biyokimya abdurrahim Flashcards by Şevval Savaş

5 önemli biyokimyasal reaksiyon türü

1) Fonksiyonel grup transferi
2) Oksidasyon ve redüksiyon
3) Bir veya daha fazla karbon atomu çevresindeki bağ yapısının yeniden düzenlenmesi
4) C-C bağlarını oluşturan veya yıkan reaksiyonlar.
5) Bir molekül su çıkışıyla iki molekülün kondensasyonu reaksiyonları.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

genel olarak biyokimyasal reaksiyonlarda neler arasındaki etkileşimden kimyasal bağlar oluşur ya da bağlar yıkılıp yenileri oluşturulur?

nükleofiller ve elektrofiller

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

nükleofiller

eksi yük veya eşlenmemiş (serbest) elektron çifti içeren moleküllerdir.
eksi yük içerenler: I- OH- H- N3-…
elektron çifti içerenler: NH3, H2O Et3N R-SH…

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Elektrofiller

artı yük içeren ya da elektronegatif atomların elektron sömürmesinden dolayı elektronca fakirleşip, kısmi artı yüklü hale gelen moleküllerdir.
H+, BH3, AlCl3, her türlü karbonil grubu, elektrofillere örnek verilebilir.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

biyoenerjetik

diğer adı biyokimyasal termmodinamik

biyokimyasall reaksiyonlarda enerji değişimlerini inceleyen bilim dalı

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

termodinamik

ısı iş ve enerji arasındaki ilişki ile ilgilenen bilim dalı

enerjinin transferiyle ilgilenir

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

maddenin termodinamik özelliklerini ifade eden 4 terim

enerji - E
entalpi- H
entropi -S
serbest enerji - G

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

biyolojik sistemler neden ısı yerine kimyasal enerji kullanır?

izotermik oldukları için

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

kimyasal bir reaksiyonun enerji bakımından olabilirliği hakkında bilgi veren terim

serbest enerji değişimi- deltaG

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

sistem çevre evren ilişkisi

sistem çevre içindedir

sistem+çevre = evren

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

sistem

termodinamikte bir organizma, bir hücre veya birbirleriyle reaksiyona giren iki madde

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

çevre ile ilişkilerine göre sistem türleri

izole
kapalı
açık

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

izole sistemler

çevre ile madde ve enerji alışverişi olmaz

ör: termos

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

kapalı sistemler

çevre ile madde alışverişi olmaz enerji alışverişi olur

ör:kapalı kapta su

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

açık sistemler

çevre ile hem madde hem enerji alışverişi olur

ör:deniz

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

biyolojik organizmalar hangi tip sistemdir?

açık sistem

ama hiçbir zaman dengeye gelmezler

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

termodinamik 0. kanunu

eğer iki sistem, birbiriyle etkileşim içerisindeyken aralarında ısı veya madde alışverişi olmuyorsa bu sistemler, termodinamik dengededir.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

termodinamik 1. kanun

Bir sistemin enerjisinde herhangi bir değişiklik, çevrede eşit ve zıt bir değişikliği gerektirir. “Evrendeki total enerji miktarı sabittir.”
Enerji bir şekilden başka bir şekle dönüşebilir.
enerjinin korunumu
kapalı sistemde, toplam enerji hep aynıdır
açık sistemde,enerji değişimi, sistemle çevresi arasındaki net ısı değişimine eşittir.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

termodinamik 2. kanun

Evren gittikçe artan bir düzensizliğe doğru yönelmiştir: bütün doğal olaylarda evrenin entropisi artar.
Sistem gerçek dengeye eriştiğinde entropi maksimum olur.
Entropi reaksiyonun kendiliğinden olup olmadığını görmek için kullanılır.
Kendiliğinden ve geri dönüşümsüz biçimde gerçekleşen olaylarda sistem ve çevrede entropi artar.
Maddenin düzensizlik durumu, istatistiksel açıdan moleküllerin rastlantısal dağılışı ya da oluşma ihtimalinin daha yüksek olduğu durum entropidir
Entropinin artması enerji gerektirmez iken azalması enerji gerektirir.
-Entropi kapalı sistemlerde incelenir.
-Açık sistemlerde entropi değişimini ölçmek zordur.
-Spontan değişikliği gözlemek için deltaG kullanılır.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

