4 - Proteomics, metabolomics, microRNA, siRNA Flashcards
Hoe ontstaan tryptische fragmenten?
Het darmenzym trypsine knipt de peptidebindingen van eiwitten op specifieke plaatsen: op arginine (R) en lysine (K). Hierdoor ontstaan er bepaalde fragmenten die we tryptische fragmenten noemen.
Hoe kunnen we een eiwit identificeren?
Er is een sampleplaat waar een positieve pool in zit, waardoor de peptiden worden afgestoten. Verderop is een negatieve pool, waardoor de peptide deze richting op gaat bewegen. De snelheid die een peptide heeft is afhankelijk van de massa. De computer meet hoeveel deeltjes er per tijdseenheid de plaat raken.
Hoe kunnen we eiwit-interacties identificeren?
Je voegt een antilichaam toe wat het eiwit herkent wat je wil onderzoeken. De andere kant van het antilichaam wordt vastgemaakt aan iets wat onoplosbaar is. De rest van de eiwitten zitten niet vast, als je dus de overgebleven eiwitten wegwast, blijven alleen de eiwitten over die vastzitten aan het eiwit wat je wil onderzoeken.
Hoe kun je eiwit-modificaties onderzoeken?
We kunnen een eiwitmengsel wederom in kortere fragmenten knippen via trypsine. Vervolgens kunnen we het eiwit identificeren via massa-spectometrie. Als er sprake is van een modificatie (zoals fosforylering), zal het eiwit zwaarder worden.
Hoe zouden metabolieten een marker kunnen zijn voor de aanwezigheid van een tumor?
Een kenmerk van tumoren is de verandering van het energiemetabolisme. Dit zou een verandering van metabolieten in het bloed kunnen geven en hierdoor zou dit een marker kunnen zijn voor de aanwezigheid van een tumor.
Wat zijn 3 redenen dat mRNA niet altijd voorspellend is voor de eiwit(activiteit)?
- Translatie controle
- Eiwitafbraak
- De activiteit kan gereguleerd worden
Hoe nemen we genen die niet coderen voor eiwitten, maar voor stukken RNA die de translatie mRNA beïnvloeden?
micro-RNAs
Hoe kunnen micro-RNAs de translatie van RNA verminderen?
Deze kunnen ingebouwd worden in het RISC-complex en kunnen binden aan het 3’-uiteinde van een RNA-molecuul. Hierdoor kan het de translatie van het RNA verminderen.
Wat voor belang heeft microRNA voor kanker?
MicroRNA-16 bindt aan Bcl-2 RNA en Cdc25A RNA. Bcl-2 komt tot expressie waardoor apoptose geremd wordt. Cdc25A is betrokken bij de celcyclus progressie, waardoor dit toeneemt. Dit zijn beiden kenmerken voor tumoren.
Hoe kunnen siRNAs voor mRNA-afbraak zorgen?
siRNAs zijn stukjes die wij de cel inbrengen. De cel zal het vervolgens inbouwen in het RISC-complex. Hierdoor wordt dit RNA gevonden en afgebroken of niet meer tot expressie gebracht.
Hoe noemen we de mRNA-afbraak die siRNA induceert?
RNA-interferentie.
Wat is een voordeel van RNA-interferentie?
RNA-interferentie kan voorkomen dat eiwitten die essentieel zijn voor de groei van kankercellen tot expressie komen.
