biyofizik Flashcards

(70 cards)

1
Q

moleküller karmaşıklık sıralaması küçükten büyüğe

A
atom
molekül
biyomonomer
makromolekül
polimer
metabolik networker
hücre
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

supramoleküler kimya

A

moleküller arası kuvvetlerle bir
arada tutulan iki veya daha fazla kimyasal türün
birleşmesinden kaynaklanan yüksek karmaşıklığa sahip
organize varlıklara dayanan “molekülün ötesindeki
kimya”

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

supramoleküler sistemler

A

moleküller arası kuvvetler (kovalent olmayan
bağlar) ile bir arada tutulan iki veya daha fazla molekülün birleşmesinden kaynaklanan kendi kendine organize olmuş varlıklardır

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

biyolojik sistemler

A

supramoleküler sistemlerin kendi kendini organize etmesinin bir sonucu

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

self organization nedir

A

spontaneous formation of definite ordered systems

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

etkileşim enerjisi/ bağ enerjisi

A

Moleküler bir sistemin potansiyel enerjisi ile bu sistem içindeki bir bağın ayrılması sonucunda birbirinden ayrılan öğelerin sahip olacakları potansiyel enerji arasındaki farka denir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

iyonlar birbirinden yeterince uzaktayken hangi çekim kuvveti etkili?

A

coulomb çekim kuvvetleri

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

iyonların yaklaşması ve itme ve çekme kuvvetlerinin biribirini dengelemesiyle ne olur?

A

potansiyel enerji minimuma ulaşır

potansiyel enerjinin bu değeri bağ enerjisine karşılıktır

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

enerjisine göre çoktan aza etkileşimler

A
kovalent bağ
iyon iyon etkileşimleri
iyon dipol etkileşimleri
dipol dipol etkileşimler
hidrojen bağı
katyon- n(pi) etkileşimi
pi-pi etkileşimi
van der waals etkileşimi
hidrofobik etkiler
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

kovalent bağ

A

atom elektron bulutlarının kaynaşması ve bzı elektronların ikş çekirdeğin birden etrafında dolaşmasıyla ortaya çıkar
kuvvetli etkileşimdir
oluşumu kuantum mekaniği ile açıklanır
supramoleküler kümelemeyle çok az ilgili

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

zayıf etkileşimler

A

kovalent bağ dışındaki sulu ortamdaki etkileşimler
Zayıf etkileşimler moleküllerin üç boyutlu ortamdaki biçimlerini, moleküller arasında ortaya çıkan zayıf etkileşimler ise moleküllerin organizasyonunu belirler.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

iyonik bağ

A

bir elektron diğerine tamamen aktarılır
iki atom arası elektriksel kuvvetler doğar
kovalentten daha güçlü ama kutupsal çözücüler tarafından kolayca bozulur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

iyonik hal

A

ortaya çıkan iyon çiftinin nötr ana atomların veya moleküllerin bir topluluğundan daha enerjik olarak kararlı olması nedeniyle ortaya çıkar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

iyonik bileşiklerin erime noktası neden yüksek?

A

bağlar zıt yüklerden dolayı kuvvetli ayırması zor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

iyonik bileşikler neden kolay çözünür?

A

zıt yükler polar molekülleri de çeker böylece güçlü etkileşimi bozar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

iyon dipol etkileşimleri

A

iyon ve polar molekülün kısmi yüklenmiş kısımları rasında
iyonlar kalıcı yüklü
dipoller geçici ya da kalıcı olabilir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

elektriksel dipol

A

birbirinden d kadr uzakta bulunan eşit ve zıt işaretli iki yükün oluşturduğu sistem

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

dipol momenti

A

nü: q.d ile tanımlanan nicelik

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

geçici dipollüğün önemli olduğu olayalr

A

hemoglobin o2 bağlanması

dna polimerazsyonu 3-hidroksil mg ve oksijen etkileşimi

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

dipol dipol etkileşimleri

A

kısmi yğklenmiş kutuplar arası olur
zayıftır
biyolojik hücrelerin öncüsü olan miselleri ve lipit ikileyicileri oluşturmak üzere toplanan kutupsal hidrokarbonların oryantasyonunda rol oynar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

katyon- pi etkileşimi

A

elektron bakımından zengin bir pi sistemin yüzü (benzen,etilen,asetilen..) ve bitişik bir kanyon (Li+, Na+ ) arasındaki etkileşim
bir tekel ve bir 4 kutuplu sistem arasında
protein yapısında, moleküler tanımada ve enzim katalizinde rol oynar
aromatik organik moleküller ve konjuge bir bağlanma sistemine sahip siklik bileşiklerde yaygın

