caractérisation des interactions

Question 1

C’est quoi une interactions

Answer 1

C’est les interactions entre les composantes de la machinerie biochimique des cellules organisant la matière, l’information, et les transformations d’énergie pour permettre des fonctions spécifique

Question 2

C’est quoi l’équation de la liaison d’un ligand à un site d’une macromolécule

Answer 2

M+X –Ka> MX

Question 3

C’est quoi l’équation de la constante d’association

Answer 3

Ka = [MX]/([M][X])

Question 4

C’est quoi l’équation de la constante de dissociation

Answer 4

Kd = 1/Ka = ([M][X])/[MX]

Question 5

C’est quoi l’équation pour estimer le pourcentage de macromolécule lié

Answer 5

%Mlié = [MX]/([M]+[MX])

Question 6

C’est quoi l’équation pour estimer le pourcentage de ligand lié

Answer 6

%Xlié = [MX]/([X]+[MX])

Question 7

Que son les facteurs déterminé pour la formation de complexes in vivo

Answer 7

Les conditions physico-chimiques, le bon repliement, la compartimentalisation, les modifications et la présence de cofacteurs

Question 8

Comment est ce que la co-immunoprécipitation (co-IP) fonctionne

Answer 8

Elle fonctionne par la sélection d’une protéine connue par son anticorps et ses partenaires de liaisons. il est possible de détecter des protéines spécifiques à l’aide d’anticorps. Elle ne peut pas démontrer si l’interaction est directe ou indirecte

Question 9

Comment est ce qu’on démontre les interaction par co-IP avec WB

Answer 9

Avoir une hypothèse de l’identité, posséder des anticorps anti-A et anti-B et interaction stable en présence du détergent utilisé pour la lyse cellulaire

Question 10

Que sont les avantages de la co-immunoprécipitation

Answer 10

Elle peut démontrer des interactions entre protéines endogènes qui ont lieu dans une cellule

Question 11

Que sont les inconvénients de la co-immunoprécipitation

Answer 11

Il faut génèrer des anticorps spécifiques , on ne peut pas affirmer que l’intéraction soit directe, des interactions peuvent être détruites par la lyse et le traitement et faux positifs créés par la lyse

Question 12

C’est quoi l’avantages de protéine avec étiquettes et co-IP

Answer 12

La même étiquette peut être réutilisée et l’ajout de deux étiquettes permet une double purification

Question 13

C’est quoi l’inconvénients de protéine avec étiquettes et co-IP

Answer 13

C’est l’ajout de l’étiquette peut masquer un site de liaison ou en créer un nouveau site artificiel et expression à partir de vecteurs d’expression

Question 14

Comment la détection peut être adaptée pour le criblage à haut débit

Answer 14

En combinant la méthode de co-IP avec des études de protéomiques basées sur la spectrométrie de masse

Question 15

Que sont les avantages de la détection des protéines co-IP par spectrométrie de masse

Answer 15

Permet le criblage à haut débit des protéines d’interaction, quand le génome est séquencé il est possible de chercher les banques de données pour identifier le gène qui correspond aux peptides obtenus

Question 16

Que sont les inconvénients de la détection des protéines co-IP par spectrométrie de masse

Answer 16

Possibilités de faux positifs, car l’identification de protéines à partir de banques de données est complexe, des peptides ne peuvent pas être identifier, les expériences doivent être répétées pour assurer la reproductibilité et la grande quantité de données sont difficile à interpreter

Question 17

C’est quoi l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP)

Answer 17

C’est une variante de la méthode co-IP pour l’identification d’interactions ADN-protéines

Question 18

Que sont les résultats du ChIP

Answer 18

Ces des fragments enrichis d’ADN lié à une protéine particulière

Question 19

Comment est déterminé le fragment avec ChIP

Answer 19

L’identité du fragment d’ADN est déterminé par séquençage ChIPseq qui est un séquençage à haut débit

