RMN

Question 1

C’est quoi la RMN

Answer 1

C’est la manifestation du moment angulaire du spin nucléaire (P)
P = h[I( I + 1)]^1/2
I = spin nucléaire
h = constante de Planck/2pie

Question 2

C’est quoi la valeurs de I

Answer 2

I = 0 le nombre de masse et le nombre atomique sont pairs
I = nombre entiers * 1/2, A est impair
I = nombre entiers, A est pair et Z est impair

Question 3

Que sont les trois types de noyaux

Answer 3

I = 0 sont inactif
I > 1/2, ces noyaux possèdent un moment quadrupolaire électrique qui leur confère une relaxation rapide
I = 1/2 sont actifs. Cela inclut H, C, N et le P

Question 4

C’est quoi le déplacement chimique

Answer 4

Reflète l’environnement électronique des noyaux

Question 5

C’est quoi le couplage scalaire

Answer 5

C’est l’effet des noyaux proche dans la structure covalente et donne de l’information sur les angles de torsion

Question 6

C’est quoi l’effet NOE

Answer 6

C’est l’effet des noyaux proches dans l’espace et donne de l’information sur la distance qui les sépare

Question 7

Qu’est ce qui arrivent au noyaux soumis à un champ magnétique extern (B0)

Answer 7

Ils subissent une précession autour de la direction de ce champ, dont la vitesse angulaire est connue sous le nom de fréquence de Larmor w0

Question 8

C’est quoi l’équation de la fréquence de Larmor

Answer 8

w0 = -yB0 = 2πν0
y = le rapport gyromagnétique spécifique à chaque noyau
v0 = la fréquence de résonance d’un noyau

Question 9

C’est quoi l’équation du champ magnétique local (B0i)

Answer 9

B0i = B0(1-oi)

Question 10

La valeur de la constante de blindage dépend de quoi (oi)

Answer 10

Elle dépend de la densité électronique autour du noyau et est influencé par la présence de groupements fonctionnels vicinaux

Question 11

C’est quoi l’équation du déplacement chimique

Answer 11

δ = (v - vref)/vref *10^6

Question 12

Le déplacement chimique dépend de quoi

Answer 12

De la nature des groupements chimiques auquel le H est associé et du repliement de la protéine en solution

Question 13

C’est quoi l’effet de protons proches dans la structure covalente

Answer 13

C’est que les protons séparés par moins de 3 liens chimiques peuvent avoir une valeur de J qui égale pas 0

Question 14

Qu’est ce qui relie JAB à l’angle de torsion

Answer 14

Par la relation de Karplus

Question 15

C’est quoi l’échanges proton-deutérium

Answer 15

C’est un échange de solution aqueuse contenant de l’eau pour une solutions aqueuse contenant de l’eau lourde (D2O)

Question 16

Qu’est ce qui arrive lors de la purification de protéines

Answer 16

un échantillon typique est de 1 mM dans 250-500 mL ce qui correspond à environ 3-5 mg d’une protéine de 100 résidus

Question 17

Que sont les expérience fait durant l’attribution des résonances

Answer 17

2D cosy et 2D TOCSY

Question 18

C’est quoi le spectre de COSY

Answer 18

C’est l’expérience standard pour étudier les corrélations de couplage scalaire J

Question 19

Que sont les signaux d’intérêt pour le spectre de COSY

Answer 19

Ce sont ceux qui sont disposés symétriquement de chaque côté de la diagonale

Question 20

C’est quoi le spectre TCOSY

Answer 20

C’est une expérience de couplage scalaire J dans laquelle chaque H d’un système de spin est corrélé à tous autres H de ce système

Question 21

Que sont les signaux d’intérêt pour le spectre de TCOSY

Answer 21

Ce sont les signaux disposés symétriquement de chaque côté de la diagonale

Question 22

Quelle aa donne des systèmes de spin identiques qui donne des patrons identique

Answer 22

Cys, Asp et les Glu, Gln et Met

Question 23

Que sont les limites de la RMN homonucléaire

Answer 23

Le transfert de magnétisation par couplage scalaire J, les signaux se recouvrent dans les spectres et ces méthodes sont limités aux petites protéines

Question 24

Que sont les avantages de la RMN hétéronucléaire

Answer 24

Permet des transferts de magnétisation par couplage scalaire J plus efficaces, permet une meilleure résolution des signaux par des corrélations hétéronucléaires et de plus grosse protéines peuvent être étudier

Question 25

Que doit est produites pour les études hétéronucléaires

Answer 25

Des protéines marqués

Question 26

Comment sont produites les protéines marqués

Answer 26

Par l'expression bactérienne de protéines recombinante dans des milieux de culture qui contiennent comme sources d'azote et de carbone du NH4CL et du glucose

Question 27

C'est quoi le spectre de NOESY

Answer 27

C'est l'expérience standard pour étudier les corrélations de NOE

Question 28

Que sont les NOEs

Answer 28

Ce sont des interactions entre protons rapprochés dans l'espace moins ou égale à 5 A

Question 29

L'intensité des Noes est converti en quoi

Answer 29

Elle convertie en contrainte de distance qui sont utilisés dans les calculs de structures

Question 30

Que sont les contraintes qui doit être satisfait pour les calculs de structures

Answer 30

Les contraintes dérivées des données de RMN, la structure covalente de la protéine et d'autres contraintes

Question 31

Que sont les critère d'acceptation des structures

Answer 31

Énergie basse et petits nombres de violation de contrainte

Question 32

Comment sont présenté les structures acceptées

Answer 32

Comme une superposition qui minimise la RMSD de la position des atomes lourds

Question 33

Qu'est ce que le diagramme de Ramachandran permet

Answer 33

Elle permet d'analyser la conformation du squelette des protéines sous forme de graphique représentant les valeurs dièdres phi et psi

Question 34

Que sont les avantages de la détermination de la structure des protéines par RMN

Answer 34

méthode à l'état liquide, utile pou déterminer la structure de petites protéine, utile pour étudier le repliement des protéines et pour cartographier les sites de liaison par changement de déplacement chimiques et des informations sur la dynamique peut être obtenue

Question 35

Que sont les limites de la détermination de la structure des protéines par RMN

Answer 35

Limité aux petites protéines, une grande quantité de protéine doit être purifier et ne permet pas d'obtenir des détails sur l'emplacement des molécules d'eau et il est difficile de localiser les ions métalliques

Question 36

Comment H, N et HSQC aide à la découverte de médicaments

Answer 36

Il cartographie des sites de liaison chez les protéines