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

pi pi etkileşimi

A

aromatik halkalar arasında
aromatikliğin etkisiyle elektron yoğunluğunu karbon çerçeveden çekip moleküllerin çevresindeki hidrojen atomlarını polarize eder
bu şekilde elektrondan zengin ve fair böklgeler oluşur
pozitif polarize edilen hidrojenler komşu molekülün sistemiyle dik dipol dipol etkileşimiyle etkileşebilir.
ya da bi molekülün diğerinin üstünde olduğu pi pi etkileşimleriyle istiflenebilirler
dna rnada nüklebaz istiflenme, protein katlanması, şablona yönelik sentez, malzeme bilimi ve moleküler tanıma için önemli ama net bir açıklama yok
çok yönlü kovalent olmayan etkileşimleri dolayısıyla supramolekül oluşumunda önmli
aromatik halkalar birbirine baktığında pi-elektron orbitallerinin üs üste gelmesi enerjik kazanım sağler, dnada dengelenme

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

lipitlerin monomer polimer supramoleküler yapısı

A

yağ asidi
fosfolipit
membran

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

proteinlerin monomer polimer supramoleküler yapısı

A

aminoasit
protein subunit
protein kompleksi

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
karbonhidratların monomer polimer supramoleküler yapısı
glikoz selüloz hücre duvarı
26
nükleik asitlerin monomer polimer supramoleküler yapısı
nükleotid dna kromozome
27
supramolecular world
membrane rna polipeptide enzime...
28
basit moleküler sistemlerin kendi kendine organize olması
misel oluşumum termodinamik kontrol altında buna bir örnektir dna kendi kendine montajı ve trna katlanması: bunlarda ilk etkileşimler oluştuktan sonra birkaç zincir segmenti birbirine yakın olduğu için sonrakiler daha kolay gerçekleşir
29
misel oluşumu
su içinde bazı sıvı sabunlar kritikten dah yüksek konsantrasyonda olduğu zaman küresel misel topları kendiliğinden oluşur bu süreç olumsuz bir serbest enerji değişimi ile gerçekleşir ve entropi artar
30
polimerizasyon self-assembly farkı
polimerizasyonda entropi azalır | self assemblyde entropi artar
31
supramoleküllerin elde yöntemleri
1-izolasyon | 2-deteksiyon
32
deteksiyon türleri?
1. Kütle spektrofotometresi 2. IR (Kızıl Ötesi) Spektroskopisi 3. UV/GB Spektroskopisi 4. NMR(Nüklear Manyetik Rezonans) Spekstroskopsi 5. X‐Işını Kristalografisi 6. Elektrokimyasal teknikler 7. Moleküler modelleme
33
membran yapısı
çift katlı lipit amfipatik iç bölümünün hidrofobik yapısından dolayı aa şeker protein nükleik asit ve iyonlara geçirgen değiş doğal fosfolipitlerden oluşan çift tabaka sıvı özelliği taşır(yapsısındaki maddeler serbestçe hareket eder) ve bu özelliği nedeniyle iki boyutlu gelişigüzel bir devingenlik gösterir
34
membranda akışkanlığı azaltan faktörler
doymuş yağ asidi fazlalığı | kolesterol
35
sarkoplazmil retikulum ve fotoreseptör membranlarındaki proteinlerin membranda hareketleri
membran düzeyine dik kendş etrafında dönme, | lateral hareketler
36
membran lipitleri hareketleri
lateral bükülme titreşim flip flop
37
lipidlerin ve proteinlerin lateral hareketinde hangisi dah hızlı
lipitler
38
membran proteinleri ve görevleri
integral-periferik fosfolipitten geçemeyen moleküllerin geçişini sağlar hücre içi sinyal iletimi enzim
39
iyon kanalları
``` tüm hücre zarlarında gözenek oluşturur istirahat membran potansiyeli oluşturur aksiyon potansiyeli şekillendirir elektriksel sinyal iletir seçici geçirgen(iyon büyüklüğüne bağlı), her biri belli iyonların taşınmasında görevli (genelde bir iyona selektif) transmembran ve oligomerik difüzyon hızına yakın hız bazı katyon seçiciler n k ca mg gibi tüm katyonların geçişine izin verir ```
40
iyon kanalları 3 önemli özellik
çok hızlı yüksek seçicilik özel sinyallere yanıt olarak kısa sürede açılır
41
iyon kanalı tipleri
pasif sızıntı | kapılı:ligand,voltaj,mekanik
42
pasif (sızıntı) kanallar
hep açık | Birim yüzeydeki pasif kanal sayısı membranın sızıntı iletkenliğini oluşturur.
