Sistemi di traspoeto e metabolismo microbico 2 Flashcards

(56 cards)

1
Q

Qual è il destino iniziale dei nutrienti una volta che devono essere utilizzati dalla cellula?

A

I nutrienti devono essere assimilati e quindi trasportati dentro alla cellula.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Come si caratterizza la permeabilità delle strutture di protezione esterne della cellula (parete, membrana esterna, membrana plasmatica) ai soluti?

A

Le strutture di protezione esterne sono scarsamente permeabili ai soluti.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Quali tipi di molecole possono passare facilmente attraverso il doppio strato fosfolipidico della membrana e quali incontrano difficoltà?

A

Solo molecole idrofobiche di piccole dimensioni possono passare facilmente. La membrana è fortemente impermeabile agli ioni e alle molecole polari.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Su cosa si basano i meccanismi di trasporto specifici presenti nelle membrane?

A

Si basano sulla presenza nelle membrane di specifiche proteine di trasporto che consentono il passaggio selettivo di singole sostanze con caratteristiche simili, grazie a strutture come le α-eliche che permettono alle proteine di situarsi all’interno della membrana.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Qual è la differenza tra trasporto secondo gradiente e contro gradiente, e cosa implica quest’ultimo per la cellula?

A

: Il trasporto secondo gradiente avviene da una zona a maggiore concentrazione a una a minore concentrazione. La maggior parte dei trasporti, tuttavia, avviene contro gradiente (sia in entrata che in uscita), il che significa che la cellula deve compiere un “lavoro”, cioè spendere energia.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Cos’è il trasporto passivo (diffusione) e come avviene?

A

Il trasporto passivo avviene secondo un gradiente di concentrazione e non richiede consumo di energia.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Qual è la differenza tra diffusione semplice e diffusione facilitata?

A

La diffusione semplice riguarda piccole molecole (H2O, CO2, N2, O2) che diffondono liberamente attraverso il bilayer. La diffusione facilitata riguarda molecole più complesse e richiede l’intervento di trasportatori (proteine integrali che formano canali idrofilici).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Cosa sono le acquaporine e i canali ionici?

A

Le acquaporine sono specifiche proteine che rispondono a gradienti osmotici, formando canali per il passaggio accelerato di acqua. I canali ionici permettono l’entrata selettiva di ioni come Na+ e K+ attraverso una struttura terziaria proteica che forma un canale.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Cosa sono le permeasi (carrier proteins) e come funzionano nel trasporto passivo?

A

Le permeasi legano specificamente una molecola da trasportare, traslocandola attraverso la membrana. Possono cambiare conformazione per consentire il trasporto (es. glicerolo). Non operano contro gradiente ma velocizzano gli scambi rispetto alla diffusione semplice.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Cos’è il trasporto attivo e come si differenzia da quello passivo?

A

La maggior parte delle molecole viene trasportata contro gradiente. Il trasporto attivo avviene indipendentemente dal gradiente e richiede spesa energetica (ATP, potenziale redox, energia fotochimica). Le proteine associate trasferiscono molecole contro un gradiente.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Quali sono le principali suddivisioni del trasporto attivo?

A

Può essere suddiviso in trasporto primario, trasporto secondario e traslocazione di gruppo.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Quali sono le caratteristiche distintive del sistema di trasporto attivo?

A

Effetto di saturazione (raggiungimento di un tasso massimo di captazione quando il trasportatore è saturo), elevata specificità (molte proteine interagiscono con una sola molecola o classi correlate), ed elevata regolazione (la presenza di trasportatori dipende dalle risorse e dalla loro concentrazione).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Cos’è il trasporto attivo primario e come funziona il sistema di trasporto ABC?

