ExG10- Traduction Fin

Question 1

1. Trois événements clés de l’élongation

Answer 1

L’élongation de la chaîne polypeptidique lors de la traduction se déroule selon trois événements majeurs, qui se succèdent au sein du ribosome :

• Entrée d’un aa-ARNt dans le site A (site aminoacyl) du ribosome : un ARN de transfert chargé avec un acide aminé approprié est sélectionné selon le codon de l’ARNm exposé dans ce site.
• Transfert du peptide en cours : le peptide attaché à l’ARNt situé dans le site P (site peptidyl) est transféré sur l’acide aminé lié à l’ARNt dans le site A, allongeant ainsi la chaîne polypeptidique.
• Translocation : le ribosome se déplace d’un codon le long de l’ARNm, entraînant le déplacement de l’ARNt portant la chaîne polypeptidique du site A vers le site P, libérant ainsi le site A pour le prochain aa-ARNt [[322]].

Question 2

2. Facteurs d’élongation et leur rôle spécifique

Answer 2

Ces étapes sont orchestrées par des facteurs protéiques spécifiques, qui utilisent l’énergie de l’hydrolyse du GTP pour assurer la précision et la dynamique du processus :

• Chez les procaryotes :
  
  • EF-Tu : se lie à l’aa-ARNt en complexe avec le GTP, escortant l’ARNt chargé jusqu’au site A, en masquant l’acide aminé pour éviter des réactions prématurées. Il joue un rôle clé dans la reconnaissance et la sélection correcte de l’aa-ARNt par appariement codon-anticodon.
  • EF-Ts : agit comme facteur d’échange de nucléotides, permettant à EF-Tu de rejeter le GDP et de se recharger en GTP, régénérant ainsi EF-Tu actif.
  • EF-G : facteur responsable de la translocation, utilisant l’énergie de l’hydrolyse du GTP pour déplacer le ribosome sur l’ARNm et repositionner les ARNt [[323], [324]].
• Chez les eucaryotes :
  
  • eEF-1 (principalement eEF1A et eEF1B) : homologue fonctionnel d’EF-Tu/EF-Ts, où l’une des sous-unités possède une activité GTPasique et l’autre agit comme facteur d’échange de nucléotides. eEF-1-GTP escort l’aa-ARNt jusqu’au site A, avec un mécanisme similaire à EF-Tu.
  • eEF-2 : homologue d’EF-G, assure la translocation du ribosome [[323], [335], [336]].

Question 3

3. Entrée et sélection de l’aa-ARNt dans le site A

Answer 3

• L’aa-ARNt, en complexe avec EF-Tu-GTP (procaryotes) ou eEF-1-GTP (eucaryotes), est guidé vers le site A du ribosome.
• Le complexe EF-Tu-GTP/aa-ARNt interagit avec le centre de fixation des facteurs sur le ribosome.
• Le bon appariement codon/anticodon est vérifié par le ribosome ; si l’appariement est correct, EF-Tu hydrolyse son GTP en GDP, ce qui induit un changement conformationnel libérant l’aa-ARNt dans le site A.
• L’ARNt subit ensuite un pivotement appelé accommodation, qui consiste en un déplacement et une rotation permettant un positionnement précis de l’acide aminé dans le site catalytique du ribosome. Ce positionnement est crucial pour la formation correcte de la liaison peptidique [[324], [325], [326]].

Question 4

4. Formation de la liaison peptidique catalysée par le ribosome

Answer 4

• La réaction chimique de formation de la liaison peptidique est catalysée par le centre peptidyl-transférase, situé dans la grande sous-unité ribosomale (chez les procaryotes, c’est l’ARN ribosomal 23S qui joue un rôle central en tant que ribozyme).
• Le peptide lié à l’ARNt du site P est transféré sur l’acide aminé porté par l’ARNt dans le site A, allongeant la chaîne polypeptidique d’un acide aminé.
• La catalyse est assurée principalement par l’ARNr 23S (procaryotes), qui adopte une configuration ribozyme, sans intervention directe de protéines catalytiques. Ce mécanisme souligne la nature ancienne et conservée de la machinerie de traduction [[327], [328]].