termodinamik 3. kanun

0K (-273 C) sıcaklıkta entropi sıfırdır.
Sıcaklık mutlak sıfıra yaklaştıkça, en durağan hâlindeki bir elementin kusursuz bir kristalinin entropisi de sıfıra yaklaşır.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

enerji E

iş yapma kabiliyeti
birimi joule ya da cal 1cal=4,187j
deltaE= tepkime enerjisi veya enerji değişimi (ürün-reaktan)

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

entalpi H

Study These Flashcards

reaksiyon sistemindeki ısıyı gösterir
deltaH= tepkime entalpisi (ürün-reaktan)
deltaH=deltaE+delta(PV)
Bir reaksiyon sabit basınç altında gerçekleşir ve sistemin volüm artışı veya volüm azalmasından başka iş yapılmazsa deltaH, çevreden alınan veya çevreye verilen ısı miktarıdır

endotermik reaksiyon

Study These Flashcards

ısı alan
deltaH +
deltaG+
sabit sıcaklık ve basınçta kimyasal reaksiyonla oluşan ürünlerin toplam serbest enerjisi reaksiyona giren maddelerin toplam serbest enerjisinden büyük
termodinamik olarak elverişli olmayan reaksiyonlar

ekzotermik reaksiyon

Study These Flashcards

ısı veren
deltaH-
deltaG-
sabit sıcaklık ve basınçta kimyasal reaksiyonla oluşan ürünlerin toplam serbest enerjisi reaksiyona giren maddelerin toplam serbest enerjisinden küçüktür
termodinamik olarak elverişli reaksiyonlar

entropi S

Entropi (S) kimyasal bir sistemin komponentlerinin rastgelelik veya düzensizliğidir. deltaS: sistemin düzensizliğindeki değşiklik düzensilizk artması s+ düzensizlik azalması s- entropi enerji gibi korunan bir özellik değildir

serbest enerji G

gibbs serbest enerji sistemin iş yapmak için kullanılabilir enerjisidir Termodinamik birimlerin hiçbirisi kendi başına bir kimyasal reaksiyonun yazıldığı yönde spontan olarak ilerleyip ilerlemeyeceğini saptamak için yeterli değildir. entalpi ve entropi matematiksel işlemle serbest enerjiyi oluşturur ve bu şekilde yön tahmin edilebilir değişiklik iş yapılınca olur deltaG=deltaH-TdeltaS

serbest enerji ve denge sabiti ilişkisi

serbest enerji ekzergonik reaksiyonlarda açığa çıkan, iş yapmakta kullanılan enerjidir,kimyasal enerji olarak kullanılır, bazen ısı enerjisi olarak da kullanılabilir deltaG=deltaG0+ RTLnK R=gaz sabiti (1.987cal/mol.derece T=mutlak sıcaklık(kelvin) LnK=denge sabiti doğal logaritması deltaG0= standart koşullarda yani bütün tepkimeye girenlerin derişiminin 1M olduğu durumdaki deltG değeri (25 derece, 1atm, 0pH)

denge durumu

A’dan B’ye dönüş B’den A’ya dönüşe eşit olduğunda olur | net bir kimyasal değişim olmaz

denge sabiti

k=b/a

k>1 ise

b derişimi dengede a derişiminden büyük | b maddesinin tepkime ürünü olarak oluşmasının bekleneceğini gösterir

k<1

b derişimi a derişiminden küçük | yeterince a>b dönüşümü olmadığını gösterir

k=1

a derişimi b derişimşne eşit | a maddesinin yarı yarıya bye dönüştüğünü gösterir

deltaG0 hangi koşullarda rekasiyon yönünü tahmin edebilir

standar koşullarda | çünkü LnK 0 ve deltaG=deltaG0

deltaG0 hangi koşullarda tahmin edici olmaz, neden

fizyolojik koşullarda | RTK gibi sabiteler var, ürün veya substrat konsantrasyonu değişimiyle değiştirilemez

