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bich study > Bio Mol Examen 2 > Flashcards

Bio Mol Examen 2 Flashcards

1
Q

Combien dARN polymérases existe chez les EUcaryotes?

A

trois (I, II, III)

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Q

Combien dARN polymérases existe chez les PROcaryotes?

A

un ( I )

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3
Q

C’est quoi le rôle de l’ARN polymérase I?

A

Il est un enzyme qui a comme rôle de synthétiser l’ARNr

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4
Q

C’est quoi le rôle de l’ARN polymérase II?

A

Il est un enzyme qui a comme rôle de synthétiser l’ARNm

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5
Q

C’est quoi le rôle de l’ARN polymérases III?

A

Il est un enzyme qui a comme rôle de synthétiser l’ARNt

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6
Q

Ou se trouve les régions promoteurs des ARN pol I, II et III

A

I : en amont du site d’initiation de la transcription (avant)

II : en amont du site d’initiation de la transcription (avant)

III : en aval du site d’initiation de la transcription (après)

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7
Q

Quel sont les facteurs transcriptionnels généraux qui aident aux ARN pols à trouver le site d’initiation de la transcription et d’initier le transcription

A
  • Le TATA binding protein (TBP)
  • Les facteurs associés à TBP (TATA-associated factors (TAF)
  • Les facteur de transcription II (A à H) (TFIIA, TFIIB …..TFIIH)
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8
Q

Quels sont deux boites qui se retrouvent en amont de la boite TATA

A

Boite CCAAT et le boite riche en GC

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9
Q

Quel-est l’élément initiateur situé à proximité du site de démarrage de la transcription

A

Elément initiateur riches en pyrimidines (C et T).

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10
Q

Les facteurs de transcriptions sont des…

A

Protéines qui aident (ou pas) au polymérases de transcrire l’ADN en ARN

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11
Q

La régulation transcriptionnelle des eucaryotes dépend de deux grandes conditions:

A

Des séquences déterminées d’ADN (pour fixer des FT spécifiques)

et

(Les FTs doivent interagir avec le complexe de démarrage)

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12
Q

qu’est-ce qu’on appelle le technique effectuée pour étudier une interaction entre une région d’acide nucléique et des protéines (ou FT spécifique).

A

La technique du gel à (super) retardement.

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13
Q

C’est quoi un sonde d’ADN?

A

Une brin d’ADN que l’on hybride avec un brin complémentaire (qu’on veut observer).
On va souvent marquer le sonde avec de la fluoresence afin de l’observer.

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14
Q

Que nomme-t-on les deux brins décrit?
5’ - ATCGATCG - 3’
3’ - TAGCTAGC - 5’

A

5’ - ATCGATCG - 3’ : brin sens (codant)

3’ - TAGCTAGC - 5’ : brin anti-sens (Matrice)

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14
Q

Classer les trois en ordre croissant de quelle va migrer le plus loin dans le gel à super retardement.

Complexe sonde-protéine (marqué avec SYBR green)
Sonde libre (marqué avec SYBR green)
Complexe sonde-protéine-anticorps (marqué avec SYBR green)

A

plus loin

  1. Sonde libre (marqué avec SYBR green)
  2. Complexe sonde-protéine (marqué avec SYBR green)
  3. Complexe sonde-protéine-anticorps (marqué avec SYBR green)

moins loin

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14
Q

En ordre, c’est quoi les quatres étapes de maturation du préARN?

A
  1. Ajout du coiffe
  2. Clivage du site poly A (Priming)
  3. Ajout du queue poly adénylée (An)
  4. Épissage (Enlèvement des introns et des fois des exons par épissage alternative )
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15
Q

Est-ce que les introns sont tooujours entourées par des exons?

A

Ouep.

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16
Q

Est-ce que le coiffe est en position 5’ ou 3’ ?

A

5’. (Il y a aussi des méthyles qui s’ajoute en position 2’ sur les deux sucres terminales avant l’ajout de la coiffe)

17
Q

Est-ce que le queue poly-A est en position 5’ ou 3’ ?

A

3’

18
Q

C’est quoi la structure de la coiffe

A

C’est un 7-méthyl-guanylate - un ribose - triphosphate

19
Q

Comment est-ajouté la coiffe (2 étapes)?
Sur quelle partie du Pol II va fixer l’enzyme qui va lier la coiffe?
Quelle est l’enzyme qui va lier la coiffe?
Quelle enzyme va catalyser l’ajout du méthyl?