Question 5

5. Translocation du ribosome sur l’ARNm

Answer 5

• Après la formation de la liaison peptidique, le ribosome doit avancer d’un codon le long de l’ARNm pour exposer un nouveau codon au site A.
• Ce mouvement, appelé translocation, est catalysé par le facteur EF-G-GTP (procaryotes) ou eEF-2-GTP (eucaryotes).
• EF-G-GTP se lie au ribosome au niveau du centre de fixation des facteurs, activant son activité GTPasique.
• L’hydrolyse du GTP en GDP induit un changement conformationnel du facteur EF-G, qui provoque la translocation du ribosome et le déplacement de l’ARNt peptidyl du site A vers le site P, libérant le site A pour la prochaine étape d’entrée d’aa-ARNt [[329], [330]].

Question 6

6. Régénération des facteurs d’élongation

Answer 6

• Pour permettre un nouveau cycle d’élongation, il est indispensable que les facteurs EF-Tu et EF-G soient rechargés en GTP.
• EF-G : possède une affinité intrinsèquement plus élevée pour le GTP que pour le GDP, ce qui lui permet d’échanger spontanément GDP contre GTP.
• EF-Tu : nécessite l’intervention d’EF-Ts pour faciliter l’échange de GDP contre GTP, régénérant ainsi le complexe EF-Tu-GTP capable de lier un nouvel aa-ARNt.
• Ce cycle de recyclage est essentiel pour maintenir la disponibilité des facteurs fonctionnels et assurer la continuité de la synthèse protéique [[331]].

Question 7

7. Conservation du mécanisme entre procaryotes et eucaryotes

Answer 7

• Le mécanisme d’élongation est hautement conservé entre les deux grands domaines du vivant, avec des homologues fonctionnels des facteurs d’élongation :
  
  • EF-Tu chez les procaryotes est fonctionnellement remplacé par eEF-1 chez les eucaryotes, qui est un complexe à deux sous-unités, l’une avec activité GTPasique et l’autre un facteur d’échange.
  • EF-G est remplacé chez les eucaryotes par eEF-2, qui assure la translocation de façon similaire.
• Cette conservation souligne l’importance fondamentale et l’efficacité de ce mécanisme dans la traduction [[322], [323], [335], [336]].

### Résumé final

L’élongation de la traduction est un processus complexe et finement régulé, impliquant :
- La sélection rigoureuse et l’entrée contrôlée des aa-ARNt dans le site A, escortés par des facteurs d’élongation liés au GTP.
- La formation de la liaison peptidique catalysée par l’ARN ribosomal 23S jouant le rôle de ribozyme dans la grande sous-unité.
- La translocation du ribosome sur l’ARNm, opérée par EF-G/eEF-2 et utilisant l’énergie de l’hydrolyse du GTP.
- Le recyclage des facteurs d’élongation via l’échange GDP/GTP assuré par EF-Ts ou intrinsèquement par EF-G.
Ce mécanisme est conservé entre procaryotes et eucaryotes, reflétant une évolution très ancienne et essentielle à la vie cellulaire [[322] à [336]].

Question 8

1. Terminaison de la traduction : précisions détaillées

Answer 8

• Déclenchement par un codon STOP
  La terminaison de la traduction est initiée lorsque le ribosome rencontre un codon STOP (UAA, UAG, ou UGA) dans le site A du ribosome. Ces codons ne codent pas pour un acide aminé mais signalent la fin de la synthèse protéique[[338]].
• Facteurs de relargage (Release Factors, RF)
  
  • Ces facteurs sont des protéines spécifiques qui reconnaissent les codons STOP dans le site A.
  • Chez les procaryotes, il existe deux principaux facteurs de relargage :
    
    • RF1 qui reconnaît les codons UAG et UAA,
    • RF2 qui reconnaît les codons UAA et UGA.
  • Chez les eucaryotes, il n’y a qu’un seul facteur de relargage principal, eRF1, qui reconnaît les trois codons STOP (UAA, UAG, UGA)[[338]].
• Mécanisme d’action des RF
  
  • Le facteur de relargage se fixe au site A du ribosome, en mimant un ARNt, ce qui est un exemple de mimétisme moléculaire (les RF imitent la structure d’un ARNt pour s’insérer dans le site A).
  • Une fois fixé, le RF catalyse l’hydrolyse de la liaison entre la chaîne polypeptidique et l’ARNt situé au site P. Cette hydrolyse transfère la chaîne polypeptidique sur une molécule d’eau au niveau du centre peptidyl-transférase, ce qui libère la protéine nouvellement synthétisée[[339]][[341]].
• Rôle du facteur RF3 (procaryotes) / eRF3 (eucaryotes)
  
