HC 25 Mutatie-analyse leukemie en nieuwe ontwikkelingen DNA-onderzoek Flashcards
1
Q
AML mutatieanalyse
A
- Er wordt op basis van mutatie gekeken naar het overlevingspercentage van AML patiënten
- Vervolgens wordt een geschikte behandeling toegepast
o Voorbeelden: NPM1 mutatie met of zonder FLT3
2
Q
Next generation sequencing (NGS)
A
- Een DNA-sequencing technologie met een hoog doorvoervermogen die het mogelijk maakt om tegelijkertijd miljoenen DNA-fragmenten snel en efficiënt te sequencen
- 1e generatie sequencing: Sanger sequencing
- 2e generatie: fragment vermenigvuldigen –> signaal om te sequencen
o Principe is hetzelfde alleen sequence grootte is verschillend
o Ion torrent sequencing
o SBS sequencing - 3e generatie: individueel sequencing
3
Q
Sanger sequencing
A
- DNA denatureren: dubbelstrengs –> enkelstrengs
- Primer binden aan het enkelstrengs DNA
- DNA polymerase
- Inbouwing van ‘ddNTP’ met kleur op DNA
- Telkens bouwt DNA 1 nucleotide meer
- Detector analyseert op basis van de grootte de kleur van nucleotide –> grafiek met volgorde –> mutatie detectie
4
Q
Voordelen NGS tegenover Sanger sequencing
A
- Grote hoeveelheid DNA/RNA parallel sequencen
- Sneller
- Zeldzame mutaties detecteren
- Meer informatie over structuur en complexiteit
5
Q
Next generation sequencing aanpak
A
- Sample en library preparation
- Library preparation: DNA fragment ophalen
- Adaptors toevoegen aan DNA
- Exonen filteren enkelstrengs maken
- Soortgelijk aan Sanger sequencing - Cluster generatie: kopieën van DNA
- Sequencing: fluorscentie op eerste plek bouwen
- Data analyse: DNA en reference genoom vergelijken en analyseren
6
Q
Toepassing NGS index met AML
A
- Bekende mutaties van AML weten we
- Op basis daarvan wordt een potentiële AML patiënt getest op 1 gen
- Als de patiënt overkomende mutaties heeft –> AML
7
Q
Integrative genome viewer (IGV)
A
- Genoomgegevens visualiseren en analyseren
- Mutaties allelen detecteren
