VL 5: Replikation Flashcards

Question

Replikationsgabel

Answer 1

* kann in **beide Richtungen** **abbauen** * Synthese nur in 3'-5'-Richtung aufbauen * Klenow-Fragment * DNA-Polymerase * 3'-5'Exonuclease

Answer 2

* nur ungepaarte Nukleotide am 3'-Ende werden entfernt * Radioaktivität verschwindet * radioaktiv markierte Templates (TATA) * bei Inkubation des Enzyms mit Template, radioaktivitaet bleibt erhalten * falsch gepaarte radioaktive Templates * bei Inkubation mit Enzym Pol I werden schnell entfernt * Nur ungepaarte Nukleotide am 3'-Ende werden entfernt

Answer 3

* energetische Bindung fehlt

Answer 4

* Polymerase entfernt den Primer * Auffuellen des Strangs * Ligase * NAD Cofaktor, * Anhaenung AMP, energetische Gruppe * Attacke

Answer 5

* Basenpaarung führt zu antiparallele Anordnung der DNA-Einzelstränge * Problem bei Neusynthese an gleichen Initiattionspunkt * Keine kontinuierliche Synhese möglich * Teilstücke (\<1000 bp) _Okazakifragmente_ * Kovalente Bindung

Answer 6

* Replikation wird an oriC initiiert * Replation dauert ca. **40 min** * Pol III synthetisiert 1000 Nucleotide/Sekunde * Pol I synthetisiert ca. 10 Nukleotide/Sekunde * Primase synthetisiert ca. 30-60 Nucleotide/Sekunde

Answer 7

* 2 Replikationsgabeln! * in schnellwachenden *e.coli* Zellen beginnt eine neue Runde der Replikation bereits vor dem Ende der Zellteilung *

Answer 8

* Replikationsursprung ori: GATC x 11 * DAM Methyliert am A * nach Replikation ist A nur am parentalen Strang methyliert (**hemimethyliert**) * nur wenn doppelt methyliert kann DnaA-protein binden * **DnA-ATP** * bindet an ORI, leitet Aufspaltung ein * unter Spaltung ATP * DnaA-ADP nicht in der Lage ORI wieder anzufeuern * Vorgang ADP zu ATP langsam * DnaA-ATP bindet noch an zwei andere Seq-Elemente der DNA * Gensequenz fuer DnA-Protein auf Chromosom, hat auch Promotor, im Promotor GATC, Dna-ATP bindet an eigenen Promotor und wirkt **reprimierend** → **autoregulatorisch** * eine Gensequenz mit 5 Bindestellen für DnaA-ATP (datA) → reduziert die Konzentration von DnaA-ATP

Answer 9

* 25 000 ori s * Euchromatin mehr Ori s als Heterochromatin * jedes Chromosom trägt viele Origins *

Answer 10

* An Terminatorsequenzen, die von Tus-Proteinen gebunden werden * Terminationssequenzen, an die Proteine binden, die Helicase inhibieren, sind in einer best. Reihenfolge * Ringe Verhaken sich → Concatemere, werden von Topoisomerase II aufgelöst

Answer 11

* Enzyme der Replikation * Wie wird Replikation initiiert? Wie ist die Initiation reguliert? * Was sind Okazaki-Fregmente? * Wie sieht die Replikationsgabel aus? * Wieso werden Nukleinsäuren immer in 5'-3'-Richtung verlängert?

Answer 12

- mehrere Replikationsgabeln * 25000 oris

Answer 13

- mehrere Replikationsgabeln * 25000 oris * 8 stunden dauert replikation * urspruenge mit autoradiogramm sichtbar machen., neu synthetisierte stellen sichtbar

Answer 14

* DNA Pol alpha/ Primase kann RNA Primer synthetisieren und DNA * DNA Pol delta und epsilon sind aber schneller * kommen nach

Answer 15

* Während der S-Phase muss die gesamte DNA 1x repliziert werden * es darf keine Regionen geben, die unrepliziert bleiben * führt zu Chromsomenbr¨chen während der Segregation * es darf keine Bereiche geben, die mehrmals repliziert wurden * führt zu Kopezahleffekten * Bei großen Zahl von Replikationsursprüngen: * wie kann dies gewährleistet werden?

Answer 16

* Replikatoren (oris) werden durch die Replikation inaktiviert * Wenn ORI gefeuert wurde dann ist ORI nicht mehr in der Lage Replikation zu initiieren * Weil an Zellzyklus Faktoren (Cdks) gekoppelt ist * Bildung des Präreplikativen Komplex (pre-RC) ist abhängig von diesen Zellzyklusfaktoren

Answer 17

* pre-RC * Assemblierung ORC auf ORI * ORC Origin Recognition Complex (6 Proteine), ist während des **gesamten Zellzyklus** an Origin gebunden * Platform für weitere Komponenten * Cdc6 und Ctd1 sind **Helicase-loading Proteine,** die Bindung an ORC erfolgt in **G1 → “Licensing Factor”** * Licensing Factor oder auch Der Mcm2-7 Komplex ist die **Replikationsgabel-Helicase** * Dieser Komplex entsteht in G1, wird aber **erst aktiv in der S-Phase**

Answer 18

* Kinasen selber entscheiden ueber ihre Kinaseaktivitaet * Kinasen sind Enzyme die ueber ATP-Verbrauch Phosphorylierungen durchfuehren * Phosphorylierungen veraendern eigenschaften Proteine * Cycline sind kleine Proteine * fungieren als Schalter für Kinasen * **niedrige Aktivität** der Kinase: * pre-RC-Formierung erlaubt * Aktivierung nicht erlaubt * **hohe Aktivität** der Kinase * pre-RC-Formierung inhibiert * Aktivierung existierender pre-RC

Answer 19

* G1: niedrig, Assemblierungsphase, pre-RCs werden geformt * S Phase: Cyclin Konzentration hoch, Aktivierungsphase, Helicase und Polymerase machen ihren Job, Verdopplung der pre-RC, * G2: pre-RC schrumpft * M: Verdopplung in Zellteilung, Mitosephase

Answer 20

* verschiedene Signalproteine akkumulieren zu unterschiedlichen Zeitpunkten * Interagieren dann mit Kinase (als Kofaktor mehr oder weniger) * andere Cycline aktivieren andere Kinasen * zu best. Zeitpunkten im Zellzyklus * je nachdem welche Cycline da sind und welche Kinasen da sind * Set von Proteinen aktivieren u.a. Licensing Faktoren

Answer 21

* Lagging strand kann am Telomerende nicht vollständig repliziert werden * ein Chromosom verkürzt sich *

Answer 22

* fuegt kurze repetitive Sequenzen an das 3' Ende an * Telomerase ist eine Reverse Transkriptase (=RNA-abhaengige DNA-Polymerase mit einer eigenen RNA als Matrize) *

Answer 23

* Schutzkappen für Chromosomen * machen Loops, da alles dieselbe Sequenz * Selbsthybridisierung * Schutz vor Exonukleasen * Schelterin: Proteine fuer Stabilisierung → dienen dem Schutz der Chromosomen

Answer 24

* Die Telomerase ist in somatischen Zellen nicht oder wenig aktiv. hier verkürzen sich die Telomere tatsächlich * In der Keimbahn, in Stammzellen und in Tumorzellen ist die Telomerase dagegen aktiviert