  • Ces facteurs sont des protéines G (GTPases) qui facilitent le recyclage des facteurs de relargage.
  • Dans les procaryotes, RF3-GTP entre en interaction avec RF1 ou RF2 fixés au ribosome. RF1 stimule l’échange de GDP contre GTP sur RF3, ce qui augmente l’affinité de RF3 pour le ribosome.
  • Suite à cela, RF1 est libéré du ribosome.
  • Ensuite, RF3-GTP est hydrolysé en RF3-GDP, ce qui fait diminuer son affinité pour le ribosome, entraînant sa dissociation sous forme RF3-GDP[[339]].
  • Chez les eucaryotes, eRF3-GTP joue un rôle similaire en coopérant avec eRF1 pour la libération du polypeptide et la dissociation des facteurs[[338]][[339]].
• État du ribosome après libération du peptide
  
  • Une fois la chaîne polypeptidique libérée, le ribosome reste encore assemblé et lié à l’ARNm avec deux ARNt associés (au site P et E).
  • Le ribosome n’est donc pas encore dissocié et doit être recyclé pour une nouvelle initiation de traduction[[339]].
• Résumé du cycle à la terminaison
  
  1. Le codon STOP est reconnu par un facteur de relargage (RF1/RF2 ou eRF1).
  2. Ce facteur catalyse l’hydrolyse de la liaison peptidyl-ARNt, libérant la protéine.
  3. RF3-GTP (ou eRF3-GTP) facilite la dissociation du facteur de relargage.
  4. Le ribosome reste assemblé avec l’ARNm et les ARNt, prêt pour le recyclage[[338]][[339]].

Ces étapes sont cruciales pour assurer que la synthèse protéique s’arrête correctement, que la protéine est libérée intacte, et que le ribosome est préparé pour participer à une nouvelle ronde de traduction.

Question 9

Recyclage du ribosome après terminaison de la traduction

Answer 9

1. Contexte post-termination
   Après que la chaîne polypeptidique a été libérée du ribosome (via l’action des facteurs de relargage sur le codon STOP), le ribosome reste encore attaché à l’ARNm, avec deux ARNt encore associés à lui[[339]].
2. Rôle du Ribosome Recycling Factor (RRF)
   
   • Le RRF se lie au site A du ribosome, qui est désormais libre après la libération de la protéine.
   • Le RRF mime la structure d’un ARNt, ce qui lui permet de s’insérer dans le site A comme s’il s’agissait d’un ARNt normal[[340]][[341]].
   • Cette imitation moléculaire est essentielle pour que le ribosome reconnaisse le RRF et déclenche le recyclage.
3. Recrutement et action d’EF-G
   
   • Le RRF recrute EF-G, un facteur d’élongation, sous sa forme liée au GTP (EF-G-GTP).
   • L’hydrolyse du GTP par EF-G provoque un changement de conformation de ce facteur, qui induit trois événements clés :
     
     • La sortie des deux ARNt encore liés au ribosome.
     • La translocation du ribosome sur l’ARNm, c’est-à-dire un déplacement qui prépare le ribosome à la dissociation.
     • Le déplacement du RRF du site A vers le site P du ribosome.
   • Après ces mouvements, EF-G est converti en EF-G-GDP et, avec le RRF, est relargué du ribosome[[340]].
4. Dissociation finale par IF3
   
   • Une fois EF-G-GDP et RRF libérés, le facteur IF3 intervient.
   • IF3 se lie à la petite sous-unité ribosomale (ssu), ce qui entraîne :
     
     • La libération des facteurs RRF et EF-G-GDP restants.
     • La dissociation de l’ARNm du ribosome.
     • La dissociation des sous-unités ribosomales (petite et grande sous-unités), les préparant pour un nouveau cycle de traduction[[340]].
5. Mimétisme moléculaire
   
   • Le recyclage du ribosome repose sur un mécanisme de mimétisme moléculaire.
   • EF-G, ainsi que EF-Tu/ARNt, imitent la structure d’un ARNt pour interagir avec le site A du ribosome.
   • De même, RF1, RF2, et RRF imitent un ARNt pour se fixer au ribosome et participer à la terminaison et au recyclage[[341]][[342]].

Cette succession d’étapes assure une remise en état rapide et efficace des ribosomes pour qu’ils puissent initier une nouvelle traduction sur un ARNm, optimisant ainsi la synthèse protéique dans la cellule.