A
  1. On crée un lien 5’ - 5’ en utilisant l’enzyme guanylate transférase, qui se fixe au domaine Ct de la Pol II (CTD – Pol II) et ajoute un GTP libérant le phosphate beta et gamma du GTP ainsi que le phosphate gamma au niveau 5’ de l’ARNm.
  2. La méthylation s’effectue par la suite par une méthylase qui ajoute des groupes méthylés en position 7’ sur la guanine, ainsi qu’en positions 2’ sur le pentose des deux premiers résidus riboses.
20
Q

À quoi sert la coiffe? (2 fonctions)

A

1.La coiffe 5’ protègel’ARNm contre la digestion par des exonucléases

aussi,

  1. Il constitue un signal de reconnaissance par les ribosomes pour initier la traduction.
21
Q

Comment est-ce que l’ARN pol II sait comment arrêter la transcription? (1 étape catalysé)
Aussi, comment est-ce que le polyadénylation se passe? (2 étapes avec un enzyme).
Donne aussi le role du queue poly-A.

A

Il va trouver le signal de clivage sur l’ARNm naissant (5’ - AAUAAA - 3’), située au bout 3’. Cette signal va signaler l’enzyme endonucléase CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) qui va couper 1 à 3 nucléotides en aval du signal.

Le CPSF communique et recrute simultanément une autre enzyme, poly(A) polymérase (polyadénylate polymérase) qui polymérise le queue poly A au bout 3’ libre de l’ARNm

Cette séquence polyadénylée est par la suite accompagnée par une liaison d’une protéine PABP (poly(A)-binding protein) qui s’associe à tous les 10-20 nt et forme une structure à l’extrémité 3’ qui protège l’ARNm contre une digestion par l’activité des exonucléase 3’.

22
Q

C’est quoi l’épissage?

A

Enlèvement des introns (et des fois des exons par épissage alternative)

23
Q

Quel est le rôle des particules ribonucléoprotéiques hétérogènes nucléaires (hnRNP) dans l’épissage?

Ou va-t-il se lier?
Qu’est-ce que ça va donner comme produit?
Quelles 3 sous-produits sont inclus dans cette produit?
Donne le structure pour le snRNP.

A

Les hnRNP fixent sélectivement des séquences de reconnaissances conservées (motifs ou site consensus) à la frontière des jonctions exon-intron-exon pendant la transcription et le pré-ARNm s’enroule autour des hnRNP en vue de l’élimination de l’intron.

À l’aide des hnRNP, l’épissage s’amorce et forme un épissosome (ou spliceosome).

L’épissosome comprend l’ARN primaire, les hnRNP et les snRNP (small nuclear ribonucleoproteins). L’épissosome forme un lasso d’ARN à exciser et reforme un lien phosphodiester entre les exons

Le snRNP qui comprend…
– snRNA (small nuclear RNA) - séquences d’ARN riches en U de 100 à 200nt (U1 à U6)
et
– des petites protéines reconnaissants les snRNA pour former une activité nucléase

24
Q

Quelle est l’utilité de l’épissage alternative?

A

Cela permet à la cellule de générer plusieurs types de protéines (protéines isoformes ou variantes) à partir d’un même gène.

25
Q

Pourqoui est-ce que l’ARNm eucaryotique est dite monocistronique?

A

Parce que chez les eucaryotes, chaque molécule d’ARNm code un type de protéine.

26
Q

C’est quoi une unité de transcription?

Quelles sont les deux types et comment est-ce qu’ils diffèrent?

A

Une région transcrite à partir d’une région de régulation transcriptionnelle en un transcrit primaire unique. Les unités eucaryotes de transcription sont classifiées en 2 types:

– unité de transcription simple:
Dans les unités de transcription simples, le transcrit primaire généré subit UNE SEULE maturation en un seul type d’ARNm, codant une protéine unique. Des mutations dans les exons, les introns et les régions de régulation transcriptionnelle peuvent toutes influencer l’expression de la protéine codée par une unité de transcription simple.

– unité de transcription complexe:
Dans les unités de transcription complexes, le transcrit primaire généré peut subir PLUSIEURS types de maturations conduisant à la formation d’ARNm contenant des exons différents. Chaque ARNm cependant demeure monocistronique qui est traduit en un seul polypeptide dont la traduction débute généralement au niveau du premier AUG de l’ARNm. Des ARNm multiples peuvent être formés de trois façons:
– l’utilisation de sites d’épissage différents
– l’utilisation de sites poly(A) alternatifs
– l’utilisation de promoteurs alternatifs

27
Q

Chez les PROCARYOTES, ou se trouve les facteurs de transcriptions?

A

proche du site d’initiation de la transcription

28
Q

Qu’est-ce qu’on appel les motifs de reconaissance et de liaison?

A

les opérateurs

29
Q

Qu’est-ce qu’on appelle les facteurs de transcription qui stimulent l’initiation de la transcription

A

les activateurs (leur liaison à l’opérateur augmente la fréquence de la liaison de l’ARN polymérase sur le promoteur ou aide l’initiation de la transcription)

30
Q

Qu’est-ce qu’on appelle les facteurs de transcription inhibe l’initiation de la transcription

A

les represseurs (leur liaison prévient l’association de l’ARN polymérase avec le promoteur)

31
Q

Quel est le role des effecteurs (petites molécules) (2 types)

A

ils se combinent avec les represseurs

Il existe deux types d’effecteurs:
• inducteur – baisse l’affinité de liaison du répresseur sur l’opérateur
– ex: liaison du lactose au répresseur lac

• co-répresseur – augmente l’affinité de liaison du répresseur sur l’opérateur
– le répresseur n’est pas actif lorsque le co-répresseur est absent
– ex: le tryptophane pour le répresseur trp

32
Q

Quelle organisme est l’opéron LAC d’origine?

