Cours 3 : cytogénétique Flashcards

1
Q

Le caryotype permet de… (2 choses)

A
  • analyser structure des chromo

- comparer les 2 homologues

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2
Q

Chez l’humain…?

\_\_\_\_ paire(s) d'autosomes
\_\_\_\_ paire(s) de gonosomes
A
  • 22

- 1

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3
Q

Les étapes pour établir caryotype

A

1) compter nombre chromo
2) analyser les chromo sur…

a) taille (plus grand au plus petit)
b) forme
c) marquage particulier à chaque chromo (bandes claires et sombres)

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4
Q

La forme du chromo est déterminée par la ________. Cette forme est ________ pour une paire de chromo donnée, mais elle varie d’une ________ à l’autre.

A
  • position du centromère
  • constante
  • paire
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5
Q

Les 3 types de formes de chromosomes en caryotype.

A
  • métacentrique : 2 bras symétriques (position centrale du centromère)
  • submétacentrique : 2 bras asymétriques
  • acrocentrique (centromère à une extrémité : un très petit bras court)
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6
Q

Forme la + commune de chromo.

A

Submétacentrique

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7
Q

Les 5 chromo acrocentriques

A

13, 14, 15, 21, 22

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8
Q

Comment se nomme le long bras d’un chromosome sub métacentrique? Et le petit?

A
petit = p
grand = q
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9
Q

Les télomères sont des séq _______ d’ADN ayant rôle d’intégité.

A

répétitives

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10
Q

Le marquage chromosomique est __________ pour une paire DONNÉE et permet de la __________. Il varie donc ____________. Le plus utilisé est le marquage en _____________. Il est obtenu après traitement à la ___________ et coloration au ____________.

A
  • constant
  • distinguer d’une autre paire
  • d’une paire l’autre
  • bandes GTG/bandes G
  • trypsine
  • Giemsa
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11
Q

Quand est-ce que les cells sont étudiées dans le cycle cellu (quelle phase)?

A

métaphase (tous alignés, tous beaux)

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12
Q

Comment obtient-on des métaphase pour étudier les chromo?

A

1) spontanément

2) par stimulation

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13
Q

Ex. (2) d’obtention spontanée de la métaphase pour étude des chromo.

A

1) fibroblastes de la peau/fascia, ou amniocytes

2) cells tumorales

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14
Q

Ex. (1) d’obtention par stimulation de la métaphase pour étude des chromo.

A

lympho T sanguins peuvent se diviser suite à la stimulation par PHA

(normalement, ont fini leur différenciation, donc pas de div normalement)

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15
Q

L’obtention de chromosomes nécessite 3 choses : lesquelles? (préciser la substance utilisée)

A

1) culture cellu
2) arrêt du cycle cellu en métaphase en ajoutant inhibiteur du fuseau mitotique : Colcemid
3) récolte des chromo après traitement hypotonique de la cell (lyse)

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16
Q

Qu’est-ce que la “formule chromosomique”?

A

composition d’une cell donnée

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17
Q

De quoi est constituée la formule chromosomique? (3)

A

1) nombre total de chromosomes par cell
2) gonosomes (XX ou XY)
3) indication de l’anomalie chromosomique (s’il y a lieu)
ex. 47, XX, +13… ou …47, XX, trisomie 13

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18
Q

Combien de cells, au min, doit-on analyser pour déterminer la constitution chromosomique d’un individu?

A

10

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19
Q

Lors de la détermination de la constitution chromosomique d’un individu (que les 10 cells sont analysée), quel est le résultat maj? Et le min?

A

maj : toutes les cells ont même formule chromosomique (normale ou anormale)

min : 2 types ou plus de cells chez même individu

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20
Q

Comment appelle-t-on la trouvaille de 2 types ou plus de cells chez même individu lors de sa constitution chromosomique?

A

Mosaïcisme

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21
Q

On parle de “mosaïcisme” pour une anomalie chromosomique lorsque les types cellu provient du même __________. On parle de ___________ cellu dues à des anomalies dans la ___________ des chromo.

A
  • zygote
  • lignée
  • ségrégation mitotique
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22
Q

On parle “d’anomalie chromosomique” quand…? Y a-t-il un effet sur le phénotype?

Sinon, on parle de quoi? Effet sur phénotype?

A
  • modification de l’euchromatine des chromosomes : effet sur phénotype.
  • sinon, modification de l’hétéro = VARIANT chromosomique = sans effet sur phénotype
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23
Q

Quelles sont les 2 grandes catégories des anomalies chromosomiques?

A
  • anomalies de nombre

- anomalies de struct

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24
Q

2 types d’anomalies de nombre, avec description

A
  • polyploïdie : addition d’un ou plsrs compléments haploïdes (n)… ex. 69 chromo, 92 chromo…
  • aneuploïdie : touche une seule paire d’homologues dont le nombre est augmenté ou diminué (ex. monosomie, trisomie)
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25
Q

Quelles sont les 3 sortes de triploïdie?

A

1) dignynie : gamète F = 46 chromo
2) Diandrie : gamète M = 46 chromo
3) Diandrie : 2 gamète M fécondent 1 gamète F

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26
Q

Avec quelle combinaison de gamètes (XXX, XXY, XYY) peut-on distinguer digynie et diandrie?

A

XYY permet de dire que c’est assurément une diandrie (mais on ne sait pas laquelle)

(car diandrie = matériel M doublé)

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27
Q

Triploïdie :

a) cause la + fréq
b) phénotype de la cause la + fréq
c) cause la - fréq
d) phénotype de la cause la - fréq
e) viabilité

A

a) diandrie (double fécondation = la + fréq)

b)
- kystes du placenta
- retard de croissance IMP

c) digynie

d)
- placenta hypotrophique
- syndactylie 2-3
- RCIU (retard de croissance in utero)

e) peu viable

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28
Q

Aneuploïdie :

a) causes
b) viabilité

A

a)
- erreur dans la répartition
des chromo lors de la div
cellu (de la méiose)
- âge maternel avancé (+35 ans) = facteur de risque

b) monosomies pas viables, sauf pour chromo X. ( on verra trisomies plus tard)

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29
Q

Quels sont les 2 types de non-disjonction, quel est le + et - commun, et explication de chacun.

A

N-D méiose 1 :

  • 2 chromo homologues demeurent dans même gamète
    • commun

N-D méiose 2

  • 2 chromatides sœurs demeurent dans même gamète
  • moins commun
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30
Q

La maj des trisomies origine de la ________ (maternelle/paternelle). L’exception à la règle est pour la trisomie du chromo ____, où la méiose 2 est + fréq. L’effet de l’âge maternel est présent pour les erreurs en méiose 1 et 2.

A
  • méiose 1
  • maternelle
  • 18 (Edward)
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31
Q

Quels sont les 3 facteurs de risque pour la non-disjonction (et préciser si c’est à tout âge ou chez la femme plus âgée, et quelle méiose est affectée).

A

1) absence de recombinaison (tout âge) : méiose 1
2) recombinaison en positions télomériques (tout âge) : méiose 1
3) recombinaisons péricentromériques (femme âgée) : méiose 2

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32
Q

Quels sont les 2 facteurs en cause augmentant les risques de trisomie chez les femmes plus agées?

A
  • patrons de recombinaisons

- vieillissement du fuseau mitotique (plus de désorganisation mitotique)

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33
Q

Syndrome de Turner…

a) formule chromosomique
b) % des conceptions
c) % résultant à avortement spontané
d) phénotype sévère si mort avant naissance
e) cause maj
f) incidence
g) phénotype post-natal importants
h) intelligence

A

a) 45,X (donc uniquement chez filles)
b) 2%
c) 90%
d) œdème sous-cutanée
e) non-disjonction dans gamètes M
f) 1/2000

g)
- courte taille proportionnée
- insuffisance ovarienne par dysgénésie gonadique : infertilité

h) normale (difficultés spatio-temporelles et d’attention possibles)

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34
Q

Le syndrome de Turner est causé par un problème du chromo X : quel est ce problème (2 cas possibles, maj et min)

A

maj : formule chromosomique = 45, X (un manquant)

min : anomalie de struct d’un chromo X (isochromosome Xq, délétion, etc.)

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35
Q

Triple X…

a) formule chromosomique
b) phénotype féminin ou masculin?
c) incidence
d) phénotype
e) intelligence

A

a) 47, XXX
b) féminin (XXX… pas de Y)
c) 1/1000 filles
d) grande taille
e) normale, mais moins que fratrie (difficultés d’apprentissage fréq)

N.B. : fertilité normale (si tu ne le dis pas dans tes phénotypes, c’est que c’est normal)

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36
Q

Syndrome de Klinefelter

a) formule chromosomique
b) phénotype féminin ou masculin?
c) incidence
d) phénotype
e) intelligence

A

a) 47, XXY (felther cause it’s him)
b) mascu
c) 1/500 gars

d)

  • grande taille
  • hypogonadisme : infertilité
  • risque gynécomastie (dév tissu mammaire)
  • caractères sexu 2aires peu dév

e) normale, mais moins que fratrie (difficultés d’apprentissage fréq)

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37
Q

47, XYY…

a) phénotype féminin ou masculin?
b) incidence
c) intelligence

A

a) masculin
b) 1/900
c) normale, mais moins que fratrie (difficultés d’apprentissage fréq) et (impulsivité… étude douteuses)

38
Q

Syndrome de Down

a) formule chromosomique
b) incidence
c) cause maj
d) cause min
e) phénotype
f) intelligence

A

a) 47, XX ou XY, +21
b) 1/660 : augmente avec âge maternel
c) non disjonction méiotique lors de méiose maternelle
d) translocation et mosaïcisme

e)
- hypotonie
- traits physiques caractéristiques (occiput plat, visage rond, protrusion langue, plis palmaires transverses, clinodactylie du 5e
- malformation cardiaques (40%)
- malformations gastro-intestinales
- risque de leucémie ++

f) retard mental léger à modéré ; bon tempérament

39
Q

Syndrome de Patau

a) formule chromosomique
b) incidence
c) phénotype
d) intelligence
e) viabilité

A

a) 47, XX ou XY, +13 (Pato… chiffre 13 chanceux)
b) 1/5000

c)
- fente labio-palatine
- polydactylie
- malformation cérébrale sévère
- malformations cardiaques, rénales et autres

d) retard mental sévère

e)
- médiane : 7j
- 91% décèdent 1ère année

40
Q

Syndrome d’Edward

a) formule chromosomique
b) incidence
c) phénotype
d) intelligence
e) viabilité

A

a) 47, XX ou XY, +18 (Edward turned 18 et court les mains fermées et les pieds en pistolet)
b) 1/6000-8000

c)
- retard de croissance
- mains fermées
- pieds en pistolet
- malformations cardiaques, dig, rénales

d) retard mental sévère

e)

  • médiane : 14,5j
  • 5-10% = plus d’un an
41
Q

Les anomalies de structures sont des modifications de la ________ des chromo, presque tjrs dues à des _____________. Un chromo peut être cassé ___________ fois transversalement. Il peut y avoir (uniquement un/plusieurs) chromo cassé(s) en même temps. Les pts de cassure ont tendance à _____________. Un fragment chromosomique persiste dans la cell au cours de la div cellu uniquement s’il _______________.

A
  • forme
  • cassures
  • 1 ou plsrs
  • plsrs
  • se recoller entre eux
  • contient un centromère
42
Q

Suite à une/des cassures chromosomiques, 3 choses peuvent arriver au fragment : lesquelles.

A

1) se perd
2) peut se recoller exactement comme il était avant la cassure (on ne le verra pas)
3) se recoller différemment (au même endroit ou ailleurs)

43
Q

Quel est le nom donné quand le chromosome ayant une seule cassure et qui est conservé dans la cell fille (car présence de centromère)?

A

Délétion terminale

44
Q

Syndrome du cri-du-chat…

a) cause
b) phénotype
c) intelligence

A

a) délétion terminale du bras court du chr 5 (Pouthcy is always the 5th wheel)

b)

  • retard de croissance (pas comme Poutchy)
  • cri caractéristique à la naissance (comme Poutchy)

c) retard mental (comme Poutchy)

45
Q

Qu’est-ce qu’une délétion interstitielle?

A

2 cassures dans un même bras chromosomique : perte du matériel entre les 2 pts (puis fusion des 2 pts)

46
Q

Qu’est-ce que l’inversion paracentrique?

A
  • 2 cassures affectent le même bras chromosomique
  • il n’y a pas perte du segment
  • le segment se recolle à l’envers
47
Q

Qu’est-ce que l’inversion péricentrique?

