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BICH Study > Bio Mol examen finale Traduction > Flashcards

Bio Mol examen finale Traduction Flashcards

1
Q

Cest quoi la traduction (soit spécifique):

A

La traduction est la lecture de l’ARNm par les ribosomes pour synthétiser une protéine.

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2
Q

Rôle de l’ARNm:

A

porte l’info génétique transcrite à partir de l’ADN sous la forme d’une
série de séquences de trois nucléotides, appelées codons, qui spécifient chacune un AA
particulier

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3
Q

Rôle de l’ARNt:

A

Chaque type d’AA possède son propre sous-groupe d’ARNt. Ceux-ci fixe l’AA et le transportent jusqu’à l’extrémité d’une chaîne polypeptidique, si le codon suivant dans l’ARNm l’exige (cas du codon STOP).

chaque ARNt comporte une séquence de trois nucléotides appelée anticodon, qui s’apparie avec son codon complémentaire dans l’ARNm

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4
Q

Rôle de l’ARNr:

A

Ils s’associe avec un groupe de protéines pour former des ribosomes.

L’ARNr fixe également les
ARNt et différentes protéines accessoires nécessaires à la synthèse protéique

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5
Q

Rôle du ribosome:

A

Ces structures complexes, qui se déplacent le long d’une molécule d’ARNm (5’→3’), catalysent l’assemblage des AA en une chaîne polypeptidique.

Les ribosomes sont constitués de sous unités (grandes et petites) où chacune comprend ses propres molécules d’ARNr

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6
Q

codon start

A

AUG

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7
Q

codons stop (3):

A

UAA, UGA, UAG

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8
Q

différentes codons pour un acide aminée

ex: Proline est codé par : CCU CCC CCG et CCA

A

les différents codons d’un AA
donné sont : synonymes.

Le code lui-même est dit : dégénéré

ce qui signifie que plusieurs codons peuvent spécifier le même AA.

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9
Q

AA codé par UAA, UGA et UAG

A

pas d’AA. ARNt présent par exemple.

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10
Q

extrémité amino terminale est aussi ou le ___ est.

A

Codon initiateur
et
extrémité 5’

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11
Q

extrémité carboxy-terminale est aussi ou le ___ est :

A

codon stop
et
extrémité 3’

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12
Q

La séquence de codons qui s’étend entre un codon initiateur et un codon stop est appelée…

A

le cadre de lecture

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13
Q

nombres de cadres de lectures possibles :

A

rep: 3!
soit le code, AUGCAUGCAUGCCUGACUGACUGA

1.
(Start)AUG CAU GCA UGC CUG ACU GAC UGA(Stop)

2.
AUGC(UTR) (Start)AUG CAU GCC UGA(Stop) CUGACUGA(UTR)

3.
AUGCAUGC(UTR) (Start)AUG CCU GAC UGA(Stop) CUGA(UTR)

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14
Q

épissage alternatif

A

épissage d’un exon. (peut modifier la cadre de lecture.)

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15
Q

La grande majorité des ARNm est lue initialement que suivant un cadre de lecture, car… (2)

A

1) les régions de régulation et le codon initiateur dictent le début de la synthèse protéique et
2) les codons stop rencontrés dans les deux autres cadres possibles achèvent souvent la traduction avant la production d’une protéine fonctionnelle.

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16
Q

Aminoacyl-ARNt synthétase spécifique :

A

enzyme qui catalyse le Rn d’établissement de liaison chimique riche en é entre l’ARNt et l’AA spécifique, formant un aminoacyl-ARNt.

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17
Q

Explique pourquoi un Aminoacyl-ARNt est dite spécifique

A

lorsqu’un le codon ARNm se fait traduit par le ribosome, il va recruiter l’Aminoacyl-ARNt correspondant au codon lu (codon(ARNm), anticodon(ARNt) (Usually W-C) )
pour ajouter le bon AA au chaine peptidique.