A

E. coli

33
Q

La région de régulation de l’opéron lac contient:

A

– opérateur (répresseur) lac (séquence liant le répresseur lac codé par lacI)
– promoteur lac (séquence liant l’ARN polymérase + facteur s70)
– site CAP (séquence liant la protéine activatrice des catabolites/CAP)

34
Q

Quels gènes sont codés par l’opéron lac?

A

– le géne lacI (répresseur). Ce gène, sous le contrôle de son propre promoteur, encode un répresseur qui bloque la transcription de l’opéron lac lorsque le LACTOSE N’EST PAS DISPONIBLE. (Donc le represseur va se lier au site d’initiation de la transcription et il n’y aura pas de transcription)

– le gène lacZ encode l’enzyme b-galactosidase, qui décompose le lactose

– le gène lacY encode la galactosidase perméase, une protéine de transport pour le lactose

– le gène lacA encode la thiogalactoside acétyltransférase (nécessaire mais rôle précis est encore incertain)

35
Q

C’est quoi le footprint?

A

Le footprint est une technique pour identifier des séquences nucléotidiques liées à des
protéines ou d’autres molécules.

36
Q

Quand le lactose et le glucose est présent…

A

La transcription à lieu lentement.

37
Q

En absence de glucose et présence de lactose…
(Qu’est-ce qui est synthétisé, catalysé par quel enzyme?)
(Que va lier a cette molécule synthétisé?)
(Que va cette nouveau complexe faire?)

A

BON TRANSCRIPTION
• Les cellules E. coli répondent en synthétisant de l’AMP cyclique (AMPc) via l’activation d’une adénylate cyclase (à proximité membranaire).

  • Lorsque la concentration de AMPc intracellulaire augmente, celui-ci se fixe à un site présent dans chaque sous-unité d’une protéine dimérique appelée protéine activatrice des catabolites(CAP) entraînant un changement de conformation qui permet au complexe CAP-AMPc de se fixer au site CAP dans la région de contrôle de la transcription de l’opéron lac
  • Le complexe CAP-AMPc lié à l’ADN, interagit avec la polymérase fixée au promoteur, ce qui stimule fortement le taux d’initiation de la transcription ( ↑ # copies d’ARNm par minute). Cette activation conduit à la synthèse de concentration élevée d’ARNm et d’enzymes permettant à la cellule de métaboliser le lactose.
38
Q

Que-synthétise la protéine CAP (Catabolite activator protein) et quelle enzyme va catalyser cette réaction?
Comment est-ce que le niveau de glucose affecte celui-ci?

A

– les bactéries ont un système pour surveiller leur niveau d’É (glucose)

– lorsque les réserves d’énergie sont basses, l’adénylate cyclase, catalyse la synthèse d’AMP cyclique (AMPc) à partir de l’ATP

– l’AMPc sert de signal pour activer des opérons responsables d’utiliser d’autres sources d’énergie moins préférées tel que le lactose

– le glucose est nécessaire pour réduire le niveau d’AMPc

DONC LE CAP C’EST UN ACTIVATEUR et c’est seulement là lorsqu’il n’y a pas de glucose!

39
Q

qu’est-ce qui arrive pendant la répression catabolique de l’opéron lactose?

A

– le glucose réprime la transcription de l’opéron lac en empêchant la synthèse d’AMPc
dans la cellule
– à de bas niveaux d’AMPc, aucun AMPc n’est disponible pour lier le CAP

40
Q

Check Page 18 du powerpoint 2.2.1 pour une bonne digramme de quest-ce qui arrive avec ou sans glucose et lactose…

A

Consulte le, c’est helpful.

41
Q

À quoi sert le B-gal?

A

La b-gal est codée par le gène lacZ bactérien. La b-gal a la capacité de couper le disaccharide lactose en glucose et galactose.

La b-galactosidase est également capable de cliver le substrat incolore
X-gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-b-galactopyranoside) en galactose et un produit bleu insoluble. Les laboratoires utilisent encore couramment cette caractéristique colorimétrique pour effectuer le clonage, la sélection et la caractérisation fonctionnelle de différents gènes (sélection bleu/blanc).

42
Q

La transcription se fait de 5’ –> 3’ ou bien 3’ –> 5’?

A

5’ –> 3’

Il transcrit le brin sens(codant) exactement (sauf T –> U) à partir du brin antisens(matrice)

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