A
  • 2 cassures affectent chacun des bras chromosomiques (le bras court p et le bras long
    q) et est donc de part et d’autre du centromère
  • le segment se recolle à l’envers
  • ce type d’inversion change la position du centromère
48
Q

Qu’est-ce que la translocation?

A
  • 2 cassures qui se produisent sur 2 chromosomes différents (une
    cassure sur chaque chromosome)
  • échange de matériel
  • recollage des segments
49
Q

Les 2 types de translocation

A

1) réciproque
2) robertsonienne

chacune peuvent être équilibrée ou déséquilibrée

50
Q

Qu’est-ce qu’une translocation réciproque équilibrée?

A

Translocation entre longs bras de chromo non-homologues

51
Q

Les translocations réciproques équilibrées (font/ne font pas) varier le nombre de chromo. Elles (font/ne font pas) intervenir une perte de matériel chromosomique, donc (affectent/n’affectent pas) le phénotype.
Elles présentent un risque de ____________ lors des div de la méiose, donc il y a un risque accru de…
1) ________
2) ________
3) ________

A
  • ne font pas
  • ne font pas
  • n’affectent pas
  • ségrégation non-équilibrée
  • phénotype anormal CHEZ DESCENDANTS
  • FAUSSE COUCHE
  • INFERTILITÉ
52
Q

Diff entre fausse couche et infertilité.

A

infertilité = gamètes pas viables

fausse couche = gamètes viables, mais pas zygote

53
Q

Chez le porteur d’une translocation réciproque équilibrée (pour les deux chromosomes
impliqués dans la translocation), ses GAMÈTES peuvent contenir 3 options : lesquelles?

A
  • 2 chromosomes normaux
  • 2 chromosomes transloqués mais équilibrés (comme le parent porteur)
  • 1 chromosome transloqué et 1 normal.
54
Q

La translocation robertsonienne survient après cassures et recollement des centromères des chromo ___________ (___________). Il y a alors fusion _________ des 2 chromo. Ceci (fait/ne fait pas) varier le nombre de chromo. Il y a donc une petite ________ de matériel (les ____________ des 2 chromo acrocentriques) qui sont constitués d’(hétéro/euchromatine). Il (y a effet/n’y a pas effet) sur le phénotype chez le porteur.
La translocation robertsonienne présente un risque de ____________ lors des div de la méiose, donc il y a un risque accru de…
1) ________
2) ________
3) ________

A
  • acrocentriques
  • 13, 14, 15, 20, 21
  • centrique
  • fait (45 chromo VS 46)
  • perte
  • bras courts
  • hétéro (donc compte pas comme déséquilibre)
  • n’y a pas
  • ségrégation non-équilibrée
  • phénotype anormal CHEZ DESCENDANTS
  • FAUSSE COUCHE
  • INFERTILITÉ
55
Q

La translocation robertsonienne non équilibrée est en cause dans quoi?

A

2,5% des cas de trisomie 21

56
Q

Entre l’homme et la femme, quel parent porteur a un plus grand risque de récurrence de trisomie 21?

A

F (15%, VS H = 1%)

57
Q

Qu’est-ce qu’une “ségrégation non équilibrée”? Qu’est-ce que cela engendre?

A
  • quand, dans une translocation, il y a un chromo transloqué et un normal.
  • zygote avec monosomie ou trisomie partielles combinées : si viable, phénotype anormal
58
Q

Les 2 modes de détection des anomalies chromosomiques, avec sous-catégories.

A

1) caryotype

2) techniques de cytogénétique moléculaire
- FISH : “hybridation in situ en fluorescence”
- micropuces (hybridation génomique comparative sur micropuce)

59
Q

Déf de “FISH”.

A

APPARIEMENT d’une SÉQ d’ADN CONNUE d’acides
nucléiques (la SONDE) et MARQUÉE avec une molécule
FLUORESCENTE À une ou des SÉQ COMPLÉMENTAIRES QU’ON VEUT
ÉTUDIER

60
Q

Quand/sur quoi se fait FISH?

A
  • chromosomes en métaphase
  • nx interphasiques de cells fixées
  • frottis
  • empreinte
  • section de tissus
61
Q

L’hybridation s’Effectue grâce à une alternance des processus de …?

A

dénaturation et de renaturation de l’ADN

62
Q

Les 3 étapes de FISH.