A

Nel trasporto primario, il passaggio della molecola è direttamente accoppiato al consumo di energia. I sistemi di trasporto ABC (ATP-binding cassette) coinvolgono almeno tre componenti: una proteina periplasmatica/di superficie (per legare il substrato), una proteina integrale di membrana (canale), e una proteina associata alla membrana che lega e idrolizza ATP (ATPasi). Sono sistemi ad altissima affinità per il substrato.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Cos’è la forza proton motrice (pmf) e come viene generata e utilizzata in alcuni sistemi di trasporto primario?

A

La pmf è un gradiente elettrochimico tra l’interno e l’esterno della membrana, creato dal trasferimento di protoni. L’energia conservata da questo gradiente è chiamata forza proton-motrice e può essere utilizzata, ad esempio, dalle ATP sintasi per produrre ATP. L’estrusione di protoni da parte di ATPasi che fungono da pompe protoniche contribuisce alla sua formazione.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Cos’è il trasporto attivo secondario e come sfrutta l’energia?

A

Impiega il gradiente elettrochimico (H+/Na+) generato dal trasporto primario per trasferire soluti all’interno. Sfrutta l’energia cinetica di uno ione che si muove passivamente secondo il suo gradiente per trasportare un’altra molecola contro gradiente.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Quali sono i tre tipi di trasporto attivo secondario e come funzionano?

A

Simporto: un composto chimico (soluto) e uno ione (es. H+) entrano insieme nella cellula, lo ione secondo gradiente fornisce energia per l’entrata del soluto contro gradiente (es. lattosio permeasi). Antiporto: l’uscita di un composto è accoppiata all’entrata di un soluto (es. trasporto lattosio/galattosio in S. thermophilus). Uniporto: il soluto viene trasportato da solo in una sola direzione.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Cos’è il trasporto di traslocazione di gruppo e come funziona il sistema delle fosfotransferasi (PTS)?

A

In questo tipo di trasporto attivo, la sostanza (tipicamente uno zucchero) viene modificata chimicamente durante il trasporto. Il sistema PTS presiede al trasporto di zuccheri e coinvolge quattro proteine citoplasmatiche (EI, HPr, EIIa, EIIb) e un trasportatore di membrana (EIIc). Le proteine vengono fosforilate/defosforilate a cascata finché EIIc fosforila lo zucchero trasportandolo all’interno. Non consuma ATP direttamente ma trasferisce il gruppo fosforico del PEP (phosforo enopirjvato) allo zucchero.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Cos’è il metabolismo microbico e come si suddivide?

A

È l’insieme delle reazioni biochimiche cellulari necessarie per la vita. Si suddivide in catabolismo (reazioni che portano alla formazione di energia) e anabolismo (reazioni endoergoniche che portano alla formazione di macromolecole cellulari da precursori, utilizzando energia).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Quali sono le due principali fonti di energia per i microorganismi viventi?

A

La luce (per i fototrofi) e le molecole chimiche (per i chemiotrofi, che possono essere chemiolitotrofi se usano molecole inorganiche, o chemioorganotrofi se usano molecole organiche).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Cosa deve fare una “cellula vivente” per opporsi all’aumento del disordine (entropia)?

A

Deve mantenere la propria organizzazione (omeostasi), compiere operazioni ordinate (movimento, differenziamento), e accrescersi/riprodursi trasformando materia in strutture organizzate, il tutto fornendo al sistema energia che si trasforma in lavoro.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

In quali forme viene tradotta l’energia presente nell’ambiente per diventare energia metabolica?

A

In energia chimica sotto forma di composti ad alta energia liberabile da idrolisi (come ATP) e sotto forma di potere riducente (piridinnucleotidi e flavinnucleotidi ridotti, trasportatori di elettroni).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Quali sono i due processi essenziali attraverso i quali i microrganismi ottengono energia?

A

La fosforilazione a livello del substrato (SLP) e la fosforilazione per trasporto di elettroni (ETP).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Cos’è la fosforilazione a livello del substrato (SLP)?