A<>B reaksiyonu sabit ısı ve basınçta dengeye gelince deltaG0

deltaG=0 olur | deltaG0=-RTlnK

standart serbest enerji değişimi(deltaG0) k<1 k>1 k=0 durumlarında

k<1de + değerde k>1de - değerde k=1de 0

bir kimyasal reaksiyonun kendiliğinden gerçekleşip gerçekleşmeyeceği hakkında en değerli bilgiyi veren terim

deltaG serbest enerji değişikliği

aktivasyon enerjisi

mevcut kimyasal bağları kırmak ve bir kimyasal reaksiyon başlatmak için gerekli enerjiye denir enzimler ve katalizörler bunu azaltır ama termodinamik yasalarını bozmazlar

serbest enerji değişimi nelere bağlı

tepkime gerçekleşme şekline bağlı değil | sadece substratların ve ürünlerin konsantrasyonlarına ve özelliklerine bağlı

standart serbest enerji değişikliği toplanabilirliği

a>b deltaG0 a>b b>c deltaG0 b>c ise a>c deltaG0 a>c= deltaG0a>b + deltaG0b>c bu özellik termodinamik olarak elverişsiz(endergonik) bir reaksiyonun yüksek olarak ekzergonik bir reaksiyona ortak bir ara madde vasıtasıyla bağlanarak ileri yönde yürüyebilmesini açıklar ör: glukoz6fosfat sentezi(atp sayesinde) endergonik reaksiyonlar ekzergonik olan Atp kullanılmasıyla sağlanır

yüksek enerjili fosfat bileşikleri ve atp

tüm canlılarda ekzergonik ve endergonik olaylar arasında biyolojik enerjinin taşınmasında atp rol alır

fotosentezde oluşan 1 mol glukoz başına kaç kcal güneş enerjisi tüketilir

686 kcal

adpye bir pi bağlanması için gereken enerji kaç kcal

7,3 kcal

mitokondride gerçekleşen oksşdatif fosforilasyon için gerekli serbest enerji nerden karşılanır?

solunum zincrinde elektronların moleküler oksijene aktarılması sırasında sağlanır

canlıların atp hidrolizine bağımlı gerçekleştirdiği işler

biyosentez etkin(aktif)ileti: moleküllerin membranda bir derişim gradyentine karşı taşınması mekanik iş

biyolojik enerji akımında başlıca 3 aşama

1-güneş enerjisinin ototrof orgsnizmalarda fotosentrzle organik maddelerde saklanması 2-bu organik maddelerin solunum yoluyla yıkımı sonucu enerjinin yeniden açığa çıkarılarak atp molekülleri oluşumunda kulllanılması 3-atpnin içerdiği enerjinin çeşitli biyolojik işlerin gerçekleştirilmesi için değerlendirilmesi

atp fosfatları arasındaki bağ

anhidrit (fosfoanhidrit)

atp a fosfat ve riboz arasındaki bağ

ester (fosfoester)

atp elektronegatifliği

suyun nörtal ama polat ortamında atpnin fosfat gruplarının protonları ayrışır ve 4 eksi yük taşır elektronegatiflik atp hidrolizinin enerjetiğini belirler

yaşayan hücre içindeki yüksek enerjili ara bileşik veya taşıyıcı bileşik (~E olarak gösterilir)

atp

atp hidrolizi neden enzimsiz zor

aktivasyon enerjisi yüksek

dinlenme durumunda bir insan 24 saat içinde kaç kilo atp üretir

yoğun egzersiz gibi hızlı tüketim durumunda atp tüketim hızı dakikada kaç kg

0.5

yüksek enerjili fosfat bileşikleri

``` fosfoenolpirüvat karbamoil fosfat 1,3-bifosfogliserat kreatin fosfat bunlarda hidrolizin standart serbest enerjisi -10kcalden büyüktür ör: kreatin fosfat -10.3 atp -7.3 adp -6.6 ```

biyokimya abdurrahim Flashcards

(54 cards)