A

1) dénaturation de la sonde ET
de l’ADN génomique à étudier

2) hybridation des 2 ADN simple brin
et renaturation

3) visualisation au microscope à
fluorescence

63
Q

Qu’est-ce que le FISH amène de plus?

A

Permet détection d’anomalies chromosomique inframicroscopiques (non visibles au caryotype)

(c’est le “ctrl + f” de la génétique)

64
Q

Quels sont les 2 types de sondes, avec sous-catégories.

A

1) sondes à séq répétitive :
- sondes centromériques
- sondes télomériques

2) sondes à séq unique (séq d’une rég spécifique du génome : ADN non répétitif)

65
Q

Pour quel diagnostique est utilisée la sonde à séq unique dans le FISH?

A

Diagnostique des syndromes de microdélétion et microduplication

66
Q

3 raisons d’utiliser le FISH.

A

1) préciser anomalie complexe
2) diagnostiquer micro-remaniements chromosomiques
3) FISH interphasique pour le diagnostique rapide

67
Q

Le choix de la sonde du FISH se fait grâce à quoi?

A

Aux infos cliniques

68
Q

Nomme 4 syndrome classiques de microdélétions chromosomiques (pour lesquelles ont utiliserait donc le FISH pour diagnostiquer)

A

1) S. velo-cardio-facial/Di George
2) S. de Williams
3) S. de Prader0Willi
4) S. d’Angelman

69
Q

Syndrome Di George…

1) microdélétion sur quel chromo?
2) incidence
3) phénotype

A

1) 22 (George is a size 22)
2) 1/4000

3)
- DYSMORPHIE
- CARDIOPATHIE
- anomalie du PALAIS
- HYPOTHYROÏDIE
- hypoplasie du THYMUS

(- retard psychomoteur
- retard de croissance)

70
Q

V/F?

Microdélétions récurrentes se font majoritairement “de novo”.

A

V

71
Q

Les microdélétions récurrentes sont dues à une _________ homologue non allélique durant la _________, menant à une _________ de la région entre les répétitions sur un chromosome, et à une __________ de la région entre les répétitions sur l’autre chromosome.

A
  • recombinaison
  • méiose
  • délétion
  • duplication
72
Q

Syndrome de Williams…

a) habituellement de novo?
b) % risque de transmission pour les atteints
c) incidence
d) phénotype
e) chromosome affecté

A

a) oui
b) 50%
c) 1/7500

d)
- retard mental
- retard de croissance
- lèvres proéminentes
- iris en étoile
- sténos aortique
- hypoplasie de l’émail

e) 7 (William wants to be Ronaldo)

73
Q

Syndrome de Prader Willi…

a) chromosome affecté
b) phénotype
c) complications
d) traitement
e) délétion maj
f) diagnostique comment?
g) incidence
h) gène exprimé sur copie paternelle

A

a) 15

b)
- hypotonie néonatale
- difficultés alimentaires 1ère année
- hyperphagie par la suite : prise de poids ++
- retard de développement et mental
- teint pâle
- yeux amande
- petites mains et petits pied
- hypogonadisme

c) diabètes et apnées obstructives
d) GH, restriction calorique, exercices, réadaptation
e) allèle paternel
f) par FISH SLMT SI DÉLÉTION
g) 1/10 000-30 000
h) SNRPN (bruit quand tu ronfle d’apnée obstructive)

74
Q

Syndrome d’Angelmann…

a) chromosome affecté
b) délétion paternel ou maternel?
c) phénotype
d) gène exprimé sur copie maternelle
e) incidence
f) diagnostique comment?

A

a) 15
b) M

c)
- retard mental important
- ataxie
- rires inappropriés

d) UBE3A
e) 1/12 000-24 000
f) par FISH

75
Q

Différences entre les microduplication VS microdélétion.

A

Phénotypes peu distinctifs, moins typés, moins sévères. (donc + difficile à suspecter cliniquement)

76
Q

Dup(15)(q11q13)… (duplication)

a) phénotypes
b) diagnostique comment

A

a)
- retard mental et autisme
- convulsions
(-peu de malformation)

b) sur nx interphasiques (difficile sur métaphase)

77
Q

Le FISH interphasique est important pour quelle patho?

