ENCODE

Question 1

regiones que se pretende identificar con ese proyecto

Answer 1

• genes codificantes para proteínas
• genes que no codifican para proteínas
• elementos reguladores de la transcripción
• secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica

Question 2

como es la fase piloto del encode?

Answer 2

• evaluar estrategias para identificar regiones del genoma
• fase de desarrollo tecnológico: identificar o crear nuevas estrategias computacionales y de lab para caracterizar secuencias previamente identificadas y descubrir nuevas regiones

Question 3

cantidad de regiones que se eligieron para estudiar

Answer 3

44 regiones (30mb, 1% del genoma)

Question 4

que se generó con los resultados obtenidos?

Answer 4

una base de datos

Question 5

qué se quería identificar en estre poroyecto?

Answer 5

regiones de ADN que transcriban ARN (porque son las funcionales)

Question 6

que metodología se uso en ENCODE?

Answer 6

Hibridacion ChiP-chip (cromatine immunoprecipitation) (chip= se hace en un chip)

Question 7

para qué sirve la hibridación ChiP-chip

Answer 7

permite la indetificacion de los sitios de union de las proteinas que se unen al ADN (Factores de transcripcion, histonas, reguladores de cromatina)

Question 8

proceso de ENCODE

Answer 8

1. Primero se le pone formaldehido para fijar las proteínas luego se le pone el anticuerpo para que se una con el FT
2. Luego tenemos que romper la cadena de ADN con lisis
3. Ya cortado tenemos pedazos cortitos de ADN que contienen adn y los factores de transcripción y vas a identificar los marcados con anticuerpos mediante otros anticuerpos
4. Luego lo precipitas y desechas el resto para solo dejar los que están marcados por el anticuerpo
5. Luego ya separadas las cadenas que quieres lo que haces es eliminar las proteínas (FT) mediante proteinasas para solo dejar los fragmentos de adn libres aislados
6. Luego lo secuencias en un chip replicándolo muchas veces y luego pones los nucleótidos para que se complementen con las sondas con fluoroforo
7. En los chips cuando se complementan se libera el fluoruro y podemos identificar como es la cadena como con las otras secuenciaciones que habíamos visto

Question 9

que organismos analizaron?

Answer 9

10 vertebrados seleccionados x posición filogenética

Question 10

en que regiones se hizo la secuenciación?

Answer 10

en regiones ortólogas (ancestro en comun)

Question 11

cual era el fin de este analisis?

Answer 11

encontrar elementos conservados a nivel evolutivo

Question 12

qué aporta el ENCODE?

Answer 12

ayuda a desarrollar herramientas computacionales para utilizar secuencias comparativas para inferir funciones biológicas

Question 13

en qué revista y cuando se publicó en encode 2?

Answer 13

Natue, enero 2019

Question 14

que se publicó en encode 2?

Answer 14

la colección de 13 artículos en donde se abordan los acercamientos a la estructura y funcionamiento de la info genética

Question 15

motivos de los FT

Answer 15

• mapeo de 119 regiones en donde se observa unión de protes a DNA
• componentes de RNA pol en 72 tipos de células (ChIP-Seq)
• 87 fueron secuencia específica de FT
• 8.1 del genoma tiene regiones de DNA con unión a protes
• FACTORBOOK: catálogo de sitios de unión a FT

Question 16

que dice el artículo 2?

Answer 16

• los sitios de union a FT ayudan a explorar las propiedades de la cromatina
• evaluan unión de H3K27me3: modificación epigenética en la histona H3, trimetilación de lisina 27 (trimetilación: inactiva)

Question 17

qué se hace el artículo 4?

Answer 17

realizaron modelos de predicción que exploran la interacción entre las modificaciones de las histonas y los promotores

Question 18

qué se hizo el artículo 5: Regulación epigenética del RNA?

Answer 18

se encuentran 2 tipos de promotores:
* islas C-G en menor cantidad que TATA
* caja TATA

Question 19

qué se hizo en el artículo 6: caracterización de RNAs no codificantes?

Answer 19

• utilizar la técnica CAGE-seq (detecta cap) para identificar sitios de inicio de transcripción (TSSs)
• RNAs de menos de 200 NT han sido asociados