MS y huellas peptídicas Flashcards
(28 cards)
para qué sirve el genoma humano?
- Da información acerca de variaciones del genoma
- Descubrir elementos funcionales de la secuencia (ENCODE)
- Identificación de 22,000 genes que podrían originar en una sola célula hasta 500,000 proteínas
para qué nos sirven las modificaciones postraduccionales?
- permiten regular la actividad estabilidad, localización subcelular e interacciones de la proteína
principal objetivo de la proteómica
entender la expresión, función y regulación del conjunto completo de proteínas codificadoras de un organismo
qué nos permite la proteómica?
- Permite comprender los procesos biológicos y su variación en la enfermedad vs el estado de salud
- evalúa la interacción entre proteínas
- modificaciones postraduccionales
- funciones
- localización
Métodos para identificar proteínas específicas
- Electroforesis en gel monodimensional (SDS-page)
- 2D-page
- MS
- MALDI-TOF
- Técnicas in silico
Cómo es la electroforesis en gel monodimensional (SDS-page) ?
identificación por peso molecular
cómo es la identificación en el 2D page?
identificación por peso molecular (SDS-page) y punto isoelectrico (EIF)
cómo es la identificación en la espectrometría de Masas (MS)?
identificación por masa-carga (moléculas fragmentadas por tripsina)
cómo es la identificación en MALDI-TOF?
identificación por masa-carga y tiempo de vuelo (moléculas intactas)
cómo es la identificación en las técnicas in silico?
identificación con ayuda análisis de base de datos
Análisis de interacciones proteína-proteína
- Purificación por afinidad-MS:
- la proteína se aísla por la afinidad que tiene con un Ac y las proteínas que están pegadas a ellas se analizan por MS
Análisis de la estructura proteica
- Estrategia para la purificación de proteínas en la que se eliminan las proteínas contaminantes por fases con base en diferencias de tamaño, carga e hidrofobicidad
cómo se realiza el análisis de la estructura proteica?
mediante SDS-PAGE
tinción (identificar proteínas)
proteasas
técnica de 2D page
- Uso de isoelectroenfoque (IEE)
1. Separación por el punto isoelectrico (PI)
2. Separación por masa molecular (Daltons) — el 2do gel filtra las proteínas por tamaños
quién y cuándo desarrolló la técnica de separación de proteínas?
¿Cómo se hizo?
- 1995 O’Farrel et al.
usando geles 2D
Identificación de proteínas (tincion, espectrometria de masas, proteasas)
- Una vez realizada la corrida de gel 2D
- Se identifican manchas individuales mediante tincion y luego se digieren con proteasas
- Se secuencian mediante MS para identificar las proteínas
Espectrometría de masas
- Muestras proteicas digeridas por tripsina para hacer fragmentos de péptidos pequeños
cómo actúa la MS en contraste con los aminoácidos?
- Determinada combinación de AAs forma determinadas masas
- Cada AA tiene una masa específica
por qué se dice que la MS tiene una huella dactilar?
hay péptidos que son específicos en algunas proteínas
Qué pasa después con los fragmentos de proteínas analizados?
son comparados con las bases de datos genómicos para inferir sobre las proteínas
* Ensayo in silico
* Las características únicas permitirán identificar las proteínas
Huella peptidica (peptide mass fingerprint)
- Técnica para identificar proteínas
- Utiliza MS
- Utiliza la relación masa-carga para calcular los componentes que forman una proteína
Características de MALDI-TOF
- Desorción e ionizacion laser por matriz acoplada al tiempo de vuelo
- Tecnología asistida por la matriz
- Debe ser co-cristalizada en la matriz
- Alta capacidad de procesamiento (96 moléculas a la vez)
Uso de MALDI-TOF
identificación de cepas bacterianas y fungicas mediante variantes de masa-carga
diagnostico
fases de MALDI-TOF
- La placa contiene una matriz (tiene la muestra de proteínas) y un analito
- Desorción
- Ionizacion
- Desolvatacion
- Tiempo de vuelo
