Structure secondaire des protéines Flashcards
Qu’est-ce que la structure secondaire d’une protéine?
Repliement local de plusieurs acides aminés pour former des motifs
Quels sont les motifs possibles (2)? Comment sont-ils maintenus?
1-Hélice alpha
2-Feuillets plissés bêta
Les motifs sont maintenus par des interactions non covalentes entre aa.
Qu’est-ce qui permet la formation de l’hélice?
Des liaisons H entre le groupe aminé de l’aa et le groupe carboxyle de l’aa n-4
Formée d’un groupe d’aa consécutifs présentant des angles phi et psi d’environ -60° et -50°
36 aa engagés —> ____ tours d’hélice
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L’hélice est généralement ______. Pourquoi?
L’hélice est généralement right handed car les left handed causent plus d’encombrement stérique.
Comment la structure de l’hélice a a été validée?
Par cristallographie
Vrai ou faux : La stabilité de l’hélice a n’est pas influencée par le type de chaîne latérale.
Faux : La stabilité de l’hélice a est influencée par le type de chaîne latérale.
Quels sont les aa favorables (4) pour une hélice a et défavorables (2)?
Favorables : Ala, Glu, Leu, Met
Défavorables : Pro, Gly
Pourquoi les acides aminés Gly et pro déstabilisent l’hélice alpha?
Gly : Faibles contraintes d’angles phi et psi dues à l’absence de chaîne latérale, très flexible.
Pro : Fortes contraintes d’angles phi et psi qui abusent une distorsion de l’hélice, pas de H sur N du lien peptidique, donc pas de pont H possible avec l’aa n-4.
*Gly et Pro peuvent être aux extrémités de l’hélice
De quoi sont composés les feuillets plissés B?
Composés de chaînes polypeptidiques (5-8 aa) disposées parallèlement ou antiparallèlement.
Les groupes NH et C=O de chaque aa sont liés aux groupes NH et C=O des aa d’un polypeptide aligné.
Les chaînes latérales sont projetées alternativement au-dessus et en-dessous du plan du feuillet.
Quel type de feuillet est favorisé? Pourquoi?
Feuillets disposés antiparallèlement, car plus stable.
En général, les feuillets B sont formés de ___ à ___ segments polypeptidiques (avec ___ aa en moyenne).
-2
-15
-6
Que font les aa Ala et Gly dans un polypeptide?
Il diminuent, limitent l’encombrement stérique.
Quelle est la particularité d’un feuillet B anti-parallèle?
Inextensible dans une direction (résistant) et souple dans l’autre direction
Les structures secondaires régulières (_________ et _________) correspondent, en moyenne, à la ________ d’une protéine globulaire. Les segments restants ont une conformation en __________ ou en __________.
-hélices a
-feuillets b
-moitié
-solénoïde
-boucle
