allungamento

Question 13

Qual è il promotore universale per RNA pol II?

Answer 13

TATA box (TATAAA)

Question 14

Cosa rende possibile l’inizio della trascrizione?

Answer 14

L’interazione della RNA pol II con fattori basali generali per formare PIC

Question 15

Qual è il primo fattore a legarsi a TATA?

Answer 15

Il fattore THIID; si lega nel solco minore del DNA attraverso un beta foglietto, distorcendo così il DNA (conformazione a “sella di cavallo”) e permettendo l’ingresso della RNA pol II e degli altri fattori di trascrizione. è costituito da TBP e TAF

Question 16

Quali fattori intervengono dopo TFIID?

Answer 16

TFIIB e TFIIF

Question 17

Qual è il ruolo di TFIIF?

Answer 17

Favorire l’interazione di RNA pol II alla regione del promotore

Question 18

Qual è il ruolo di TFIIB?

Answer 18

Permette l’inserzione della RNA pol II sul sito d’inizio, attraverso il suo dominio N terminale costituito da un nastro di zinco ricco in Cys. Permette contatto tra TBP e sequenza ricca in G:C che seque TATA

Question 19

Quali fattori si legano dopo TFIIF e TFIIB?

Answer 19

TFIIE che richiama TFIIH

Question 20

Qual è il ruolo di TFIIH?

Answer 20

Ha una doppia attività: elicasica ATP dipendente, che permette la denaturazione del promotore, ed un’attività chinasica che permette la fosforilazione della cotda CTD della RNA pol II e quindi l’inizio della fase di allungamento

Question 21

Cosa è TFIIA? Perchè non è considerato un fattore generale per l’inizio della trascrizione?

Answer 21

Stabilizza complesso TBP-DNA impendendo ingresso di altri fattori che potrebbero destabilizzare PIC. Non interviene sempre.

Question 22

Cosa sono i mediatori?

Answer 22

Sono fattori proteici che fungono da “ponti” tra i fattori di trascrizione del PIC e gli elementi enhancer, di modo che gli elementi enhancer possano promuovere assemblaggio PIC e attività chinasica TFIIH

Question 23

Quali sono i principali enhancer?

Answer 23

GC box e CAAT box; le GC box sono legate da proteina SP1, attivatore che recluta TFIID

Question 24

Cosa è il fattore TFIIS?

Answer 24

Fattore che limita pause RNA pol II nell’allungamento e coadiuva attività proofreading

Question 25

Come avviene l’attività proofreading nell’allungamento?

Answer 25

Attraverso un meccanismo di sintesi inversa dell’ultima base

Question 26

Quale fattore permette la dissociazione dell’ottamero istonico?

Answer 26

FACT

Question 27

Cosa caratterizza la fase di allungamento?

Answer 27

Capping estremità 5’ RNA, splicing, poliadenilazione

Question 28

Decrivi il meccanismo di 5’ end capping

Answer 28

SI parte dalla rimozione del fosfato in gamma dell’RNA (es.con RNA) attraverso l’enzima RNA trifosfatasi. Successivamente la guanil transferasi catalizza l’attacco nucleofilo del fosfato in beta con il fosfato in alfa del GTP: si crea legame 5’-5’ trifosfato (situazione insolita, resiste all’azione delle esoribonucleasi.
A questo punto una metiltrasferasi aggiunge un gruppo metilico in posizione 7 della GTP (a volte OH 2’ ribosio è metiltato)

Question 29

A cosa serve il 5’ CAP?

Answer 29

Protegge mRNA da degradazione; aumenta efficienza traduzione; facilita trasposizione mRNA da nucleo a citoplasma; aumenta efficienza splicing

Question 30

Cosa è la poliadenilazione al 3’ terminale?

Answer 30

Meccanismo attarverso il quale il complesso costituitio da CPSF, CstF e CFII crea un taglio nell’estremità 3’, di modo da permettere all’enzima PAP di intervenire aggiungendo residui A; le proteine PABP legano la coda di poliA

Question 31

Dove non si trova coda poliA?

Answer 31

Negli istoni

Question 32

Quali sono le funzioni di poliA?

Answer 32

Protegge mRNA da degradazione; aumenta efficienza traduzione; facilita trasposizione mRNA da nucleo a citoplasma; aumenta efficienza splicing