Question 10

3. Inhibiteurs de la traduction (antibiotiques et toxines)

Answer 10

Ce sont des molécules qui interfèrent avec la synthèse protéique en ciblant différentes étapes ou composants du ribosome, ce qui peut arrêter la traduction ou provoquer des erreurs. Ces inhibiteurs sont utilisés souvent comme antibiotiques ou sont des toxines bactériennes.

Antibiotiques principaux et leurs modes d’action :

• Chloramphénicol
  
  • Inhibe l’activité peptidyl transférase chez les procaryotes.
  • La peptidyl transférase est l’enzyme du ribosome qui catalyse la formation de la liaison peptidique entre les acides aminés.
  • En bloquant cette activité, la chaîne polypeptidique ne peut pas s’allonger.
• Cycloheximide
  
  • Inhibe l’activité peptidyl transférase chez les eucaryotes.
  • Mécanisme similaire à celui du chloramphénicol mais spécifique aux ribosomes eucaryotes.
• Streptomycine / Néomycine
  
  • Inhibent l’initiation de la chaîne peptidique chez les procaryotes.
  • Ils provoquent aussi des erreurs de lecture de l’ARNm, ce qui entraîne la synthèse de protéines non fonctionnelles ou toxiques.
• Tétracycline
  
  • Empêche la liaison de l’aminoacyl-ARNt à la petite sous-unité du ribosome.
  • Ce blocage empêche l’entrée correcte de l’ARNt chargé d’acide aminé dans le site A, stoppant ainsi la traduction.
• Erythromycine
  
  • Inhibe la translocation via la grande sous-unité du ribosome chez les procaryotes.
  • La translocation est le mouvement du ribosome le long de l’ARNm après l’ajout d’un acide aminé, essentiel pour la progression de la synthèse.
• Acide fusidique
  
  • Agit de façon similaire à l’érythromycine.
  • Il empêche la dissociation du facteur EF-G de la grande sous-unité du ribosome.
  • EF-G est nécessaire pour la translocation, donc son blocage arrête la progression du ribosome.
• Puromycine
  
  • Molécule qui ressemble à un aminoacyl-ARNt.
  • Elle interfère avec le transfert de peptide, provoquant une interruption prématurée de la traduction chez les procaryotes et les eucaryotes.
  • En s’incorporant dans la chaîne naissante, elle provoque la libération précoce du polypeptide.

Toxines :

• Ricine
  
  • Toxine trouvée dans les graines de ricin.
  • Catalyse le clivage des ARN ribosomiques (ARNr) de la grande sous-unité du ribosome chez les eucaryotes.
  • Ce clivage détruit la fonction du ribosome, arrêtant ainsi la traduction.
• Toxine diphtérique
  
  • Protéine produite par Corynebacterium diphtheriae, responsable de la diphtérie.
  • Catalyse l’ADP-ribosylation et l’inactivation du facteur d’élongation EF2.
  • EF2 contient une histidine modifiée appelée diphthamide, cible spécifique de la toxine.
  • L’inactivation d’EF2 bloque la translocation du ribosome sur l’ARNm, stoppant la synthèse protéique chez les eucaryotes.

Ces inhibiteurs sont essentiels en recherche et en médecine, car ils permettent d’arrêter la croissance bactérienne ou d’explorer les mécanismes de la traduction. Leur spécificité (procaryotes vs eucaryotes) est aussi importante pour éviter la toxicité chez l’hôte.

Question 11

4. Contrôle qualité des ARNm et dégradation

Answer 11

A. Objectif du contrôle qualité
Le contrôle qualité des ARNm vise à éliminer les ARNm anormaux ou défectueux pour éviter la production de protéines tronquées ou potentiellement toxiques. Ce contrôle concerne notamment :

• Les ARNm déadénylés (perte de la queue poly-A),
• Les ARNm sans codon STOP,
• Les ARNm contenant des codons STOP prématurés (PTC, Premature Termination Codons).

B. Mécanismes de dégradation

1. Dégradation initiée par le 3’UTR
   La dégradation des ARNm commence souvent au niveau de l’extrémité 3’ non traduite (3’UTR).
   
