Week 2 colleges

Question 1

Wat is een transitie in het DNA?

Answer 1

Purine → purine of pyrimidine → pyrimidine

Question 2

Wat is een transversie in het DNA?

Answer 2

Purine → pyrimidine of pyrimidine → purine

Question 3

Wat houdt spontane hydrolyse in?

Answer 3

Binding tussen base en suiker verbreekt, je houdt een suiker zonder base over → depurinatie

Question 4

Waar leidt spontane hydrolyse tot?

Answer 4

1 basepaar deletie

Question 5

Wat houdt deaminatie van basen in?

Answer 5

Aminogroep verdwijnt, leidt tot omzetting van cytosine naar uracil (die hoort niet in DNA)

Question 6

Waar leidt deaminatie van basen tot?

Answer 6

Verandering van complementariteit

Question 7

Hoe zorgen zuurstofradicalen voor DNA schade?

Answer 7

Radicalen zetten guanine om tot 8-oxoguanine, dit paart met adenosine. Tijdens replicatie vindt de omzetting van G → T plaats.

Question 8

Hoe zorgt benzo[a]pyreen voor DNA schade?

Answer 8

• Metabool geactiveerd: wordt omgezet in benzo[a]pyreen dial epoxide (BPDE)
  
  • Veroorzaakt chemische adducten die DNA dubbelhelix verstoren
  • BPDE reageert voornamelijk met guanine residu
  • Tegenover G-BPDE wordt een A residu ingebouwd - verandering complementariteit

Question 9

Welke chemische adducten verstoren de DNA dubbelhelix niet?

Answer 9

• Spontane hydrolyse
• Deaminatie
• Oxidatieve DNA schade

Question 10

Wat wordt door base excisie reparatie (BER) gerepareerd?

Answer 10

Kleine adducten

Question 11

Wat herkent DNA schade?

Answer 11

Specifieke DNA glycosylases

Question 12

Wat zijn de stappen van BER?

Answer 12

1. DNA glycosylase herkent schade
2. Endonuclease herkent AP site en maakt knip in DNA; AP site wordt verwijderd
3. Herstel: DNA polymerase en ligase

Question 13

Waartoe dient nucleotide excisie reparatie (NER)

Answer 13

Herstel van grote adducten

Question 14

Waar dient globaal genoom NER voor?

Answer 14

Schadeherstel om kanker te voorkomen

Question 15

Wat doet de scanning bij globaal genoom NER?

Answer 15

XPC/RAD23B complex

Question 16

Wat doet de scanning bij transcriptie gekoppeld NER?

Answer 16

RNA pol II complex

Question 17

Wat zijn de stappen van NER?

Answer 17

1. Herkenning van schade
2. Openen van omringend DNA
3. Verwijderen van schade (en aangrenzende gebieden van dezelfde streng
4. Herstel

Question 18

Welke DNA glycosylase herkent deaminatie?

Answer 18

Uracil DNA glycosylase (UNG)

Question 19

Hoe werkt uracil DNA glycosylase (UNG)?

Answer 19

• UNG verwijdert ongewenst uracil
• Creëert een abasische plaats (AP)

Question 20

Wat is een abasische plaats?

Answer 20

Plaats zonder purine of pyrimidinebase

Question 21

Welke glycosylase herkent oxidatieve DNA schade?

Answer 21

8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)

Question 22

Wat is er defect bij xyoderma pigmentosum?

Answer 22

Het globaal genoom NER

Question 23

Wat is er mis bij cockayne?

Answer 23

Transcriptie-gekoppeld NER

Question 24

Wat gebeurt er bij XP?

Answer 24

Extreme zongevoeligheid, huidkankerontwikkeling

Question 25

Wat gebeurt er bij cockayne?

Answer 25

Versnelde veroudering

Question 26

Wat zijn 3 mogelijke ‘templates’ tijdens DNA herstel?

Answer 26

1. Complementaire streng 2. Zusterchromatide 3. Homologe chromosoom

Question 27

Welke 2 manieren bestaan er om dubbelstrengse DNA breuken te herstellen?

Answer 27

1. Niet-homologe DNA eindverbinding 2. Homologe recombinatie

Question 28

Waarom is NHEJ onnauwkeurig?

Answer 28

Het gebruikt geen ‘template’

Question 29

Waarom is homologe recombinatie nauwkeurig?

Answer 29

Het gebruikt een ‘template’, het zusterchromatide

Question 30

Wat doet NHEJ?

Answer 30

Direct aan elkaar ligeren van de twee uiteinden van een DNA breuk

Question 31

Wat doet homologe recombinatie?