A

È un processo citoplasmatico di sintesi di ATP per trasferimento di un gruppo fosfato ad alta energia da un intermedio fosforilato (formatosi durante la degradazione di un substrato organico) a una molecola di ADP, mediante enzimi chinasi. Avviene sia in condizioni aerobiche che anaerobiche (es. via glicolitica, ciclo di Krebs).

24
Q

Cos’è la fosforilazione per trasporto di elettroni (ETP) e quali componenti cellulari richiede?

A

È un processo più complesso e redditizio che avviene nella fosforilazione ossidativa (respirazione) e nella fotosintesi. Richiede: una membrana citoplasmatica impermeabile agli ioni, una catena di trasporto di elettroni, un donatore di elettroni, un accettore terminale di elettroni, e un complesso enzimatico ATPasi. Sfrutta la traslocazione di protoni per generare forza proton motrice, convertita in ATP.

25
Come avviene la respirazione aerobica della sostanza organica?
Una sostanza organica (donatore di elettroni) viene ossidata, e gli elettroni percorrono una catena di trasporto fino all'ossigeno (accettore terminale), che viene ridotto ad acqua. La resa energetica dipende dalla differenza di potenziale redox tra le coppie. Si produce energia e acqua.
26
Quali sono le principali categorie di trasportatori di elettroni nella catena respiratoria?
: In ordine di potenziale redox crescente: NADH deidrogenasi, flavoproteine, chinoni, ferroproteine e citocromi.
27
Cos'è la mineralizzazione della sostanza organica?
È il processo attraverso cui ogni composto organico viene convertito in composti inorganici come CO2, H2O o NH3.
28
Descrivi brevemente il catabolismo dei carboidrati nella respirazione aerobica, dalla molecola di glucosio alla produzione totale di ATP.
Il glucosio subisce la glicolisi (producendo piruvato, NADH e ATP). Il piruvato è ossidato ad AcetilCoA (con produzione di NADH). L'AcetilCoA entra nel ciclo di Krebs (TCA), completando l'ossidazione del glucosio e producendo NADH, FADH2 e GTP. Il NADH e FADH2 vengono riossidati nella catena di trasporto elettroni, portando alla sintesi di ATP. Da 1 mole di glucosio si ottengono circa 38 ATP.
29
Qual è la principale forma di conservazione dell'energia nelle cellule e quali legami sono coinvolti?
Lo stoccaggio sotto forma di legami fosforici, precisamente fosfo-anidridici, come quelli presenti nell'ATP. L'ATP ha due legami ad alta energia (-31.8 kJ/mole).
30
Oltre all'ATP, quali altri composti possono fungere da accumulatori di energia?
Il Coenzima A forma derivati (es. acetilCoA) con legami tioesteri ad alta energia. Esistono anche polimeri insolubili di riserva come glicogeno, poliidrossibutirrato, polialcanoati (nei batteri) o lipidi e amido (negli eucarioti).
31
Quali sono le due funzioni essenziali del trasporto di elettroni nella catena respiratoria?
Facilitare il trasferimento di elettroni dal donatore primario all'accettore terminale e partecipare agli eventi di conservazione dell'energia nella membrana.
32
Come sono organizzate le coppie redox nella "torre degli elettroni"?
: Le coppie sono organizzate in base al loro potenziale di redox (E0'): quelle più negative (donatori di elettroni) in alto, e quelle più positive (accettori di elettroni, agenti ossidanti più forti) in basso.
33
Qual è il ruolo del NAD+/NADH nel metabolismo e perché è considerato un intermediario versatile?