43
Membran dinlenim potansiyeli ve pasif membran direnci meydana getiren kanal
pasif kanallar
44
pasif kanallardan genelde hangi iyonlar geçer
K ve Cl
45
pasif Na kanalları
içi kuvvetli negatif | dehidrate na iyonlarını çeker hidrote su moleküllerinden ayırır
46
pasif K kanalları
negatif değil zayıf çekici gğçler iyonları çeker ama hidrate su moleküllerinden ayıramaz ama k hidrate hali na dan daha küçük ondan geçenilir
47
refrakter dönem
ligand kapılı kanalların ligand varlığı devam ettikçe duyarsızlaşması voltaj kapılılarda aktif açıklığı sona erdiren dönem
48
kanalların akım voltaj karakteristikleri
kanalın açık olması iletkenlik kapalı olması direç v=i.r açık olan kanal sayısına göe iletkenlik artıp direnç düşer
49
iletkenlik g
1/r
50
doğrultucu kanakl
bir yöndeki iletkenliği diğerinden büyük olan kanallar
51
volatj kaplı sodyum kanalı
instrinsik nöron ve kas uyarılabilirliğinin anahtar mediyatörü hücre membran potansiyel farkını oluşturmada etkili aktivasyon ve inaktivasyon kapıları var
52
voltaj kapılı sodyum kanalı hastalıkları
epilepsi migren nörodejenaratif hastalıklar nöropatik ağrı
53
voltaj kapılı kalsiyum kanalı
düz kaslarda voltaj kapılı depolarizasyondan sorumlu kalp kası aksiyon potansiyeli plato fazı boyunca depolarizasyon kas salgı sinir hücrelerinde önemli ikincil haberci, hücre membran potansiyeli olaylar
54
Depolarizasyonu hücrenin elektriksel olmayan aktivitelerine dönüştüren tek kanal türü
voltaj kapılı kalsiyum kanalı
55
Voltaj kapılı potasyum kanalı
Hücrenin denge potansiyelini belirlemede baskındırlar. membran depolarizasyonu diğer kanallardan dah fzla çeşitlilir:heteromultimer diye
56
voltaj kapılı klor kanalı
cl iyonları zarda dengede klor denge pot. dinlenim zar pot. eşit cl iyonları hücre içi ph ve hacimde ve salıglamada önemli
57
kanalların 3 farklı fonksiyonel durumu
1- dinlenim: kapalı ve aktive dilebilir 2- açık: aktif 3- refrakter: kapalı ve aktive edilemez
58
kanalların etkinliğini kaybetmesi
sepolarizasyona bağlı şekil değişikliğ direkt ve indirekt kalsiyum blokajı mg blokajı
59
iyon kanallarında ne zman enerji gerekir
kapalıdan açığa geçerken
60
ligand kapılı kanllarda enerji nerden sağlanır
kimyasal proteine bağlanırken reaksiyondan
61
voltaj kapılı kanallarda enerji nerden sağlanır
kanal proteini üzerindeki duyarlı bir bölgenin (voltage sensor) voltaj artışı sonucu yüklenerek membran üzerinde net bir serbest enerji değişimine neden olması ile sağlanır
62
mekanik kapılı kanallarda enerji nerdn sağlanır
enerji doğrudan membran tarafından ya da sitoskeletal yapılar tarafından iletilir
63
iyon kanalları uyarılmayan hücrelerde fonks
``` kan basıncı düzenlenme düz kas tonusu düzenleme renal Ca/Mg kontrolü duyu algılanmaları ph dengesi sağlanması ```
64
voltage clamp
hücre içi aksiyon potansiyeli kaydedilmesinden sonra hücre membranındn geçen iyonik akımların ölçülmesini sağlayan tek yöntem Hücre membranından geçen iyonik akım, istenen değere kenetlenerek hücre membran potansiyel değişimi ya da hücre membran potansiyeli istenen değere kenetlenerek hücre membranından geçen iyonik akım değişimi ölçülebilir.
65
Patch Clamp(Yama Kenetleme) Tekniği
Patch Clamp yöntemi, özel olarak hazırlanmış mikro elektrod kanallardan geçen akımın kaydedilmesi ve analiz edilmesidir. Patch elektrot hem uyarmak hem de kayıt almak amacı ile kullanılır
66
en çok bulunan nükleoporin
nükleoporin 62: diabet siroz alzaymr parkinson
67
kalbi iskemi hasarına karşı koruyan kanal
mitokondriyal k
68
PERMEABILITY TRANSITION PORE
ptp | açılması mitokondriyal zar potansiyelinin çökmesine neden olur, sitokrom c salınımı ve apoptoz
69
Trimeric intracellular cation channels (TRIC)
kkalsiyum regülasyonundan sorumlu
70
Periyodik Paralizi
nadir görülen, tekrarlayan kas güçsüzlüğü veya paralizi epizotları ile seyreden bir hastalıktır. Kas membranındaki Sodyum kanallarının disfonksiyonu sonucu oluşur.