Question 20

Comment on fait l’identification d’ARN liant les protéines par RIP et CLIP

Answer 20

Utilisation d’anticorps pour isoler des complexes ribonucléoprotéiques

Question 21

C’est quoi RIP

Answer 21

C’est ARN-immunoprecipitation par crosslink

Question 22

C’est quoi la variante de RIP

Answer 22

C’est RIP natif et nRIP prévient les artéfacts de crosslink, mais pas les artéfact de réassociation

Question 23

C’est quoi CLIP

Answer 23

C’est UV-crosslinked immunoprecipitation

Question 24

C’est quoi la variante de CLIP

Answer 24

C’est par-CLIP qui fait que la formation du crosslink est plus efficace et permet l’identification précise du site de liaison

Question 25

Comment fonctionne l'essai de marquage par proximité

Answer 25

La protéine est fusionné à une enzyme qui va marquer d'autre protéine, c'est enzyme permettent l'ajout de biotine aux protéines, les protéines sont enrichies puis analyser par M/S

Question 26

l'essai de marquage par proximité est effectué avec quoi

Answer 26

Avec un contrôle négatif appelée référence spatiale

Question 27

C'est quoi la streptavidine

Answer 27

C'est une protéine tétramérique qui a une affinité record pour la biotine qui permet de purifier les protéines conjuguées à la biotine

Question 28

C'est quoi l'avantage de l'essai de marquage par proximité

Answer 28

Permet de déterminer les protéines à proximité de notre protéine d'intérêt dans la cellule avant la lyse et permet de déterminer la localisation cellulaire de notre protéine indirectgement

Question 29

Que sont les inconvénients de l'essai de marquage par proximité

Answer 29

Ne mesure pas la présence d'interactions entre la protéine appât et les protéines marquées par la biotine juste la proximité, la fusion entre la ligase et notre protéine d'intérêt peut créer des faux positif et négatifs, et nécessite l'expression exogène de la protéine fusion ce qui peut créer des artéfacts

Question 30

Comment on construit les deux protéines hybrides du système double-hybride

Answer 30

On fusionne la protéine cible avec le domaine de liaison à l'ADN d'un activateur transcriptionnel et on fusionne le domaine activateur d'un activateur transcriptionnel, avec diverse protéines ou divers fragments dans le but d'identifier un partenaire de liaison

Question 31

Pourquoi les gènes recombinant sont introduits chez la levure

Answer 31

Pour être exprimés

Question 32

Qu'est ce quand les deux protéines hybrides interagissent

Answer 32

La transcription du rapporteur est activée, et peut être détectée

Question 33

Que sont les avantages du concept du double hybride

Answer 33

les interactions sont direct, pas d'hypothèse, peut analyser des interactions précises et peut être adapté au criblage à haut débit

Question 34

Que sont les inconvénients du concept du double hybride

Answer 34

Plusieurs faux positif causé par la dépendance sur la surexpression de protéines fusion et on peut pas inférer une absence d'interaction

Question 35

Qu'est ce que la méthode de complémentation de fragment protéiques (PCA) fait

Answer 35

Elle permet la détection d'interactions entre protéines à des niveaux endogènes

Question 36

Que sont les avantages du PCA

Answer 36

Permet l'étude in vivo, très sensible, adapté à plusieurs type cellulaires, adapté à diverses application

Question 37

Que sont les inconvénients du PCA

Answer 37

Tendance à l'auto-assemblage des fragments protéiques et la création de protéines de fusion peut masquer un site de liaison ou en créer un nouveau site artificiel

Question 38

Qu'est ce que l'accumulation de données sur des interactions protéine-protéine permet

Answer 38

Elle permet d'établir des cartes d'interactions qui aboutissent à l'interactome

Question 39

C'est quoi un interactome

Answer 39

C'est l'ensemble des interactions moléculaires dans la cellule

Question 40

Comment est ce qu'on quantifie les interaction

Answer 40

par une verification des interactions in vitro avec des macromolécules purifiées et la résonance plasmonique, la calorimétrie et le retard sur gel