Answer 31

Het uitwisselen van DNA strengen tussen DNA moleculen

Question 32

Waar gaat celdeling ten koste van bij NHEJ?

Answer 32

Nauwkeurigheid in DNA code. Er vindt een kleine deletie plaats

Question 33

Waarom is de onnauwkeurigheid bij niet-homologe DNA eindverbinding positief voor antilichamen?

Answer 33

Het vergroot de diversiteit

Question 34

Wat zijn homologe chromosomen?

Answer 34

Twee vergelijkbare maar niet identieke kopieën van elk chromosoom

Question 35

Wat is het nut van RAD51 eiwitten?

Answer 35

Ze identificeren en bevorderen baseparing tussen het gebruiken en intacte zusterchromatide

Question 36

Wat gebeurt en bij recombinatie als de zusterchromatide gemuteerd is?

Answer 36

Dan wordt de beschadigde streng ook gemuteerd

Question 37

Welke 3 mechanismen dragen bij aan de nauwkeurigheid van de DNA replicatie?

Answer 37

1. Baseselectie 2. Proofreading 3. Mismatchreparatie

Question 38

Hoe werkt mismatchreparatie?

Answer 38

Eiwitten herkennen de mismatch, roepen EX01 op die een deel van de foute strand wegneemt en dan komt een polymerase om het op te lossen

Question 39

Wat ligt ten gronde van Lynch syndroom?

Answer 39

Een defecte mismatch reparatie

Question 40

Wat zijn 2 manieren van het aantonen van een mismatch reparatie defect?

Answer 40

1. Immunohistochemische kleuring 2. Microsattelite instability assay

Question 41

Wat zijn microsattelieten?

Answer 41

Microsatellieten bestaan uit korte repeterende sequenties, meestal di-, tri- of tetranucleotide repeats

Question 42

Waarom heeft bij mismatch reparatiedefecten een miscosattelite assay nut?

Answer 42

Defect mismatch reparatie leidt tot microsatelliet instabiliteit

Question 43

Wat maakt het moeilijk om Lynch syndroom te vinden?

Answer 43

Tumoren van Lynch zitten meestal rechts in de colon

Question 44

Wat wordt geadviseerd bij Lynch-geassocieerd colorectaal carcinoom?

Answer 44

een totale colectomie met een ileorectale anastomose (IRA)

Question 45

Welk herstelmechanisme wordt bij ioniserende straling, zuurstofradicalen, alkylerende stoffen en spontane reacties gebruikt?

Answer 45

BER

Question 46

Welk herstelmechanisme wordt bij UV licht en polycyclische aromaten gebruikt?

Answer 46

NER

Question 47

Welke herstelmechanisme wordt bij antikanker medicatie gebruikt?

Answer 47

Recombinationele reparatie

Question 48

Welk herstelmechanisme wordt bij replicatiefouten gebruikt?

Answer 48

Mismatch repair

Question 49

Wat is de functie van topoisomerase?

Answer 49

Enzym dat zorgt dat 2 DNA strengen die door elkaar lopen door elkaar heen getrokken kunnen worden en los van elkaar kunnen komen

Question 50

Wat is het nut van het remmen van topoisomerase?

Answer 50

Remmer laat breuk wel toe, maar het doortrekken niet; allemaal breuken ontstaan en leiden tot chromosomale afwijkingen en cellen plegen apoptose.

Question 51

Wat houdt synthetische letaliteit in?

Answer 51

- Bepaalde reparatie uitzetten die in tumorcellen voorkomt - Zowel tumorcellen en normale cellen kunnen reparatie 1 niet meer gebruiken, maar normale cellen kunnen reparatie 2 nog gaan gebruiken

Question 52

Waarom werkt NHEJ niet als er een enkelstrengs breuk is?

Answer 52

Omdat er geen tweede DNA uiteinde is

Question 53

Hoe wordt een replicatie-geassocieerd enkelstrengs breuk opgelost?

Answer 53

dmv homologe recombinatie

Question 54

In hoe veel van de gevallen is borstkanker erfelijk?

Answer 54

5-10%

Question 55

Waar hebben mensen met een gemuteerd BRCA gen meer kans op?

Answer 55

Borst- en ovariumkanker

Question 56

Hoe zorgt een PARP inhibitor ervoor dat BRCA tumorcellen dood gaan?

Answer 56

Het zorgt voor replicatie en ophoping van dubbelstrengs breuken, normale BRCA cellen of HR proficiënte cellen kunnen dit wel oplossen, tumorcellen niet

Question 57

Waarom werken PARP1 remmers niet voor borstkanker?

Answer 57

Naast BRCA wordt POLQ ook gebruikt om het DNA te repareren