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18
Q

autre nom pour l’ARNt

A

Le ribo-décodeur

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19
Q

d’ARNt __ # d’AA

  1. <
  2. >
  3. =
A

>

ex: Proline a 4 codons différentes so c’est good

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20
Q

la fonction d’un ARNt spécifique dépend de…

A

Son structure tridimensionnelle

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21
Q

le structure 2D de l’ARNt est dite

A

feuille à trefle

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22
Q

Les 4 tiges ARNt sont des (structurally speaking)… Nommez les!

A

Okay, looks long but you’ll understand :).

courtes hélices doubles brins stabilisées par des appariements W-C. Trois des quatre tiges possèdent des boucles de 7 à 8 nt à leur extrémité nommées:
boucle D,
boucle TΨCG et
boucle anticodon.
La tige restante, sans boucle, contient les extrémités
3’ et 5’ de la chaîne. Il existe également la formation d’une boucle variable. Les trois nt constituant l’anticodon sont situés au centre de la boucle du milieu, dans une
position accessible qui facilite l’appariement codon-anticodon. Dans tous les ARNt, l’extrémité 3’ de la tige
acceptrice de l’AA, sans boucle, possède la
séquence CCA, qui est souvent ajoutée après la fin
de la synthèse et de la maturation de l’ARNt. L’AA
spécifique au ARNt est ajouté sur le dernier A de
l’extrémité 3’ (CCA).

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23
Q

tige acceptrice:

A

À l’extrémité 3’, on va avoir une séquence CCA. L’AA va se lier au dernier A de cette séquence.

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24
Q

c’est quoi les positions de flottement?

A

Localisé au 3e base (en 3’) dans le codon (ARNm) et de la première base correspondante (en 5’)
dans son anticodon (ARNt), c’est une inosine qui n’obéi pas W-C.

Tandis que, la première et deuxième base d’un codon forment presque toujours des appariements W-C avec les troisième et deuxième bases de l’anticodon (sur l’ARNt)

Cette position de flottement permet à un ARNt de reconnaître plusieurs codons d’ARNm.

Inversement, il permet aussi à un codon d’être reconnu par plusieurs sortes d’ARNt qui portent tous le même AA.

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25
Q

nomme les deux types d’interactions non-standard présentes au position de flottement :

A

type 1) interaction G-U (wobble)

type 2) interactions inosine avec A, C et U

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26
Q

Trois des six codons spécifiant la leucine (CUA, CUC, et CUU) sont reconnus par le même ARNt avec l’anticodon 3’ -___-5’

A

3’ GAI 5’ via l’inosine sur le codon 1 (5’->3’) de l’anticodon de l’ARNt.

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27
Q

les codons phénylalanine 5’-UUU-3’ et 5’-UUC-3’ sont tous deux reconnus par l’ARNt dont l’anticodon est 5’-___-3’.

A

3’-AAG-5’ ou 5’-GAA-3’ via G-U wobble

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28
Q

Vis-à-vis les bases sur l’ARNt, quelles bases peuvent-ils se lier lors du lecture d’un codon d’ARNm?

A 
C : G
A:  U
G:  C, U
U:  A, G
I  :  A, C, U
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29
Q

Vis-à-vis les bases sur l’ARNm, quelles bases peuvent-ils se lier lors du liaison à l’ARNt?

A

C : G, I
A: U, I
G: C, U
U: A, G, I

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30
Q

que fait le aminoacyl-ARNt synthétase?

A

READ :

Il catalyse la synthèse d’aminoacyl-ARNt. (lier les AAs à leurs ARNt spécifiques avec un liaison ester. On dit alors que l’aminoacyl-ARNt est activé. L’É de cette liaison permet ensuite la formation des liaisons peptidiques entre les AA adjacents d’une chaîne polypeptidique en cours d’élongation.)

Chacune des synthétases différentes reconnaît un seul AA.

Ces enzymes de couplage lient un AA à l’adénosine présent au niveau de l’extrémité 3’ (tige acceptrice) des molécules ARNt, au cours d’une réaction nécessitant de l’É par un ATP (ΔG positif).

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31
Q

C’est quoi le activité de correction d’épreuves / proofreading?

A

Certains AA ont une structure si proche que les aminoacyl-ARNt synthétases commettent parfois des erreurs.