   • L’étape initiale est la dépolyadénylation (réduction progressive de la queue poly-A).
   • Ensuite, vient le décoiffage (decapping), où la coiffe 5’ (m^7GpppN) est enlevée par des enzymes Dcp1/Dcp2.
   • Après décoiffage, la dégradation se fait dans les deux directions :
     
     • Par exonucléase 5’→3’ (après décoiffage),
     • Par exonucléase 3’→5’ (via l’exosome).
   • La pyrophosphatase DcpS dégrade les restes de la coiffe[[349]][[350]].
2. Dégradation des ARNm contenant des séquences AU-rich (ARE)
   
   • Certains ARNm possèdent dans leur 3’UTR des éléments riches en A et U appelés ARE (AU-rich elements).
   • La protéine TTP (Tristetraprolin) se fixe spécifiquement sur ces ARE.
   • Cela déclenche un clivage endonucléotidique au niveau de l’ARE, le recrutement des enzymes de décoiffage, et une dégradation bidirectionnelle rapide.
   • Ce mécanisme régule la stabilité des ARNm codant pour des cytokines inflammatoires puissantes (comme le TNFα) ou des facteurs de transcription proto-oncogéniques (c-Jun, c-Fos), évitant leur surproduction[[351]].

C. Nonsense-Mediated Decay (NMD) : dégradation des ARNm avec codons STOP prématurés

1. Principe et importance
   
   • Le système NMD élimine les ARNm contenant un codon STOP prématuré (PTC), évitant ainsi la production de protéines tronquées non fonctionnelles ou délétères.
   • Ce contrôle est crucial pour la qualité lors de la traduction.
2. Reconnaissance des PTC
   
   • Après épissage, un complexe protéique appelé EJC (Exon Junction Complex) reste attaché aux jonctions exon-exon.
   • Lors de la traduction, les ribosomes déplacent ces complexes EJC.
   • Si un codon STOP se trouve en amont d’un EJC restant (c’est-à-dire avant que tous les EJC soient déplacés), cela signale un codon STOP prématuré.
   • Ce signal déclenche alors la voie NMD[[352]][[353]][[354]].
3. Déroulement de la NMD
   
   • Des protéines spécifiques appelées Upf (notamment Upf1) sont recrutées au site du PTC.
   • Upf1 est hyperphosphorylé, ce qui active la dégradation.
   • Cette activation entraîne :
     
     • Le découplage (décoiffage) de l’ARNm,
     • La dissociation du ribosome,
     • La dégradation rapide de l’ARNm dans le sens 5’→3’.
   • Ainsi, l’ARNm anormal est éliminé rapidement, empêchant la synthèse de protéines tronquées[[355]].

D. Autres aspects du contrôle qualité

• La dégradation des ARNm est un processus finement régulé qui combine plusieurs voies enzymatiques et protéines spécifiques pour assurer un contrôle strict.
• Le rôle des complexes EJC dans la surveillance co-traductionnelle souligne l’interaction étroite entre l’épissage, l’export, la traduction et la qualité des ARNm[[352]][[353]].

Synthèse

Le contrôle qualité des ARNm repose sur :

• Une dégradation progressive initiée par la dépolyadénylation et le décoiffage,
• Une élimination rapide des ARNm contenant des séquences spécifiques (ARE),
• Un système de surveillance co-traductionnelle (NMD) qui détecte et dégrade les ARNm avec codons STOP prématurés grâce aux complexes EJC et aux protéines Upf.

Ce mécanisme garantit que seules des ARNm corrects et complets aboutissent à la production de protéines fonctionnelles, évitant la production de protéines tronquées potentiellement nuisibles[[348]][[349]][[350]][[351]][[352]][[353]][[354]][[355]].

Question 12

Partie 5. Obtention d’une protéine fonctionnelle

Answer 12

• Conformation tridimensionnelle :
  Pour qu’une protéine nouvellement synthétisée devienne fonctionnelle, elle doit acquérir une structure tridimensionnelle spécifique appelée repliement ou conformation. Ce repliement est crucial car la fonction biologique d’une protéine dépend étroitement de sa structure spatiale.
• Rôle des chaperonnes :
  Le repliement correct de la protéine n’est pas toujours spontané. Des protéines spécialisées appelées chaperonnes interviennent pour assister ce processus. Elles empêchent les repliements incorrects ou l’agrégation des polypeptides, favorisant ainsi l’obtention d’une conformation correcte et fonctionnelle. Ces chaperonnes sont indispensables, notamment dans des conditions cellulaires stressantes ou lors de la synthèse de protéines complexes[[356]].
• Modifications post-traductionnelles (PTM) :
  Une fois la chaîne polypeptidique synthétisée et correctement repliée, elle subit fréquemment des modifications chimiques qui modifient ses propriétés, sa localisation, sa stabilité ou son activité. Le document mentionne plus de 100 types différents de modifications post-traductionnelles. Parmi celles-ci, les plus courantes sont :
  