NAD+/NADH trasporta due elettroni e due protoni. Ha un potenziale di riduzione di -0.32 V, rendendo il NADH un ottimo donatore di elettroni. Agisce come intermediario in molte reazioni redox, facilitandole senza essere consumato (viene continuamente riciclato).
34
Cosa sono le flavoproteine, le proteine Fe-S non eme, i chinoni e i citocromi, e quale ruolo svolgono nel trasporto di elettroni?
Flavoproteine: contengono derivati della riboflavina (FMN, FAD), accettano 2H+ e 2e-. Proteine Fe-S non eme: contengono centri ferro-zolfo, trasportano solo elettroni. Chinoni (coenzimi Q): trasportatori non proteici idrofobici, mobili nella membrana, trasportano H+ ed e-. Citocromi: contengono gruppo eme con ferro, subiscono ossidoriduzione per un singolo elettrone.
35
Come si genera la forza proton motrice (fpm) durante il trasporto di elettroni?
I trasportatori sono orientati nella membrana in modo che, durante il trasporto di elettroni, i protoni (H+) vengano estrusi verso l'esterno, creando un potenziale elettrochimico (gradiente di carica e di pH) attraverso la membrana.
36
Descrivi i complessi I, II e III nella generazione della fpm.
Complesso I (NADH chinone ossidoreduttasi): NADH cede elettroni, si forma FMNH2, gli elettroni passano a proteine Fe-S e poi al coenzima Q (riducendolo e aprendo al complesso II), con estrusione di H+. Complesso II (succinato deidrogenasi): FAD cede elettroni alla catena (bypassando il complesso I, con minor resa di H+ estrusi). Complesso III (citocromo bc1): il coenzima Q ridotto cede elettroni al citocromo bc1, che li trasferisce ai citocromi a del complesso IV tramite il citocromo c (navetta), con ulteriore estrusione di protoni (ciclo Q).
37
Come funziona l'ATPasi di membrana (ATP sintetasi) per produrre ATP?
L'ATPasi ha due subunità: F0 (canale protonico nella membrana) e F1 (nel citoplasma, catalitica). Il passaggio dei protoni attraverso F0 (secondo gradiente, spinto dalla fpm) induce cambiamenti conformazionali in F1, che catalizza la sintesi di ATP da ADP + Pi. L'attività è reversibile.
38
Descrivi le due fasi principali della Glicolisi (via Embden-Mayerhof).
Fase di investimento (prima fase): il glucosio è fosforilato e scisso in due molecole di gliceraldeide-3-fosfato, con consumo netto di 2 ATP. Fase di rendimento (seconda fase): le due molecole di gliceraldeide-3-fosfato sono trasformate in due molecole di piruvato, con produzione di 4 ATP e 2 NADH. Il guadagno netto è di 2 ATP e 2 NADH.
39
Cos'è la via di Entner Doudoroff e quali organismi la utilizzano?
: È una via alternativa alla glicolisi per il catabolismo del glucosio. Il glucosio-6-fosfato è ossidato a 6-fosfogluconato, poi a cheto-3-deossi-6-fosfogluconato (KDPG), che è scisso in piruvato e gliceraldeide-3-fosfato. La resa netta di ATP è inferiore alla glicolisi. È attiva in molti Archaea e batteri Gram-negativi (es. E. coli, Zymomonas, Pseudomonas).
40
Qual è la funzione principale del ciclo ossidativo dei pentoso fosfati?
Permette la biosintesi di molecole indispensabili come sedoeptulosio-7-fosfato, ribosio-5-fosfato (per nucleotidi) ed eritrosio-4-fosfato (per amminoacidi aromatici). Produce grandi quantità di NADPH, usato nei processi biosintetici, più che ATP.
41
Qual è la resa energetica teorica del ciclo degli acidi tricarbossilici (TCA) o ciclo di Krebs per molecola di piruvato e per molecola di glucosio?