Question 41

C'est quoi l'équation de l'énergie libre de liaison

Answer 41

G=RT*ln(Kd) = H - TS

Question 42

C'est quoi l'affinité

Answer 42

C'est la force de l'interaction non-covalente mesurée par le Ka/Kd. Plus l'affinité est grande plus le Ka est élevée et le Kd est faible

Question 43

C'est quoi la spécificité

Answer 43

C'est la capacité d'une molécule de lier un ligand par rapport à certains autres

Question 44

C'est quoi la résonance plasmonique de surface (SPR)

Answer 44

C'est une méthode biophysique qui permet de détecter en temps réel des interactions sur une molécule attachée à une surface

Question 45

Que fait SPR

Answer 45

Elle permet de visualiser en temps réel des interactions entre biomolécules non marquées dans un débit continu de tampon

Question 46

Qu'est ce qui arrive durant un SPR

Answer 46

Un des réactifs est retenu sur une interface appelée sensor chip, l'analyte dilué dans un tampon circule à flux constant à la surface du biocapteur et l'association ou dissociation modifient la réfringence du milieu et décalent la position de l'angle de résonance

Question 47

C'est quoi un sensorgramme

Answer 47

C'est l'enregistrement de la variation de l'angle de résonance qui permet de suivre en temps réel la fixation des molécules injectées sur le biocapteur

Question 48

Qu'est ce qui produit un sensogramme

Answer 48

l'enregistrement du signal de résonance qui est exprimé en unité de résonance (RU)

Question 49

C'est quoi les équations d'association et dissociation avec sensogramme

Answer 49

Ka = kass/kdiss et Kd = kdiss/kass

Question 50

Que sont les avantages de SPR

Answer 50

étude d'interaction en temps réel. applicable à un grand nombre de molécules, plus de deux partenaires, rapide, données cinétiques et thermodynamiques et pas de marqueurs

Question 51

Que sont les inconvénients de SPR

Answer 51

immobilisation d'une molécule sur une surface peut interférer et on peut pas évaluer l'homogénéité

Question 52

C'est quoi la calorimétrie à titrage isotherme

Answer 52

C'est une méthode biophysique qui permet de mesurer la chaleur générée ou absorbée par une interaction moléculaire en solution

Question 53

Qu'est ce qui arrive durant une expérience ed calorimétrie typique

Answer 53

Une solution est titrée dans une solution du partenaire de liaison dans la cellule expérimentales et il y a une chaleur produite ou absorbée, puis le système mesure et compense pour la différence en chaleur

Question 54

Que sont les données brutes de la calorimétrie

Answer 54

La puissance requise pour maintenir la différence en chaleur à chaque injection

Question 55

Qu'est ce que l'intégrale de la puissance permet

Answer 55

Elle permet de mesurer la chaleur résultante du processus qui est ensuite porté sur graphique en fonction des ratios molaires du ligand par rapport à son partenaire

Question 56

Que sont les avantages de la calorimétrie à titrage isotherme

Answer 56

Elle permet de déterminer tous les paramètres de liaison, mesure directement Kd, pas de marquage

Question 57

Que sont les inconvénients de la calorimétrie à titrage isotherme

Answer 57

peut pas être déterminer si deltaH est faible ou nul, nécessite beaucoup de matériel, ne permet pas de mesure l'homogénéité

Question 58

Qu'est ce que le retard sur gel permet

Answer 58

Il permet de déterminer si une protéine interagit avec une séquence donnée et d'établir dans certains cas

Question 59

Que sont les avantages du retard sur gel d'électrophorèse

Answer 59

facile à réalisé, pas beaucoup de matériel, mesure directement le Kd, révèle des complexe et la stœchiométrie, définie le site de liaison d'acide nucléique et permet de vérifier l’homogénéité conformationnelle de nos macromolécules

Question 60

Que sont les inconvénients du retard sur gel d'électrophorèse

Answer 60

pas équilibrer, l'ARN doit être marqué, les complexes instable sont difficiles à détecter et difficile à réaliser avec de petits peptides