HC. 3 - Cytogenese en afwijkingen

Question 1

Waarom wil je chromosomale afwijkingen ontdekken bij leukemie?

Answer 1

1. Ze belangrijk zijn voor diagnose
2. Ze je wat kunnen vertellen over de prognostische score
3. Van sommige afwijkingen weten artsen in hoeverre het effect gaat hebben op bepaalde therapie (zoals chemo)
4. Afwijkingen geven ons inzichten in de epidemiologie van leukemie en hoe we deze patiënten moeten behandelen.

Question 2

Wat is cytogenetica?

Answer 2

Zaken die te maken hebben met lokalisatie van chromosomen, erfelijke eigenschappen in de celkern en overdracht erfelijke materiaal

Question 3

Verband chemo en cytogenetica?

Answer 3

Cytogenetica kan respons van chemo voorspellen

Question 4

Verschil genetica en cytogenetica?

Answer 4

Cyto: chromosomaal ingezoomd
Genetica: DNA ingezoomd

Question 5

Wat is er te zien bij 50% vd patienten met AML in hun chromosomen?

Answer 5

Geen afwijking, normale karyotype

Question 6

Hoe kun je chromosomale afwijkingen detecteren en identificeren?

Answer 6

1. Klassieke cytogenetica banderingstechnieken
2. Moleculaire cytogenetica:
   - FISH (Fluorescente In Situ Hybridisatie)
   - Array (SNP array)
3. Moleculair diagnostiek
   - RQ-PCR
   - Q-PCR
   - Sequencing

Question 7

Waarom is beenmerg de voorkeur bij kweken van materiaal voor cytogenetisch materiaal?

Answer 7

Naast stamcellen zitten er hier ook voorloperscellen in

Question 8

Wat heb je nodig om karyotypering te kunnen uitvoeren?

Answer 8

Delende cellen, en de enige moment dat de chromosomen goed zichtbaar zijn in de kern is de metafase

Question 9

Hoe werkt het kweken van materiaal om te kijken naar de bandering/kleuren?

Answer 9

1. bloed/beenmerg met blasten kweken met of zonder groeifactoren
2. Kweken 1-2 dagen
3. Mitoseremmer geven (colecemid)
4. Hypotone oplossing (zodat kernmembraan oplost) en fixeren
5. Cel op glaasje laten vallen en banderen/ kleuren.

Question 10

Welke 3 banderingen zijn er?

Answer 10

G-bandering= helderveld microscopie
R-bandering= fluorescerende, reverse bandering
Q-bandering= fluorescerende, quinquina mosterd: kleurt oranje

Question 11

Waar bestaat een chromosoom normaal gesproken uit?

Answer 11

Een centromeer met daarbij boven een korte arm (p-arm) en daar onder een lange arm (q-arm)

Question 12

Welke chromosomen hebben in principe geen korte arm?

Answer 12

Chromosoom 13 14 15 20 en 21, maar hebben op deze plek een repetitieve DNA sequentie voor het ribosomale DNA. Dus als hier een mutatie komt is dit geen probleem, wamnt er zijn op meerdere plekken deze DNA sequentie beschikbaar

Question 13

Welke 2 soorten chromosomale afwijkingen zijn er?

Answer 13

• Numerieke (winst en verlies)
• Structurele afwijkingen

Question 14

Welke structurele chromosomale afwijkignen zijn er?

Answer 14

• Gebalanceerd
  Translocatie:
  Inversie: Paracentrisch: stuk chromo 180 graden gedraaid en Pericentrisch: binnen chromo, stukje p naar q-arm en vice-versa
• Niet-gebalanceerd
  Deletie: terminaal of interstitieel
  AMplificatie: duplicaie
  Niet-gebalanceerde translocatie:
  Genmutatie: basepaar niveau

Question 15

Hoe wordt een karyogram beschreven?

Answer 15

Eerst chromosoom aantal, dan geslacht en aan het eind de bijzonderheden, zoals:

45, XY, -7 [10]

45 chromosomen, man, verlies van een chromosoom in 7, dus -7 en dit is gedetecteerd in 10 andere cellen, vandaar [10]

Question 16

Slechte risico afwijkingen bij AML?

1. Wanneer slechte prognose bij AMl in een complex karyotype?
2. Wanneer bij monosomaal slechte surival?
3. overig

Answer 16

1. bij meerdere afwijkingen
2. bij verlies 2 autosomen (2 monosomieen) OF 1 autosoom (monosomie) & een structurele afwijking
3. als onbekende afwijking is

Question 17

Hoe werkt FISH (fluorescence in situ hybridization)

Answer 17

• Methode om mutaties zichtbaar te maken
• Techniek met specifieke target, dus bv p53 op het chromosoom 17
• werkt dmv verhitting
• 2 soorten FISH:
  Metafase (gekweekte en delende) vs Interfase (slecht delen)

Question 18

Voordelen FISH?

Answer 18

• Detectie microdeleties
• Breukpunt detectie
• Detectie cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen
• Snelle diagnostische detectie in interfase
• Demonstratie van klein hvlheid afwijkende cellen

Question 19

Nadelen FISH?

Answer 19

• Gelimiteerde sensitivteit
• Je vindt alleen wat je zoekt, heel erg specifiek zoeken
• Beperkte target locaties om te onderzoeken

Question 20

Wat zijn fusie-probes?

Answer 20

Manier om translocaties aan te tonen, normaal zijn er 2x rood en 2x groen. Bij translocatie is het dan geel. Het gele heet dan een fusie-signaal

Question 21

Hoe kan er false positive zijn bij fusie-probes?

Answer 21

Door 3d structuur DNA kan groen en rood op elkaar liggen en onterecht geel maken, drm belangrijk om in genoeg kernen te kijken

Question 22

Wat is een probe uberhaupt?

Answer 22

Probe wordr gebruikt om te bepalen of een stuk DNA wel aanwezig is in patient

Question 23

Wat zijn break-apart probes?

Answer 23

Probes wnr er geen translocatie is zie je 2 fusies, en als er wel transloca is zie je 1 fusie met ook rood en groen signaal

Question 24

Is bij ziekte MM (multiple myeloom) chromosomaal onderzoek makkelijk of moeilijk?

Answer 24

Moeilijk

Question 25

Waarom is bij MM chromosomaal odnerzoek moeilijk?

Answer 25

Dit komt onder
andere door het lage percentage afwijkende cellen in het beenmergaspiraat en omdat de afwijkende
cellen zich nauwelijks delen onder de omstandigheden in het laboratorium. Het aantal
chromosoomafwijkingen is daardoor ook vaak niet zichtbaar.

Question 26

Om toch wat te kunnen onderzoeke bij MM moet je?

Answer 26

Om toch iets hierover te kunnen zeggen, is daarom een hoger percentage plasmacellen nodig. Het monster moet bovendien gezuiverd worden. Dit gebeurt door het lyseren van alle erytrocyten in het mengsel en de isolatie van plasmacellen met anti-CD138.W

Question 27

Wat is SNP-arraytechniek?

Answer 27

Methode om meerdere doelwitgenen te bestuderen, terwijl FISH slechts 1 target per keer kan kijken, kan SNP-array wel 850.000 targets tegelijk bekijken

Question 28

Hoe heten de targets bij SNP-array?

Answer 28

SNP’s

Question 29

Wat is specifiek alleen te vinden bij FISh en alleen bij SNP-array?

Answer 29

FISH: translocaties
SNP-array: LOH (loss of hetrozygositeit)