biyofizik Flashcards
(70 cards)
moleküller karmaşıklık sıralaması küçükten büyüğe
atom molekül biyomonomer makromolekül polimer metabolik networker hücre
supramoleküler kimya
moleküller arası kuvvetlerle bir
arada tutulan iki veya daha fazla kimyasal türün
birleşmesinden kaynaklanan yüksek karmaşıklığa sahip
organize varlıklara dayanan “molekülün ötesindeki
kimya”
supramoleküler sistemler
moleküller arası kuvvetler (kovalent olmayan
bağlar) ile bir arada tutulan iki veya daha fazla molekülün birleşmesinden kaynaklanan kendi kendine organize olmuş varlıklardır
biyolojik sistemler
supramoleküler sistemlerin kendi kendini organize etmesinin bir sonucu
self organization nedir
spontaneous formation of definite ordered systems
etkileşim enerjisi/ bağ enerjisi
Moleküler bir sistemin potansiyel enerjisi ile bu sistem içindeki bir bağın ayrılması sonucunda birbirinden ayrılan öğelerin sahip olacakları potansiyel enerji arasındaki farka denir
iyonlar birbirinden yeterince uzaktayken hangi çekim kuvveti etkili?
coulomb çekim kuvvetleri
iyonların yaklaşması ve itme ve çekme kuvvetlerinin biribirini dengelemesiyle ne olur?
potansiyel enerji minimuma ulaşır
potansiyel enerjinin bu değeri bağ enerjisine karşılıktır
enerjisine göre çoktan aza etkileşimler
kovalent bağ iyon iyon etkileşimleri iyon dipol etkileşimleri dipol dipol etkileşimler hidrojen bağı katyon- n(pi) etkileşimi pi-pi etkileşimi van der waals etkileşimi hidrofobik etkiler
kovalent bağ
atom elektron bulutlarının kaynaşması ve bzı elektronların ikş çekirdeğin birden etrafında dolaşmasıyla ortaya çıkar
kuvvetli etkileşimdir
oluşumu kuantum mekaniği ile açıklanır
supramoleküler kümelemeyle çok az ilgili
zayıf etkileşimler
kovalent bağ dışındaki sulu ortamdaki etkileşimler
Zayıf etkileşimler moleküllerin üç boyutlu ortamdaki biçimlerini, moleküller arasında ortaya çıkan zayıf etkileşimler ise moleküllerin organizasyonunu belirler.
iyonik bağ
bir elektron diğerine tamamen aktarılır
iki atom arası elektriksel kuvvetler doğar
kovalentten daha güçlü ama kutupsal çözücüler tarafından kolayca bozulur
iyonik hal
ortaya çıkan iyon çiftinin nötr ana atomların veya moleküllerin bir topluluğundan daha enerjik olarak kararlı olması nedeniyle ortaya çıkar
iyonik bileşiklerin erime noktası neden yüksek?
bağlar zıt yüklerden dolayı kuvvetli ayırması zor
iyonik bileşikler neden kolay çözünür?
zıt yükler polar molekülleri de çeker böylece güçlü etkileşimi bozar
iyon dipol etkileşimleri
iyon ve polar molekülün kısmi yüklenmiş kısımları rasında
iyonlar kalıcı yüklü
dipoller geçici ya da kalıcı olabilir
elektriksel dipol
birbirinden d kadr uzakta bulunan eşit ve zıt işaretli iki yükün oluşturduğu sistem
dipol momenti
nü: q.d ile tanımlanan nicelik
geçici dipollüğün önemli olduğu olayalr
hemoglobin o2 bağlanması
dna polimerazsyonu 3-hidroksil mg ve oksijen etkileşimi
dipol dipol etkileşimleri
kısmi yğklenmiş kutuplar arası olur
zayıftır
biyolojik hücrelerin öncüsü olan miselleri ve lipit ikileyicileri oluşturmak üzere toplanan kutupsal hidrokarbonların oryantasyonunda rol oynar
katyon- pi etkileşimi
elektron bakımından zengin bir pi sistemin yüzü (benzen,etilen,asetilen..) ve bitişik bir kanyon (Li+, Na+ ) arasındaki etkileşim
bir tekel ve bir 4 kutuplu sistem arasında
protein yapısında, moleküler tanımada ve enzim katalizinde rol oynar
aromatik organik moleküller ve konjuge bir bağlanma sistemine sahip siklik bileşiklerde yaygın
pi pi etkileşimi
aromatik halkalar arasında
aromatikliğin etkisiyle elektron yoğunluğunu karbon çerçeveden çekip moleküllerin çevresindeki hidrojen atomlarını polarize eder
bu şekilde elektrondan zengin ve fair böklgeler oluşur
pozitif polarize edilen hidrojenler komşu molekülün sistemiyle dik dipol dipol etkileşimiyle etkileşebilir.
ya da bi molekülün diğerinin üstünde olduğu pi pi etkileşimleriyle istiflenebilirler
dna rnada nüklebaz istiflenme, protein katlanması, şablona yönelik sentez, malzeme bilimi ve moleküler tanıma için önemli ama net bir açıklama yok
çok yönlü kovalent olmayan etkileşimleri dolayısıyla supramolekül oluşumunda önmli
aromatik halkalar birbirine baktığında pi-elektron orbitallerinin üs üste gelmesi enerjik kazanım sağler, dnada dengelenme
lipitlerin monomer polimer supramoleküler yapısı
yağ asidi
fosfolipit
membran
proteinlerin monomer polimer supramoleküler yapısı
aminoasit
protein subunit
protein kompleksi