  • Glycosylation : ajout de chaînes de sucres sur des résidus spécifiques de la protéine. Cette modification est cruciale pour la stabilité, la reconnaissance cellulaire, et la fonction des protéines, notamment celles destinées à la membrane ou à la sécrétion.
  • Phosphorylation : ajout de groupes phosphate, généralement sur des résidus sérine, thréonine ou tyrosine. Cette modification régule souvent l’activité enzymatique, les interactions protéiques, et les voies de signalisation intracellulaire.
    Ces modifications sont catalysées par des enzymes spécifiques et peuvent être réversibles, constituant ainsi des mécanismes dynamiques de régulation fonctionnelle des protéines[[356]].
• Importance fonctionnelle :
  Ces étapes sont essentielles, car sans repliement correct et modifications appropriées, la protéine peut être non fonctionnelle, mal localisée, ou rapidement dégradée par la cellule. Ainsi, la qualité finale de la protéine dépend autant de sa synthèse que de son traitement post-traductionnel[[356]][[357]].

En résumé, la synthèse polypeptidique n’est que la première étape : pour obtenir une protéine pleinement fonctionnelle, il faut que la chaîne nouvellement formée soit correctement repliée avec l’aide des chaperonnes, et qu’elle subisse des modifications post-traductionnelles, en particulier la glycosylation et la phosphorylation, qui sont les plus fréquentes et critiques pour la fonction biologique.

Question 13

6. Destination et adressage des protéines

Answer 13

Tri des protéines dès la synthèse

• Le tri des protéines commence dès leur synthèse sur les ribosomes.
• Deux types de ribosomes sont impliqués :
  
  • Ribosomes libres dans le cytoplasme,
  • Ribosomes liés au réticulum endoplasmique rugueux (RER).
• Ce choix détermine la voie suivie par la protéine nouvellement synthétisée : soit elle reste dans le cytoplasme, soit elle est adressée vers le système de sécrétion ou les membranes.

Le “code postal” des protéines : les séquences signal

• Les protéines destinées à la sécrétion ou à l’intégration dans les membranes possèdent une séquence signal (peptide signal).
• Cette séquence est reconnue par une particule appelée Signal Recognition Particle (SRP).
• La SRP interrompt temporairement la traduction et guide le ribosome vers la membrane du RER, où la synthèse reprend avec l’insertion de la protéine dans le RER.
• Ce mécanisme assure que la protéine naissante est co-traductionnellement transloquée dans le RER.

Protéines solubles vs protéines membranaires

• Protéines solubles :
  
  • Elles sont entièrement transloquées dans la lumière du RER.
  • La séquence signal est généralement clivée après l’entrée dans le RER.
• Protéines membranaires :
  
  • Elles possèdent des séquences topogéniques spécifiques qui déterminent leur insertion dans la membrane.
  • Ces séquences comprennent :
    
    • Un peptide signal au début (pour l’adressage au RER),
    • Une ou plusieurs séquences d’arrêt (“stop transfer sequences”), qui arrêtent la translocation et ancrent la protéine dans la membrane.
  • L’orientation dans la membrane est conservée : les parties hydrophiles restent dans le cytoplasme ou dans la lumière du RER selon la position des séquences signal et arrêt.

Exemple

• Le document cite l’exemple du récepteur de l’insuline qui possède un peptide signal et une séquence d’arrêt, ce qui permet son insertion correcte dans la membrane du RER puis sa maturation.

Protéines sans peptide signal

• Certaines protéines membranaires ne possèdent pas de peptide signal classique mais ont des séquences topogéniques hydrophobes qui fonctionnent comme des signaux d’adressage et d’insertion.
• Ces séquences hydrophobes permettent l’insertion dans la membrane même en l’absence d’un peptide signal clivable.

Résumé du processus d’adressage

1. Synthèse débute dans le cytoplasme sur un ribosome libre.
2. La séquence signal émerge et est reconnue par la SRP.
3. La SRP guide le ribosome vers le RER et la synthèse reprend avec insertion ou translocation.
4. Pour les protéines membranaires, la présence de séquences d’arrêt détermine leur insertion dans la membrane avec une orientation spécifique.
5. Après synthèse, les protéines sont soit sécrétées, soit intégrées dans des membranes cellulaires, selon leur séquence signal et topogénique.