biyokimya hifa Flashcards

(52 cards)

1
Q

peptit bağının yarı ömrü kaç senedir

A

20

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

enzim ne işe yarar?

A

çabuk yıkılması gereken hormon gibi proteinlerin peptit bağ yıkımını hızlandırırlar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

peptit bağ yıkımı hızı hangi 3 yolla arttırılabilir?

A

1-ortam sıcaklığının artırılması
2-reaksiyona giren madde konsantrasyonunun artırılması
3-ortama katalist eklenmesi

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

katalistler

A

reaksiyona giren fakat reaksiyon sonucunda değişime uğramadan çıkan maddelerdir
canlı sistemlerde enzimler katalist görevi görür

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

enzimlerin özellikleri

A

bazı rna yapısındaki enzim benzeri moleküller (ribozimler) hariç bütün enzimler protein yapısındadır.
kimyasal reaksiyonların hızını artırırlar
enzimle katalizlenen reksiyonlar 10^8- 10^12 kat daha hızlı
aktivasyon enerjisini düşürürler
denge sabitini değiştirmezler
enzimin etki ettiği moleküle substrat denir
birincil ikincil üçüncül ve dördüncül yapıları katalitik aktivite için esastır
bir veya birden fazla substrat ile etkileşir fakat tek tip reaksiyon katalizlerler
genelde doğal koşullarda (atmosferik basınç ve fizyolojik sıcaklık) aktivite gösterirler
katalizlenmeden hızlı olan reaksiyonlar bile genelde katalizlenir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

kimotripsin

A

en çok çalışılmış ve anlaşılmış enzimlerden

pankreasta üretilip ince barsaklara salgılanır, diyetle alınan proteinlerin sindirimine yardımcı olur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

aktif merkez

A
substrat enzimin bu bölgesine bağlanır
aktif merkezdeki belli aminoasitlerin etrafında polipeptitlerin hidrolizi gerçekleşir
*yük taşıyabilir
*hidrofobik ya da hidrofilik olabilir
*flexibl olabilir
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

enzimin çalışabilmesi için temel şart

A

doğal protein konformasyonunun sağlamlığı

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

katalizlenmeyen reaksiyon yavaşlığı ve enzim hızlandrıma ilişkisi

A

katalizlenmeyen reaksiyon ne kadar yavaşsa enzim reaksiyon hızını o kadar arttırabilir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

reaksiyon spesifikliği

A

enzimler genellikle katalizlediği reaksiyona giren substrat ve reaksiyondan çıkan ürünlere spesifiktir
bu özellik aktif merkezdeki fonksiyonel grupların substratı tanıyabilmesi ve ayırabilmesiyle olur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

enzim aktivitelerini ne düzenler

A

organizma

böylece değişen koşullara enzim aktiviteleri aracılığıyla cevap verilir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

aktivasyon enerjisi

A

aktivasyon enerjisinin bariyeri nek adar yüksekse reaksiyon o kadar yavaş
enzimler bunu düşürür

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

proenzimler

A

zimojenler
ilk sentezlendiklerinde inaktiv olup hedef dokularında aktivleşen enzimlere denir
örn: pankreas enzimleri- sindirim enzimleri

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

izoenzimler

A

izozimler
aynı reaksiyonu katalizleyen ama aminoasit dizimlerindeki farklılıktan dolayı farklı fiziksel özellikleri olan enzimler
farklı sayıda yüklü aminoasit taşıyabilirler
birbirlerinden elektrofezle ayrılabilirler
ör: CK1(BB) CK2(MB) CK(MM)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

kofaktör

A

ya fe,mg,mn,zn gibi 1+ inorganik iyon ya da koenzim denen organik veya metalloorganik kompleks moleküldür

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

metal-activated enzim

A

metal iyonları enzime zayıf bağlanmış veya kolay dissosiye olabilen enzimler

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

metalloenzim

A

metal iyonlarının enzime sıkı bağlı olduğu ve kopamadığı enzimler

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

koenzim öncül molekülleri genelde

A

vitaminler

vücutta ufak değişikliklerle koenzimleri meydana getirir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

holoenzim

A

enzim koenzimi ile birlikte ve katalitik bakımdan tamamen aktif durumda ise bu haline holoenzim denir

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

prostetik grup

A

koenzim apoenzime (protein kısım) kovalent bağlı ise buna prostetik grup denir
(non-kovalent de bağlanabilir ama bu prostetik grup
olmaz)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

fisher’in anahtar kilit modeli

A

substrat ve enzimin aktif yerinin birbirine uyacak şekilde önceden belirlenmiş olduğu varsayılır
geçerliliğini kaybetse de doğruluk payı var

22
Q

koshland’ın uyum oluşturma modeli

el eldiven modeli

A

aktif merkez esnek yapıdadır

enzim substratını katalize uygun en doğru biçimde bağlayacak biçimsel bir değişikliğe uğrar

23
Q

katalitik aktivite

A

tek bir enzim molekülü tarafından birim zamanda (saniye) ürüne dönüştürülen substrat molekülü sayısına enzime ait dönüşüm sayısı veya molar katalitik aktivite denir
sembol: Kcat

24
Q

International Unit (IU)

A

en çok kullanılan enzim aktivitesi birimi

1 dakikada 1 mikromol substratın ürüne dönüşümünü katalize eden enzim miktarını ifade eder

