cryo-microscopie

Question 1

Qu’est ce que les microscopes électroniques au besoin pour fonctionner

Answer 1

Les microscopes électroniques
ont besoin d’un voltage et du
vide

Question 2

Qu’est ce qui arrive au électron dans un microscope électronique

Answer 2

Les électrons ne sont pas absorbé, mais plutôt diffusés ce qui introduit une différence en phase

Question 3

Que font les détecteur

Answer 3

Ils comptent les électrons et ne peuvent pas détecter une différence de phase entre 2 électrons

Question 4

Comment le contraste de phase est généré

Answer 4

Les électrons qui sont diffusés par le spécimen interfèrent cause du contraste positif et négatif

Question 5

Qu’est ce qui arrive quand le spécimen est en focus

Answer 5

Il y a presque aucun contraste

Question 6

Il y arrive quoi à haut défocus

Answer 6

Le contraste est accru à basse à basse résolution mais se désintègre plus vite. le défocus est entre -1 um et 3 um

Question 7

C’est quoi la transformation de Fourier

Answer 7

C’est une opération mathématique/physique à travers lequel un signal est transformé en ses fréquences constituantes ce qui permet de représenté le signal en temps réel dans l’espace de Fourier

Question 8

Que fait la fonction de transfert de contraste CTF

Answer 8

Elle décrit mathématiquement comment les aberrations dans un microscope électronique à transmission modifient l’image d’un échantillon

Question 9

Qu’est ce qui arrive à l’image détectée par CTF

Answer 9

Elle est dégradé par CTF et la détermination par CTF permet de corriger l’image

Question 10

Que fait la fréquence

Answer 10

elle fait diminuer la quantité de contraste

Question 11

Qu’est ce qui arrivent à haute résolution

Answer 11

Il y a peu de contrastre

Question 12

C’est quoi le défocus

Answer 12

C’est le compromis entre le contraste et la résolution

Question 13

Que font les détecteurs d’électrons

Answer 13

Il détecte les électrons pour obtenir des images

Question 14

Que sont les caractéristiques du film

Answer 14

difficile à utiliser

Question 15

Que sont les caractéristiques de la caméra CCD cameras

Answer 15

plus simple et rapide, mais peu précis, image par seconde moyen

Question 16

Que sont les caractéristiques du détecteurs direct d’électrons

Answer 16

Haute IPS et très précis et permet de maximiser la détection détection d’électron à haute IPS

Question 17

C’est quoi la grille de ME

Answer 17

C’est un support de 2mm fait de métal qui est utilisé pour presque tous les échantillons de ME et doit être fixer à un porteur pour être insérée dans le microscope

Question 18

Qu’est ce qui arrive au macromolécules quand il sont appliquées sur une grille de ME

Answer 18

Elles adoptent diverses orientations

Question 19

Que fait l’analyse de particules uniques (APU)

Answer 19

Elle produit des projections 2D de ces volumes qui sont utilisés pour reconstruire un volume 3D

Question 20

APU peut être appliqué à quelle type de molécule

Answer 20

À n’importe quelle molécule purifiée

Question 21

Que font les molécules les plus larges

Answer 21

Elles génèrent plus de contraste, donc les échantillons idéals sont de grandes tailles

Question 22

Combien d’images est collecté par APU

Answer 22

1000 images

Question 23

Que sont les tailles limite des protéines pour APU

Answer 23

50 kDa ou 30 kDa

Question 24

C’est quoi la coloration négative

Answer 24

C’estb un colorant utilisé pour augmenter le contraste

Question 25

Comment est ce que la coloration négative est utilisé

Answer 25

Le colorant marque les protéines, elle peu juste analyser peu de protéine car il y a trop de contraste et il y a une limite à la résolution maximal car l'image est produit par le colorant

Question 26

C'est quoi la Cryo-ME

Answer 26

C'est une technique où les particules sont dans de la glace vitrifiée

Question 27

Comment est ce que la Cryo-ME est utilisé

Answer 27

Les images sont bruyantes, on doit en prendre beaucoup et on mesure les particules directement ce qui fait que la résolution est limité par l'information qui est perdue par les aberrations microscopiques et la longueur d'onde

Question 28

Que sont les grilles pour négative et cryo

Answer 28

pour la coloration négative la grille à un support de carbone continu et pour cryo-ME les grilles on du carbone perforé pour juste visualiser la glace

Question 29

Comment est préparé ME par coloration négative

Answer 29

L'échantillon est appliqué sur la grille, puis on applique le colorant. ça marche bien avec les protéines, mais pas avec les acides nucléiques et c'est souvent utilisé en criblage initial

Question 30

Comment les molécules sont dommagé

Answer 30

Les électrons causent le dommage, donc la dose d'électron doit être ajuster

Question 31

Que fait la classification 2D

Answer 31

Elle aligne et classifie les différentes particules en 2D pour révéler les différentes orientations de la particule

Question 32

Comment ce fait la reconstruction Ab initio

Answer 32

C'est la méthode standard ou on présume un blob gaussien comme volume et des orientations aléatoires qui sont ensuite raffinés computationnellement intensif, mais simple

Question 33

Qu'est ce qui est essentiel à la reconstruction Ab initio

Answer 33

De filtrer les hautes fréquences dans ce processus pour ne pas amplifier/corréler du bruit

Question 34

Comment ce fait la reconstruction 3D

Answer 34

On compare les projections 2D expérimentales à celles calculées depuis un volume 3D initial

Question 35

Que fait la sphère de Fourier (FSC

Answer 35

Elle mesure la corrélation entre une même sphère dans l'espace de Fourier pour deux reconstruction

Question 36

Comment est ce qu'on mesure la FSC

Answer 36

Il faut générer 2 reconstruction 3D séparées en divisant le jeu de donnée en 2, puis on mesure la corrélation à chaque sphère de Fourier

Question 37

Quand est ce on considère que c'est la résolution de la structure

Answer 37

Lorsque la corrélation passe un certain seuil 0,5 ou 0,143

Question 38

C'est quoi la résolution de chaine peptidique

Answer 38

Il est possible de tracer la chaine peptidique à 4 A de résolution

Question 39

C'est quoi la qualité des reconstruction de Cryo-ME

Answer 39

Elle offre la même qualité de densité que une structure à une résolution alpha-1 A en cristallographie

Question 40

Est ce que les échantillon pour cryo-ME sont pures

Answer 40

Non ils sont rarement 100 % pure et homogènes

Question 41

Comment est ce que l'hétérogéneité est déterminé

Answer 41

Elle est determiner par des approches statistiques comme la classification 3D

Question 42

C'est quoi la tomographie

Answer 42

c'est comme la tomodensitométrie, pour 3D on a besoin d'image du même objet et les échantillons sont plus gros et épais avec haut voltage

Question 43

Comment est ce qu'on obtient des échantillons pour la tomographie

Answer 43

Par fraisage par rayon concentré d'ions

Question 44

Que sont les étapes pour APU

Answer 44

1. Ajuster la dose pour limiter le dommage à l’échantillon 2. Corriger le mouvement des particules 3. Estimer et corriger la CTF 4. Sélectionner puis classifier les particules 5. Reconstruire un modèle 3D 6. Gérer les hétérogénéités avec la classification 3D