Cours 10 : génétique moléculaire

Question 1

Une variabilité pathologique du génome (mutation) doit avoir 3 caractéristiques : lesquelles?

Answer 1

Doit être une changement…

• permanent
• transmissible
• entraînant un phénotype patho

Question 2

L’humain a ___ milliards de nucléotides et _____ millions de variations génétiques en moy, en comparant au génome de référence. Environ _____ mutations surviennent de novo. La plupart des mutations (ont/n’ont pas) d’effet phénotypique (polymorphismes, récessif, rég non codante)

Answer 2

• 3
• 5-6
• 70
• n’ont pas

Question 3

Voici une liste de variations NON patho : placer en ordre de grandes, moy et petites.

• microsatellites
• SNP
• CNV
• indels
• LINE

Answer 3

Grandes :

• CNV
• LINE

Moy :
- microsatellites

Petites :

• SNP
• indels

Question 4

Quel est le type de mutation le plus fréq?

Answer 4

Substitutions

Question 5

Les 4 différentes conséquences des variations de génome, en ordre croissant de sévérité.

Answer 5

1) homologue : change codon, mais même a.a.
2) faux-sens : change codon pour un autre a.a.
3) non-sens : codon stop
4) altération du cadre de lecture (insertion/délétion n’étant pas multiple de 3)

Question 6

Éléments à considérer concernant à quel pt une mutation est grave (5).

Answer 6

1) fréq pop
2) conservation
3) impact sur ARNm
4) impact sur prot
5) fct du gène

Question 7

V/F?

La perte ou le gain de fct d’une prot peuvent entraîner un phénotype patho.

Answer 7

V

Question 8

Mécanismes associés aux gains de fct des prots. (5)

Answer 8

1) augmentation du dosage génique
2) altération de l’expression de l’ARNm
3) activité accrue de la prot
4) nouvelle fct de la prot
5) altérations toxiques à la prot

Question 9

Les mutations dynamiques…

Elles ont 3 niv et 2 stades de transition (en ordre croissant) : _________, __________, _________, __________, _________. Il y a 2 catégories : une avec les expansions _________, et l’autre, avec les expansions _________. Typiquement, répétition de ____nucléotides.

Answer 9

• normal
• zone grise
• prémutation
• zone de pénétrance réduite
• mutation complète
• ++ grandes
• bcp moins grandes
• tri

Question 10

Isolation de l’ADN…

Se fait dans des cells ________ (svt les ________). Il faut se servir des ____________ de l’ADN par rapport au reste du ____________. La technique principale utilisée est celle des ___________ (VS ancienne : __________). Ses avantages : __________ et ____________. Avec cette technique, l’ADN est absorbé sur ___________. Les autres substances restent dans _________. On peut évaluer l’efficacité de l’isolation par __________ (_____ nanomètres = absorbance max ADN) ou par ____________.

Answer 10

• nucléées
• leucocytes sanguins
• caractéristiques spécifiques
• contenu cellu
• sels chaotropiques
• phénol-chlorophorme
• non toxique
• automatisable
• colonne de verre/membrane
• l’eau
• densité optique
• 260
• teintures intercalantes

Question 11

Hybridation :

On construit une séq __________ (se nommant __________) qui est ____________.

Answer 11

• complémentaire
• sonde
• marquée

Question 12

Buvardage Southern…

Le principe de base est : _____________. On commence par une __________ de l’ADN génomique. Puis, on fait l’____________. On transfert le tout sur une ___________, en présence d’une _________ pour faire l’____________. La détection peut ensuite se faire par _____________. Cette technique permet de ___________________. Selon le nombre de bandes qu’on voit, il y a le même nombre de ___________.

Answer 12

• combinaison d’électrophorèse et hybridation
• digestion
• électrophorèse
• membrane
• sonde
• hybridation
• autoradiographie
• quantifier les grandes expansions (mutations dynamiques)
• gènes

https://www.youtube.com/watch?v=vBATs6Jhk44&t=197s

Question 13

Composantes de la réaction PCR (6). (ce dont on a besoin pour la réaction)

Answer 13

• ADN du patient
• amorces
• polymérases
• nucléotides
• tampon
• autres additifs si nécessaire

Question 14

PCR…

La polymérase la plus fiable est la ____. La technique consiste d’un ________ qui se répète et qui augmente la qtt d’ADN de x___ à chaque fois.

Answer 14

• Taq
• cycle
• 2

Question 15

PCR-migration…

Le principe de base est : _____________. Permet de _____________. Pour la détection du signal, c’est la __________ où se situe la bande p/r au _________ qui reflète sa taille. Pour l’interprétation : si la bande obtenue est derrière la bande initiale, il y a _____________. Pour l’inverse, c’est une ___________. Est utilisée pour les contaminations fœto-maternelles (s’il y a une ________) et les investigations judiciaires.