25
katal
enzim aktivitesinin bir ifade şekli | 1 katal enzim aktivitesi: 1 saniyede 1 mol substratın ürüne dönüşümünü kataliz eden enzim miktarını gösterir
26
spesifik aktivite
enzim aktivitesi ifade şekli | mg protein başına düşen enzim aktivitesi
27
mutlak spesifiklik
enzimleri spesifik bir substratı, spesifik bir reaksiyonunu kataliz etmesi özelliğidir enzimlerin çoğu mutlak spesifiklik gösterir
28
grup spesifikliği
enzimlerin sınırlı sayıda substrata etki etmesi ör: aminotransferazlar amino grubuna etkili alkol dehidrojenazlar alkol üzerine etkili
29
bağ spesifikliği
peptid bağı, glikozidik bağ vb.
30
stereospesifiklik
enzimlerin optik izomerlere etkili olması özelliğidir
31
enzimlerin hücre içi dağılımı
metabolik aktiviteler farklı organellerde gerçekleştiği için enzimlerin dağılımı da çeşitlilik gösterir ör: glikoliz enzimleri sitoplazmada solunum zincirinde görevli enzimler mitokondride lokalize
32
enzimatik bir tepkimenin hızını etkileyen faktörler
``` enzim konsantrasyonu substrat konsantrasyonu ph sıcaklık ışık ürün konsantrasyonu kofaktör ve koenzimlerin konsantrasyonu modülatör ve inhibitörlerin konsantrasyonu ```
33
enzimlerde geleneksel adlandırma
substrata ya da aktivitelerini tanımlayan kelime/sözcük grubuna -az eki eklenir substratı tanımlayan: üreaz, amilaz, arjinaz, proteaz, lipaz tepkimeyi tanımlayan: DNA polimeraz, lakat dehidrojenaz, adenilat siklaz
34
enzimlerin sınıflandırılması 6 alt grup
``` 1-oksidoredüktazlar 2-transferazlar 3-hidrolazlar 4-liyazlar 5-izomerazlar 6-ligazlar ```
35
oksidoredüktazlar
oksidasyon-redüksiyon (yükseltgenme indirgenme) reaksiyonlarını katalizleyen enzimler
36
transferazlar
fonksiyonel bir grubun (amino açil fosfat karbon glikozil grupları vb) transfer reaksiyonunu katalize eden enzimler
37
hidrolazlar
su katılması bağların parçalandığı hidroliz tepkimelerini katalizleyen enzimler genelde c-o c-n c-s bağlarının hidrolitik yıkımı tripsin, kimotripsin, a-amilaz, a-glukozidaz
38
liyazlar
C-C C-O C-N bağlarını hidrolizden ve oksidasyondan farklı bir yolla kıran veya bu atomlar arasına bağ ilave eden enzimler çift bağlardan grup çıkmasını katalizlerler
39
izomerazlar
bir moleküldeki geometrik ve yapısal değişiklikleri yani izomerizasyon reaksiyonlarını kataliz eden enzimler
40
ligazlar
c-o c-s c-n c-c arasında yeni bağ oluşturan enzimlerdir | gerekli enerji atp vsden sağlanır
41
EC isimlendirme
1961 yılında enzim komisyonu kod numaralı sistem | 4 numara var
42
EC isimlendirme 1. numara
a:ana sınıf 6 ana sınıftan biri tepkimenin tipini ifade eder
43
EC isimlendirme 2. numara
b:subklas | vericinin etkilediği grubu ifade eder
44
EC isimlendirme 3. numara
c:subsubklas | alıcı olarak yararlanılan grubu ifade eder
45
EC isimlendirme 4. numara
d:subsubklas seri no | adlandırılan enzimi belirler
46
enzim konsantrasyonu tepkime hızı ilişkisi
yeterli substrat bulunması halinde optimal şartlarda tepkime hızı enzim kons. ile orantılı artar
47
substrat konsantrasyonu reaksiyon hızı ilişkisi
enzim moleküllerinin hepsinin ES kompleksi oluşturduğu noktada reaksiyon hızı max. bu noktadan sonra substrat konsantrasyonu hızı artırmaz. yani bir zamana kadar artar sonra doygunluğa ulaşır enzim sayısından fazla substrat oluncu doygunluk yavaşlayarak artan grafik
48
pHın enzim aktivitesi ilişkisini değiştirdiği 2 yol
1- ph enzimin ve substratın yüklü hallerinde değişiklik yaparak enzim aktivitesini değiştirir 2-ph enzimin aktif bölge iyonizasyonuna etki eder
49
enzimler genelde hangi ph aralığında en etkili
5-9
50
sıcaklık enzim aktivitesi ilişkisi
genelde 10c artış %10 daha yüksek enzim aktivitesi sağlar, başlagıç hızının 2 katı? reaksiyon hızı maxa gelene kadar sıcaklık aktiviteyi artırır sıcaklık kinetik enerji artırıp aktivasyon enerjisinin çabuk geçilmesini sağlar yüksek sıcaklık enzimlerin 2.l 3.l yapılarını bozar, denatüre eder, katalitik aktivite bozulur
51
enzim aktivitesinin ölçülmesi
reaksiyon sırasında [S] (substrat) azalırken [P] (ürün) artar. Bu doğrusal şekilde olur. substrattaki azalma ile ürün artış oranı aynıdır. reaksiyon hızı: substrat kons. azalma oranı veya ürün kons. artma oranı oran: zamana oranlanır
52
enzim kinetiği?
Enzim aktivitesinin yeterli olup olmadığını ve bu aktiviteyi düzenlemek için yapılabilecekleri değerlendirmek için öncelikle enzimin aktivitesini ölçmek gerekir amaç enzim aktivitesini matematiksel ifade etmek Enzimin hücre içindeki rolünü anlamak ve gerektiği durumlarda enzimin çalışmasını durdurabilmek için aktiviteye etki eden faktörlerin değerlendirilmesi