Elles sont toutefois corrigées par les enzymes elles-mêmes, qui possèdent une activité de correction d’épreuves (proofreading).

Cette fonction essentielle garantit l’apport par un ARNt, de l’AA correct à la machinerie de synthèse protéique. Ce mécanisme assure également la synthèse protéique correcte à partir du code génétique.

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32
Q

marquage métabolique:

A

ajout d’un AA radioactif dans une cellule pour suivre l’AA pendant et après la synthèse d’une protéine. (this is how we discovered the ribosomes role)

33
Q

combien de molécules différentes d’ARNr dans une ribosome?

A

3 : procaryote
4 : eucaryote

et jusqu’à 83 types de protéines.

34
Q

deux parties du ribososome

A

grande et une petite sous-unité

35
Q

unités Svedberg (S) :

A

la vitesse de sédimentation de particules suite à une centrifugation (condition standard; c-à-d vitesse, T° et pression constante)

36
Q

petit vs grand sous-unité du ribosome:

A 
La petite sous-unité ribosomique
contient une seule molécule d’ARNr,
que l’on appelle le petit ARNr. La
grande sous-unité du ribosome
contient un grand ARNr (28S) et une
molécule d’ARNr 5S, plus une molécule
supplémentaire d’ARNr 5,8S chez les
eucaryotes.
37
Q

phénotype vs génotype

A

Le génotype est le patrimoine génétique d’un individu. Il décrit l’ensemble des allèles d’un individu pour un gène donné.

Le phénotype est la façon dont le génotype se manifeste. Il décrit donc l’apparence ou l’état d’un individu pour un ou plusieurs caractères.

38
Q

Au cours de la traduction, un ribosome se déplace le long d’une chaîne d’ARNm
( _’ → _’ )

A

(5’→3’)

39
Q

Quand et pourquoi est-ce que le ribosome va subir une changement de conformation?

A

Au cours de la traduction, un ribosome se déplace le long d’une chaîne d’ARNm (5’ vers 3’) où il interagit avec différents facteurs protéiques et aminoacyl-ARNt. Pendant ce temps, le ribosome subit des changements conformationnels importants afin de permettre l’élongation de la chaîne polypeptidique et la synthèse d’une protéine fonctionnelle.

40
Q

Comme pour la transcription, le processus complexe de la traduction peut être divisé en trois étapes: l’___, l’___ et la ___.

A

l’initiation, l’élongation et la terminaison.

41
Q

Pourquoi est-ce que le méthionine à 2 ARNt?

A

– ARNtMet initiateur : capable d’initier la synthèse protéique

– ARNtMet : pour importer la méthionine au cours de synthèse

42
Q

Dans le ribosome assemblé, il existe trois différents sites de liaison pour les aminoacyl-ARNt :

A

site E (exit), site P (peptide) et le site A (aminoacyl-ARNt)

43
Q

Quelle site va se lier l’ARNt Met initiateur?

A

Le site P directement

44
Q

Quelle site va se lier tous les ARNt qui ne servent pas à l’initiation?

A

Le Met-ARNtMet(complexe aminoacyl-ARNt) habituel ainsi que tous les autres ARNt chargés se fixent uniquement à l’autre site du ribosome (site A / aminoacyl-ARNt)

45
Q

que fait le site E?

A

Il expulse les ARNt qui arrive là

46
Q

que fait le site P?

A

Ce site est l’endroit ou l’aminoacyl-ARNt qui est lié au long chaine polypeptidique (et le Met-ARNti) va être. L’aminoacyl-ARNt qui se trouve à cette position va ajouter son propre AA au chaîne pour l’élonger.

47
Q

que fait le site A?

A

Premier site pour chaque aminoacyl-ARNt (sauf Met-ARNti). L’aminoacyl-ARNt dans cette site va bouger au site P pour ajouter son propre AA.

48
Q

La formation de ce complexe multimérique, est coordonnée et

assurée par l’intermédiaire de ___.

A

facteurs d’initiation (eIF)

49
Q

Les deux sous-unités du ribosome, vont être séparé quand ils ne traduisent rien. Quelles facteurs d’initiations vont lier le grand et le petit sous-unité du ribosome?