A

IMP pour pronostique dans des Leucémies (myéloïde chronique et aigüe lymphoblastique)… parfois non visibles au caryotype

78
Q

Concernant le FISH et le diagnostique de leucémies, la fusion de quels gènes le FISH reconnaît-il? Cette fusion est due à quoi?

A
  • BCR et ABL

- due à translocation 9; 22

79
Q

La translocation 9; 22 implique quoi concernant le FISH et le diagnostique de leucémies (i.e. : que voit-on sans et avec translocation)?

A

Sans : 2 signaux séparés

Avec : signaux fusionnés (on voit les couleurs collées… très clair si tu zoom sur l’image de la diapo 94)

80
Q

Pour la technique du CGH (hybridation génomique comparative)…

Le principe est simple : on ________ de __________ d’un patient avec un _________. Cette comparaison s’effectue grâce à __________ de ces ADN marqués en
___________ sur un _______ d’ADN. La préparation chromosomique contrôle est appelée : ________________. Les fragments de l’ADN génomique que l’on veut étudier sont appelées : ____________. Le patient est évalué par un __________ qui scan l’_________ de la fluorescence des 2 ADN. On peut déceler 2 choses : une ___________ ou une _________ pour le patient. C’est le (BAC/Oligo) array qui est le plus utilisé de nos jours.

A
  • compare
  • l’ADN
  • ADN contrôle
  • l’hybridation (dénaturation et renaturation, comme FISH)
  • fluorescence
  • support
  • lame cytogénétique
  • micropuce/sonde
  • ordinateur
  • intensité
  • duplication (surplus)
  • délétion (perte)
  • Oligo
81
Q

Quel est l’avantage des oligonucléotides VS BAC pour le type de micropuce du CGH?

A

Meilleure résolution et plus rapide.

82
Q

Les oligonucléotides du CGH peuvent être marqués avec ou sans marqueurs de SNPs. Explique ce que c’est.

A

SNP = single nucléotide polymorphism : le type le + commun de polymorphisme. Polymorphisme = pas grave normalement, donc pas nécessairement utile de les déceler.

83
Q

Quel est le but ultime de micropuce dans le CGH?

A

Détection de CNV (variant de nombre de copie) pathogénique expliquant un phénotype.

84
Q

V/F?

Un variant du nombre de copie (CNV) n’est généralement pas grave.

A

V : plupart de CNV = non pathogéniques (présent dans 5-13% du génome), donc généralement pas grave.

85
Q

Avantages d’hybridation génomique sur micropuce (CGH) VS FISH (3)

A

1) + précis
2) + sensible pour détection duplication
3) ne nécessite pas cells en div

86
Q

Pour le CGH, si le bloc de pts se trouve au-dessus de la ligne méd, qu’est-ce que ça veut dire? Et en-dessous?

A

Dessus = duplication

Dessous = délétion

87
Q

Désavantages d’hybridation génomique sur micropuce (CGH).

A

1) IMP : NE PERMET PAS de détecter remaniements équilibrés (ex. TRANSLOCATIONS, inversions, etc.)
2) ne permet pas de voir l’organisation cytogénétique de remaniement détecté
3) limite quant à la détection des mosaïques (anomalie de 20% et plus détectable)
4) polymorphismes sans conséquences sur génome = fréq
5) risque (éthique) de trouver une nouvelle patho qu’on ne cherchait pas

88
Q

Pour voir les translocations, il faut prendre quel moyen d’analyse?

A

Caryotype

89
Q

Les 4 critères pour déterminer la pathogénicité d’une délétion ou d’une duplication sur CGH.

A

1) taille du remaniement
2) survenu de novo
3) type de gène impliqué et lien avec le phénotype le + fort
4) littérature et bases de données

90
Q

Le prélèvement de quoi peut être nécessaire à l’interprétation des anomalies trouvées chez le patient par CGH?

A

ADN parental (pour translocation par ex.)

91
Q

Dans quelles situations utilisons-nous le CGH?

A

Pour patients avec…

  • retard mental/de dév
  • autisme
  • malformations
92
Q

Pk et chez qui utiliser le caryotype (VS CGH)?

A

a) Recherche de remaniements chromosomiques équilibrés chez…

  • couples avec avortements spontanés ++
  • infertilité
  • histoire familiale d’un tel remaniement

b) Recherche de mosaïcisme
c) phénotype clair d’une anomalie chromo détectable par caryotype (ex. trisomie 21)