Conception rationelle

Question 1

Nombre de règles de Lipinski
( et utilisation)

Answer 1

5 règles

qui permettent de déterminer un domaine médicamenteux

Question 2

Criblage à haut débit

( High throught Screening )

Capacité de test :
Capacité de synthèse :

Answer 2

Capacités de test du robot =
Plus de 100 000 molécules par jour

Capacité de synthèse du robot =
Jusqu’à 1-2 millions

Question 3

Trois Grandes étapes du développement d’un médicament

Answer 3

– Recherche et développement (in vitro)

• La partie préclinique (in vivo)

–la partie clinique (chez l’homme )

Question 4

Nombre de succès, grâce a la technique de modélisation moléculaire

Answer 4

+ de 100

Question 5

Trois Étapes de la recherche et du développement d’une molécule.

Answer 5

–Modélisation, moléculaire
(propose une structure chimique à la synthèse )

–La synthèse chimique
(propose une molécule synthétiser à l’évaluation biologique )

–Évaluation biologique
(test in vitro)

Question 6

Utilité de la modélisation moléculaire

Answer 6

Mise au point de molécule bio active

Simulation d’interaction Entre :
–petite molécule et bio polymère
–2 bio polymère

Question 7

But de la mécanique quantique

Answer 7

Détermination des orbitales moléculaires

Détermination de l’ordre des liaisons chimiques

Question 8

Application de la mécanique quantique

Answer 8

Optimisation, géométrique

Réactivité moléculaire

Calcul de propriétés physico-chimiques

Calcul des propriétés RMN et IR

Étude du Dischroisme circulaire

Se limite à la description de plusieurs milliers d’atome

Question 9

Trois Sous méthode de la mécanique quantique.

Answer 9

Semi empirique :
-À moitié quantique, à moitié empirique
-rapide mais peu précis

Ab-Initio :
- toutes les orbital sont recalculé
- Pas corrélative
Hartree Fock (HF) très précise
Post Hartree Fock ( MPn ) ultra précise

DFT ( density functional theory) :

–Calcul de la densité de gaz de électron
-Méthode ultra précise
-Corrélative
–Méthode de référence en chimie quantique

Question 10

But de la mécanique moléculaire

Answer 10

Ça franchir de la réalité chimique :

• Atome = boule indéformable chargé
• liaison = ressorts
• affectation des types d’atome

Question 11

Application de la mécanique moléculaire

Answer 11

• Optimisation, géométrique.

–pas de réactivité moléculaire

–étude des mouvements moléculaire

–simulation d’arrimage des petites molécules ( docking )

–simulation des interaction électrostatique

Question 12

Caractéristiques de la mécanique moléculaire

Answer 12

–Paramètres, se trouvant dans un champ de force

Champ de force généraliste : valable pour tous mes résultats médiocre

Champ de force spécialisé : certains types de molécules mais meilleurs résultats

Création d’un système mathématique et calcul puis minimisation de l’énergie interne

Question 13

Champ de force AMBER

Answer 13

Acides Nucléiques

Acides aminé

Question 14

Champ de force CHARMM

Answer 14

Acide aminé

Protéines

Question 15

Champ de force COMPASS

Answer 15

Matériaux en phase condensé

Question 16

Champ de force MMFF94

Answer 16

Petite molécule d’intérêt pharmacologique

(Merck en 1994 )

Question 17

Trois Algorithme de minimisation

Answer 17

Simplex :
Procéder simples (très mauvais, résultat)

Gradient conjugué :
Bonne méthode (la plus utilisée )

Newton-Raphson:
Méthode de finition (calcul très lourd, mais très précis )

Question 18

Comment étudier la flexibilité d’une molécule ou d’un bio polymère ?

Answer 18

Relation de Newton:

Fi(t)=mi.ai(t)

Question 19

NPT

Answer 19

Pression et température constante

Question 20

NVT

Answer 20

Volume et température constante

Question 21

NVE

Answer 21

Énergie et volume constant

Question 22

NEH

Answer 22

Énergie et enthalpie constante

Question 23

NPH

Answer 23

Pression et entalpie constante

Question 24

En quoi consiste la Cristallographie de protéines

Answer 24

Bombardement par des rayons X et Mesures de la diffraction

Question 25

Signification de RMN-2D

Answer 25

Résonance magnétique bi-dimensionnel

Question 26

En quoi consiste la CRYO-EM

Answer 26

Technique, la plus récente

microscope électronique, qui reconstruit la molécule

Question 27

Quelle est cette base de données et combien de séquence à ce jour ?

Uniprot

Answer 27

Base de données monodimensionnel

+de 550 000

Question 28

Quelle est cette base de données et combien de séquence à ce jour ?

Protein Data Bank -PDB

Answer 28

Base de données de structure 3D,

+ de 170 000 structure

Question 29

Différents taux d’identité et correspondance

Answer 29

10 % = bruit de fond

30% = modèle par homologie

60-70 % = Docking

Question 30

3 étapes du Docking

Answer 30

• Caractérisation du site Actif.

–positionnement du Ligand dans le site Actif

–évaluation des interactions liguan protéines.

Question 31

Trois propriétés des AINS

Answer 31

Antalgique ou analgésique = réduise la douleur

Antipyrétique =réduisent la fièvre

Anti-inflammatoire = réduit l’inflammation

Question 32

Cox-1

Answer 32

Enzyme essentiel pour la protection gastrique

Question 33

Cox-2

Answer 33

Responsable de l’inflammation

Question 34

Méthode statistique pour trouver la relation, structure activité:

Simples

Answer 34

Régression linéaire simple : rapide, mais résultats moins bon

Question 35

Méthode statistique pour trouver la relation, structure activité:

PLS ( partial Least Square )

Answer 35

Très bonne méthode pour les variables corrélés

Question 36

Méthode statistique pour trouver la relation, structure activité:

Méthode génétique ( GPLS )

Answer 36

Excellente méthode

Question 37

Deux. Phase de l’approche structure activité.

Answer 37

Phase de calibration.

Phase de validation des molécules