A

eIF3 (pour la petite sous-unité - 40S) et eIF6 (pour la grande sous- unité – 60S) chez les eucaryotes.

50
Q

Pendant les premières étapes de la traduction, Il y a formation d’un
complexe de pré-initiation de la traduction qui inclut:

A

– la petite sous-unité 40S lié par eIF3
– eIF1A (eIF1 for all we need to know)
– un complexe formé d’un aminoacyl-ARNtiMet, eIF2 et de GTP

51
Q

Les facteurs d’initiations assurent la formation protéique par:

A

– l’apport d’É nécessaire aux réactions biochimiques (GTP, ATP)

– le recrutement par affinité spécifique des différents composants de
la traduction cellulaire

52
Q

• Au cours de l’initiation de la traduction, la coiffe en 5’ d’un ARNm mature à traduire est liée par un complexe de liaison de la coiffe qui comprend différentes sous-unités du facteur d’initiation ___.

A

eIF4

53
Q

ou se lie eIF4?

A

la coiffe

54
Q

Quelle facteur du complexe de préinitiation va se lier eIF4?

A

eIF3 (3 reconnait 4, 4 est sur la coiffe, il va aider à initier la traduction)

55
Q

Quand est-ce que le complexe de pré-initiation devient le complexe d’initiation?

A

Quand le complexe de pré-initiation se lie avec le complexe de liaison de la coiffe.

56
Q

Qu’est-ce qui va arriver juste après la formation du complexe d’initiation à la traduction?

A

puisque le complexe de préinitiation et le complexe de liaison à la coiffe est maintenant ensemble, le complexe d’initiation va checher pour le codon AUG.

Cette glissement du complexe d’initiation est assuré par l’activité hélicase de eIF4 qui dénature la structure secondaire de l’ARNm. Le facteur eIF4 utilise l’É provenant de l’hydrolyse d’ATP.

57
Q

La reconnaissance du premier codon initiateur provoque :

A

l’hydrolyse du GTP associé à eIF2, une étape irréversible qui empêche le glissement de se poursuivre.

À cette étape, les éléments eIF1, eIF2, eIF3 et complexe eIF4 se dissocient de la petite sous-unité ribosomique qui est maintenant stablement attachée à l’ARNm.

• La dissociation de eIF3 permet donc le recrutement de la grande sous-unité ribosomal 60S.

58
Q

La sélection de codon AUG initiateur est souvent facilitée par les nt composants la _____. Cette séquence joue un rôle important dans l’efficacité de l’initiation de la traduction.

A

séquence Kozak (5’ ACC-AUG-G 3’)

59
Q

Une fois que la petite sous-unité ribosomique liée à son Met-ARNtiMet est correctement positionnée sur le codon initiateur, l’union avec la grande sous-unité ribosomique (60S) et la dissociation de 1, termine la formation d’un ribosome 80S.

La formation du 80S nécessite l’É et l’action d’un autre facteur (2) qui amène un GTP dans la cette réaction biochimique.

A
  1. eIF6
  2. eIF5

Le couplage de la réaction de réunion et de l’hydrolyse de GTP rend cette étape irréversible. C-à-d que les sous-unités ribosomiques ne peuvent plus se dissocier avant que l’ARNm soit traduit et la synthèse protéique terminée.

60
Q

eIF1

A

responsable de la formation du complexe de pré-initiation de traduction en assemblant la petite sous-unité ribosomale (lié à eIF3) au complexe ternaire formé de eIF2-GTP-Met-ARNti

61
Q

eIF2

A

responsable de l’apport du GTP et du Met-ARNtiMet au complexe de pré-initiation – responsable de l’étape irréversible une fois assis sur AUG (ARNm)

62
Q

eIF3

A

maintient la sous-unité ribosomale 40S sous forme monomérique et sensibilise ce dernier pour initier un nouveau cycle de traduction

63
Q

complexe eIF4

A

forme le complexe de liaison à la coiffe sur l’extrémité 5’ de l’ARNm et recrute le transcrit pour la traduction - interagit avec eIF3 pour former le complexe d’initiation à la traduction stable – élabore une activité hélicase

64
Q

eIF5

A

responsable de l’apport du GTP pour la formation du ribosome 80S (60S+40S)

65
Q

eIF6

A

maintient la sous-unité ribosomale 60S sous forme monomérique et sensibilise ce dernier pour initier la formation d’un ribosome 80S

66
Q

IRES

A

site d’entrée interne pour le ribosome:

situé loin en aval de l’extrémité 5, les IRES pourraient recruter les eIF4 pour initier la traduction.