Answer 15

• électrophorèse capillaire des produits de PCR
• détecter insertions ou délétions
• distance
• puits
• délétion
• duplication/insertion
• 3e bande plus petite entre les 2 grandes

Question 16

PCR digestion…

Principe : une ___________ digère un ____________. Si la séq est reconnue, il y aura _______. Sinon, pas clivage. Applications : __________. Il est habituellement possible de trouver un site de restriction ______ ou ______ par la mutation que l’on cherche. Pour l’analyse, sur l’ordinateur, si le site est reconnu et devrait l’être, on va avoir un nombre ______ d’ADN ayant un nombre diff de pb. Par contre, s’il y a eu abolition d’un site de restriction par la mutation, on va avoir un nombre ______ d’ADN ayant un nombre diff de pb.

Answer 16

• enzyme de restriction
• prod de PCR
• clivage
• mutations ponctuelles récurrentes
• créé
• aboli
• assez restreint
• plus élevé

Question 17

ASPE (allele specific primer extension)…

Le tout commence par une __________ (comme bcp de techniques). On marque ensuite des _________ dont certaines ont un ____________. Si on détecte une __________, c’est qu’il y a eu ___________ dans l’ADN.

Answer 17

• amplification PCR
• amorces fluo
• mismatch 3’
• extension
• mismatch

Question 18

Sanger…

Commence par une ________, puis une ____________ et une ______________ avec mélange de _____________. Les _______ sont utilisés pour le marquage, car ils __________ la liaison du prochain dNTP (se nomme la ____________). L’incorporation de ddNTP est (précise/aléatoire). Ses applications : __________ _______________, ____________. Ne détecte pas les ____________.

Answer 18

• PCR
• dénaturation
• réamplification
• nucléotides modifiés marqués par fluo
• ddNTP
• empêchent
• chain termination
• aléatoire
• substitutions
• gènes avec GRAND NOMBRE de mutations dispersées
• petites insertions/délétions
• grandes anomalies

https://www.youtube.com/watch?v=FvHRio1yyhQ

Question 19

PCR temps-réel…

Principe : _______________. Elle peut se faire par _________ ou par _____________. La sonde _________ est composée d’un ___________ et d’un _____________. Quand la sonde se lie à l’ADN, le ____________ se libère et génère une fluo. Pour la discrimination allélique, on utilise la _________ des _________ pour distinguer les allèles. Pour la quantitative, on utilise le ___________ pour trouver les mutations.

Answer 19

• réaction PCR avec détection du produit simultanément
• discrimination allélique
• quantification
• Taqman
• rapporteur
• “quencher”
• rapporteur
• couleur
• allèles diff
• seuil arbitraire

https://www.youtube.com/watch?v=iu4s3Hbc_bw

Question 20

MLPA (multiplex ligation probe amplification)…

Méthode pour la recherche de ____________. Il y a une sonde ayant _________ qui doivent ____________ sur _________. La ___________ scelle ensuite les 2 sous-unités. Il y a ensuite ______________ et _____________ Selon la ________ détectée, on peut voir si il y a eu une duplication/délétion normale ou anormale.

Answer 20

• duplications/délétions
• 2 sous-unités
• s’hybrider côte-à-côte
• ADN
• polymérase
• amplification PCR
• électrophorèse
• qtt

Question 21

Le séquençage de nouvelle génération…

Permet de ____________ d’une analyse. Possibilité d’analyser plsrs __________ et plsrs __________ en même temps, grâce à un ____________. Premièrement, on utilise la sonication pour __________ l’ADN. Ensuite, on veut faire une étape de __________ pour isoler les _______ du _________ précis qu’on veut. On va donc prendre des “cribles de capture”. Après, on va lier le code-barre (adapteur). Suite à cela, on peut faire l’___________ en parallèle. Elle se fait par PCR-_________ (pas par PCR émulsion comme avant). Cette PCR se fait à chaque mol, dans un petit _________. Il y a une chain termination, comme dans Sanger, mais celle-ci est __________. Une fois cette étape faite, on a généré plsrs milliers de séqs d’environ ________ pb qui peuvent être attribuées à chaque patient. Il faut finalement procéder à l’____________ des séqs au bon endroit du ____________, puis identifier les ______________ qui pourraient être présentes, et voir si elles sont ___________ (pourraient expliquer le phénotype).

Answer 21

• multiplier l’info obtenue
• gènes
• patients
• code-barre moléculaire
• fragmenter
• capture
• exons
• gène
• amplification
• cluster
• compartiment
• réversible
• 100-150
• alignement
• génome
• variations
• pathologiques