: Per ogni piruvato: 3 NADH (9 ATP), 1 NADPH (3 ATP), 1 FADH (2 ATP), 1 GTP (1 ATP), per un totale di 15 ATP. Poiché da 1 glucosio si ottengono 2 piruvati, si hanno 30 ATP dal TCA, a cui si aggiungono 2 ATP e 6 ATP (dai 2 NADH) dalla glicolisi, per un totale teorico di 38 ATP per molecola di glucosio.
42
Come si definisce la fermentazione e qual è il ruolo della sostanza organica in essa?
È un processo catabolico anaerobio in cui la sostanza organica è sia donatore che accettore di elettroni. Il NADH prodotto non può scaricare elettroni sulla catena di trasporto (mancano citocromi nei fermentanti) e si riossida a spese di un composto organico intermedio.
43
Perché la fermentazione ha una resa energetica molto inferiore alla respirazione?
L'ossidazione della sostanza fermentata è parziale (non si arriva a CO2), e l'energia viene ottenuta solo tramite fosforilazione a livello del substrato, senza il contributo della catena di trasporto elettroni e della fosforilazione ossidativa.
44
Quali sono le principali vie fermentative e i loro prodotti caratteristici?
Fermentazione omolattica: 1 glucosio → 2 lattato + 2 ATP (batteri lattici omofermentanti). Fermentazione eterolattica: 1 glucosio → 1 CO2 + 1 lattato + 1 etanolo + 1 ATP (o 1 acetato + 2 ATP) (batteri lattici eterofermentanti). Fermentazione dei bifidobatteri: 2 glucosio → 3 acetato + 2 lattato + 5 ATP. Fermentazione alcoolica: 1 glucosio → 2 etanolo + 2 CO2 + 2 ATP (lieviti; Zymomonas ha resa minore). Fermentazione acido mista: miscela di acidi organici (lattico, acetico, succinico, formico), CO2, H2, etanolo (Enterobacteriaceae). Fermentazione 2,3-butandiolica: 2,3-butandiolo ed etanolo (alcune Enterobacteriaceae). Fermentazione propionica: acido lattico → propionato, acetato, CO2, ATP (Propionibacterium). Fermentazione butirrica: acido butirrico, acetone, butanolo, isopropanolo, CO2, H2 (Clostridium). Fermentazione omoacetica: glucosio → 3 acetato + ATP (clostridi acetogeni). Fermentazione degli aminoacidi: reazione di Stickland (coppie di aminoacidi) o fermentazione di singoli aminoacidi.
45
Come avviene la fermentazione acetica e quali sono i due gruppi principali di batteri acetici?
È un'ossidazione incompleta che richiede O2. Gluconobacter (subossidante) catabolizza zuccheri via pentoso fosfati, accumula acetato perché ha ciclo di Krebs incompleto. Acetobacter (superossidante) ha ciclo di Krebs completo, ossida etanolo ad acetato e poi a CO2 e H2O (più lentamente). Entrambi usano la via dei pentoso fosfati e decarbossilano il piruvato ad acetaldeide.
46
Cos'è la respirazione anaerobia e quali accettori finali di elettroni possono essere usati al posto dell'ossigeno?
È un processo energetico in cui l'accettore finale di elettroni non è l'ossigeno, ma un'altra sostanza inorganica ossidata (nitrati, solfati, zolfo elementare, ossidi ferrici, manganato) o molecole organiche (fumarato). L'efficienza energetica è inferiore a quella aerobica.
47
Descrivi brevemente la respirazione del nitrato (denitrificazione).
Batteri anaerobi facoltativi riducono il nitrato (NO3-) a nitrito (NO2-) (nitrato reduttasi) e alcuni (denitrificanti come Pseudomonas) lo riducono ulteriormente ad azoto molecolare (N2) attraverso una catena di citocromi, producendo energia.
48
Descrivi brevemente la riduzione dissimilativa del solfato.
Batteri solfato-riduttori (es. Desulfovibrio) usano composti inorganici ed ossidati dello zolfo come accettori. Il solfato (SO4--) è ridotto a idrogeno solforato (H2S). Richiede un'attivazione preventiva del solfato ad APS. La resa energetica è inferiore ad altre respirazioni poiché le reduttasi terminali sono citoplasmatiche (no PMF).