67
Q

Les aminoacyl-ARNt qui succèdent le Met-ARNti sont conduits au ribosome sous forme d’un complexe ternaire composé du aminoacyl-ARNt chargé, du 1 et d’un 2.
Ce dernier se lie au site A (région du ribosome qui accepte les nouveaux aminoacyl-ARNt)

A
  1. EF1a

2. GTP

68
Q

Structure des aminoacyl-ARNt successives

A

Aminoacyl-ARNt-EF1a-GTP

69
Q

Quand est le liaison entre EF1a et le GTP hydrolysé?

A

Quand l’anticodon du deuxième aminoacyl-ARNt entrant s’apparie correctement avec le deuxième codon de l’ARNm (trial and error)

70
Q

L’hydrolyse du EF1a et du GTP entraîne:

A

la changement de conformation dans le ribosome, qui conduit à la liaison étroite de l’aminoacyl-ARNt dans le site A (stabilisation) et à la libération de complexe EF1a-GDP résultant.

71
Q

Cette réaction de type peptidyltransférase est catalysée par ___ , qui oriente précisément les atomes en interactions, ce qui permet le déroulement de la réaction biochimique

A

le grand ARNr

72
Q

Après la synthèse de la liaison peptidique, le ribosome subit une translocation le long de l’ARNm sur une distance égale à un codon vers le 3’. Cette étape de translocation est permise grâce à l’hydrolyse du GTP apporté par le facteur d’élongation ___ eucaryotique.

A

EF2

73
Q

RF:

A

Releasing factor : aide a la terminaison du traduction

74
Q

RF1 role :

A

ressemble à l’ARNt, se fixe au site A du

ribosome lorsque ce dernier rencontre du codon stop sur l’ARNm.

75
Q

RF3 role :

A

agit conjointement avec RF1, apporte un GTP (RF3-GTP) pour déclencher le clivage du peptidyl-ARNt libérant ainsi la chaîne protéique terminée.

76
Q

Les bactéries possèdent deux facteurs de libération (RF1 et RF2) analogues fonctionnellement à
RF1 (chez les eucaryotes) et un facteur de liaison de GTP commun RF3.

A

cool.

77
Q

Deux phénomènes augmentent de façon significative la vitesse totale à laquelle les cellules peuvent synthétiser une protéine :

A 
1. La traduction simultanée d’une même
molécule d’ARNm par de multiples
ribosomes (polyribosomes ou
polysomes)
ex: indice de fréquence de traduction
  1. Le recyclage rapide des sous-unités ribosomiques une fois détachées de l’extrémité 3’ d’un ARNm Ces mécanismes sont possibles grâce à la protéine de liaison au poly(A) (PABP) qui peut interagir à la fois avec la queue de poly(A) d’un ARNm et la sous-unité 4G du facteur eIF4 lié à l’extrémité 5’ du transcrit. Suite à ces interactions entre ces protéines intermédiaires, l’ARNm est capable de former une structure circulaire. Les deux extrémités d’un polysome étant relativement proches l’une de l’autre, les sous-unités ribosomiques qui se détachent de l’extrémité 3’ sont positionnées près de l’extrémité 5’ ce qui facilite la ré-initiation de la traduction par l’interaction de la sous-unité 40S avec le facteur eIF4 lié à la coiffe en 5’.
78
Q

Demi-vie de l’ARNm :

A

Au fur et à mesure que les ribosomes traduisent l’information codée sur l’ARNm, la queue poly(A) raccourcit. Après un certain temps, l’extrémité 3’ devient
déprotégée et l’ARNm au complet est dégradé.

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