Introduction au diagnostic moléculaire

Question 1

Définis le diagnostic moléculaire

Answer 1

diagnostic de pathologie associé au variation pathologiques d’un gène ,de plusieurs gène ou de l’épigénome

Question 2

Comment sont organisés les labo pour avoir la plus grande confiance dans les résultats

Answer 2

1. formation
2. design du labo; ex gradient pression
3. controle de la qualité
4. programme d’assurance de la qualité; ratio de diagnostic trouvé
5. accréditation

Question 3

Donne la strucutre de l’Adn

Answer 3

sucre, phosphate, base
chargé -
AT; 2 pont h
GC; 3 pont h

Question 4

donne la structure dun gène

Answer 4

promoteur
5’utr
codon départ
exon; fin exon gt
intron; début intron ag
codon stop AUG
3’utr

Question 5

Quels sont les 2 types de variabilité du génome

Answer 5

pathogénique; variation dans une séquence d’adn par rapport à adn de référence qui cause un phénotype

non-patho; variation dans séquence adn par rapport à l’adn de référence qui cause pas de phénotype; pas associée à une pathologie

Question 6

Quelle est la fréquence des variation génétique et quelles sont les raisons pour lesquelles la majorité sont non-pathogéniques

Answer 6

5-6 millions de variations par rapport au génome de référence
- 70 survenu de novo

non pathogéniques
- modification dans régions non-codantes; intron ou intergéniques
- bcp de polymorphismes; variations de séquences chez plusieurs personnes
- variation touche un gène récessif donc doit être présent en 2 copie pour exprimer un phénotype

Question 7

Pourquoi les ilots CpG sont des sites fréquents de mutations

Answer 7

1. cytosine méthylé se transforme en uracile
2. uracile non présente dans adn donc se transforme en thymine
   = 20x plus de mutaitons dans ilots cpg

Question 8

Quels sont les types de variations en taille du génome

Answer 8

grande taille; CNV, LINE
moyenne; microsatellites
petite; SNP, indels

Question 9

À quoi peuvent servir les microsatellites

Answer 9

nombre de répétition (ex; ca) varie d’une personne à l’autre, donc on peut identifier l’adn de deux personne qui serait mélanger
- adn foeto-placentaire dans sang mère
- adn donneur et du patient dans une greffe = rejet

• inclut une dizaine d’allèle

Question 10

Qu’est-ce qu’un SNP

Answer 10

changment dans une séquence de 1 nucléotide par rapport au génome de référence
- survient à environ chaque 300 nucléotide

Question 11

Quelles sont les classification des différentes variation génétiques pathologiques

Answer 11

petits remaniements
- substitutions (transition, trasversion)
- insertions; mutation dynamique
- délétions

grand remaniements
- insertion
- délétions
- translocations et inversions équilibrée

Question 12

Quel est la mutations la plus fréquente qui est patho

Answer 12

substitution

Question 13

Quelles sont les 4 différentes conséquences des mutations

Answer 13

1. homonyme/silencieuse
   - changement d’un codon pour un autre mais code pour le meme aa
2. faux-sens
   - changement d’un codon pour un autre qui change l’aa dans la séquence de la protéine
3. non-sens
   - changement d’un codon pour un codon stop = arrêt de traduction
4. frameshift; changement dans le cadre de lecture
   - insertion/délétion ne suit par un multiple de 3, donc tous les codons générés à partir de la mutation sont changé = aa différents

Question 14

Quelles variation génétiques sont à risque d’être pathologique et quels autres facteurs faut il prendre en compte dans la détermination de la pathologie

Answer 14

non-sens et frameshift = patho

on considère
1. fréquence population
- si fréquence + 10% = pas pathologique car pas associé à une maladie rare

2. conservation
   - présence de mutation fériqente dans la meme protéine chez une espèce = tolérance des modifications
3. impact sur ARNm
   - effet sur l’épissage
4. impact sur protéine
   - affecte domaine extracell (moins importnat) vs un site catalytique (role protéine ne soit)
5. gène impliqué
   - si gène pas vrm importnat, risque de patho + rare

Question 15

Comment une mutation peut elle entrainer un gain ou une perte de fonction

Answer 15

gain de fonction
- augmentaiton de la qté de protéine, de l’activité de la protéine ou formation d’une nouvelle protéine = entraine phénotype

perte de fonciton
- diminution de la qté de protéine ou de l’activité de la protéine = entraine phénotype

Question 16

Quels les sont les mécanismes associés au gain de fonction

Answer 16

1. augmentation du dosage génique; duplication
2. expression de l’ARNm; promoteur tjr actif
3. activité accrue de la protéine
4. formation d’une nouvelle protéien
5. altération des mécanismes toxiques pour la protéines (protéolyse)

Question 17

Décris la mutation dynamique et les maladies associées

Answer 17

expansion d’un triplet de nucleotides qui à un certain seuil de rep = mutation

prémutaiton
- symptome ou non
- risque de transmettre mutation aux prochaines générations

maladie avec longue expansion
- x fragile
- maladie de Friedrich
- dystrophie myotonique de Steinert

maladie à courte expansion
- huntington

Question 18

Quelle est le but de l’isolation de l’ADN

Answer 18

isoler l’adn dans le noyau des autres contenu de la cellule
- il faut utiliser les caractéristiques spécifiques de l’adn qui ne se trouvent pas dans les autres composantes de la cell

Question 19

Décris la techniques fréquentes d’isolation de l’ADN

Answer 19

utilisation de sels chaotropiques
- permet à l’adn de se coller à une colonne de verre
- lavage permet de se débarasser des autres composantes

Question 20

Quels sont les 2 techniques pour évaluer l’efficacité de l’isolation de l’adn

Answer 20

densité optiqque
- mesure l’absorbante de l’échantillon
- adn = 260nm
- protéine cell = 280nm
- ration 260/280 permet d’évaluer la qté d’adn isolé

teinture intercalantes
- composé qui se fixe à l’adn double brin
- vérifier quantité et taille adn isolé