Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

mikrobiologisk och immunologisk metodik > PCR och qPCR > Flashcards

PCR och qPCR Flashcards

1
Q

Vad står PCR för ?

A

Polymerase Chain Reaction,

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad är PCR principen?

A
  • Dela upp DNA-sträng
  • Inbindning av primers
  • DNA-syntes
  • Exponentiell amplifiering
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Vad behövs för komponenter i PCR ?

A
  • DNA-samples
  • primers
  • max buffert
  • tag polymerase
  • PCR Tube
  • nucleotides
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Vad är det för extrationsmetoder som används ?

A

• Solid Phase

  • Magnetkulor, silica, membran
  • Manuellt (Kolonn) eller maskinellt
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Vad måste DNA (eller RNA) templat var för att användas i PCR ?

A

Renad nukleinsyra fri från
inhibitorer som kan användas som
mall i PCR-reaktionen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Vad är viktigt att tänka på vid konstruktion av primers ?

A

Att tänka på när man konstruerar primers:
- GC innehållet (max 60%)
- Undvik långa sträckor av en enda nukleotid
- Tm-värdet (likvärdigt för FP och RP)
- Undvik att primrarna är komplementära med sig
själva eller med varandra

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad är Tumregel för annealingtemperaturen?

A

Starta med en temperatur som är 5 grader lägre

än primrarnas smälttemperatur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Vad är Oligonukleotider?

A

• Byggstenar
Deoxyribose nucleoside triphosphate
(dNTP)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad gör DNA polymeras?

A

Påskyndar sammanfogningen av dNTP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vilka DNA polymeraser finns de?

A

-> Taq polymerase isolerades från den
värmeälskande bakterien Thermus aquaticus

-> Pfu polymeras isolerade från hypervärmeälskande
bakterie

-> sedan dess har man utvecklat dessa två genom genteknik

-> Skapat fusionspolymeras genom att inkorporera
valda delar från andra polymeras vilket har ökat
värmestabiliteten.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vad är RT (Reverse transcriptase) -PCR?

A 
• RNA omvandlas till cDNA
med hjälp av enzymet 
reverse transcriptase
• Specifika primers, 
oligo(dT)s, random primers
• DNA-RNA hybrid
• RNA bryts ned enzymatiskt
• ssDNA komplementärt till 
det ursprungliga RNAt
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hur sker Detektion av det amplifierade

materialet?

A

• Gelelektrofores, agaros
• Infärgning av DNA
• EtidiumBromid, Gel Red,
Sybrgreen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hur fungerar Nestad PCR?

A

• Primers innanför det första paret med primrar
• Ny PCR reaktion från produkten i den första PCR
reaktionen
• Ökad specificitet
• Kontaminationsrisk

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hur fungerar Realtids-PCR (qPCR)?

A 
• Amplifieringen av DNA kan
följas i realtid
• Man “fångar” PCR-
amplifieringen i den 
exponentiella fasen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Vad finns det för Skillnader mot ”vanlig” PCR jämfört med realtids

A
  • Prober eller SYBR Green
  • Detektion av amplifieringen i varje cykel
  • Kvantitativ eller kvalitativ
  • Slutet system
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vad är SYBR Green?

A

• DNA-bindande molekyler (Sybrgreen)

Hybridisation probes

17
Q

Vad är Multiplex qPCR / RT-qPCR?

A
  • Prober med olika fluoroscerande molekyler

* Flera primer/probe system i samma PCR-reaktion

18
Q

Vad står q för i qPCR?

A

• Kvan4fiering med real4ds-PCR
-Rela4v eller Absolut
• Standardkurva
• Plasmid med känd koncentra4on i spädningsserie

19
Q

Vilka problem skulle kunna uppstå ?

A
  • Primer design
  • Primerkoncentra3on
  • Annealingtemperatur
  • MgCl2 koncentra3on
  • Sekundärstrukturer
20
Q

Vad finns de för Fördelar qPCR?

A
  • Högre specificitet (probe)
  • Mindre risk för kontamination
  • Möjlighet att kvantifiera
  • ”Synlig” reaktion
  • Tidseffektiv
21
Q

Vad skulle man kunna utföra med PCR?

A
  • Diagnostik av genetiska sjukdomar
  • Fosterdiagnostik (cystisk fibros, Duchenne muscular dystrophy)
  • Kontroll av bärare (Bröst cancer, Huntingtons sjukdom)
  • Diagnostik av cancer sjukdomar (leukemi)
  • Diagnostik av virussjukdomar
  • Diagnostik av bakterieinfektioner (salmonella)
  • Preimplantationsdiagnostisk vid provrörsbefruktning
  • Rättsmedicin (faderskapsmål, brottsmål)
22
Q

Vad är Digital droplet PCR (ddPCR)?

A
  • Absolut kvantifiering (utan standardkurva)
  • Upp till 96 prov per körning
  • Prov, PCR reagens och olja blandas
  • Droppar genereras
  • 20 000 PCR-reaktioner per prov / en i varje droppe
  • Dropparna fluorescerar och detta mäts i en flödescell
23
Q

Vad är PCR analys princip?

A
  • genom denna metod spårar man smittämnens arvsmassa.
  • Genom att korta DNA (primers) Blandas dem med enzymer DNA-polymeras och nukleotider
  • Om smittämnen finns i provet kommer dessa startaekvenser att fösta vid två punkter på smittämnets arvsmassa
  • Startsekvenserna kommer sedan att fungera som start punkt för DNA-polymeraset som börjar kopierar DNA-strängen
  • sedan skapas många kopior
  • detektioner sker bland annat med hjälp av …

mikrobiologisk och immunologisk metodik (14 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions