structuur en stabiliteit

Question 1

nonpolaire zijketens

Answer 1

glycine (niet chiraal)
alanine
valine
leucine
isoleucine
methionine
proline (betasheet breker)
phenylalanine
tryptofaan

Question 2

polaire zijketens

Answer 2

• amide zijketen (asparagine, glutamine)
• Alcohol zijketen (serine, threonine, tyrosine)
• zwavelbrug mogelijk (cysteïne) = enige die covalente binding aankan gaan

Question 3

zure zijketens [A-]

Answer 3

asparaginezuur (pka4, carboxyl)
glutaminezuur (pka4, carboxyl)

Question 4

basische zijketens [BH+]

Answer 4

arganine (pka 12)
histidine (pka 7)
lysine (pka 10)

Question 5

iso-elektrisch punt

Answer 5

pH waarbij lading netto 0
= lage wateroplosbaarheid

-> bij opzuiveren bruikbaar; eiwit laten neerslaan terwijl rest in oplossing blijft en wegspoelt

proline is anti betasheet en alphahelix

Question 6

4 structuren

Answer 6

• primaire structuur; aminozuursequentie (lezen van n naar c terminus)
• secundaire structuur; alpha helix en beta sheets
• alpha helix: nauwelijks invloed oplosbaarheid
  -> alanine, lysine, leucine, glutaminezuur bevorderen
• beta sheet: intrinsieke instabiliteit, vermindert oplosbaarheid
  -> valine, isoleucine en threonine bevorderen
• tertaire structuur; 3D vouwing (energiegunstig)
• quaternaire structuur; 2 of meer polypeptideketens vormen één eiwit

Question 7

aanpassingen in eiwit

Answer 7

extrensiek:
pH verandering -> verstoring elektrostatische interacties
denaturantia toevoegen -> verstoren waterstofbruggen
temperatuurschommelingen -> verstoring waterstof bruggen

intrinsiek:
instertie aminozuur proline -> beta sheet breker -> voorkomt neerslag betasheetgevoelige ketens -> hogere wateroplosbaarheid

Question 8

fab regio

fc regio

Answer 8

(antigen-binding fragment): herkent het doelwit

(constant fragment): bepaalt wat het immuunsysteem ermee doet

Question 9

modificaties mabs

Answer 9

fab regio veranderen:
->CDR’s (complementarity-determining regions)
→ dit zijn de “vingertjes” die het antigen aanraken
→ hiermee kan je de affiniteit verhogen of aanpassen aan een ander target

fc regio veranderen:
FcRn-binding verbeteren
Effectorfunctie aanpassen (ADCC/CDC)

PEG
PEG (polyethyleenglycol): grote hydrofiele keten
→ beschermt tegen afbraak
→ voorkomt snelle renale klaring (door ↑ hydrodynamische grootte)
→ kan wel immuunrespons tegen PEG oproepen
(XTEN = biologisch afbreekbaar alternatief ; verlengt t1/2, minder immunogeen)

fusie ander eiwit:
- Fc-fusie-eiwitten (bijv. Etanercept): combineert cytokine of receptor met Fc
- Albumine-fusie: gebruikt natuurlijke lange t½ van albumine
- Covalente koppeling aan VWF-domein (bij FVIII): beschermt tegen afbraak