49
Come avviene il catabolismo dei lipidi?
Fase 1: lipasi/esterasi producono glicerolo e acidi grassi liberi. Fase 2: il glicerolo è fosforilato, ossidato a diidrossiacetonfosfato ed entra nella glicolisi. Fase 3: gli acidi grassi subiscono β-ossidazione (convertiti in esteri del CoA), degradati ad acetil-CoA che entra nel TCA. Si producono NADH e FADH2.
50
Cosa si intende per vie anfiboliche nel metabolismo?
Sono cicli metabolici (es. glicolisi, ciclo di Krebs) che hanno una doppia valenza, catabolica (degradazione per produrre energia e precursori) e anabolica (utilizzo di precursori ed energia per la biosintesi). La direzione delle reazioni dipende da meccanismi di regolazione e condizioni.
51
Come avviene la sintesi degli zuccheri (gluconeogenesi) e quali enzimi chiave differiscono dalla glicolisi?
È la sintesi di zuccheri da molecole "povere", seguendo un percorso inverso alla glicolisi. Per microrganismi eterotrofi, da 2 piruvato si ottiene glucosio. Differisce dalla glicolisi per enzimi irreversibili: piruvato carbossilasi e PEP carbossichinasi (al posto di piruvato chinasi), fruttosio difosfato-1-fosfoidrolasi (al posto di fosfofruttochinasi), e glucosio-6-fosfatasi (al posto di esochinasi).
52
Come avviene l'assimilazione della CO2 nel ciclo di Calvin?
È la sintesi di zuccheri da CO2 (produzione primaria). Enzimi chiave: fosforibulochinasi (sintetizza ribulosio 1,5-difosfato) e RuBisCO (fissa CO2 al ribulosio 1,5-difosfato). Si formano due molecole di 3-fosfoglicerato, che entrano in una via simile alla glicolisi inversa. Con eccessi di energia, si accumulano polimeri di riserva.
53
Come viene assimilato l'azoto inorganico (ammoniaca, nitrato) e l'azoto molecolare?
Ammoniaca/ione ammonio: trasformata in ione ammonio e aggregata a composti organici da carbamilfosfato sintetasi, glutamato deidrogenasi, o glutamina sintetasi/glutamato sintetasi. Nitrato: ridotto ad ammoniaca (riduzione assimilativa, dispendiosa). Azoto molecolare (N2): fissato da microorganismi azotofissatori (es. Rhizobium, cianobatteri) tramite il complesso della nitrogenasi (nitrogenasi + nitrogenasi reduttasi) ad ammoniaca, con grande consumo di ATP.
54
Come avviene l'assimilazione dello zolfo e del fosforo?
Zolfo: il solfato è trasformato in PAPS (3’-fosfoadenosin-5’-fosfosolfato), ridotto a solfito e poi a solfuro, incorporato in O-acetilserina per formare cisteina (donatore di gruppo solfidrilico). Fosforo: fosfati inorganici sono traslocati e legati all'ADP per formare ATP (donatore di fosfati). I fitati (fonte organica) richiedono idrolisi da fitasi.
55
Come avviene la biosintesi dei nucleotidi purinici e pirimidinici?
Purine (adenina, guanina): sintetizzate atomo per atomo da C e N (inclusa CO2); il primo è l'acido inosinico. Pirimidine (citosina, timina, uracile): da diverse fonti, partendo da acido orotico per arrivare a uridilato. Richiedono molta energia e potere riducente.
56
Come avviene la sintesi degli acidi grassi?
Nel citoplasma, con la proteina ACP (trasporto di acile). Acetato (da acetil-CoA) e malonato (da malonil-CoA) sono trasferiti su ACP. Interagendo, formano acetoacetil-ACP con rilascio di CO2. Seguono reazioni di allungamento della catena (acido grasso sintetasi) con addizioni di due atomi di C e uso di NADPH. Desaturasi formano doppi legami.