Structure tertiaire des acides nucléiques

Question 1

À quoi ressemble la forme globale de l’ARN

Answer 1

à une galette dont l’épaisseur est celle d’une ou de plusieurs doubles hélices

Question 2

Que font les liaisons hydrogènes et l’empilement de base

Answer 2

Joue un rôle énergétique très important dans la formation des doubles hélices et des autres éléments de structures secondaires qui sont très stable

Question 3

Que sont les interactions stabilisante impliqué par la formation de structure tertiaires

Answer 3

la structure des régions non pairées, l’empilement coaxial: empilement de bases bout-à-bout de doubles hélices et des interactions qui empaquettent les hélices

Question 4

Comment les charges négatives des phosphates stabilisent la structure de l’ARN

Answer 4

Ils se retrouvent à l’extérieur en contact avec le milieux aqueux

Question 5

Que font les ions métalliques

Answer 5

Ils neutralisent les interactions de répulsion entre charges négatives

Question 6

Comment ce forme les régions simples brin

Answer 6

A basse temp et à de haute concentration en sels, les bases s’empilent, les riboses adoptent des conformations C3’-endo et la forme hélicoïdale est à droite

Question 7

Qu’est ce qui arrive quand la temp augmente et la C baisse dans les régions simple brin

Answer 7

L’empilement des bases devient moins important

Question 8

Que sont les tendance de l’empilement des régions simple brin

Answer 8

a, G > C> U

Question 9

Que sont les extrémités des hélices

Answer 9

Ce sont des prolongements simple brin d’une hélice qui stabilisent les duplexes

Question 10

Qu’est ce qui est spécial de l’extrémités 3’

Answer 10

Ils sont thermodynamiquement plus stable que ceux en 5’

Question 11

Qui stabilisent plus les purines ou les pyrimidines

Answer 11

les purines

Question 12

C’est quoi le motif U-Turn

Answer 12

Cest le premier motif de boucle terminale

Question 13

Le motif U-turn est généralement dans quoi

Answer 13

Dans les boucles anticodon, TpsiC des ARNT et chez l’ARNr

Question 14

C’est quoi la séquence consensus du motif U-turn

Answer 14

UNR (N est un nucléotide, R c’est une purine)

Question 15

Que sont les caractéristiques structurales du motif U-TURN

Answer 15

Pont H entre U1 H3 et R3 3’PO4
Pont H entre U1 2’OH et R3 N7
Angles particulier entre U1 et N2

Question 16

Que sont les tétra-boucles

Answer 16

GNRA, UNCG et CUYG qui forment des structure compactes relativement rigides et stabilisantes

Question 17

Que sont les caractéristiques de la boucle GNRA

Answer 17

Paire de base G-A, pont H entre G1H1 et R3 3’PO4 et entre G1 2’OH et R3 N7, empilement NRA, tournant entre G1 et N2 et C3’-endo pour G1 et A4 , c2’-endo pour A2 et A3

Question 18

Que font les boucles GNRA

Answer 18

Ils ont un rôle dans la reconnaissance de l’ARN et des protéines

Question 19

C’est quoi a séquence consensus de CUYG

Answer 19

G1C2U3Y4G5C6

Question 20

Que sont les caractéristiques structurales de CUYG

Answer 20

Paire de base C2-G5 Watson-Crick, U3 est dans le sillon mineur et C2, U3, Y4 et G5 sont C2’-endo

Question 21

Est ce que la boucle UNCG peut remplacer la boucle GNRA

Answer 21

Oui

Question 22

Que sont les caractéristiques structurales de UNCG

Answer 22

paire de base U1-G4, pont H entre C3 NH2 et U1 PO4, C3 empilé sur U1 et C3’-endo pour U1 et G4, C2’-endo pour N2 et C3

Question 23

Que sont les protubérances

Answer 23

Ce sont des boucles internes avec des nucléotides non appariés sur un des deux brins

Question 24

C’est quoi une protubérance à un nucléotide

Answer 24

la base non appariées s’intercale dans l’hélice ou se retourne vers l’extérieur tout dépendant du type de base, du contexte et des facteurs interne

Question 25

Que font les boucle internes symétriques à 2 nucléotides

Answer 25

Ils forment souvent des paires de bases non-canoniques. Ces bases déstabilisent les hélices d'ARN. Elles créent des distorsion dans l'hélice de type A qui deviennent des potentiels pour des ligands

Question 26

Que font les boucle internes symétriques à 4 nucléotides

Answer 26

Ils forment des paires de base non-canoniques, ces paires non-canonique stabilisent ou déstabilisent les hélices d'ARN, puis parmi les plus stables on retrouve les empilements de purine inter-brins

Question 27

C'est quoi la paires de base non-canonique la plu stable

Answer 27

5'-UG-3'/3'-GU-5'

Question 28

C'est quoi l'empilement inter-brins

Answer 28

C'est un empilement qui se fait entre les brins opposés, donc A sur A et G sur G

Question 29

Que font les boucles internes asymétriques

Answer 29

Ils forment des structures stables, flexibles ou on retrouve des paires de bases non-cnoniques

Question 30

Que sont les caractéristiques structurales du Motif boucle E

Answer 30

Empilement entre 2 A, parie de base G-A, triplet de base G-U-A, G libre, squelette déformé

Question 31

C'est quoi une jonction

Answer 31

Régions où les tiges des boucles hélices interconnectées se retrouvent

Question 32

C'est quoi le rôle des jonctions

Answer 32

positionnement des domaines hélicaux et ils déterminent la conformation globale des molécules d'ARN

Question 33

que fait l'empilement coaxial entre deux hélices

Answer 33

il stabilise les jonctions

Question 34

Que cause la densité des groupes phosphate

Answer 34

le présence de sites de liaison des métaux divalents

Question 35

Que sont les méthodes de prédiction de la structure secondaire

Answer 35

Calculs thermodynamiques, analyses comparative de séquences et base de connaissance

Question 36

Qu'est ce que les études de dénaturation à la chaleur avec des oligoribonucléotides permettent

Answer 36

De mieux comprendre les énergies impliquées dans la formation des structures ce qui aident à leur prédiction

Question 37

Que sont les 4 types d'énergie considérées lors de calculs thermodynamiques

Answer 37

énergie d'empilement, des boucles terminales, des boucles internes et des jonction et bases libres

Question 38

Comment est calculée l'énergie totale

Answer 38

par la somme des énergies d'empilement

Question 39

Qu'est ce qui est ajouté pour les hélices intermoléculaires

Answer 39

une énergie libre d'initiation de +4.10 cal/mol est ajouté

Question 40

D'où provient les séquences de la collecte de données

Answer 40

de la sélection naturel ou de mutant produits in vitro

Question 41

Qu'est ce qui est important pour l'analyse comparative de séquences

Answer 41

la quantité et la diversité des séquences, puis que toutes les séquences sont fonctionnelles

Question 42

Qu'est ce ACS fournit

Answer 42

un modèle de la structure secondaire des ARN et un modèle pour la classification des espèces

Question 43

Que sont les effets de l'arbre phylogénétique universel

Answer 43

soutient une charpente évolutionnaire et définit les archées

Question 44

Que font les nucléases

Answer 44

Elles coupent le squelette ribose phosphate de l’ARN

Question 45

C'est quoi l'avantages des nucléases

Answer 45

il permet de déterminer la structure secondaire dans des conditions semi-dénaturantes

Question 46

C'est quoi l'inconvénient des nucléases

Answer 46

La grosse taille des nucléases entraîne un problème d’encombrement stérique chez les gros ARN repliés et ne permet donc pas la détermination de structures tertiaires

Question 47

Que font les réactifs des bases

Answer 47

Ils permettent de distinguer les nucléotides appariés de ceux qui ne sont pas appariés

Question 48

Que font les réactifs du squelette ribote phosphate

Answer 48

Ils permettent aussi de cartographier les surfaces d’interaction dans les complexes ARN-métaux, ARN-ligands, ARN-protéines.

Question 49

C'est quoi un agent de pontage

Answer 49

composé chimiques réagissant avec 2 cibles rapprochées qui permet l'identification d'interactions tertiaires

Question 50

Que sont les méthodes de détection de l'attaque de l'ARN par des composés chimiques

Answer 50

Détection du clivage de squelette ribose-phosphate d’un ARN marqué au P32 en 5’ ou 3’ et Détection d’une modification chimique qui ne cause pas le clivage du squelette

Question 51

Que sont les méthodes biochimiques modernes

Answer 51

méthode shape et l'étude à l'échelle génomique in vitro et in vivo